가. 대구지방국세청장은 2007.2.23.～2007.4.9. 기간 중 청구인에 대한 조사를 실시하여

1) 대구광역시 달서구 본동 619번지외 2필지 소재 대지 1,337.60㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구인의 부 최재광, 청구인, 최진혁(이하 청구인 등 이라 한다)이 1998.4.26. 주식회사 나이스마트 대표이사 김용우(청구인과는 특수관계에 해당하지 아니하며 이하 임차인 이라 한다)에 1998.9.1.부터 2005.8.31.까지 보증금 30,000천원, 월세 3,000천원에 임대하면서

2) 임차인이 슈퍼마켓 용도의 건물(지하 1층 근린생활시설 132.37㎡, 지상 1층 근린생활시설 1524.31㎡, 이하 쟁점건축물 이라 한다)을 신축하여 임차인 명의로 보존등기를 하고 7년간 사용 후 적정금액으로 쟁점건축물을 청구인 등에게 양도하기로 계약을 체결하고, 이후 임차인이 쟁점건축물을 신축하여 1998.9.17. 임차인 명의로 소유권보존등기를 하고 동 일자로 청구인 등이 소유권이전청구권가등기를 하였으며 2005.7.31. 재계약을 하면서 사용수익기간을 3년간 연장하였고

3) 2002년 제1기부터 2006년 제2기 기간 중 임차인이 최재광에게 고문료(1998.9.1. 임차인은 최재광과 월 3,000천원의 고문료를 지급할 것을 내용으로 하는 고문계약서를 작성하였으나, 1999.1.1. 월 1,000천원의 고문료를 1998.9.1.부터 소급하여 적용하고 매 2년마다 12%씩 인상하기로 하는 고문계약서를 재작성하였다)로 84,518천원을, 잡급(임차인은 2002.10.부터 임차회사의 장부상 잡급계정으로 처리하고 최재광에게 비공식적으로 매월 2,500천원을 지급)으로 127,788천원을 지급(고문료와 잡급으로 지급한 금액 합계 212,306천원)한 사실 등을 확인하고 이러한 내용을 처분청에 과세자료로 통보하였다.

나. 처분청은 임차인이 부담한 쟁점건축물의 신축비용 901,000천원을 사용수익기부자산으로 보아 1차 임대기간이 끝나는 2005.8.31.까지의 기간 경과분 429,000천원을 선급임대료로, 임차인이 최재광에게 고문료와 잡급계정으로 지급한 212,306천원을 임대료의 추가지급으로 보아 위 합계액을 쟁점토지 소유자별 임대면적으로 안분하여 계산한 후 2007. 8.10. 청구인에게 2002년 귀속 종합소득세 22,622,180원, 2003년 귀속 종합소득세 26,874,570원, 2004년 귀속 종합소득세 25,230,870원, 2005년 귀속 종합소득세 16,271,070원을 결정고지 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지 지상위의 임대부동산은 적정임대료 이상 임대료를 받았으며, 임대차계약기간이 만료되거나 해지 등으로 사용종료시 적정한 금액으로 임대인에게 양도하기로 임대차계약을 하고 매매예약 및 소유권이전청구권 가등기를 한 사실이 있으며,

매매예약이 완결되기 전, 또한 처분청의 결정처분이 있기 전에 임대인과 임차인이 합의하에 임차인 부담으로 쟁점건축물을 철거하고 원상회복하기로 하면서 당초 사용수익 후 적정금액으로 양도하기로 한 계약을 합의해지하여 소유권이전가등기를 말소등기까지 경료하였다면 당초 매매예약의 물권변동 효과는 소급적으로 소멸되므로 쟁점건축물에 대한 양도는 없는 것으로 보아야 한다. 따라서, 처분청이 쟁점건축물의 실질관계를 추정에 근거하여 과세한 처분은 부당하며, 가사 과세하더라도 1차임대기간이 끝나는 2005.8.31.까지의 기간에 안분하여 결정해야 할 것이 아니라 연장된 임대차 계약기간이 끝나는 2008.8.31.까지의 기간에 안분하여 결정하여야 한다.

(2) 임차인은 최재광에게 고문료 및 잡급형식으로 사실상 고문료를 지급한 것으로 알고 있으나 청구인은 이와 관련하여 어떠한 약정을 하거나 대가를 수수한 사실이 없음에도 부동산 임대소득의 변형지급으로 보아 토지소유자별 지분에 따라 안분하여 부가가치세 등을 결정 처분한 행위는 근거과세 및 실질과세 원칙을 벗어난 부당한 처분이므로 취소하여야 한다.

나. 처분청의견

(1) 청구인 등은 1998.6.26. 매매가액 50,000천원에 건물매매계약을 한 후 1998.9.17. 건물보존등기와 동시에 소유권이전가등기를 하고 계약만료시 청구인의 명의로 소유권이전하기로 대구지방법원의 화해조서를 받은 것은 과세요건인 청구인의 쟁점토지 지상위에 임차인명의로 건물을 신축하고 임차인이 일정기간 사용수익 후 임대인에게 소유권을 이전하는 경우에 해당되며, 대구지방법원 화해조서상에도『계약만료시 청구인의 명의로 소유권 이전하는 것』으로 되어 있는 점으로 볼 때 당초 부동산매매계약은 형식에 불과하며 실질은 쌍방이 임대차계약만료시 소유권을 무상으로 이전할 것을 예정하고 있었고 청구인은 건물을 인수받을 의사가 있었던 것으로 판단되며,

청구인 등과 임차인은 이 건 조사착수 후인 2007.3.23. 부동산매매계약 해지 및 소유권이전청구권가등기를 말소하고, 임대기간만료로 명도시는 건물철거하고 원상복구 한다는 약정내용의 공정증서를 작성하였으나 이는 당초 계약에 영향을 미치지 못할 뿐만 아니라, 선급임대료 기간 계산은 연장계약기간으로 하는 것이 아니라 1차계약기간 후 건물 소유권이 언제 임대인에게 이전되는지 여부에 불구하고 사용계약기간에 안분하는 것이어서 쟁점건축물의 신축비용을 임대료의 선급으로 보아 부가가치세법시행령 제49조의 2에 의거 당초 계약기간에 안분하여 부동산임대 수입금액에 산입한 당초 처분은 정당하다.

(2) 임차인이 최재광을 고문으로 위촉·계약하였으나 최재광은 토지 소유자일뿐 주주·임원 등 임차인의 회사와 관련성이 없으며, 동종업계 종사경력·전문지식이나 자격증 등을 확인할 수 없어 고문으로서 적합한 것으로 보이지 아니하며, 이는 단지 청구인 등이 임대인의 우월적 지위를 이용하여 임대료를 변칙 지급받은 것으로 보여진다.

또한, 임차인이 1992.10.부터 잡급계정으로 처리하고 최재광에게 지급한 월 2,500천원은 낮은 임차료에 대한 보상차원으로 지급한것이라고 임차인(관리팀장 김성태)이 진술하고 있고, 쟁점금액의 지급과 관련하여 상호 어떠한 계약도 없이 구체적인 용역 공급내용도 확인되지 않은 상태에서 정액으로 지급되었으므로 임대료의 편법지급으로 보아 위 금액을 쟁점토지 소유자별 지분에 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점건축물 신축비를 임대료의 선급으로 보아 부동산임대 수입금액에 포함하여 과세한 처분의 당부

② 임차인이 고문료 및 잡급계정으로 회계처리하고 지급한 금액을 임대소득으로 보아 토지 소유자별 임대면적으로 안분하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제7조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

부가가치세법 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 담을 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. ～ 4. 생략

부가가치세법시행령 제22조【용역의 공급시기】법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 1. ～ 3. 생략

4. 제49조의2제1항·제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

부가가치세법시행령 제48조【과세표준의 계산】① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.

부가가치세법시행령 제49조의2【부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례】④ 사업자가 2과세기간이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 「소득세법시행령」제51조제2항의 규정을 준용한다.

(2) 소득세법 제41조【부당행위계산】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조 제1항 제6호의 3의 규정에 따른 배당소득만 해당한다) 부동산임대소득 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 ①에 대하여 본다.

(가) 쟁점토지에 대한 청구인 등의 소유지분은 아래〈표〉와 같다.

(나) 청구인 등은 1998.4.26. 임차인과 쟁점토지에 대한 임대차계약(1998.9.1.부터 2005.8.31.까지 보증금 30,000천원, 월세 3,000천원)을 체결하면서 임차인의 명의로 쟁점건축물을 신축하여 보존등기하고 7년간 사용 수익후 적정금액으로 청구인 등에게 양도하기로 하는 매매계약서(제5조 건축물의 소유 및 관리)를 작성하고, 청구인과 임차인은 1998.6.1. 건축허가를 득한 후 건축허가면적을 기준으로 1998.6.26. 매매가액 50,000천원에 건물매매계약을 체결하고 1998.9.17. 임차인 명의로 건물보존등기와 동시에 소유권이전가등기한 사실, 1998.12.16. 대구지방법원에서 청구인 등과 임차인은 「1998.4.26. 임대차계약을 체결하고 청구인 등의 쟁점토지 지상위에 임차인의 대금으로 상품판매장을 건축하여 위 임대기간까지 점유 사용하다가 쟁점건축물을 청구인 등에게 매매대금 50,000천원에 매도하기로 하는 매매계약을 1998.6.26. 체결하면서 매매대금을 당일 계약금 5,000천원을 지불하고, 중도금 25,000천원은 1998.8.1. 지불하고, 잔금 20,000천원은 2005.7.31. 완불과 동시에 소유권이전등기를 하기로 하였으며, 청구인은 위 계약금과 중도금을 상대방에게 지급하였다」는 내용의 화해조서를 작성한 사실, 화해조서상의 소유권이전일인 2005.7.31. 임대인 명의로 소유권이전을 하지 아니하고 임차인과 3년동안 재계약한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(다) 2007.3.21. 임차인 관리팀장인 김성태는『1998.4.26. 임대계약당시 청구인 등은 건물신축은 임차인이 하여도 소유권은 청구인 등의 명의로 등기하자고 하였으나 임차인이 영업권확보 차원에서 계약을 할 수 없다고 하자 청구인 등이 지상권확보를 위하여 1998.6.26. 매매계약서를 작성하고 보존등기 후 가등기를 하였고 계약기간 만료시 청구인 등에게 소유권을 무상으로 이전하기로 하였다』는 내용으로 당초 조사시 진술한 사실과, 청구인은 2007.3.23.『임대기간 만료시 쟁점건축물을 철거하고 원상복구 한다』는 조건으로 임차인과 약정서를 작성하고 공증을 받아 처분청에 동 약정서를 제출하였으나, 처분청은 쟁점건축물의 신축비를 선급임대료로 보아 청구인 등에게 부가가치세 및 종합소득세 결정한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(라) 청구인은 소득세법 제41조 및 같은법시행령 제98조 제4항의 규정을 준용하여 임차인으로부터 적정임대료 이상 임대료를 받았다고 주장하고 있으나, 동 법은 특수관계자간의 부당행위계산시 적용하는 것이어서 이 건에 적용되지 아니하는 사실이 확인된다.

(마) 청구인은 처분청의 결정처분이 있기 전에 임차인 부담으로 쟁점건축물을 철거하고 원상회복하기로 하면서 소유권이전가등기를 말소등기까지 경료하였으므로 당초 매매예약의 물권변동 효과는 소급적으로 소멸되어 쟁점건축물에 대한 양도는 없는 것으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 당초 작성된 부동산임대계약서의 특약사항에 “임차인은 쟁점건축물을 신축하여 사용하고 임대인에게 적정금액으로 지급키로 한다”고 약정한 후, 1998.12.16. 대구지방법원에서 청구인 등과 임차인은 화해조서를 작성하였으나, 임차인 관리팀장은 계약금과 중도금 등 금전거래는 없었다고 진술한 사실 등으로 보아 임대기간이 만료되면 청구인 등에게 쟁점건축물의 소유권을 이전등기하기로 한다는 계약일 뿐 유상이전을 조건으로 하고 있지 않다고 보아야 할 것이며, 청구인이 2007.3.23.『임대기간 만료시 쟁점건축물을 철거하고 원상복구 한다』는 조건으로 임차인과 약정한 것은 당초의 매매계약을 해제한다는 또 다른 형식적인 약정서로 보아야 할 것이고 더구나 동 약정서는 세무조사가 착수된 이후 작성된 것으로 이 건 판단에 영향을 미치지 아니한다고 하겠다(국심2006중1077, 2006.12.21. 같은 뜻).

따라서, 당초 부동산매매계약은 형식에 불과하며 실질은 쌍방이 임대차계약만료시 소유권을 무상으로 이전할 것을 예정하고 있었고 청구인 등은 쟁점건축물을 인수받을 의사가 있었던 것으로 보여짐에 따라, 처분청이 임차인이 부담한 쟁점건축물의 신축비용 901,000천원 중 1차 임대기간이 끝나는 2005.8.31.까지의 기간 경과분 429,000천원을 선급임대료로 보아 과세한 처분은 정당하다고 판단된다(국심2006서2825, 2006.11.24. 같은 뜻).

(5) 쟁점 ②에 대하여 본다.

(가) 임차인은 1998.9.1. 최재광과 월 3,000천원의 고문계약을 체결하고 공증하였으나, 1999.1.1. 월 1,000천원의 고문계약서를 1998.9.1.부터 소급하여 적용하고 매 2년마다 12%씩 인상하기로 하는 고문계약서를 재작성하여 고문료 84,518천원을 지급하였으며, 2002.10.부터 임차회사의 장부상 매월 2,500천원을 잡급계정으로 처리하는 방법으로 최재광에게 127,788천원을 비공식적으로 지급하였는 바, 처분청은 위 고문료와 잡급비를 임대료의 편법지급으로 보아 쟁점토지 소유자별 지분별로 안분계산하여 과세한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(나) 청구인은 실지로 임차인으로부터 수령한 고문료 및 잡급비가 사실상 고문료이며, 청구인은 고문계약 당사자도 아니고 고문료나 잡급비를 지급받은 사실이 없다고 주장하고 있으나, 청구인은 쟁점토지 위에 사업자등록이 되어 있고, 쟁점토지를 공동으로 임대하고 있으므로 처분청이 청구인을 실질적인 공동사업자로 보아 쟁점토지 소유자별 지분으로 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 정당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 12월 31일

주심 국세심판관 김 홍 기

배석 국세심판관 허 종 구

국세심판관 김 기 섭

국세심판관 김 두 형