청구인은 2003.10.8. 청구외 이OO로부터 OOO OOO OOO OOO OOO, OOOOO OO OOOOO OO OOOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득할 수 있는 권리(이하 “쟁점분양권”이라 한다)를 취득하여 2005.9.29. 청구외 심OO에게 양도하고 양도가액은 분양가액 중 미납금액 1백만원을 제외한 225,729천원(부가가치세 포함)에 프리미엄 40백만원을 합한 금액 265,729천원으로 하고 취득가액은 위 양도가액에서 프리미엄을 제외한 금액 225,729천원으로 하여2005.10.10.처분청에 자산양도차익 예정신고를 하였다.

처분청은 청구인이 신고한 취득가액에는 기 환급받은 건물분 부가가치세 9,775,000원이 포함된 사실을 확인하고 취득가액에서 동 환급세액을 차감하여 2006.2.9. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 3,910,000원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.4.19. 이의신청을 거쳐 2006.10.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 매매계약서에 명확하게 실제 매매대금과 부가가치세를 구분하지 아니한 잘못은 있지만, 분양계약서와 매매계약서에 의하면 청구인이 신고한 양도가액 265,729,000원은 실제 매매대금 253,494,202원과 부가가치세12,234,798원으로 구분되어 있는 바, 청구인이 신고한 취득가액에 기 환급된 부가가치세가 포함되어 있다면, 마찬가지로 양도가액에도 부가가치세가 포함되어 있다고 보아야 하며 또한 부가가치세를 별도로 구분하여 거래징수할 것인지 아니면, 거래금액에 포함하여 거래징수할 것인지 여부는 계약당사자간에 선택할 사안으로서 쟁점분양권의 양도가액에는 건물분 부가가치세 10%가 포함되어 있으므로 부가가치세를 제외한 순매매가액을 사업포괄양도양수대금으로 보아야 한다. 따라서 처분청이 양도가액에 부가가치세가 포함되지 아니한 것으로 보고 이 건 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

처분청이 취득가액에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 그 세액을 취득가액에서 제외하여 과세한 사실에 대하여는 다툼이 없고, 다만 청구인은 양도가액에도 부가가치세가 포함되어 있다고 주장하면서 양도가액에서 동 세액을 차감하여야 한다고 주장하는 바, 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 계약서의 특약사항 제3항에서 부가가치세는 포괄양도양수하기로 한다는 특약이 되어 있고, 부가가치세법 제6조 제6항에서 사업의 양도는 재화의 공급에 해당하지 아니하는 것으로 규정하고 있으므로 처분청이 위 양도가액에 부가가치세가 포함되지 아니한 것으로 보아 이 건 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점부동산의 취득가액에 포함된 부가가치세를 취득가액에서 차감하여 과세한 경우로서 양도가액 265,729천원에도 부가가치세 12,234천원이 포함된 것으로 보아 그 세액을 양도가액에서 차감할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 실지거래가액 이라 한다)에 의한다. (2002. 12. 18 개정)

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우(1999.12.28. 개정)

(2) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.(2000.12.29. 개정)

(3) 부가가치세법 제6조【재화의 공급】

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. (1999. 12. 28. 개정)

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.(1999.12.28. 개정)

(4) 부가가치세법시행령 제17조【담보제공 사업양도 및 조세의 물납】 (1999. 12. 31. 제목개정)

② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것( 법인세법 제46조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다. (2000. 12. 29 개정)

1. 미수금에 관한 것 (1998. 12. 31 개정)

2. 미지급금에 관한 것 (1998. 12. 31 개정)

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지 건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것 (1998. 12. 31 개정)

③ 법 제6조 제6항 제2호 단서에서 "대통령령이 정하는 경우" 라 함은 사업양도자가 법 제15조의 규정에 의하여 거래징수한 세액을 법 제18조 또는 법 제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우를 말한다. (1999. 12. 31 개정)

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점부동산의 취득가액에 부가가치세가 포함된 것으로 보고 양도가액에는 부가가치세가 포함되지 아니한 것으로 보아 취득가액에서 부가가치세액을 제외하여 이 건 부가가치세를 경정결정하였으며,

청구인은 양도가액에도 부가가치세가 포함되어 있다고 주장하면서 양도가액에서 동 세액을 차감하여야 한다고 주장하므로 이에 대해 본다.

(2) 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 상가매매계약서 특약사항 제3조(종업원 인계)에 의하면, 사업양도양수일 현재 부동산의 임대사업과 관련하여 “갑(청구인)”이 고용하고 있는 종업원에 관한 일체의 권리의무를 “을(매수인, 심OO)”이 인수한다고 규정하고 있고, 제4조(기타)에서는 본 계약 규정 및 별지 부동산매매계약서 규정에서 정한 것 이외의 사항에 대하여는 “갑”과 “을” 쌍방협의에 의하여 정하기로 하되 부가가치세법 6조 제6항 및 같은 법 시행령 제17조 제2항에서 규정하는 사업양도의 요건을 충족시킬수 있어야 한다고 규정하고 있다.

(3) 또한 청구인과 매수인 심OO이 2005.9.10. 작성한 상가 매매계약서에 의하면, 쟁점분양권을 265,729천원에 양도양수하기로 하고 계약일인 2005.9.10. 60백만원, 2005.9.29. 잔금 205,729천원을 지급하기로 하였고 특약사항으로 분양권 상태에서 매매계약을 체결하되, 부가가치세는 포괄양도양수하기로 한 사실이 확인된다.

(4) 사업자가 자기의 과세사업에 공하던 사업용 부동산을 양도하는 경우에는 부가가치세법 제6조 제1항의 규정에 의한 재화의 공급에 해당하여 부가가치세가 과세되는 것이나, 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 및 같은 법 시행령 제17조 제2항의 규정에 의한 포괄적인 사업의 양도에 해당하는 경우에는 재화의 공급에 해당하지 아니한다.

(5) 위 사실관계 등을 종합해 보면, 공급가액과 부가가치세액이 별도로 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 10에 상당하는 금액을 부가가치세로 볼 수 있으나, 이 건의 경우와 같이 청구인과 매수인간에 작성한 상가매매계약서 및 사업포괄양도양수계약서에 부가가치세는 포괄양도양수한다고 약정한 사실이 확인되는 경우는 위 관련규정에 의한 재화의 공급에 해당하지 아니한다할 것이므로 처분청이 위 양도가액에 부가가치세가 포함되지 아니한 것으로 보고 그 양도가액을 265,729천원으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.