가. 청구인은 2004.11.29.부터 OOO에서 “OOO”(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 재활용 비철금속 제조·도매업을 영위하고 있는 사업자로서, 2010년 제1기부터 2014년 제2기까지 OOO(대표자 OOO, 이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 각 과세기간의 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 OOO장(이하 “조사청”이라 한다)으로부터 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서에 해당한다는 자료상조사 결과를 통보받고, 그 매입세액을 불공제하여 2016.8.16. 청구인에게 부가가치세 OOO을 각 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.10.18. 이의신청을 거쳐 2017.2.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점세금계산서는 실물 매입 후 정상적으로 수취한 세금계산서임에도 이를 가공세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

(가) 청구인은 비철금속 제조·도매업의 거래질서가 문란함을 인지하여 거래상대방의 사업자등록증 및 실제사업여부 등을 직접 확인 후 거래하였고, 그 결과 실물거래 없는 매입과 매출은 현재까지 한 건도 발생하지 않았으며, 거래처원장, 세금계산서, 계량확인서, 송금확인증, 쟁점거래처 대표자 OOO이 작성한 거래확인서, 금융거래내역 등 관련증빙에 의하여도 거래사실이 명확히 확인된다.

(나) 쟁점거래처가 관공서 등을 통해 입찰받은 재활용 비철금속을 현장에서 직접 상차하여 운반하였고, 그 대금을 쟁점거래처가 지정한 계좌에 입금하였으며, 동 금액이 청구인에게 반환된 사실이 확인되지 아니함에도 낙찰 관련 증빙자료 및 동 거래대금의 사용처조사나 거래처조사 없이 가공거래로 확정한 것은 부당하다.

(다) 쟁점거래처로부터 매입한 실물을 운반한 차량번호와 차량소유자가 “쟁점거래처 매입 운반차량 내역”에서 확인되고, 쟁점세금계산서상 매입에 대응되는 매출처가 확인됨에도 이를 부인한 처분은 부당하다.

(라) 첨부한 OOO과의 녹취록을 보면 실물거래한 사실이 있음이 나타나고, OOO청의 공소장 변경내용을 보면 조사과정에서 OOO 업체가 추가로 정상거래로 확인되어 공소장 내용에서 제외된 사실이 확인되므로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 봄은 부당하다.

(2) 청구인은 첨부한 녹취록에서 확인되는 바와 같이 지인의 소개로 2010년 1월초에 OOO을 알게되었고, 2010년 2월초에 OOO이 쟁점거래처의 대표자인 아들 OOO과 함께 청구인의 사업장에 방문하여 사업자등록증을 확인 후 거래를 개시하였는바, 선량한 주의의무를 다한 선의의 거래당사자이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 정당하다.

(가) 조사청의 조사내용에 따르면 쟁점거래처의 실질적인 대표자는 OOO(OOO의 자)이 아니고 부친 OOO이며, OOO 본인도 이를 인정하고 있으며, OOO은 2000～2002년 귀속으로 기 자료상 고발된 이력이 있다.

쟁점거래처의 사업장인 OOO에는 컨테이너 박스 1동 외 빈 공가가 있었고, 잡풀만 무성한 상태로 고철관련 기자재(계근대) 확인이 불가하였으며, OOO이 사업장이라고 주장한 OOO 사업장 역시 고철사업장으로서 대형트럭 진입도로 및 계근대가 없는 것으로 확인된다.

쟁점거래처의 2009년 제1기～2014년 제2기 부가가치세 신고내역을 보면 매출이 OOO원인 반면, 정상으로 확인된 매입은 OOO원으로 정상적인 사업자라 판단하기 어렵고, 급식소로부터 명단을 수령하여 OOO원의 의제매입을 신고하였는바, 이와 관련하여 자료상 고발 후 검찰이 기소하여 징역형을 처분받았으며, 청구인이 실물 구입시 사업자등록을 확인 후 세금계산서를 수취하였다는 것에 대한 객관적인 증빙을 제출하지 못하였다.

(나) 거래대금이 쟁점거래처 OOO 명의 계좌로 이체된 사실은 확인되나, 대금 지급 후 일부 대체 및 익일 현금출금 등 전형적인 자료상 거래의 형식을 취하고 있다.

(다) 청구인이 운반한 차량번호와 차량소유자를 확인할 수 있는 증빙으로 쟁점사업장 소속 종업원의 확인서를 제시하였으나, 제출시기 및 청구인의 이해관계 등에 비추어 확인서를 신뢰하기 어렵다.

(라) 공소장변경신청서 등에서 쟁점세금계산서상 거래가 범죄일람표에서 제외된 것은 사실이나, 검찰에서 이를 실거래로 인정하였는지 확인되지 아니하고, 범죄일람표에서 제외되었다는 것을 이유로 청구인의 주장이 타당하다고 하기 어렵다.

(2) 청구인을 선의의 거래당사자로 보기 어렵다.

(가) 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 증명해야 하는바, 청구인은 고철업을 장기간 영위한 전문가로서 고철업종의 거래실태와 위험성을 충분히 숙지하고 있었을 것이나 정상적인 사업장 및 실사업자 확인과 관련한 명확한 자료를 제시하지 않았다.

(나) 쟁점거래처의 매입 물건입고와 관련하여 청구인 소속 종업원의 확인서만으로는 이를 신뢰하기 어렵고, 제출한 증빙만으로는 쟁점세금계산서가 정상적인 세금계산서라고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인이 실제 거래 없이 가공의 세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

② 청구인이 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것)

제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액.(단서 생략)

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액.(단서 생략)

(2) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정된 것)

제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액.(단서 생략)

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액.(단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 조사청으로부터 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서에 해당한다는 과세자료를 통보받고, 동 자료에 대한 별도의 확인조사 없이 그 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하였다.

(2) 청구인은 2004.11.29. 개업한 이후 고철·비철 도매업을 영위하고있는 자로, 2010년 제1기부터 2014년 제2기까지 부가가치세 신고 및 경정내역은 아래 <표1>과 같다.

(3) 조사청의 쟁점거래처에 대한 주요 조사내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점거래처의 대표자 OOO이 본인은 명의자일 뿐, 모든 거래및 세금계산서 발행 등은 부친인 OOO이 한 것으로 확인하였으며, OOO 본인도 이를 인정하고 있고, OOO에서 당초 가공자료 파생처인 OOO에 대한 자료상조사시 OOO가 OOO을 쟁점거래처 및 OOO의 실지 운영자로 진술한바 있으며, OOO은 2001～2002년 귀속 자료상으로 기 고발된 내용으로 확인된다.

(나) 조사 착수일 현재 사업자등록증상 사업장소재지로 기재된 OOO는 콘테이너 박스 1동 외 빈 공가의 잡풀만 무성한 상태로 고철관련 기자재(계근대)는 확인이 불가하고, OOO이 사업장 소재지라고 주장하는 OOO는 OOO 정도 진입가능한 것으로 보이며, 야적장으로 주장하는 장소는 약간 있으나, 계근대가 비치되어 있지 않는 등 고철업을 영위하기 위한 사업장으로는 부적합한 장소로 확인된다.

(다) OOO의 사업자등록신청시 기재한 대표자 휴대전화번호는 OOO의 번호인 OOO번으로 확인되고, OOO에서 작성된 OOO의 심문조서에 의하면 OOO로부터 OOO과 쟁점거래처는 OOO의 명의위장사업장으로 들었고, 회계사무실로부터 OOO의 매출에 대한 매입세금계산서가 부족하다고 연락이 오면 OOO이 OOO으로부터 매입세금계산서를 받아서 가져다 주었으며, OOO이 본인을 OOO에게 소개 시켜주었다고 진술하였다.

(라) 부가가치세 조사시 쟁점거래처에서 제출한 입출금통장내역에 대하여 검토한바, 매출세금계산서 대금 입금 후 동일자 현금출금 및 대금이체로 매출세금계산서 발행에 대한 거래사실을 가장한 금융 입·출금 내역 외 정상적인 거래로 볼 수 있는 부분은 거의 없으며, 매입대금도 일부 업체 외 확인되는 부분이 없는 것으로 조사되었고, 재화의 거래내역 없이 입금OOO된 OOO OOO의 계좌, 입금된 금액을 송금OOO한 OOO의 계좌, 실물거래 없이 매출세금계산서 발행처로부터 입금된 후 송금OOO되는 OOO의 계좌는 차명계좌 혐의가 있는 것으로 확인된다.

(마) 매출·매입처 관련조사시 청구인은 쟁점거래처와 OOO를 거래하였다고 소명하였으나, 쟁점거래처의 매입내역을 검토한바, 상기 물품을 구입한 내역을 확인할 수 없으므로 동 거래내역에 대하여 전액 가공확정 하고자 한다.

(바) 쟁점거래처의 매입거래 중 OOO의 업체로부터의 매입분은 OOO 등으로부터 매입하였음을 이유로 정상거래로 인정한 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 쟁점거래처와의 거래가 정상거래라고 주장하며 상품 및 외상매입금에 대한 계정별 원장, 세금계산서 사본, 입금내역 확인증, 계량확인서, 쟁점거래처 대표자 및 운반기사들이 작성한 확인서, 쟁점거래처 매입에 대한 매출업체 명단과 관련 세금계산서 사본, 쟁점거래처 실행위자인 OOO과의 통화내역 녹취록 및 OOO이 OOO 차량등록사업소 등과 체결한 계약서 등을 제출하였다.

(5) OOO장은 당초 2016.7.11. OOO원의 허위세금계산서 교부혐의로 기소하였다가, 형사소송 진행 중이던 2016년 11월 청구인과의 거래분 등을 제외하여 허위세금계산서 교부금액을 합계액 OOO원으로 하도록 공소장을 변경한 것으로 나타난다.

(6) 쟁점거래처의 실행위자인 OOO의 형사사건에 대한 법원판결서OOO의 주요내용은 아래 <표2>와 같다.

(7) 청구인의 심판청구 대리인은 OOO 개최된 조세심판관회의에서 전화진술을 통하여 “과세관청에서 쟁점거래처를 허위세금계산서교부 혐의로 고발한 사건과 관련하여 청구인이 직접 법정에 출석하여 정상거래임을 소명하였고, 그 결과 청구인과의 거래내용을 범죄사실에서 제외하는 것으로 공소장이 변경된 사실 등으로 볼 때, 쟁점세금계산서는 정상거래 후 수취한 세금계산서임에도 이를 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하다.”는 취지로 진술하였다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점거래처가 고철업 운영에 필요한 아무런 시설없이 잡풀이 무성하였고, 쟁점거래처의 매출은 OOO원이나 정상으로 확인된 매입은 OOO원에 불과한 것으로 조사되었으며, 쟁점거래처의 실행위자인 OOO이 기 자료상으로 고발된 이력이 있는 것으로 나타나는 등 쟁점세금계산서가 정상거래 후 수취한 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구인이 제출한 외상매입금의 거래처원장 기재내용이 쟁점세금계산서 및 송금내역과 일치하여 쟁점세금계산서 상당액의 실물거래가 있었던 것으로 보이는 반면, 쟁점거래처로 입금된 금액이 반환되는 등 금융조작한 것으로 조사되지 아니한 점, 청구인은 쟁점거래처와 2010년 제1기부터 2014년 제2기까지 계속거래 하였을 뿐 아니라, 쟁점세금계산서 금액은 OOO원으로 극히 소액인 점, 조사청에서 OOO으로부터의 매입분 등을 정상거래로 인정하는 등 쟁점거래처를 전액자료상이 아닌 것으로 조사하였고, 쟁점거래처에 대한 형사사건 관련 법원 판결서에서도 일부 실물매입 사실을 인정하고 있는 점, OOO장이 쟁점거래처 실행위자인 OOO의 허위세금계산서 교부 등 조세범처벌법 위반혐의에 대하여 기소하였다가, 쟁점세금계산서 해당금액을 범죄일람표에서 제외하도록 공소장을 변경한 것으로 확인되는 점, 청구인이 쟁점거래처 매입물품이 매출된 것이라며 관련 세금계산서 사본 등을 첨부하여 매출업체 명단을 제출하였으나, 처분청에서 청구인과 쟁점거래처간의 쟁점세금계산서 수수사실에 대하여 구체적인 조사나 확인 없이 단순히 자료상혐의자로 고발된 자와의 거래라는 이유만으로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 공소장변경이유 등 쟁점세금계산서가 정상거래 후 수취한 세금계산서에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(9) 앞에서 살펴본 바와 같이 쟁점①에 대하여 재조사결정되었으므로 쟁점②는 실익이 없어 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.