OO지방국세청장은 기업구조조정과 관련하여 조세감면을 받은 청구법인에 대한 사후관리를 하면서 토지양도 등에 대한 계산서제출여부를 검토한바 청구법인이 매출처별계산서합계표를 일부 미제출한 것으로 확인하고 그 사실을 처분청에 통보하였다.

처분청은 OO지방국세청장으로부터 통보받은 자료에 의하여 미제출한 매출처별계산서합계표 금액 24,034,198,842원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 100분의 1의 가산세를 적용하여 2001.7.3. 청구법인에게 1999사업연도 법인세 240,341,988원을 결정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2001.8.30. 이의신청을 거쳐 2002.2.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 기업구조조정과 관련하여 매각한 부동산에 대한 매출처별계산서합계표를 거래처가 사업자인 경우 사업자등록번호 기재분으로 34,350,883,384원, 사업자가 아닌 경우 주민등록번호 기재분으로 13,476,301,839원 합계 47,827,185,223원을 제출하였음에도 처분청은 전산입력시 일부자료를 입력누락하고 출력된 국세청전산자료를 기준으로 쟁점금액이 미제출된 것으로 보아 가산세 240,341,988원을 과세하였으나, 청구법인이 보관하고 있는 매출처별계산서합계표를 보면 처분청이 입력을 누락한 사실이 나타나 있고, 처분청이 청구법인이 제출한 매출처별계산서합계표를 보관하고 있지 아니하여 국세청전산자료를 신뢰할 수 없으므로 청구법인이 제출누락한 4,349,170,754원을 제외한 나머지 금액(18,006,191,839원)에 대한 가산세를 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 처분청에 제출한 매출처별계산서합계표는 그 원본을 찾지는 못하였으나 제출된 매출처별합계표는 편철(관리번호 10권 002페이지)되어 그 내용이 국세청 통합전산망에 정상적으로 입력되었으며, 전산입력절차는 매출처별계산서합계표 양식 중단의 합계란(사업자등록번호란과 주민등록발행분란의 매출처수, 매수, 금액)을 입력하고, 하단에 거래상대방이 사업자인 사업자등록번호기재분을 입력하는바 하단의 거래상대방수가 중단의 사업자등록번호발행분 합계란의 매출처수와 검증이 되므로 매출처수가 누락될 수 없고, 주민등록번호 기재분은 거래처별로 입력을 하지 아니하고 중단 합계란의 주민등록번호발행분합계를 입력하고 있으므로 일부 매출처수가 누락될 수가 없다.

또한, 청구법인은 OO지방국세청에서 계산서 제출실태를 점검할 때 계산서합계표 제출상황을 소명하면서 2001.5.19. 제출(OO 제20010510호, 2001.5.10)한 매출처별계산서합계표 사본과 2001.8.30. 이의신청시 제출한 매출처별계산서합계표 내용이 서로 상이하여 청구법인의 제출자료를 신뢰할 수 없다.

따라서, 청구법인이 제출하지 아니한 쟁점금액에 대하여 가산세를 부과한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점금액에 대한 매출처별계산서합계표를 제출하였는 지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정된 것)

제76조 【가산세】

⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다.

1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

2. 제121조 제3항의 규정에 의하여 매출 매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

제121조 【계산서의 작성·교부 등】

① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 계산서등 이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

③ 법인은 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출 매입처별합계표(이하 매출·매입처별계산서합계표 라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(2) 법인세법시행령(1998.12.31.대통령령 제15970호로 개정된 것)

제164조 【계산서의 작성·교부 등】

③ 법 제121조 제3항에서 대통령령이 정하는 기한 이라 함은 매년 1월 31일을 말한다.

④ 법인은 재정경제부령이 정하는 매출·매입처별계산서합계표를 제3항에 규정한 기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OO지방국세청이 재무구조개선을 위하여 청구법인이 매각한 부동산(토지)에 대한 계산서합계표제출여부를 점검한 결과, 청구법인이 1999년도에 매각한 토지중 26,137,350,721원에 대한 계산서합계표가 미제출되었음을 확인하고 이를 처분청에 통보하자 처분청은 청구법인에게 26,137,350,721원에 대한 미제출가산세(261,373,507원)를 부과한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다.

또한, 청구법인이 2001.8.30. 이의신청을 제기하자 이의신청을 받은 OO지방국세청이 미제출금액 26,137,350,721원중 청구외 OO산업에게 매각한 부동산대금 2,403,151,879원에 대한 계산서합계표를 청구법인의 지점법인이 제출한 것으로 확인하고 2,403,151,879원에 대한 가산세를 감액결정(일부인용)하고 나머지 부분은 기각한 사실이 확인된다.

(2) 청구법인은 1999년도 토지매각에 대한 매출처별계산서합계표를 사업자등록번호 기재분으로 34,350,883,384원, 사업자가 아닌 경우 주민등록번호 기재분으로 13,476,301,839원 합계 47,827,185,223원을 제출하였음에도 처분청이 사업자등록번호 기재분을 18,006,000,000원 입력누락하고 주민등록번호 기재분은 13,476,302,839원을 13,476,110,000원으로 착오입력 하였으므로 청구법인이 제출 누락사실을 인정한 4,349,170,754원을 제외한 나머지 18,006,191,839원에 대한 가산세는 취소하여야 한다고 주장하고 있다.

<청구법인이 제출하였다는 금액과 처분청의 입력내용 >

(3) 처분청은 청구법인이 제출한 매출처별계산서합계표 원본을 제시하지는 못하고 있으나 국세청전산망에 입력된 자료를 제시하고 있으며 그 금액은 거래처의 사업자등록번호가 기재된 것은 23개처, 16,344,883,384원, 거래처의 주민등록번호가 기재된 것은 1개처, 13,476,110,000원인 것으로 나타나 있다.

(4) 따라서 청구법인이 제출한 매출처별계산서합계표가 처분청에 접수되어 국세청 전산망에 입력되어 있으나 입력된 금액에 대하여 청구법인은 처분청이 일부자료를 입력누락 하였다고 주장하는 반면, 처분청은 전산입력절차상 입력누락은 있을 수 없으므로 청구법인이 일부자료를 미제출하였다는 주장인바 이에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 주민등록번호 기재분에 대하여 보면, 국세청 전산망에 입력된 것은 1거래처에 13,476,110,000원 이고, 청구법인이 제출한 자료를 보면 29거래처에 13,476,301,839원인바, 국세청 전산자료는 주민등록번호 기재분은 매 거래처별로 입력하지 않고 합계치를 입력한 것이고 청구법인이 제출한 자료와 상호 대사는 되지 아니하나 청구법인이 2001.5.19. OO지방국세청에 계산서제출사실을 소명하면서 제출한 매출처별계산서합계표는 일련번호 24～51까지의 28개 거래처에 대한 제출금액 합계가 13,476,110,000원으로 처분청이 입력한 금액과 일치하고 있어 이건 불복청구시 제출한 매출처별계산서합계표와 대사를 한 결과 일련번호 41～42까지 2명(OOO), 금액 1,462,500,000원(731,250,000원, 731,250,000원)을 빼고 일련번호 41～43까지 3명 (OOO0) 금액 1,462,691,966원(116,820,146원, 75,387,410원, 1,270484,410원)을 추가하여 변경제출된 사실이 나타나고 있어 처분청이 주민등록기재분을 착오로 입력하였다는 청구법인의 주장은 설득력이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 사업자등록번호 기재분에 대하여 보면, 국세청 전산자료는 일련번호 1～23까지 16,344,883,384원이 입력되어 있고, 청구법인이 제출한 자료는 1～23까지 16,344,883,384원이고 53～58까지 18,006,000,000원으로 되어 있어 청구법인이 제출한 자료중 53～58까지 18,006,000,000원이 국세청 전산자료에 입력되지 않았음을 알 수 있고 이 금액을 처분청이 입력을 누락하였는지 청구법인이 제출을 누락하였는지가 관건인바, 매출처별계산서합계표 입력순서는 매출처별계산서합계표(갑)양식의 중간에 있는 합계란의 매출처수, 건수, 금액을 먼저 입력한후 하단에 있는 사업자등록번호 기재분에 대하여 거래처별로 입력하는데 중간 합계란의 매출처수와 하단의 거래처수(일련번호)가 일치하지 않을 경우 오류자료로 출력되도록 검증되고 있어 입력과정에서 일부자료(매출처수)가 누락될 수는 없다는 처분청의 의견과 주민등록번호 기재분에 대한 변경제출사실 등을 고려해 볼 때 이 부분도 청구법인이 청구법인의 결정고지를 받은 후 주민등록번호기재분 다음에 추가하여 불복청구시 제출한 것으로 인정된다.

(5) 따라서, 청구법인이 1999년도에 매각한 토지중 24,034,198,842원에 대한 매출처별계산서합계표를 제출하지 않은 것으로 보아 가산세를 부과한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.