청구인은 충청남도 당진군 고대면 OOO리 OOOOOO 등 13필지 답 외 79,793.5㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 1995.6.14 취득하여 1998.3.2(잔금지급 약정일) 양도하고 소득세법 제89조 제4호의 농지의 대토로 발생하는 소득으로 보아 비과세 양도소득으로 신고하였다.

처분청은 쟁점농지의 농지대토를 인정하지 아니하고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정한 후 1999.8.2 청구인에게 1998년도분 양도소득세 150,866,530원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1999.10.1 이의신청 및 2000.1.13 심사청구를 거쳐 2000.7.24 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

청구인은 OO대학으로부터 매수한 농지중 충청남도 서산시 고북면 OO리 OOOOO 외 19필지 80,831㎡(이하 “쟁점대토농지”라 한다)를 제외한 47필지 농지를 군자영농조합법인(이하 “영농법인”이라 한다)에 현물출자하였으나, 영농법인의 설립등기와 현물출자한 토지의 소유권 이전등기절차를 의뢰받은 법무사의 착오로 쟁점대토농지를 포함한 청구인의 농지가 영농법인의 명의로 소유권이전된 사실을 뒤늦게 알고 청구인은 영농법인을 상대로 쟁점대토농지에 대한 소유권 이전등기말소청구소송을 제기하여 영농법인 명의로 등기되었던 쟁점대토농지의 소유권이 2000.2.23 말소되고 1998.2.23 매매를 원인으로 청구인 앞으로 2000.2.23 소유권이전되었으므로 쟁점대토농지는 당초부터 청구인의 소유임이 관련증빙에 의하여 확인된다.

또한, 청구인은 쟁점농지를 취득한 후에는 충청남도 당진군 고대면 OOO리 진명농장에 실질적으로 거주하면서 농사일에 종사하였으며, 쟁점대토농지를 취득한 후에는 충청남도 서산시 고북면 OO리 OOOO농장건물로 이사하여 청구인과 청구인의 처가 농지소재지에 거주하면서 이 건 대토농지를 취득하여 현재까지 자경하고 있으므로 소득세법 시행령 제153조에서 양도소득세 비과세대상으로 규정한 대토농지에 해당 한다.

나. 국세청장 의견

처분청은 쟁점농지의 양도에 대한 결정전과세자료처리결과 통지서를 1999.3.25 청구인에게 발송하였으며, 이 건 양도소득세 결의서는 1999.6월에 작성되어 1999.8.15을 납부기한으로 1999.8.2 청구인에게 결정고지되었는 바,

청구인이 소송을 제기한 시점이 1999.7.14인 점에 비추어 볼 때 처분청이 이 건 양도소득세를 청구인에게 고지결정할 것임을 청구인은 소송제기 이전에 알고 양도소득세 과세를 회피하기 위하여 소송을 제기한 것으로 판단되고, 위 소송에 대하여 법원은 정식 변론절차를 거치지 아니하고 조정에 갈음하는 결정을 하였으며 영농법인의 이사 및 출자자가 청구인을 포함한 청구인의 친척들로서 동 판결을 근거로 법무사의 업무착오를 인정하기는 어렵다.

또한, 청구인은 주민등록상 주소지가 경기도 안산시일지라도 실질적으로 농지소재지에 이사하여 농업에 종사하였다고 하나, 청구인은 OOOO협동조합 이사로 재직하고 있었고 시흥시 OO동에서 출생하여 OO동 소재 농지를 상속받았으며 현재에도 OO동에 농지를 소유하고 있는 점, 청구인의 주민등록상 주소지 건물은 청구인이 1990.9.8 신축한 단독주택으로 현재까지 청구인이 소유하고 있으며 전세 등을 준 사실이 없는 점 등의 사실에 비추어 볼 때 1990.8.19 이후에는 청구인이 주민등록상 주소지에 실제 거주한 것으로 판단되므로, 쟁점농지 및 쟁점대토농지 소재지에 거주하며 농사에 종사하였다는 청구인의 주장은 이유없다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁 점

청구인의 쟁점농지 양도소득을 소득세법 제89조(비과세 양도소득) 제4호의 농지의 대토로 발생하는 소득으로 보아 양도소득세를 비과세할 수 있는지를 가리는데 있다.

나. 관련법령

소득세법 제89조 【비과세양도소득】에서는 “다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 ”양도소득세“라 한다)를 과세하지 아니한다.

1～3. 생 략

4. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득“이라고 규정하고,

같은법 시행령 제153조 【농지의 비과세】제2항에서는 “법 제89조 제4호에서 ‘대통령령이 정하는 경우’라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지(제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우를 말한다.

1. 종전의 농지의 양도일부터 1년내에 다른 농지를 취득하여 3년이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일로부터 1년내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우

2. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상인 경우“라고 규정하고 있으며,

그 제3항에서는 ”제1항 제3호 단서 및 제2항 제1호에서 ‘농지소재지’라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역을 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역“이라고 규정하고 있다.

한편, 같은법 시행규칙 제70조 【농지의 범위 등】제1항에서는 “영 제153조 제1항 및 제2항에서 ‘농지’라 함은 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함한다”고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

1) 사실관계

청구인은 쟁점농지를 1995.6.14 취득하여 충청남도 당진군 고대면 OOO리 OOOOOO에 소재하는 청구외 OOO농조합법인에 1998.3.2 양도하였으며 쟁점농지는 지목이 답, 유지, 지소로서 농지임이 등기부등본 등에 의해 확인되고,

쟁점대토농지는 학교법인 OO대학 소유로 1960.2.29 소유권보존등기되었다가 1998.4.1 매매를 원인으로 영농법인 앞으로 1998.5.4 소유권이전등기되었으며, 2000.1.17 대전지방법원 서산지원의 조정에 갈음하는 결정조서(99가합 1115)에 의해 2000.2.23 영농법인 명의로 등기되었던 소유권이 말소등기되고, 1998.2.23 매매를 등기원인으로 청구인 앞으로 2000.2.23 소유권 이전등기된 사실이 대전지방법원 서산지원 등기과에서 발급한 등기부등본에 의해 확인된다.

청구인이 대전지방법원 서산지원에 제출한 소장과 조정내용에 의하면, 청구인 외 44인이 충청남도 서산시 고북면 OO리 OOOOO 외 416필지 1,319,780㎡를 매매대금 총액 60억원으로 하여 1998.2.23 OO대학과 매매계약을 체결하여 계약일에 45억원을 지급하고 1998.3.30 잔금 15억원을 지급하였으며, 청구인의 몫 토지 66필지의 매수대금은 총 705백만원(쟁점대토농지 19필지분 280백만원, 나머지 47필지분 425백만원)으로 청구인을 포함한 OOO, OOO, OOO, OOO 등은 OO대학으로부터 매수한 각자의 토지중 일부분인 130,000평을 출자하여 영농법인을 설립하기로 하여 청구인은 쟁점대토농지를 제외한 47필지를 영농법인에게 현물출자하고 창립총회에서 청구인이 영농법인의 대표이사로 선임되었고,

청구인은 영농법인의 설립등기와 현물출자한 토지 및 쟁점대토농지의 소유권 이전등기절차를 청구외 OOO 법무사 사무실에 의뢰하였는데 법무사의 업무착오로 청구인 몫의 토지 전부가 영농법인 명의로 소유권이전등기된 사실을 뒤늦게 알아 영농법인을 상대로 쟁점대토농지에 대한 소유권이전등기말소 청구소송을 제기하였으며, 조정에 갈음하는 결정조서에 의거 영농법인 명의로 등기되었던 쟁점대토농지의 소유권이 말소된 후 1998.2.23 매매를 등기원인으로 하여 2000.2.23 청구인 소유로 이전등기되었다.

한편, 청구인은 1990.8.19부터 1998.1.12까지 경기도 안산시 OO동 OOOOOOOO에, 1998.1.13부터 1998.3.16까지 경기도 안산시 OO동 OOOOOOO에, 1998.3.17부터 현재까지 경기도 안산시 OO동 OOOOOOOO에 거주하는 것으로 주민등록초본상에 등재되어 있음이 확인되고,

쟁점농지 및 쟁점대토농지를 제외한 청구인의 부동산 거래내역을 조회한 바, 경기도 시흥시 OO동 OOOOOO 등 OO동에 있는 답(沓) 14필지 23,548.78㎡(7,123평)를 1969.1.15부터 1984.1.11까지 상속 및 매매를 원인을 취득하였으며, OO동 OOOOOO 등 OO동에 있는 전답 16,752㎡(5,067평)를 1982.3.19부터 1997.5.13까지 양도하여 현재에도 OO동 OOOOOOO 등 OO동에 7필지 답 12,652㎡(3,827평)를 소유하고 있으며 청구인의 주민등록상 주소지인 경기도 안산시 OO동 OOOOOOOO 대지 215.1㎡ 위에 단독주택 325.62㎡를 1990.9.8 신축하여 현재까지 보유하고 있음이 확인된다.

쟁점대토농지의 당초 등기부상 소유권자인 영농법인은 1998.3.18 설립되었고 청구인이 대표자이며, 청구인은 자경사실을 입증할 증거서류로 쟁점농지의 조합비 납입고지서 및 영수증(1994년～1997년) 4매, 농지 인근주민 OOO 등 11명의 인감증명서를 첨부한 자경사실확인원, 농지원부, 당진군 당진읍 OO리 OOOOOOO OOOO종묘사(사업자등록번호 OOO-OO-OOOOO)의 고객별 판매원장(1994.4월부터 1998.8까지의 농약비료 등 매입거래내역), 당진군 고대면 OOO리 OOOOOO OO정미소(사업자등록번호 OOO-OO-OOOOO)의 도정확인서(19994년～1999년도분), 충남 당진군 OOOO협동조합이 1995년 1월 발행한 조합원 전화번호부, 서산전화국장이 2000.4.8 발급한 전화가입원부 등을 제시하고 있다.

2) 판 단

먼저 청구인이 쟁점대토농지를 쟁점농지 양도일로부터 1년내에 취득하였는지에 대하여 살펴본다.

청구인이 OO대학으로부터 매수하였다는 66필지(쟁점대토농지 포함)의 일부를 영농법인에 현물출자하였다고 주장하고 있는 점과 현물출자하였다는 농지가 등기부상 영농법인으로 직접 소유권이전된 점 등으로 미루어 보아 사실상 청구인의 부동산 미등기전매행위가 있었다고 보여지는 측면이 있으나,

① 쟁점대토농지의 소유권이 1998.5.4 OO대학으로부터 직접 영농법인으로 소유권이전된데 대하여, 청구인은 OO대학으로부터 매입하기로 한 토지 전부가 법무사의 업무착오로 영농법인 명의로 등기된 사실을 청구인에게 재산세가 고지되지 아니하여 사후에 알고 1999.7월 대전지방법원 서산지원에 쟁점대토농지가 영농법인의 소유가 아니고 청구인 소유라는 소송을 제기하였다고 주장하고 있으나, 심사결정서에서 보는 바와 같이 처분청이 쟁점농지에 대한 결정전 과세자료 처리결과를 1999.3.25 청구인에게 통지한 후에 청구인의 소송제기가 있어 이 건 양도소득세 과세를 회피하기 위해 소송을 제기하였다고 보여지는 점과,

② 2000.1.1 대전지방법원 민사부의 조정에 갈음하는 결정조서(99합 1115)에 의하여 쟁점대토농지에 대한 영농법인의 소유권이전등기가 2000.2.23 말소되고 1998.2.23을 등기원인일로 하여 2000.2.23 청구인 앞으로 소유권 이전등기가 되었으나, 위 소유권말소 및 이전등기가 된 것은 정식변론절차에 의하지 아니한 조정에 갈음하는 결정조서에 의한 것으로서 영농법인의 대표자가 청구인이고 영농법인의 이사 및 출자자가 청구인을 포함한 청구인의 친족인 점, 조정에 갈음하는 결정조서의 결정사항에 의하면 OO대학이 청구인에게 쟁점대토농지의 위 소유권이전절차를 이행함에 따라 양도소득세를 추가로 부담하는 경우에는 청구인이 이를 부담하도록 하고, 소송 및 조정비용을 모두 청구인측이 부담하기로 한 것이 일반적인 조정에 비추어 예외적인 점 등으로 미루어 보아 위 조정에 갈음하는 결정조서를 근거로 법무사의 등기착오를 인정하기 어려운 점이 있으며,

③ 쟁점대토농지가 영농법인에 사실상 현물출자되었는지에 대하여 살펴보면, 영농법인에서 쟁점대토농지 19필지가 청구인 개인 소유로 전환되었다고 영농법인의 토지명세서를 제시하고 있으나, 당초 영농법인창립총회이사록 등에서 쟁점대토농지의 현물출자가 이루어졌음이 확인되지 아니한다.

따라서 청구인은 당초 영농법인 명의로 쟁점대토농지를 취득하더라도 대토농지 비과세요건을 충족하는 줄 알았다가 양도소득세가 과세되는 것을 알고난 후 청구인 앞으로 쟁점대토농지의 소유권을 2000.2.23 이전한 것으로 판단되므로 쟁점대토농지를 OO대학으로부터 당초 취득한 자는 영농법인이라 할 것이고, 쟁점 농지 소유자와 다른 인격주체인 영농법인 자격으로 농지를 취득할 경우에 대토농지비과세를 인정하는 규정이 관련세법에 규정되어 있지 않는 이상 양도소득 비과세를 인정하기 어려우며, 설혹, 조정에 갈음하는 결정조서에 의하여 쟁점대토농지의 취득자 명의가 2000.2.23 청구인으로 바뀌었다고 하더라도 소득세법 시행령 제153조 제2항 1항에서 규정하는 종전의 농지의 양도일(1998.3.2)로부터 1년이내에 다른 농지를 취득한 경우에 해당하지 아니하여 대토농지 비과세요건을 갖추지 못하였다고 판단된다.

한편, 청구인이 쟁점대토농지를 취득하여 3년이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 요건에 해당하는지 여부는 쟁점대토농지의 취득일이 1998.5.4이므로 이 날로부터 3년 이후에 판단할 사항이나, 위에서 본 바와 같이 청구인은 종전의 농지양도일로부터 1년이내에 다른농지를 취득하여야 한다는 요건을 갖추지 못하여 대토농지 비과세 대상이 아니므로 청구인이 쟁점대토농지에 거주하면서 자경하였는지 여부에 대하여는 별도로 심리할 실익이 없다고 할 것이므로, 처분청이 쟁점농지에 대하여 농지대토비과세를 인정하지 아니하고 양도소득세를 과세한 데에는 달리 잘못이 없다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거하여 주문과 같이 결정한다.