가. 청구인은 1997.11.8. OOOOO OOO OOO OOOOOOO에서 건축설계·감리 서비스업으로 사업자등록을 신청한 법인사업자로서, 2002.11.15. 재단법인 OOOOO(OO OOOOOOOOO OO)과 체결한 종합병원 설계용역계약(가액 : 12억2,100만원, 이하 “1차설계”라 한다)이 OOOOO의 사정으로 중단되었고, 2005.7.20. 종합병원을 노인전문병원으로 변경한 설계용역계약(2차설계, 10억2,600만원)을 구두로 체결하였으나 또다시 중단되었으며, 청구인은 2002.2기 및 2005.2기 과세기간 중 공급가액 2억7,810만원 및 1억3,000만원 합계 4억810만원의 세금계산서를 OOOOO에 발행·교부하였다.

그 후 청구인은 OOOOO을 상대로 OOOOOO에 1차설계 및 2차설계 용역에 대한 미지급금 13억640만원의 청구를 위한 소송을 제기하였고, 2007.2.12. 동 법원의 강제조정에 따라 8억5,000만원(이하 “법원조정액”이라 한다)을 지급받는 것으로 결정이 되었다.

나. 처분청은 OOOOOOO의 법원조정액에 대한 매출신고과소 혐의자료 통보에 따라 법원조정액을 신고누락한 것으로 보아 부가가치세 과세표준(772,727,000원) 결정 및 추계결정한 법인소득금액(518,325,496원)을 익금에 산입하고 대표자에게 상여처분하여2008.9.16. 청구인에게 2007.1기 부가가치세 102,092,690원 및 2007사업연도 법인세 158,288,040원을 결정고지하고, 소득금액변동통지(2007년 귀속 518,325,496원)를하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.11.25. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2002.11.15. OOOOO과 종합병원에 대한 설계용역계약을 9억2,700만원에 체결하고 계약금 2억7,810만원을 지급받아 기본설계 및 실시설계를 진행하다가 OOOOO측의 사정으로 2년 2개월 동안 용역제공이 중단되고 설계용역대가를 지급받지 못하다가 2005.9.8. 1억3,000만원만을 지급받는 한편, 건축연면적의 조정으로 계약금액이 12억2,100만원(1차설계)으로 변경되었고,

그 후 2005.9.20.경 종합병원을 노인전문병원으로 변경하여 다시 설계용역을 10억2,600만원(2차설계)에 제공하기로 합의하고 기본설계의 상당부분을 진행하였으나, OOOOO의 사업추진 불투명에 따라 또다시 용역업무가 중단되고 설계용역대가의 지급에 전혀 응하지 않아 거의 포기상태에서 2006.12.7. 설계용역채권을 1억1,000만원에 최OO 등에게 양도하였으며,

최OO OO OOO OOO을 선임하여 총설계용역대가가 17억1,450만원임을 전제로 기 수령액 4억810만원을 차감한 13억640만원에 대한 청구소송을 OOOOOO에 제기하여 2007.1.23. 강제조정에 의해 8억5,000만원으로 확정되고 변호사 김OO이 입금받은 7억5,000만원에서 청구인의 체납세액 20,925,900원을 차감한 729,074,100원을 최OO에게 지급하였는 바,

청구인에게 귀속된 이익은 539,025,900원(기 수령액 4억810만원과 채권양도대가 1억1,000만원 및 체납세액 20,925,900원의 합계)이고, 동 금액에서 법인세 및 부가가치세를 신고·납부한 4억810만원을 차감한 130,925,900원에 대해 과세하는 것은 별론으로 하더라도 법원조정액(8억5,000만원)을 신고누락매출액으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

공사대금채권에 관한 부가가치세 및 법인세를 산정함에 있어서 과세표준은 대금을 실제 받았는지 여부와 관계없이 약정된 공사대금 전액을 기준으로 하는 것이므로, 청구인이 실제로 받은 금액을 부가가치세 과세표준 및 법인수입금액으로 결정하지 아니하고 권리의무확정주의에 따라 법원조정액으로 결정하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

설계용역대가와 관련한 법원의 조정에 의하여 확정된 금액을 기준으로 부가가치세 과세표준 및 법인의 수입금액을 결정하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가

3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

1. 에누리액

2. 환입된 재화의 가액

3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액

4. 국고보조금과 공공보조금

5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자

6. 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액으로서 대통령령이 정하는 할인액

③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 대손금(貸損金)ㆍ장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다.

(2) 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

법인세법 시행령 제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속 사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

법인세법 제66조【결정 및 경정】① 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

법인세법 시행령 제104조【추계결정 및 경정】 ① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의1의 방법에 의한다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

다. 사업수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 “기준경비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

법인세법 시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.

② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOOOOOO OOOOOOO(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)등에 의하면, 청구인은 2002.11.15. OOOOO과 사이에 OOOOO OOO OOO OOO 외 33필지 지상에 건축연면적 10,300평의 종합병원 설계용역을 대금 9억2,700만원에 하기로 계약을 체결하고(1차설계), 설계에 착수하여 실시설계까지 완성하였으나 2003.5.6.경 OOOOO의 사정으로 인허가가 지연되어 OOOOO측의 요청으로 용역이 중단되고 인허가 과정에서 건축연면적과 용역대금도 13,572평 및 12억2,100만원으로 변경되었으며,

2005.7.20. OOOOO과 종합병원을 노인전문병원으로 변경하여 새로운 설계용역을 10억2,600만원에 하기로 하는 내용의 계약을 체결하고(2차설계), 2006.5.경까지 기본설계를 마치고 실시설계까지 상당부분 진행하였으나, 2006.5.말경 갑자기 OOOOO으로부터 사업추진이 불투명하다는 이야기를 듣고 또다시 용역업무가 중단되었는 바,

청구인이 OOOOO에게 제공한 설계용역대금(1차설계용역의 90%인 10억9,890만원과 2차설계용역의 60%인 6억1,560만원의 합계 17억1,450만원) 중 4억810만원을 지급받고(2002.11.15. 2억7,800만원, 2005.9.8. 1억3,000만원), 나머지 13억640만원을 지급받지 못하여 OOOOOO에 설계용역대금 청구를 위한 소송을 제기하여, 2007.1.23. 청구인이 8억5,000만원(법원조정액)을 2007.2.12.까지 지급받는 것으로 강제조정된 것으로 나타난다.

(2) 이 건 OOO세무서장의 OOOOO에 대한 조사자료 및 결정결의서 등에 의하면, 청구인과 OOOOO의 1차 및 2차설계 용역에 대하여 OOOOO이 사정으로 설계용역이 중단되었는데 작업진행률에 따라 세금계산서를 수취하지 않은 1,306,400,000원에 대한 세금계산서 미발행의 과세자료를 처분청에 통보하였고,

(OO O OO, O)

처분청은 OOOOOO에서 청구인의 설계용역대금 청구금액이 인정되지 아니하고 강제조정에 의해 확정되었다 하여 그 결정일이 속하는 2007년 1월을 귀속시기로 하고, 조정액(8억5,000만원)을 부가가치세 과세표준(공급가액 772,727,000원)과 법인의 수입금액으로 하여 추계로 결정한 소득금액을 익금산입 및 대표자에게 상여처분하여 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 사실이 확인된다.

(3) 청구인은 OOOOO에게 12억5,810만원의 설계용역을 제공하고 그 대가로 4억810만원의 현금을 지급받는 한편, 채권금액8억5,000만원을 취득하였으며, 그 후인 2006.12.7. 최OO 등에게 설계용역채권을 양도하고 그 대가로 1억1,000만원을 현금으로 지급받았으며, 2007.2월경 청구인의 조세채무 20,925,900원이 변제되는 이익을 얻어 실제 귀속된 이익은 539,025,900원(408,100,000원+110,000,000원+20,925,900원)이고, 실제 귀속이익 중 이미 적법하게 신고·납부가 이루어진 금액(4억810만원)을 공제한 나머지 130,925,900원에 대하여만 부가가치세, 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지를 하는 것이 타당하다고 주장하면서, 그 입증자료로 설계용역대금에 관한 다툼자료 및 채권양도관련자료 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(가) 부가가치세법상 용역의 공급시기는 역무가 제공되는 때로서 통상적인 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때이고 공급가액이 확정되지 아니한 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 규정하고 있는 바, 청구인은 설계용역제공에 대한 지급청구소송에서 1차설계용역의 90%를, 2차설계용역의 60%를 완료하였다고 밝히고 있다.

(나) 법인세법에서 손익의 귀속시기에 대해 ‘그 익금과 손금이확정된 날이 속하는 사업연도’로서 용역의 공급에 대한 수입금액은 용역제공을 완료한 날이 속하는 사업연도로 하는 것이고, 채권의 존부 및 범위에 관하여 다툼이 있어 소송으로 나아간 경우 그와 같은 분쟁이 그 경위와 사안에 비추어 명백히 부당하다고 할 수 없는 경우라면 소송이전에 소득이 발생할 권리가 확정되었다고 할 수 없고 판결이 확정되는 때에 비로소 권리가 확정된 것으로 보아야 할 것이다(OOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO O).

(다) 이러한 점을 고려하여 볼 때, 청구인은 OOOOO에 설계용역의 공급을 완료한 부분에 대한 대가의 일부만을 지급받고 설계용역대금이 확정되지 않은 상태에서 OOOOOO에 설계용역비 지급청구소송을 제기하여 당해 법원의 강제조정결정에 의해 공급가액이 확정된 이 건의 경우, 설계용역채권에 관한 부가가치세 및 법인세를 산정함에 있어서 공급가액의 전액 수령여부와 관계없이 공급가액 전액을 과세표준으로 하는 것이 타당하다 할 것이므로, 청구인의 설계용역대금 중 실제 귀속된 이익을 과세표준으로 삼아서 과세하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

따라서 처분청이 법원의 강제조정일(2007.1.)이 속하는 과세기간(사업연도)에 조정에 의하여 확정된 금액을 신고누락한 것으로 보아 부가가치세 과세표준 및 법인소득금액을 결정하여 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.