가. 청구법인은 2009.9.15. OOO 임야 20,648㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여,「지방세법」(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조 제5항(OOO에 대한 감면)의 규정에 따라 2009.11.4. 취득세 및 등록세를 면제받았다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 고유목적 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2011.12.12. 쟁점토지의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 「지방세법」 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO(가산세 포함)을 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 농수산물 가공처리시설 신축공사를 위해 2009.8.28. 건축사사무소 OOO과 수산물 냉동·냉장설계용역 계약을 체결하고, 2009. 9.15. 쟁점토지를 취득하였으며, 2009.10.19. 도로점용허가 승인과 2009.10.17. 산지전용허가를 받은 후, 2009.11.17. 농수산물 가공처리시설(냉동·냉장시설) 건축허가를 신청하였으나, 건축담당자는 냉동창고를 주용도로 판단하고 건축허가지역이 아니라는 이유로 불허하여 부득이 2009. 12. 14. 건축허가를 취소하였으며,

2010.1.13. 쟁점토지에 유통업무설비 신축을 위해 군관리계획변경(용도지역변경)요청을 하였으나, 관리계획변경 업무절차는 OOO 승인사항이라 관계기관의 각종 인허가를 득하는데 상당한 시일이 경과되어 2010.12.30. 비로소 유통업무설비 신축을 위한 군 관리계획이 승인되어 2011.1.24. 산지전용허가를 시작으로 2011.5.23. 공사 착공계를 제출하고 2012.1.11. 건축물 사용승인을 받았다.

위와 같이, 청구법인은 쟁점토지 취득일로부터 1년 8개월이 지난 시점이지만 건축허가를 받아 공사를 진행하였으며 현재는 준공이 되어 건축물의 사용승인까지 취득한 점을 볼 때 쟁점토지를 고유목적에 사용하고자 진지한 노력을 다하였으므로 정당한 사유에 해당하여 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 농수산물 가공처리시설(작업장, 건조장) 및 냉동·냉장시설을 건축코자 2009.9.15. 쟁점토지를 취득한 후, 2009.11.17. 건축허가를 신청하였으나 농업진흥구역내에서 냉동·냉장시설을 포함한 농수산물가공처리시설의 건축허가가 어렵다는 해남군 건축허가담당자의 의견에 따라 2009.12.14. 건축허가를 취하하였고,

농업진흥구역에서 건축이 가능한 수산물 가공처리시설(작업장, 건조장)만으로 건축범위를 조정하여 건축허가신청을 하였다면 법정기간내에 건축이 가능하였을 것임에도,

청구법인은 취득당시 쟁점토지가 농업진흥구역내에 있어서 용도지역 변경없이는 건축을 할 수 없는 유통업무설비시설(가공처리시설, 냉동창고, 판매시설, 사무실, 주차장, 공영차고지)로 건축계획을 확장함으로써 군관리계획 변경, 유통업무설비 실시계획인가 등 행정절차를 진행하는데 상당한 기간이 소요되었는 바,

이는 청구법인의 자의적인 건축계획확장에 의한 행정절차 이행기간을 지방세법령에서 정하는 ‘정당한 사유’에 해당된다고 할 수 없을 뿐만 아니라, 이는 청구법인 스스로의 내부의사결정에 기인한 것으로 행정기관의 귀책사유나 외부적인 부득이한 특별한 사정에 의한 것이라고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내에 사용하지 못한 정당한 사유가 존재하는지 여부

나. 관련법령

(1) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제104조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음 각호와 같다.

1. 부동산 : 토지 및 건축물을 말한다.

4. 건축물 : 「건축법」제2조제1항제2호의 규정에 의한 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크시설, 접안시설, 도관시설, 급·배수시설, 에너지 공급시설 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 부수되는 시설을 포함한다)로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.

제105조(납세의무자등) ① 취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·승마장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다.

제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득 및 「소득세법」제101조제1항 또는 「법인세법」제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

제112조(세율) ① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.

제120조(신고 및 납부) ① 취득세 과세 물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일 이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부하여야 한다.

제266조(농어민관련사업 등에 대한 감면)⑤「농업협동조합법」에 의하여 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),「수산업협동조합법」에 의하여 설립된 조합(어촌계를 포함한다), 산림조합(산림계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다. 이하 이 항에서는 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 그 취득일로부터 1년내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 서류에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2009.8.28. 건축사 사무소 OOO과 수산물 냉동·냉장 설계용역 계약을 체결하였고, 2009.9.15. OOO(농업진흥구역) 임야 20,648㎡를 취득하였다.

(나) 청구법인은 2009.10.19. 처분청에 저온저장고 진출입로 설치를 위한 도로점용허가 승인을 신청하였고, 2009.10.27. 쟁점토지 중 7,400㎡에 대하여 유통업무설비(저온, 냉동창고, 농수산물가공공장)를 목적으로 산지전용허가를 받고, 2009.11.17. 건축허가를 신청하였다.

(다) 청구법인은 2009.12.14. 처분청으로부터 농업진흥구역내에서 냉동·냉장시설을 포함한 유통업무설비시설의 건축허가가 어렵다는 의견에 따라 건축허가 신청을 취하하였다.

(라) 청구법인은 2010.1.13. 처분청에 유통업무설비 조성을 위한 군관리계획(용도지역) 변경을 요청하였고, 2010.5.10. 건축허가를 재신청하였으며, 2010.10.7. 다시 건축허가 신청을 취하하였다.

(마) 청구법인은 2010.11.12. 처분청의 군관리계획(용도지역, 유통업무설비) 변경결정이 고시되자 2010.12.3. 처분청에 도시계획시설(유통업무설비)사업 실시계획 인가를 신청하여, 처분청은 2010.12.31. 도시계획시설(유통업무설비) 변경(결정) 및 지형도면 승인을 고시하였다.

(바) 청구법인은 2011.1.25. 쟁점토지 중 19,708㎡에 대하여 산지전용허가(유통업무설비) 및 건축허가를 받아, 2011.5.23. 처분청에 착공계를 제출하고 2012.1.11. 유통업무시설(냉동창고, 집하장)을 신축하였다.

(2)청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 농수산물 가공처리시설(냉동·냉장시설)을 건축하고자 하였으나, 쟁점토지가 농업진흥지역에 있어 용도지역을 변경하는 절차를 거쳐야 했고, 이로 인해 유예기간(1년)내에 고유목적 사업에 직접 사용하지 못하였으므로 이는 정당한 사유에 해당한다는 입장이다.

(3) 살피건대, 여기에서 말하는 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고,

정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 당해 사업에 대한 취득세 등을 감면하는 입법취지를 충분히 고려하면서 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바OOO,

청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 농업진흥구역에서 건축이 가능한 수산물 가공처리시설(작업장, 건조장)만으로 건축범위를 조정하여 건축허가신청을 하였다면 유예기간내에 건축이 가능하였을 것임에도,

농업진흥구역내에 있어서 용도지역 변경없이는 건축을 할 수 없는 유통업무설비시설(가공처리시설, 냉동창고, 판매시설, 사무실, 주차장, 공영차고지)로 건축계획을 확장함으로써 군관리계획 변경, 유통업무설비실시계획인가 등 행정절차를 진행하는데 상당한 기간이 소요되었는바,

이는 청구법인의 자의적인 건축계획확장에 의한 행정절차 이행기간을 지방세법령에서 정하는 ‘정당한 사유’에 해당된다고 할 수 없을 뿐만 아니라, 이는 청구법인 스스로의 내부의사결정에 기인한 것으로 행정기관의 귀책사유나 외부적인 부득이한 특별한 사정에 의한 것이라고 볼 수 없다 할 것이다.

따라서, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내에 고유목적 사업에 직접사용하지 않은 것으로 보아 감면을 배제하고 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.