가. 청구법인은 자동차부품OOO을 제조하는 외국인투자기업으로, OOOs(이하 “OOO”라 한다)가 청구법인의 지분 OOO를 인수함에 따라 OOO 외국인 투자기업으로 등록하였으며, OOO가 청구법인에게 OOO에 걸쳐 증자한 OOO원에 대해 기획재정부장관으로부터 조세감면 결정·통보를 받아 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제121조의4 및 제121조의2에 따라 조세감면을 적용하여 법인세를 신고 납부하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 OOO기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, OOO가청구법인에 각 증자한 OOO원(이하 “쟁점증자1금액”이라 한다), OOO원(이하 “쟁점증자2금액”이라 한다)을 조특법 시행령 제116조의2 제1항에 따른 조세감면의 기준에 해당하지 아니하는 것으로 보아 감면적용을 배제토록 하는 등의 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 OOO 청구법인에게 2010～2012사업연도 법인세 합계 OOO원(2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원, 2012사업연도분 OOO원)을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (쟁점①) 쟁점증자1금액은 기획재정부장관으로부터 조세감면의 기준을 충족한 것으로 결정·통보를 받은 것이다.

(가) 조특법상 인정되는 고도기술은 기획재정부장관이 「외국인투자촉진법」 제27조에 의한 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 국내에서 개발수준이 낮거나 개발이 되지 않은 고도기술에 한정하여 기획재정부 고시로 규정하고 있다. 이러한 고도기술을 수반하는 사업에 대한 외국인투자 및 증자에 대해서는 조특법 제121조의2 등에서 정한 바에따라 감면신청하여 결정·통보된 증자에 한하여 법인세 등을 감면한다.외국인투자기업에 대한 법인세 감면은당해 법인에서 발생한 모든 소득을 감면대상으로 하는 기업체별 감면방법 대신 소득원천을 구분하여 일정한 감면소득에 한하여 감면을 허용하는 소득원천별 감면방법을 채택하고 있으므로 감면사업을 위하여 신주 취득에 의하고 주무부처의 승인을 받은 외국인투자에서 발생한 소득만을 조세감면 대상으로 하는 것이며, 투자 및 증자금액의 사용처에 대해서는 세법에서 별도의 제한을 두지 않으므로 해당 증자대금을 기존 차입금의 상환에 사용되었다고 하여도 외국인투자 조세감면을 배제할 수는 없다.

(나) 이 건의 경우 고도기술로 승인한 기획재정부장관의 판단에 중대한 하자를 발견할 수 없으며, 쟁점증자1금액은 사후적으로 외국인투자조세감면 기준 충족 여부 및 감면세액 추징사유 판단 대상에 해당하지 않는다. 조특법에 따라 주무부처 장관이 조세감면 대상이라고 확인한 경우 국세청이 주무부장관의 조세면제확인을 부인할 수 있는지 여부에 대하여 조세특례제한법령은 조세면제의 확인 등에 관한 권한을 주무부장관에게 위탁하고 있으므로 신고절차나 주무부처의 판단에 중대한 하자가 없는 한 해당 주무부장관이 결정ㆍ처리한 조세면제 확인을 과세관청이 취소 또는 무효로 할 수는 없는 것이라고 해석하고 있다(국심 2005부1339, 2006.3.17. OOO).

청구법인은 쟁점증자1금액과 관련하여 조특법 제121조의2 제6항에 따라 주무부처인 기획재정부장관에게감면신청을 하였고, 이에 기획재정부장관은조세감면 결정·통보를 한 것이며, 동 결정·통보서의 조세감면 결정내용 중 감면근거 및 감면사유에서도 청구법인이 증자를 받아 투자하려는 사업인 “OOO 사업은 조특법 시행령 제116조의2에 따른 조세감면의 기준을 충족”한 것으로 명시적으로 기재하여 기획재정부장관이 청구법인에 통보하였다. 기획재정부장관으로부터 청구법인의 “OOO”을 고도기술로 승인하여 해당 기술이 외국에서 국내로 도입된 날부터 3년이 경과되지 아니한 기술이거나 3년이 경과한 기술이지만 이미 도입된 기술보다 경제적 효과 또는 기술적 성능이 뛰어난 기술임을 인정받은 것이므로, 처분청에서 청구법인의 쟁점증자1금액 관련 기술이 최초 도입일로부터 3년이 경과한 기술이라는 것은 타당하지 않다.

(2) (쟁점②)쟁점증자2금액은 기획재정부장관으로부터 조세감면의 기준을 충족한 것으로 결정 통보를 받았을 뿐만 아니라 고도기술사업과 관련된 것이다.

(가) 기획재정부장관은 OOO에 대해 고도기술 사업 관련 외국인투자 조세감면을 결정·통보하였다. 조특법상 인정되는 고도기술은 기획재정부장관이 13개 각 부처 장차관들로 구성된 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 연 1회 이상 정하도록 기획재정부 고시(외국인투자에 대한 조세감면규정)로 규정하고 있다. 또한, 감면신청법인의 해당 기술이 『외국인투자에 대한 조세감면 규정』 별표 1의 고도기술 해당 여부는 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 승인되고, 외국인투자기업의 증자시 조세감면요건인 국외도입기술 여부, 3년 경과기술 및 경제적 효과 또는 기술적 성능이 뛰어난 기술 해당 여부 등은 조세감면 대상인지를 결정하는 기획재정부장관이 단독으로 처리하는 것이 아니라, 기술소관 관계부처에 기술검토를 의뢰하고 관계 부처는 관련기술 분야 민간전문가 등의 자문을 받아 외국인투자 조세감면 여부가 결정되는 것이며, 최종 조세감면 결정은 관계 주무부처장관과 협의하여 각 부처의 의견이 조세감면 의견으로 동일한 경우에 한하여 기획재정부장관이 조세감면 결정·통보를 하는 것이다.

조특법 제121조의5에 따른 외국인투자에 대한 감면세액의 추징 규정에서 조세감면기준에 미달하게 되는 등 법 소정의 사유에 해당하게 되는 경우에만 감면된 세액을 추징하도록 규정하고 있으며, 처분청은 동 규정에 따라 외국인투자 조세감면의 사후관리 절차를 따라야 한다. 그러나 청구법인의 경우 조특법 제121조의5에서 규정한 감면세액 추징사유 어디에도 해당하지 않아 추징사유가 전혀 존재하지 않으므로 처분청의 감면배제처분은 타당하지 않고 상급기관인 기획재정부장관이 승인한 조세감면 결정 그 자체를 부인하는 행위에 해당할 뿐만 아니라 조세심판원 선결정례에서도 “주무부장관이 조세면제대상(고도기술 수반사업)이라고 확인한 경우 신고절차나 주무부처의 판단에 중대한 하자가 없는 한 해당 주무부장관이 결정한 조세면제 확인을 취소할 수 없다”고 결정한 바, 처분청은 기획재정부장관의 판단에 대한 어떠한 입증을 하지 못하므로 처분청의 외국인투자 조세감면 배제 처분은 취소되어야 한다.

더욱이, 청구법인은 기존 OOO 생산라인을 기본으로 하여 OOO이 적용된 제품 생산을 위하여 OOO에 다음 <표1>과 같이 쟁점증자2금액 관련 고도기술에 사용하기 위한 기계장치 등을 신규로 투자한 바, 처분청의 주장은 사실관계를 잘못 이해한데서 비롯된 것이다.

<표1> OOO 관련 투자액

(나) OOO은 해외에서 최초 개발되어 청구법인의 국내 제조사업 영위를 위해 도입된 고도기술이다. OOO는 OOO로부터 OOO을 줄여달라는 요청을 받아 이를 해결하기 위해 OOO에 착수하여, 연구 개발을 담당하는 OOO 소재 OOO의 총괄을 맡고, OOO이 연구 및 개발에 참여하였다. 청구법인은 OOO을 개발해 줄 것을 OOO에 요청하였으며, OOO의 주도하에OOO 당시 개발 완료된 기술을 기반으로 하여 청구법인이도입할 기술 개발에 착수하여 OOO 개발을 완료하였다.청구법인은 양산개발과정을 거쳐 OOO에 각각 OOO모델 공급물량에 OOO을 최초로 적용하였다. 이후OOO의 기술지원을 받아 OOO 각 국가에 소재한 관계사에서도OOO을 적용한 OOO를 생산하고 있다.

OOO은 기존 해외관계사가 OOO를 통해 개발한 핵심 기술을 기반으로 하여 청구법인 고객의 차종에 맞는 OOO 양산에 필요한 부분을 개선한 기술이라고 할 수 있으며, 이는OOO 내용이 거의 유사하다는 사실로도 확인이 가능하다.OOO로 하여 OOO에 특허 출원이 완료되어 OOO 특허 공개되었는바, 특허 소유권자가 청구법인이라는 처분청 의견은 사실관계를 잘못 파악한 것이다.

또한, 처분청은 특허출원시 개발자로 등재되어 있는 OOO의 인건비를 청구법인이 지급하였으므로OOO을 청구법인이 독자적으로 개발한 기술이라고 단정하였다. 특허문헌상 주개발자와 보조개발자는 OOO에서 근로계약을 체결하고 청구법인으로 파견되어 온 개발자로서 청구법인이 연구개발을 목적으로 직접 고용한 인원이 아니며, 해당 인력의 업무는 OOO의 지시를 받고 수행하되, 다만, 생산기술이 실제 적용될 청구법인에 외국인기술자를 파견하여 근무하게 한 것에 불과하다.

따라서, OOO은 해외 특수관계법인에서 OOO를 통해 개발한 핵심기술인 OOO을 청구법인이 사용할 수 있도록 청구법인이 국내로 도입하여 추가적으로 개발 및 응용한 기술로서 외국인투자 조세감면 대상 고도기술에 해당된다.

(다)OOO은 해외에서 OOO 개발되어 국내 제조업을 위해 도입된 기술이다. OOO 도입 필요성은 OOO부터 시행된 OOO의 시행에기인한 것이다. OOO와 그 부대장치에 대한 부분만을특정하여 가스배출량을 일정 기준치(0.35g & 0.054g) 이하로 규제하는 것이었으므로 OOO 제조사들은 이를 충족할 수 있는 새로운 기술도입이 반드시 필요하였다.청구법인은 OOO 대응하기 위해OOO부터 실제 양산에적용한 기술이 OOO이다. 청구법인은 OOO에야 비로소 OOO로부터 해당 프로젝트를 수주받아 OOO부터 약 2년간의 개발과정을 통해OOO이 최초로 적용된 OOO에 출시하였으며, OOO 도입과정에서OOO 증자대금은 개발비, 고정자산 및 운전자본 등의 용도로 사용되었다. 또한, 청구법인이 OOO로부터 수주를 받아 OOO의 국산화 및 양산화 개발과정을 거쳐 OOO에 동 기술이 적용된 OOO을 출시하여 큰 경제적 효과를 거둔 바, 기술적 성능이 뛰어난 기술임을 입증하였으므로 감면대상인 고도기술이 분명하므로 감면배제 처분은 부당하다.

(라)OOO의 선택사양 기술 여부는 외국인투자 조세감면대상 여부 판단에 고려요소에 해당하지 않는다. 처분청은 ‘OOO은 선택사양 기술이므로 감면대상 고도기술에 해당되지 않으며, 쟁점증자2금액은 고도기술 수반사업이 아닌 기존제품 생산수량 증가를 위한 증설투자를 한 것에 불과하다고 판단하였으나, OOO 수출을 위한 필수적인 기술로 조특법 시행령 제116조의2에서 규정하고 있는 고도기술에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 고도기술 수반사업을 위한 신기술 도입을 가장하여 기획재정부장관으로부터 조세감면 결정·통보를 받고 쟁점증자1금액을 최초기술 도입일OOO로부터 3년이 지난 기존 감면대상 사업 운영목적으로 OOO 부채를 변제하였으므로 감면을 배제한 처분은 정당하다. 청구법인의 2004사업연도 말 현재 OOO에 대한 부채는OOO원이며, 신기술 도입에 따른 생산라인 증설이 없다. 또한 2004년 중 조세감면 결정·통보받은 사실이 없는 등 일상적인 운영자금 변제에 해당되고 이는 최초로 기술이 도입된 날로부터 3년이 경과한 기존 감면대상 사업에 사용된 것에 해당되며, 기획재정부장관의 조세감면 결정·통보서에 명시된 바와 같이 조특법 시행령 제116조의2 제2항 제2호에 의한 조세감면의 기준 등(도입한 날로부터 3년이 경과한 기술)에 위배되므로 이를 바로 잡기 위한 감면배제 처분은 정당하다.

(2) 경제적 효과가 미미한 기술을 고도기술 수반사업으로 가장한 쟁점증자2금액을 감면배제한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 OOO원에 달하는 증자대금을OOO 개발비, 고정자산 및 운전자본 등의 용도로 사용되었다는 주장만 할 뿐이고, 자산 취득내역 등을 보면, 개발비, 고정자산 취득 등 청구법인 주장과 관련하여 사용된 내역을 확인할 수 없는바, OOO과 차종확대 투자(OOO원)에 OOO원의 증자대금이 사용됨으로서 기존의 감면대상 사업 생산라인 증설에 사용된 것이므로 조특법 시행령 제116조의2 규정의 조세감면의 기준[도입된 날OOO로부터 3년이 경과한 기술]에 위배된다.

(나) 기획재정부장관에게 고도기술 수반사업 감면 승인 신청시 첨부된 자료를 보면, 특허 문헌상 소유자는 OOO이며, 주개발자는 OOO이다. 이들의 근무이력을 보면OOO까지 청구법인의 연구책임자로 국내 근무하였고, OOO까지 청구법인의 연구실에 근무한 사실이 확인된다. 이는 특허권 취득시점인 OOO 현재 근무 중인 청구법인의 사용인 직무발명에 해당되고 그 소유권은 청구법인에 있음에도 OOO가 편법 취득하여 해외 관계사가 동 기술을 사용할 경우 로열티를 청구할 권리를 상실한 부당한 행위이다.

(다) OOO은 감면대상 고도기술에 해당하지 아니한다.OOO부터 시행된 OOO 만족하는 OOO내 OOO에 납품하였다. 동일차종에 장착되는 OOO의 경우 OOO이 적용된 OOO과동 기술이 적용되지 않는 OOO이 있으며, OOO시장에서 OOO이 인기를 끌자 수요를 충족하기 위하여 일부 물량을 국내에서 생산하여 OOO으로 수출 전환하면서 OOO법인이 생산한 OOO를 수입하여 납품한 사실이 있고, 이 사실로 하여 감면세액이 추징된 사실이 있다. 이는 OOO이 적용된 제품과 적용되지 않은 OOO가 공존하고 있음을 입증하고 있다.

청구법인 및 OOO 특허취득 및 연구 흔적을 살펴보면, OOO는 OOO를 취득하였고, OOO법인은 OOO에 동 기술을 적용한 제품을 납품하고 있었으며, 청구법인은 OOO 연구자산을 취득하는 등 관련기술이 도입된 지 3년이 지난 기술임을 알 수 있으며, OOO 구현을 위한 별도의 투자이력을확인할 수 없다. 이러한 기술은 고객사(완성차 제조사)의 요구가 있으면, 금형 또는 일부 공정개선을 통해 기술구현이 이루어지는 것으로 소득창출효과 역시 미미할 뿐만 아니라, 고객사 요구에 의해 적용 및 미적용이 이루어지는 기술, 즉, 고객사 선택사양 기술이며, 청구법인의 의견서를 보면, OOO 처음 OOO로부터 수주를 받은 사실을 인정하고 있다. 즉, OOO 기술도입은 이루어졌으나, 실제 제품에 적용한 것은 고객사 수주 이후에 이루어진 사실이 입증된다. 이러한 선택사양기술은 조특법 시행령 제116조의2 제2항 제1호 및 제2호에 위반되므로 감면배제 대상에 해당된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점증자1금액을 기술도입일부터 3년이 지난 감면대상사업 운영을 위해 모기업 차입금 상환용도로 사용한 것으로 보아 감면적용을 배제한 처분의 당부

(2) 쟁점증자2금액을 기술도입일로부터 3년이 지난 감면대상사업에 사용한 것으로 보아 감면적용을 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)조세특례제한법

제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의어느 하나에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자( 「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

2. 「외국인투자촉진법」 제18조 제1항 제2호에 따른 외국인투자지역에입주하는 외국인투자기업이 영위하는 사업 및 제2호의2, 제121조의8 제1항 또는 제121조의9 제1항 제1호의 사업 중 외국인투자기업이영위하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의ㆍ의결을 거치는 사업

② 「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제2호의4 내지 제2호의7 및 제3호의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 대하여는 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

⑥외국투자가 또는 외국인투자기업이제2항내지 제5항 및 제12항의규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다.다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용된다.

⑧ 기획재정부장관은 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항의 규정에 의한 사전확인신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다.다만, 제4항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 취득세ㆍ등록세 및 재산세의 감면에 대하여는 당해 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.

제121조의4(증자의 조세감면) ① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다. 다만, 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대하여는 제121조의2 제8항의 규정에 의한 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.

제121조의5(외국인투자에 대한 감면세액의 추징 등) ① 제121조의2 제2항 및 제12항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받은 외국인투자기업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

1. 「외국인투자 촉진법」에 따라 등록이 말소된 경우

2. 제121조의2 제1항 각 호 외의 부분에 따른 조세감면기준에 해당하지 아니하게 된 경우

3. 신고한 내용을 이행하지 아니하여 「외국인투자촉진법」 제28조 제5항에 따른 시정명령을 받은 자가 이를 이행하지 아니한 경우

4. 외국투자가가 이 법에 따라 소유하는 주식등을 대한민국 국민 또는 대한민국 법인에 양도하는 경우

5. 해당 외국인투자기업이 폐업하는 경우

6. 제121조의2 제1항 제1호 외의 사업을 하는 외국인투자기업이 외국인투자신고 후 5년(고용 관련 조세감면기준은 3년)이내에 출자목적물의 납입 및 「외국인투자 촉진법」 제2조 제1항 제4호 나목에 따른 장기차관의 도입 또는 고용인원이 제121조의2 제1항에 따른 조세감면기준에 미달하는 경우

(2) 조세특례제한법 시행령

제116조의2(조세감면의 기준 등) ① 법 제121조의2 제1항 제1호의규정에 의하여 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 감면하는외국인투자는 기획재정부장관이 연 1회 이상 「외국인투자촉진법」 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(한국표준산업분류상의 제조업 외의 사업의 경우에는 사업장을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 설치 또는 운영하는 경우로 한다.

1. 산업지원서비스업 : 부가가치가 높고 제조업지원 등 다른 산업의 발전을 지원하는 효과가 큰 서비스업으로서 국내산업의 국제경쟁력강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업

2. 고도의 기술을 수반하는 사업 : 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업으로서 국내산업의 국제경쟁력 강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업

② 제1항의 규정에 의한 사업(제1항 제1호에 해당하는 사업으로서 한국표준산업분류상의 연구 및 개발업에 해당하는 경우를 제외한다)은 다음 각 호의 기술을 수반하는 사업이어야 한다.

1. 국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술

2. 국내에 최초로 도입된 날(「외국인투자촉진법」에 의하여 당해 기술을 수반하는 외국인투자의 신고 또는 기술도입계약의 신고를 한 날을 말한다)부터 3년이 경과되지 아니한 기술이거나 3년이 경과한 기술로서 이미 도입된 기술보다 경제적 효과 또는 기술적 성능이 뛰어난 기술

3. 당해 기술이 소요되는 공정이 주로 국내에서 이루어지는 기술

제116조의3(법인세 등의 감면결정) ① 기획재정부장관은 법 제121조의2 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용의 변경신청이 있는 때에는 당해 신청이 제116조의2의 규정에 의한 조세감면기준에 해당되는지의 여부 등을 검토하여 20일 이내에 감면여부 또는 감면내용의 변경여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다.

② 제1항에 불구하고 기획재정부장관이 법 제121조의2 제1항 제1호의 사업에 대하여 법 제121조의2 제6항에 따른 신청을 받아 비감면대상사업으로 결정하려는 때에는 해당 신청일부터 20일 이내에 기획재정부령이 정하는 바에 따라 결정예고통지를 하여야 한다.

③ 제2항에 따른 결정예고통지를 받은 자는 기획재정부장관에게 그통지를 받은 날부터 20일 이내에 통지내용에 대한 적정성 여부에 대한심사를 소명자료를 첨부하여 서면으로 요청할 수 있다.

④ 기획재정부장관은 제3항에 따른 요청을 받은 날부터 20일 이내에 감면여부 또는 감면내용의 변경여부를 결정하고 그 결과를 신청인에게 통지하여야 한다.

⑤ 기획재정부장관은 제1항ㆍ제2항 또는 제4항의 규정에 의하여 감면여부 또는 감면내용의 변경여부를 결정하는 경우 부득이하게 장기간이 소요된다고 인정되는 때에는 20일의 범위내에서 그 처리기간을 연장할 수 있다. 이 경우에는 그 사유 및 처리기간을 신청인에게 통지하여야 한다.

⑥ 기획재정부장관은 제1항 또는 제4항의 규정에 의하여 조세감면 또는 조세감면내용의 변경을 결정한 때에는 그 사실을 국세청장ㆍ관세청장 및 당해 공장시설을 관할하는 지방자치단체의 장에게 통보하여야 한다.

⑦ 제1항 내지 제6항의 규정은 법 제121조의 2 제7항의 규정에 의한 조세감면대상 해당여부의 사전확인신청에 관하여 이를 준용한다.

(3) 외국인투자촉진법

제27조(외국인투자위원회) ① 다음 각 호의 사항을 심의하기 위하여산업통상자원부에 외국인투자위원회를 둔다.

1. 외국인투자에 관한 기본정책과 제도에 관한 중요 사항

2. 외국인투자환경의 개선에 관한 소관 부처별 대책의 종합 및 조정에 관한 사항

3. 외국인투자기업에 대한 조세감면의 기준에 관한 사항

② 외국인투자위원회는 산업통상자원부장관이 위원장이 되고, 다음 각 호의 위원으로 구성한다.

1. 기획재정부차관, 교육부차관, 미래창조과학부차관, 외교부차관, 행정자치부차관, 문화체육관광부차관, 농림축산식품부차관, 환경부차관,고용노동부차관, 국토교통부차관, 해양수산부차관, 금융위원회 부위원장

2. 외국인투자위원회의 회의에 부치는 안건과 관련된 중앙행정기관의 차관·부위원장 또는 차장, 서울특별시 부시장, 시·도지사(서울특별시장은 제외한다) 또는 대한무역투자진흥공사의 장

③ 외국인투자위원회에서 심의할 안건을 검토·조정하고 대통령령으로정하는 바에 따라 외국인투자위원회가 위임한 안건을 심의하기 위하여외국인투자실무위원회(이하 “실무위원회”라 한다)를 둔다.

④ 산업통상자원부장관은 제1항 제2호에 따른 외국인투자환경의 개선에관한 추진현황을 외국인투자위원회에 보고하여야 한다.

⑤ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 외국인투자위원회와 실무위원회의 구성 및 운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO에 소재하면서 자동차 부품인 OOO제조업을 영위하는 법인으로, OOO으로 설립된 후 OOO가 지분 OOO를 양수하여 외국인투자기업으로 등록되었으며, 다음 <표2>와 같이 주식 인수 이후 5회의 유상증자를 실시하여, 조특법 제121조의2 및 제121조의4에 따라 기획재정부장관으로부터 고도기술 사업에 대한 외국인투자 조세감면 결정·통보를 받았다.

<표2> 청구법인 증자 및 감면승인 내역

청구법인의 OOO 생산 연혁을 보면,OOO(강화된 OOO 규제만족을 위해 OOO지역에 수출되는 OOO 후속모델에 적용)과 OOO기술(OOO지역 수출차량 중OOO 후속모델 적용 예정)을 적용한 제품을 생산하고 있다.

청구법인은 OOO 쟁점증자1금액과 관련하여 기획재정부장관으로부터OOO의 고도기술 사업에 대한 외국인투자 조세감면을결정·통보받았으며, OOO 쟁점증자1금액으로 2004년 운영자금 사용목적으로 OOO로부터 차입한 차입금 OOO원을 전액 상환하였다. 또한, OOO로부터 쟁점증자2금액과 관련하여 OOO에 대해 기획재정부장관으로부터 외국인투자 조세감면 대상인 고도기술로 결정·통보를 받았으며 조특법 제121조의2 및 제121조의4에 따른 외국인투자 조세감면을 적용하여 법인세를 신고·납부하였다.

(2) 조사청은 OOO 기간 동안 청구법인에 대한 법인세제 통합 세무조사를 실시하여, 2010∼2012사업연도 청구법인의 쟁점증자1금액, 쟁점증자2금액을 외국인투자 감면배제금액으로 보고 그 밖의 소득금액 OOO원을 적출하여 익금산입(손금불산입)하는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 OOO 법인세 합계 OOO원(2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원, 2012사업연도분 OOO원)을 경정·고지하였다. 한편, 처분청은 위 경정·고지세액 중 쟁점증자1금액, 쟁점증자2금액 관련 조특법 시행령 제116조의2 제2항의 조세감면 기준을 충족하지 아니한 것으로 보아 법인세 OOO원(2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원, 2012사업연도분 OOO원)을 외국인투자 감면세액에서 배제하였다.

(3) 청구법인이 제시한 증빙자료는 다음과 같다.

(가)재정경제부장관OOO이 쟁점증자1금액 관련 OOO 청구법인에게 보낸 조세감면 결정통보 공문서 주요 내용은 다음과 같다.

(나)기획재정부장관OOO이 쟁점증자2금액 관련OOO 청구법인에게 보낸 조세감면 결정·통보 공문서 주요 내용은 다음과 같다.

(4) 기획재정부장관이 2008.8.13. 고시한 고시 제2008-10호 『외국인투자에 대한 조세감면규정』의 ‘〔별표 1〕 외국인투자에 대한 조세감면 및 기술도입대가에 대한 조세감면 대상 고도기술수반사업 및 산업지원서비스업’의 제1편 고도기술수반산업에 자동차 부품 중 ‘연료탱크(프라스틱제에 한함) 및 연료시스템’이 포함되어 있다.

(5) 기획재정부장관OOO의 최근 유권해석OOO을 보면, 조특법 제121조의2 제1항 제1호의 감면대상사업과 관련하여 수반하는 기술이 조특법 시행령 제116조의2 제2항 각 호에 해당하는지 여부는 조세감면결정시에 판단하는 것이며, 조세감면결정 이후에 감면결정의 효력 유무를 판단하기 위해 해당 기술이 여전히 조특법 시행령 제116조의2 제2항 각 호에 해당하는지를 다시 판단하여야 하는 것은 아니라고 하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은쟁점증자1금액의 경우 최초 기술도입일OOO로부터 3년이 지난 OOO 증자가 이루어져 OOO의 차입금을 상환한 점과 쟁점증자2금액의 경우 기존 제품 생산라인에 투자하여 기술 도입일로부터 3년이 경과한 기술을 수반하는 사업에 사용하였고, OOO은 국외에서 도입된 기술로 보기 어려우며, OOO은 감면대상 고도기술로 보기 어려운 점 등을 들어 이 건에 대해 고도기술 조세감면 요건을 충족하지 않았다는 의견이나,

청구법인은 쟁점증자1금액 및 쟁점증자2금액에 대해 기획재정부장관에게 조특법 제121조의2 제6항에 따라 외국인투자 또는 기술도입 대가에 대한 조세감면을 신청하였고, 이에 대해 기획재정부장관은 주무부장관과의 협의를 거쳐 청구법인의 투자(증자) 대상사업이 조특법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의한 고도의 기술을 수반하는 사업에 해당할 뿐만 아니라 쟁점증자1금액과 관련하여 자동차 OOO, 쟁점증자2금액과 관련하여 OOO이 조세감면 대상에 해당하며, 같은 법 시행령 제116조의2의 규정에 의한 ‘조세감면의 기준’을 충족하는 것으로 하여 청구법인에게 조세감면 결정·통보를 한 것으로 나타난다.

또한, 조세감면 대상 외국인투자란 외국인투자금을 직접 공장시설을 설치·운영하는데 사용하는 경우 뿐만 아니라 공장시설의 설치·운영에 소요된 차입금의 상환 등에 사용된다고 하여 이를 달리 볼 것이 아니라고 할 것인바, 쟁점증자1금액을 청구법인의 공장시설 설치·운영과 관련한 OOO의 차입금 상환에 사용한 것을 이유로청구법인에 대한 이 건 조세감면을 배제할 수 있다고 보기는 어렵다하겠다(쟁점증자2금액은 처분청도 감면사업에 사용한 것으로 인정함).

OOO 연구소에서 2OOO 하여 OOO내부의 유체 유동에 의한 충격 소음 및 출렁임에 따른 소음을 감소시키기 위하여 개발한 핵심기술을 기반으로 청구법인이 OOO 개발·적용하여 자동차 OOO를 생산한 것으로서 청구법인이 독자적으로 개발한 기술로 보기 어렵고, OOO은 청구법인이 OOO 시행에 따라 배기가스 배출량을 기준치 이하로 제한하기 위하여 OOO에 적용된 것으로 보이며, 기획재정부장관이 위 두 기술을 조세감면 결정·통보 대상기술로 인정한 점 등에 비추어 국내 최초 도입일로부터 3년 이내의 기술 또는 3년이 경과한 기술로서 이미 도입된 기술보다 경제적 효과 또는 기술적 성능이 뛰어난 기술에 해당하는 것으로 보인다.

그리고, 기획재정부 고시 제2008-10호의 ‘외국인투자에 대한 조세감면규정’ 〔별표1〕의 외국인투자에 대한 조세감면 및 기술도입에 대한조세감면 대상 고도기술수반사업에 자동차 부품 중 ‘OOO’이 포함되어 있어, 이 건 OOO를 생산하는데 사용된 쟁점증자1금액과 쟁점증자2금액은 조세감면 대상 고도기술을 수반하는 사업에 투자하기 위한 것으로 보이며, 청구법인의 감면신청절차 또는 기획재정부장관의 조세감면 대상에 대한판단에 중대한 하자가 있다고 보이지도 않으므로 쟁점증자1금액과쟁점증자2금액은 조특법 시행령 제116조의2 제1항에 따른 조세감면대상 외국인투자에 해당하는 것으로 보인다.

따라서, 처분청이 쟁점증자1금액 및 쟁점증자2금액에 대하여조세감면 기준을 충족하지 않은 것으로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.