심판청구를 기각한다.

가. 청구법인은 자동차 내장 부품의 제조 및 판매를 주요 목적사업으로 하여 1997년 5월 설립된 법인으로, 현재 국내에 3개의 공장OOO을 보유하고 있고, OOO에게 청구법인의 생산제품을 공급하고 있다.

나. 청구법인은 2014사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구 및 인력개발비(이하 “연구개발비”라 한다) 세액공제 대상에 ① 연구전담요원(기신청분)에 대한 4대보험 사용자 부담분 및 신청 누락 연구전담요원의 인건비, 신차개발 전담인원의 인건비 등 총 OOO의 인건비와 ② 외주용역비·외주해석비·외주시험비·외주제작비(설계도면 작성, 시제품 자체 조립, 금형 외주제작) 등 총 OOO의 시제품 제작원가 비용 등 합계 OOO을 포함하지 아니하였다.

다. 청구법인은 2020년 4월, 2014사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 연구개발비에 포함하지 아니한 위 ①〜②의 비용이 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다고 주장하며, 증액분기준에 따라 직전 2개년 평균금액OOO을 반영하여 산정한 공제대상 세액OOO에서 기세액공제분 OOO을 차감한 OOO을 환급세액으로 하여 경정청구를 제기하였다(당기 연구개발비 세액공제 대상금액은 OOO).

라. 처분청은 2020.6.26. 경정청구 대상 항목인 시제품 제작 원가비용 중 청구법인의 연구소 소속이 아닌 품질관리팀, 품질보증팀에 소속된 신차개발 전담인력의 인건비 OOO과 해당 팀에서 지출한 시제품 외주시험비 OOO 등 합계 OOO(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 세액공제 대상 연구개발비에서 제외하고, 나머지 비용은 세액공제 대상 연구개발비로 보아 증가분방식이 아닌 당기분방식을 적용OOO하여 2014사업연도 법인세를 경정OOO한 후, 경정청구 처리결과를 통지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복OOO하여 2020.9.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 시제품의 연구개발과정에서 지출된 쟁점비용은 시제품 자체제작에 필연적으로 발생하는 시제품 제작원가로서 조특법 제10조 제1항 및 동법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에 따른 연구개발비 세액공제가 적용됨이 타당하다.

(가) 조특법상 ‘연구개발’이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동으로서( 조특법 제2조 제1항 제11호),「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」(이하 “기초연구법 시행령”이라 한다) 제2조에 의하면 ‘연구개발활동’이란 과학기술 분야 또는 서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계ㆍ제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 의미한다.

청구법인이 고객사가 제시하는 제품요구사항(외형, 성능, 법적요건 등)에 부합하는 제품을 생산하기 위해서는 전체 기술개발의 성공여부를 확인하기 위한 시제품의 설계·시험·제작 과정이 필수적으로 요구되며, 위와 같은 관련 법령의 규정을 종합하여 볼 때 청구법인의 시제품 설계·시험·제작 활동 역시 연구개발활동에 해당한다.

청구법인의 시제품 연구개발과정은 시제품설계검토 → 시제품설계 → 금형제작 → 시제품생산 → 시제품 TEST → 시제품완성의 단계로 구성되는데, 시제품생산은 제품의 특성상 원재료 사출과정 및 많은 조립 과정이 필요하기 때문에 연구소가 아닌 본사 생산부서에서 이루어지며, 그 과정에서 시제품 설계요구사항을 충실히 반영하기 위해 연구소 개발팀 소속 인력이 시제품생산에 대한 Review, Repair, Handmade(총괄 감독 및 수정) 업무를 수행하고 있다.

즉, 연구소에서 수립된 제품제조기술 계획에 따라 생산부서에서 제작된 시제품은 설계부터 완성까지 연구소와의 지속적인 Feedback 과정을 거쳐 개발의 완료여부가 결정되어 양산으로 이어진다.

(나) 처분청은 쟁점비용 중 신차개발 전담인력의 인건비는 청구법인의 연구소 소속이 아닌 품질관리팀 등 생산부서에 소속된 인력의 인건비라는 이유로 세액공제 대상에서 제외하였으나, 신차개발 전담인력의 인건비는 시제품의 제조원가로서, 조특법 제10조 제1항 및 같은 법 시행령 별표6 제1호 가목 2)[전담부서 등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)]에 따라 연구개발비 세액공제가 당연히 적용되어야 한다.

국세청 유권해석(서면법령법인-4937, 2017.1.11, 법인-828, 2011.10.30.)에 따르면, 내국법인이 연구인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에서 말하는 ‘전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)’에는 해당 법인이 자체 제작한 견본품 등을 포함하는 것이며, 이 경우 취득가액은 「법인세법 시행령」제72조를 준용하여 산정한다고 하고 있는바, 이는 곧 자체제작 시제품의 제작원가에는 시제품 제작 등에 사용된 직접 재료비뿐만 아니라 노무비, 간접비 등 소요된 제작원가 전체가 포함되며 이 모두가 세액공제의 대상이 된다는 의미로 풀이된다.

청구법인이 생산하는 제품의 특성상 성능에 대한 평가를 위해서는 시제품이 반드시 생산라인에 설치되어 테스트를 거쳐야 하므로 시제품 연구개발과정 중 시제품의 생산 및 테스트 과정은 부득이 연구소가 아닌 생산부서에서 이루어질 수밖에 없고, 이에 따라 이러한 자체제작 시제품의 생산 및 테스트 과정은 청구법인의 생산기술팀, 품질관리팀, 품질보증팀에 소속된 신차개발 전담인력이 수행하고 있다.

따라서, 신차개발 전담인력의 인건비는 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 1), 즉 전담부서 등에서 근무하는 인력의 인건비로서가 아니라 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 2), 즉 시제품 생산·테스트 과정에서 필수적으로 소요되는 시제품의 제작원가로서 연구개발비 세액공제가 적용됨이 타당하다고 할 것이고, 또한, 처분청은 신차개발 전담인력이 동일 사업연도 내내 시제품 연구개발을 수행하였는지에 대하여 객관적으로 확인할 수 없어 그에 대한 세액공제를 인정할 수 없다고 주장하나, 청구법인은 경정청구시 이미 신차개발 전담인력이 실제로 동일사업연도 내내 전업으로 시제품 제작업무를 수행하였는지를 처분청이 확인할 수 있도록 해당 인력의 업무분장표, 직무조사표, 인사기록카드 등의 근거자료를 충분히 제출하였는바, 그럼에도 불구하고 처분청이 동 인건비에 대하여 세액공제를 거부하는 것은 청구법인으로서는 납득하기 어렵다.

심지어, 청구법인은 신차개발 전담인력이 구체적으로 어떤 연구개발 업무를 수행하였는지 확인할 수 있는 회사의 내부문서도 제출하였을 뿐만 아니라, 처분청이 직접 육안으로 확인할 수 있도록 현장조사까지 요청하였으나 처분청은 이마저도 거절하였는바, 그럼에도 불구하고 처분청은 제출된 자료만으로는 해당 인원들이 전담하여 연구개발 업무를 수행하고 있는지를 확인할 수 없다는 추상적이고 원론적인 답변만을 늘어놓고 있을 뿐, 구체적으로 어떠한 근거자료 또는 어떠한 확인 절차가 필요한지에 대해서는 설명하지 아니한 채 본 건 경정청구를 거부하였던 것이다.

한편, 처분청은 쟁점비용 중 품질보증팀에서 주관하는 시제품 외주시험비는 청구법인의 연구소 소속이 아닌 본사 생산부서에서 지출된 비용이라는 이유로 세액공제 대상에서 제외하였으나, 동 외주시험비는 역시 시제품의 제조원가로서, 조특법 제10조 제1항 및 동법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에 따라 연구개발비 세액공제가 적용됨이 타당하고, 위에서 살펴본 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 2)의 법문해석상 전담부서 등이 연구용으로 사용하는 견본품 등의 제작비용이 세액공제의 대상이 되는 것이지, 세액공제의 적용을 위해 동 제작비용이 전담부서 등에서 지출될 것을 요구하고 있지는 아니한다.

따라서, 쟁점비용이 연구소가 아닌 생산부서에서 지출된 비용이라서 세액공제가 적용될 수 없다는 처분청의 주장은 조세법률주의 및 엄격해석의 원칙에 반하는 자의적인 해석에 불과하므로, 쟁점비용 중 외주시험비에 대하여도 조특법 제10조에 따른 연구개발비 세액공제가 적용되어야 한다.

(2) 국세의 부과제척기간은 조세채권채무관계를 조속히 확정시키기 위하여 과세관청의 처분을 제한하기 위한 것일 뿐, 납세의무자의 과세표준과 세액의 계산방법 및 범위에 제한을 두기 위한 것은 아니므로, 2010∼2013사업연도에 대한 국세의 부과제척기간이 경과하였더라도 이는 2014사업연도 연구개발비 세액공제액의 계산에 아무런 영향을 미치지 아니하는바, 청구법인은 2014사업연도 연구개발비 세액공제액을 산출함에 있어 2010∼2013사업연도 연구개발비 지출액을 재계산하여 증가분 방식을 적용할 수 있다.

(가) 처분청은 2010∼2013사업연도는 이미 국세의 부과제척기간이 경과하였으므로 해당 사업연도의 세액공제 대상 연구개발비 지출액에 대한 조사를 할 수 없어 그 객관성과 신뢰성을 확보할 수 없는바, 2010∼2013사업연도의 연구개발비 지출액을 확정할 수 없고, 따라서 2014사업연도 연구개발비 세액공제액의 계산시 증가분 방식을 적용할 수 없고 당기분 방식만을 적용하여야 한다고 하고 있으나, 「국세기본법」제26조의2에서 규정하고 있는 국세의 부과제척기간이란 국세에 대한 부과권을 행사할 수 있는 기간으로서, 부과제척기간이 경과하면 과세관청은 같은 조 제2항의 특례제척기간을 적용할 수 있는 경우가 아닌 한 새로운 결정이나 증액결정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없는 것이기는 하나,「국세기본법」에서 국세부과제척기간의 규정을 둔 취지는 납세의무자와 국가 간의 국세에 관한 권리의무관계를 조속히 종결함으로써 조세채무에 관한 법적 안정성을 보장하기 위해 과세당국에서 국세를 부과할 수 있는 기간에 제한을 두는데 그 목적이 있다고 할 것이고, 개별 세법에서 규정하고 있는 과세표준과 세액의 계산방법 및 범위에 제한을 두는데 그 목적이 있는 것은 아니라고 할 것이므로, 특정 사업연도분의 국세에 대하여 부과제척기간이 경과하여 그 과세표준과 세액을 경정할 수 없다 하여 그 이후 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도의 과세표준과 세액을 부과제척기간이 경과한 사업연도가 없었던 경우와 달리 계산할 것은 아니라고 할 것이다(감심 2012-0121, 2012.7.19., 대법원 2010.11.25. 선고 2008두18205 판결, 서울행정법원 2008.2.5. 선고 2007구합15636 판결, 국심2006서1100, 2007.1.24., 국심2005서2639, 2006.8.31. 같은 뜻임).

(나) 또한, 국세청 심사청구 결정례(심사법인 2009-0049, 2009.9.29.)에서도, “청구법인의 2000∼2002사업연도는 비록 부과제척기간이 경과하였으나, 부과제척기간이란 과세권 행사의 존속기간을 말하는 것으로 이 건과 같이 차후 사업연도의 세액공제액을 계산함에 있어서 영향을 미치지는 않는다.”고 하면서 “처분청이 문답서를 통해 부과제척기간이 경과한 2000∼2002사업연도에 쟁점직원들이 실제 겸직하였는지 여부와 실제 지급된 인건비 등을 확인할 수 있으므로 부과제척기간이 경과한 사업연도에 대하여도 쟁점직원들의 인건비 등을 재계산하여야 한다.”고 판단한 사실이 있다.

(다) 위와 같은 사례들을 종합하여 볼 때, 청구법인의 경우 2010∼2013사업연도의 부과제척기간이 도과하였다는 사정은 부과제척기간 내에 있는 2014사업연도의 세액공제액을 계산함에 있어서는 아무런 영향을 미치지 아니한다고 할 것이며, 따라서 부과제척기간이 경과한 2010∼2013사업연도의 연구개발비 지출액을 재계산하여 2014사업연도 연구개발비 세액공제액 산출시 증가분 방식을 적용할 수 있다고 판단된다.

(라) 한편, 처분청은 청구법인의 2010∼2013사업연도 연구개발비 지출액을 신뢰할 수 없어 이를 기준으로 한 증가분 방식의 적용이 불가능하다고 주장하나, 청구법인은 경정청구 시 처분청의 요구에 따라 증가분 방식의 적용을 위한 과세자료와 당기분 방식의 적용을 위한 과세자료를 모두 제출하였는바(2014사업연도 증가분 방식 연구개발비 세액공제 계산내역), 이렇듯 청구법인이 관련된 과세자료를 전부 제출하였음에도 구체적인 근거나 반증없이 해당 자료에 대한 신뢰성을 부정하는 것은 청구법인에게 불리한 당기분 방식을 적용시키는 결과를 초래하는바 타당하지 아니하다.

청구법인은 당초 경정청구 접수시 경정청구 대상 사업연도인 2014년에만 경정청구 대상항목을 포함시킨 증가분 기준을 적용하였으나, 처분청에서는 2014년에만 경정청구 항목을 포함시킬 경우 직전연도 대비 경정청구 대상 사업연도의 연구개발비 지출액이 과도하게 증액되므로 당기분 방식을 적용하여 세액공제 금액을 재산출할 것을 요청하였고, 이에 따라 청구법인은 당기분 방식을 적용한 과세자료를 제출하였는데, 처분청에서는 2014사업연도에 증가분 기준을 적용하기 위해서는 2010∼2013사업연도에 대해서도 2014사업연도의 경정청구 항목과 동일한 기준으로 연구개발비 지출액을 산출하여 줄 것을 요청하였고, 이에 따라 청구법인은 2010∼2013사업연도 연구개발비 지출액을 경정청구 산출기준과 동일한 방식으로 재계산하였으며, 해당 내역과 함께 동 금액에 대한 증빙(원천징수명세서, 세금계산서, 품의서 등) 일체를 처분청에 제출하였음에도 처분청은 최종적으로 당기분 방식을 적용하여 2014사업연도 연구개발비 세액공제액을 산출하고 그에 따른 경정처분을 하였으므로 이는 부당하다.

(마) 위와 같이 청구법인이 처분청이 요구하는 모든 과세자료를 제출하였음에도 2010∼2013사업연도 자료가 2014사업연도와 동일한 기준에 의한 금액인지 여부가 불명확하다는 이유로 증가분 금액을 확정할 수 없어 증가분 방식의 적용이 불가능하다고 하는 것은 상식적으로 납득하기 어려우며, 더욱이 처분청이 스스로 증가분 방식의 적용을 위한 2010∼2013사업연도의 연구개발비 지출액 재계산 자료의 제출을 요구하였음에도 증가분 방식을 적용하지 아니하고 당기분 방식을 적용한 것은 명확한 법률적, 논리적 근거도 없이 오로지 환급세액이 더 적게 산출되는 당기분 방식을 선택한 것으로 밖에 볼 수 없으며, 이는 조특법 제10조에서 공제세액 산정방식을 증가분 방식과 당기분 방식의 두 가지 방식 중에서 선택할 수 있도록 하여 두 가지 방식 중 납세자가 보다 많은 세액공제의 혜택을 받을 수 있는 방식을 적용하도록 하려는 입법취지에도 부합하지 아니한다고 할 것이므로 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 시제품의 연구개발과정에서 지출된 쟁점비용은 시제품 자체제작에 필연적으로 발생하는 시제품 제작원가로서 조특법 제10조 제1항 및 동법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에 따른 연구개발비 세액공제가 적용됨이 타당하다고 주장하나, 조특법 제10조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에 그 각 호에서 정한 금액을 해당과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있고, 조특법 시행령 제8조 제1항 및 [별표 6] 제1호 가목은 연구・인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 1)항에서 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 연구개발 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서 등에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비를, 2)항에서 전담부서 등에서 연구용으로 사용하는 견본품・부품・원재료와 시약류 구입비를 열거하고 있으며, 조특법 시행규칙 제7조 제1항은 위 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서‘의 하나로 구 기초연구법 시행령 제16조(2014.11.19. 대통령령 제25751호로 개정된 것)에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 규정하고 있으며, 제7조 제3항은 위 기획재정부령으로 정하는 자란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자를 말한다고 규정하고 있고, 구 기초연구법 시행령 제16조 제1항 전단은 구 기초연구법 제14조 제1항 2호에서 연구 인력・시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다고 규정하며, 같은 법 시행령 제17조 제1항은 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산・판매・영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다고 규정하고 있다.

나아가 구 기초연구법 시행령 제16조 제1항 전단의 위임을 받아 세부기준을 정한 구 기초연구법 시행규칙 (2013.12.30. 미래창조과학부령 제13호로 일부 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제2호는 연구기자재란 연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 기계, 기구, 장치 및 재료로서 연구공간에 위치하는 것을 말한다고 규정하고, 같은 규칙 제3조 제3항은 제1항과 제2항에서 규정한 사항 외에 기업부설연구소의 신고에 필요한 사항은 미래창조과학부장관이 따로 정하여 고시한다고 규정하며, 이에 따라 ‘기업부설연구소와 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령’(“미래창조과학부고시” 제2013-94호, 2013.8.14., 폐지제정) 제2조 제2항 제1호 내지 제3호는 “연구소・전담부서의 직원”이라 함은 ① 연구전담요원(연구소・전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하고 연구개발과제를 직접 수행하며 연구업무 이외에 다른 업무를 겸하지 않는 자), ② 연구보조원(연구전담요원의 지시에 따라 실험・검사 및 측정 등의 업무에 종사하는 자로서 연구개발과제의 수행을 보조하는 업무이외에 다른 업무를 겸하지 않는 자), ③ 연구관리직원(연구소・전담부서 및 영리연구법인에 근무하는 연구전담요원 및 연구보조원을 제외한 자로서 연구행정, 연구지원 사무 등 연구관리업무 이외에 다른 업무를 겸하지 않는 자)을 말한다고 규정하고 있다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조), 조특법 제10조에서 규정하고 있는 연구개발비 세액공제 제도는 각종 연구기관, 기업이나 단체 및 기업의 연구개발전담부서 등에 의한 연구개발을 장려할 목적에서 그 대가로 지급되는 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 데에 취지가 있으므로, 위 관계 법령에서 규정하는 일정한 조건을 갖춘 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제의 대상으로 삼아야 할 것이고, 앞서 살핀 관계 법령의 내용을 종합하여 보면, 기업부설연구소에서 근무하는 연구전담요원이나 연구보조원으로서 인건비 세액공제 대상이 되기 위해서는 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소에서 연구개발과제를 직접 수행하거나 이를 보조하는 연구업무에 종사하면서 그 외에 다른 업무를 겸하지 않아야 하고, 재료비 세액공제 대상이 되는 연구기자재란 기업부설연구소에서 연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 것이어야 한다.

따라서, 청구법인의 연구소 소속이 아닌 품질관리팀, 품질보증팀에 소속된 신차개발 전담인력의 인건비 OOO과 해당 팀에서 지출한 시제품 외주시험비 OOO 등 쟁점비용은 연구개발비 세액공제 대상금액에서 제외한 처분은 타당하다.

(2) 청구법인은 국세의 부과제척기간이 조세채권채무관계를 조속히 확정시키기 위하여 과세관청의 처분을 제한하기 위한 것일 뿐, 납세의무자의 과세표준과 세액의 계산방법 및 범위에 제한을 두기 위한 것은 아니므로, 2010〜2013사업연도에 대한 국세의 부과제척기간이 경과하였더라도 이는 2014사업연도 연구개발비 세액공제액의 계산에 아무런 영향을 미치지 아니하여 청구법인이 2014사업연도 연구개발비 세액공제액을 산출함에 있어 2010〜2013사업연도 연구개발비 지출액을 재계산하여 증가분 방식을 적용할 수 있다고 주장하나, 청구법인의 직전 2년간 연평균 발생액 계산시 2014사업연도 연구개발비 지출항목과 동일한 기준에 상응하는 연구개발비를 포함하여 계산이 이루어져야 하나, 부과제척기간이 경과한 2010〜2013사업연도 연구개발비 지출액에 대한 조사를 할 수 없어, 그 금액을 확정할 수 없고, 따라서 2014사업연도 연구개발비 세액공제액의 계산시 증가분 방식을 적용할 수 없어 당기분 방식을 적용하여 연구개발비 세액공제액을 계산한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점비용이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부

② 2014사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제액 산정시 부과제척기간이 도과한 2010〜2013사업연도의 연구 및 인력개발비 지출액도 재계산하여 증가분 방식을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율

가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15

나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 10

3) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우 : 100분의 8

4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다)

해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의 2에 따른 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체,「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

⑤ 법 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12

【별표 6】 (2020. 2. 11. 개정)

연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조 제1항 관련)

1. 연구개발

가. 자체연구개발

1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서 등”이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

가) 「소득세법」제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액

나) 「소득세법」제29조 및 「법인세법」제33조에 따른 퇴직급여충당금

다) 「법인세법 시행령」제44조의 2 제2항에 따른 퇴직연금등의 부담금 및 「소득세법 시행령」제40조의 2 제1항 제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금

2) 전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어( 「문화산업진흥 기본법」제2조 제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제10조 제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2014.2.28. 기획재정부령 제402호로 개정된 것 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 별표 6의 제1호가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말한다.

1.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2. 「문화산업진흥 기본법」제17조의3에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서

② 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 및 전담부서"란 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 전담부서 등으로서 영 제9조제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에 따른 신성장동력산업연구개발업무 및 원천기술연구개발업무(이하 이 항에서 "해당업무"라 한다)만을 수행하는 전담부서 등(이하 이 조에서 "신성장동력산업·원천기술연구개발 전담부서 등"이라 한다)을 말한다. 다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서등이 있는 경우로서 그 전담부서등 내에 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우에는 이를 신성장동력산업·원천기술연구개발 전담부서 등으로 본다.

③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」제43조 제7항에 따른 지배주주 등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」제87조 제1항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」제87조 제1항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2014.11.19. 대통령령 제25751호로 개정된 것) 제16조【특정연구개발사업 참여기관 등의】① 법 제14조 제1항 제2호에서 "연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 미래창조과학부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정할 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

4.「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제2조제1호에 따른 중견기업으로서 직전 3개 사업연도의 평균매출액(사업연도가 1개인 경우에는 해당 사업연도의 매출액으로, 2개인 경우에는 2개 사업연도의 평균매출액으로 하며, 사업기간이 1년 미만인 사업연도의 매출액은 1년으로 환산하여 계산한다)이 5천억원 미만인 중견기업이 설립한 기업부설연구소: 7명 이상

② 법 제14조 제1항 제2호에서 "연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업의 연구개발전담부서"란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 연구개발부서로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.

⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 특정연구개발사업 참여기관 등이 확보하여야 하는 연구전담요원의 자격기준은 미래창조과학부령으로 정한다.

제17조【기업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 "기업부설연구소 등"이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 "연구전담요원 등"이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.

(5) 국세기본법 제26조의2【국세의 부과제척기간】① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2020.3.27. 처분청에 제출한 2014사업연도 법인세 경정청구서의 주요 내용은 다음과 같은바, 최초 경정청구 시부터 산정방식 변경에 따른 환급세액 변동 내역과 같이 최초 청구시에는 당초 법인세 신고시의 연구개발비를 기초로 증분액 기준을 반영OOO하여 경정청구세액 OOO을 계산한 후, 여기에서 기세액공제액 OOO을 차감하여 최종 환급세액 OOO을 산정하였다가, 처분청이 2014사업연도에 증가분 기준을 적용하기 위해서는 2010〜2013사업연도에 대해서도 2014사업연도 경정청구 항목과 동일한 기준으로 연구개발비 지출액을 산출하여 줄 것을 보정요구하자, 경정청구 연도인 2014사업연도와 동일한 방식으로 연구개발비 지출액을 재계산하여 직전 2개년인 2013년, 2012년의 연구개발비 평균액을 OOO으로 하여 경정청구세액을 OOO으로 수정한 후, 최종환급세액을 OOO으로 정정한 것으로 나타난다.

(가) 청구법인은 Instrument Panel Pad 등 자동차 내장 부품의 제조 및 판매를 주요 사업목적으로 하여, 1997년 5월 설립되었고, 2019.3.31. 기준 대주주는 OOO이며, 현재 국내에 3개의 공장OOO을 보유하고 있고, OOO를 주 고객으로 하여 제품을 공급하고 있으며, 주요 생산제품은 운전석 칵핏모듈(Cockpit Module)로서, 칵핏모듈(Cockpit Module)은 오디오, 계기판, 에어백, 공조시스템 등 작은 단위의 부품을 조립된 상태로 고객사에 공급하는 부품 단위를 의미하고, 기초연구법에 따라 2000.12.21. 기업부설연구소를 최초로 인정받았으며, 2019년을 기준으로 연구소 내에는 개발1팀, 개발2팀, 선행개발팀, 설계팀이 소속되어 있다.

(나) 청구법인이 생산하는 제품은 Instrument Panel Pad 등으로서 고객사가 제작하는 최종 완성품(자동차)의 일부를 구성하고 있어 실질적으로 납품이 가능한 제품의 생산이 이루어질 수 있도록 하나의 제품단위(칵핏모듈–Cockpit Module)로 개발을 하고 고객사에 공급을 하고 있고, 고객사의 완성품 개발일정에 맞추어 고객사가 제시하는 구성품들의 요구사항(외형, 성능, 법적요건 등)에 부합하는 제품을 개발하여 청구법인의 책임하에 납품을 하고 있는바, 이는 단순히 고객사가 요구하는 시제품의 물리적인 제작만을 수행하는 것이 아니고, 연구소에서 과거 수년간 개발업무를 통해 축적된 기술과 경험을 바탕으로 시제품 제작을 위한 설계, 시험, 제작 등이 포함된 연구개발활동을 수행하고 있다.

(다) 국세청 유권해석(법인-1117, 2009.10.12)에서는 ‘기술개발활동이 거래처의 납품의뢰에 따라 납품하는 업체가 자기책임과 비용으로 납품조건을 충족하기 위해 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은 조특법 시행령 별표6 제1호 기술개발란 가목의 자체기술개발 비용에 해당하는 것이다.’라고 해석한 바 있고, 조세심판원(조심 2014전2261, 2014.9.30.)에서도 자기책임과 비용으로 납품조건을 충족하기 위해 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발 및 Application 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은 연구 및 인력개발비용에 해당되는 것이라고 결정한 바 있으므로 청구법인의 연구소에서 수행하는 시제품의 설계, 시험, 제작 과정이 연구개발활동의 일환임이 분명하다는 전제하에 연구개발활동 과정 중 시제품 제작 과정에서 필연적으로 발생하는 재료비, 노무비, 외주가공비 등의 비용은 조특법 제10조에 따른 연구개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다고 결정한 바 있다.

(라) 청구법인의 연구개발활동의 구체적인 절차 및 내용은 아래 ＜표1＞의 내용과 같은바, 최초 견적산정 및 제시와 대금청구 업무를 제외한 모든 Process는 연구소와 각 부서의 신차개발전담 인원의 통제하에 이루어지는데, 시제품이 설계대로 제작될 수 있도록 시제품 제작 전 과정을 연구소와 각 부서의 신차개발전담 인원들이 통제 및 관리하고, 수정·재제작·완성 여부 등을 결정하고 있다.

＜표1＞ 청구법인의 연구개발활동 절차 및 내용

(마) 경정청구 대상 연구개발비 세부항목은 아래 ＜표2＞와 같은바, 그 세부내용을 보면, 신차개발전담인원 인건비의 경우 신차개발전담 인원들은 신차 개발기간 동안 연구소 인원들의 연구개발 업무 직접 지원을 전담으로 하는 인원이므로 연구개발비 세액공제 대상에 포함되어야 하고, 연구소 인원 인건비 누락분의 경우 기 신청한 연구소 인원의 국민연금, 건강보험, 고용보험 사용자 부담분과 일부 연구소 인원의 인건비 누락분이므로 이 또한 세액공제 대상이며, 설계도면 작성 외주용역비의 경우 해당 인원이 시제품 제작 과정에서 필수적인 단계에 해당하는 설계 도면작성(Drawing) 업무를 수행하게 되는데, 이는 시제품을 납품하기 위해 필연적으로 발생하는 외주가공비 성격의 시제품 제작원가에 해당하므로 세액공제 대상에 해당한다.

금형외주제작비의 경우, 청구법인의 연구개발 과정상 제작되는 금형은 양산 금형과의 재질 및 내구성에서 차이가 존재하는데, 이처럼 이처럼 양산금형과 명확히 구분되는 연구개발금형 외주제작비는 연구개발 과정상 필수적으로 발생하는 비용으로서 연구개발비 세액공제 대상비용에 해당하고, 재료비, 노무비, 시작실 시제품 조립 외주용역비 등의 경우 청구법인이 외주업체를 활용하여 제작하는 시제품과 외주업체로부터 조달한 시제품 부품을 활용하여 자체적으로 제작한 상위 단계의 시제품간의 조세형평성을 고려한다면, 자체 생산라인(생산관리팀)에 의뢰하여 시제품 제작을 수행하면서 소요되는 제작원가에 대해서도 세액공제를 적용하는 것이 타당하며, 연구용 부품비의 경우, 연구소 소속 인원들은 고객사의 요구사항을 충족시키기 위한 연구개발 활동 외에도 자체적으로 연구과제를 선정하여 새로운 제품 개발을 위한 연구를 수행하므로 이는 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에 따른 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다.

＜표2＞ 경정청구대상 연구개발비 항목 및 비용

(2) OOO지방국세청 법인세과 담당공무원이 2020년 5월 작성한 경정청구 검토보고서에 의하면, 청구법인의 경정청구 대상 연구개발비 지출액 OOO 중 신차개발전담인원 인건비와 OOO과 외주시험비 OOO 중 OOO은 연구소가 아닌 품질관리, 품질보증, 생산기술부서에 근무하는 직원의 인건비에 해당하거나, 품질보증팀 주관의 비용으로 조특법 시행령 별표6 제1호 가목의 연구개발비 세액공제를 적용받는 자체연구개발비용에 해당하지 않으므로 연구개발비 세액공제 대상에서 제외되나, 나머지 비용 지출액은 연구개발비 세액공제 대상에 포함되는 것으로 판단하였고, 연구개발비 세액공제액 산정에 있어 청구법인이 제출한 2010〜2013사업연도 연구개발비 지출내역이 부과제척기간이 경과되어 그 금액의 신빙성을 조사할 수 없다고 하여 증가분 방식이 아닌 해당연도 발생금액 공제방식을 적용함이 타당하다고 검토한 것으로 나타나고, 처분청은 2020.6.26. 동 검토내용을 경정청구 처리결과 통지 공문으로 청구법인에게 통지한 것으로 나타난다.

한편, OOO지방국세청 법인세과 담당자는 이 건 경정청구 검토 당시 국세청과 구 재정경제부의 유권해석을 예로 들면서, 증가분 방식을 따르는 경우 경정청구 과세연도인 2014사업연도 개시일부터 소급하여 4년간(2010∼2013사업연도) 지출한 연구개발비의 합계액과 그 증빙을 제출하여야 하고, 동 연구개발비 합계액의 계산은 경정청구 연도와 동일한 기준에 상응하는 연구개발비를 포함하여 계산할 것을 보정요구(2020.5.25.까지)한 사실이 있다.

(3) 청구법인은 처분청이 요구하는 모든 과세자료를 제출하였음에도 2010∼2013사업연도 자료가 부과제척기간이 도과하여 2014사업연도와 동일한 기준에 의한 금액인지 여부가 불명확하다는 이유로 증가분 금액을 확정할 수 없어 증가분 방식의 적용이 불가능하다고 하는 것은 부당하다고 주장하며, 아래 ＜표3＞과 같이 증가분 방식에 의한 연구개발비 세액공제 계산내역서를 제시하였고, 그 증빙으로 인건비의 경우 연구소 조직도, 4대 보험 납입증빙, 원천징수명세서(신차개발전담인원) 등을, 시제품 제작원가의 경우 경상개발비는 세금계산서, 제작완료보고서, 품의서, 자재정산품의서, 도면, 해석결과지, 시험성적서 등을, 금형선급금은 세금계산서, 제작완료보고서를, 외주가공비는 세금계산서, 품의서 등을 제시하였다.

＜표3＞ 증가분 방식 연구개발비 세액공제 계산내역

(4) 청구법인이 제출한 청구법인의 2014.2.1. 기준 조직도를 보면, 연구소 소속으로 선행개발팀 등 3개의 개발팀과 설계1·2팀 등 2개의 설계팀이, 별도의 품질본부 소속으로 품질관리1·2팀, 품질보증팀이, 생산본부 소속 생산기술부문으로 생산기술1·2팀이 있고, 2020.4.1. 기준 조직도에는 연구소 소속으로 개발1·2팀, 선행개발팀, 설계1·2팀이, 별도의 생산·품질본부 소속 품질부문으로 품질관리1·2팀과 품질보증팀이, 생산기술부문으로 생산기술1·2팀이 있는 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 연구개발비가 세액공제를 받기 위해서는 조특법 제10조, 같은 법 시행령 제9조 및 같은 법 시행규칙 제7조에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 등의 전담부서 등에 근무하면서 연구개발과제를 직접 수행하는 연구요원이거나 다른 업무를 겸하지 아니하고 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자의 인건비여야 하고, 재료비 등 세액공제 대상이 되는 연구용 견본품(제작에 소요된 외주가공비 포함) 등은 기업부설연구소에서 연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 것이어야 하며, 그 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 위한 활동이어야 하는 것인데, 동 연구개발비 세액공제 제도의 취지가 각종 연구기관, 기업이나 단체 및 기업의 연구개발전담부서 등에 의한 연구개발을 장려할 목적에서 그 대가로 지급되는 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 데에 있는 점을 고려하면, 관계 법령에서 규정하는 일정한 조건을 갖춘 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만이 연구개발비 세액공제 대상이 된다 할 것이다.

(나) 이 건에 있어 청구법인은 시제품의 연구개발과정에서 지출된 쟁점비용이 시제품 자체 제작에 필연적으로 발생하는 시제품 제작원가이므로 조특법 제10조 제1항 및 같은 법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에 따라 연구개발비 세액공제를 적용하여야 한다고 주장하고 있고, 처분청은 기업부설연구소에서 근무하는 연구전담요원이나 연구보조원으로서 인건비 세액공제 대상이 되기 위해서는 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소에서 연구개발과제를 직접 수행하거나 이를 보조하는 연구업무에 종사하면서 그 외에 다른 업무를 겸하지 않아야 하고, 재료비 세액공제 대상이 되는 연구기자재란 기업부설연구소에서 연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 것이어야 하므로 청구법인의 연구소 소속이 아닌 신차개발전담인력의 인건비와 생산부문 부서에서 지출된 시제품 관련 외주시험비 등 쟁점비용은 연구개발비 세액공제 대상금액에서 제외되어야 한다는 의견이다.

(다) 연구전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용할 견본품 등의 구입비용에 포함되는 비용은 같은 법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에 따라 연구개발비 세액공제 대상에 포함되는 것인바, 쟁점비용 중 신차개발전담인원 관련 인건비의 경우 연구전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용할 시제품의 생산 및 테스트 등 시제품의 제작과 관련하여 직접 대응된 원가로 볼 수 있는지 여부와 신차개발전담인원이 회사의 연구개발활동과정에서 실질적으로 연구전담부서 소속의 전담요원이나 연구보조원 등의 역할을 전담하였는지 여부 등이 다소 불분명하고, 쟁점비용 중 외주시험비 또한 외주시험을 의뢰한 시제품이 연구전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용할 견본품 등에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 아니면 외주시험을 거쳐 바로 양산 등 생산단계로 들어가기 전의 시용품 등의 성격을 지니고 있는지 여부 등이 불분명하므로 처분청이 이에 대한 재조사를 실시하여 쟁점비용이 연구전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용할 견본품 등의 구입비용에 포함되는 비용인지 여부를 확인하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

(6) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 2010∼2013사업연도의 국세부과제척기간이 이미 경과하여 해당 사업연도의 세액공제 대상 연구개발비 지출액에 대한 조사를 할 수 없고, 제시한 증빙 또한 신빙성이 있다고 보기 어려워 증가분 방식에 의한 연구개발비 세액공제가 부당하다는 의견이나, 「국세기본법」제26조의2에서 규정하고 있는 국세부과제척기간은 국세에 대한 부과권을 행사할 수 있는 기간으로 부과제척기간이 경과하면 과세관청은 같은 조 제2항의 특례제척기간을 적용할 수 있는 경우가 아닌 한 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없는 것이나, 동 규정이 개별세법에서 규정하고 있는 과세표준과 세액의 계산방법 및 범위에 제한을 두는데 그 목적이 있는 것은 아니므로, 특정 사업연도분의 국세에 대하여 부과제척기간이 경과하여 그 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 수 없다 하더라도 부과제척기간이 경과하지 아니한 이후 사업연도의 수입금액과 과세표준에 영향을 미치는 익금과 손금, 공제·감면세액 등에 대한 계산은 가능하다 할 것인 점(국심 2005서2639, 2006.8.31. 같은 뜻임), 청구법인이 최초 경정청구 이후 처분청의 요청에 따라 2010∼2013사업연도 연구개발비 지출액을 경정청구한 사업연도의 산출기준과 동일한 방식으로 재계산한 후, 관련 증빙으로 인건비의 경우 연구소 조직도, 4대 보험 납입증빙, 원천징수명세서(신차개발전담인원) 등을, 시제품 제작원가의 경우 경상개발비는 세금계산서, 제작완료보고서, 품의서, 자재정산품의서, 도면, 해석결과지, 시험성적서 등을, 금형선급금은 세금계산서, 제작완료보고서를, 외주가공비는 세금계산서, 품의서 등을 제시한 점 등을 고려하면, 청구법인의 2014사업연도 연구개발비 세액공제액을 과년도 지출 연구개발비 등을 감안하여 증가분 방식으로 재계산하여야 한다는 청구주장에 일응 타당성이 있어 보인다.

따라서, 처분청은 청구법인이 제시한 과년도 연구개발비 지출 관련 증빙서류 등에 대한 재조사를 실시한 후, 확인된 세액공제 대상 연구개발비를 증가분 방식으로 재계산하여 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.