가. 주식회사 OOO종합식품(이하 “OOO종합식품”이라 한다), 주식회사 OOO가구(이하 “OOO가구”라 하고, OOO종합식품과 합하여 “청구법인들”이라 한다) 및 손OOO(이하 청구법인들과 손OOO을 합하여 “청구인들”이라 한다)은 서로 연접한 토지(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 2005.6.14. 주식회사 OOO주택건설(이하 “OOO주택건설” 또는 “양수법인”이라 한다)에게 아파트 건설용 부지로 OOO원에 양도하는 계약을 체결하고, OOO주택건설로부터 2005.10.26. 연체료 OOO원과 함께 잔금 OOO원을 수취하였다.

나. 처분청은 청구인들이 쟁점부동산을 일괄양도 하였음에도 청구법인들 토지는 기준시가보다 낮게, 청구법인들의 대표이사인 손OOO의 토지는 기준시가보다 높게 신고하였다고 보아, 부당행위계산 부인규정을 적용하여 양도가액을 기준시가로 안분계산하고, 신고가액과의차액을 익금산입하여 OOO종합식품에게 2011.2.24. 2005사업연도 법인세OOO원 및 소득금액변동통지 OOO원을, 2011.3.16. 2005사업연도 법인세 OOO원 및 소득금액변동통지 OOO원을, OOO가구에게 2011.2.24. 2005사업연도 법인세 OOO원 및 소득금액변동통지 OOO원을, 2011.3.14.2005사업연도 법인세 OOO원 및 소득금액변동통지 OOO원을, 손OOO에게 2011.3.14. 종합소득세 OOO원과 소득금액변동통지 OOO원 및 OOO원을 각각 경정·고지 및 통보하였다(연체료에 대한 불복청구는 2013.2.22. 취하함).

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.5.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 청구인들과 양수법인의 개별 매매가액은 그대로 인정되어야 하고, 기준시가를 기준으로 익금산입한 결과를 반영할 때 사실상 청구법인들의 토지의 가치는 취득가액 대비 9.7배, 4.7배 증가한 반면, 10차선 50m 도로에 접한 주유소 부지인 손OOO의 토지는 취득가액 대비 1.3배 증가한 것으로서 기준시가 비율로 안분한 것은 경제적 합리성이 결여된 것이며, 청구법인들과 손OOO의 토지 취득가액은 취득시 공시지가 대비 0.5, 1, 2.9이나, 처분청의 안분가액은 양도시 공시지가 대비 4, 4, 3.5로서, 기준시가는 시장가치를 제대로 반영하지 못하므로 합리성이 결여된 것으로서, 쟁점부동산 거래를 일괄양도로 간주하여 기준시가로 안분계산한 것은 근거 없어 조세법률주의에 위배된다. 처분청이 안분근거로 삼은 구 「법인세법」 제99조 제5항, 동법 시행령 제141조, 「부가가치세법 시행령」 제48조의2 제4항 단서는 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 해당 자산간 가액구분이 불분명할 때 적용하는 규정이므로 본 건과 같이 개별양도가액이 구분되는 상황에는 적용되지 않는 것이고, 손OOO 토지는 객관적으로 양도가액에 상응하는 실제가치가 있는 토지이며, 청구법인 및 손OOO 토지의 양도가액은 각각 가격형성 요인에 차이가 있으므로 양도가액을 단순 상대 비교하는 것은 의미가 없고 불합리하다.

(2) 일괄양도한 것으로 보더라도 손OOO의 토지에 대하여 감정평가법인 OOO감정원이 2012.4.2. 소급하여 감정한 가액이 있으므로 감정평가가액으로 안분하여야 하는 바, OOO감정원 감정자료에 의하면, 본건과 같은 아파트 예정부지는 일반적인 시장가격과는 괴리가 있고, 이는 부동산시장의 국지성, 개별성, 비공개성 등으로 인해 나타나며 매도자 중심시장으로 거래당사자간 경제적 합리성을 추구하기 위해 형성된 가격으로 한정가격이라고 하고 있다. 손OOO 토지에 대한 감정평가액은 OOO원이고, OOO종합식품 토지의 감정평가액은 OOO원이며, OOO가구 토지의 감정평가액은 OOO원으로서 각 토지에 대한 감정평가액이 있으므로 기준시가보다 우선적으로 감정평가액을 기준으로 안분하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인들의 대표자 손OOO과 양수법인의 대표자 박OOO은 1989년부터 정당 활동을 하면서 알게 된 사이로서 전체 가액을 공시지가의 395%로 정하고 법인과 대표이사의 가액을 차별하여 개별계약서를 작성한 것이며, 각 계약서에 기재된 매매가액은 손OOO의 요구에 의하여 임의로 배분한 것이므로 청구법인의 부동산과 대표이사의 부동산은 OOO원에 일괄양도된 것이다. 청구법인들 및 대표자의 개별매매계약서상 각 소유자별 토지가액 산정은 합리적 근거에 의한 것이라거나 객관적인 시가를 반영한 것으로 볼 수 없는 바, 청구법인들의 토지에 대해서는 지나치게 낮춘 양도가액으로 작성하였고, 손OOO의 토지는 기준시가 과세대상으로 지나치게 높은 가액으로 임의 배분한 것이므로 부당행위계산 부인규정 적용대상이다. 대표자가 청구법인들의 토지가액과 본인 토지가액을 객관적, 합리적 근거 없이 총 양도가액을 배분하여 개별적으로 정하였으므로 특수관계자와의 거래에 해당하고, 대표이사가 자신의 조세회피 목적에 맞도록 양도가액을 임의로 결정한 행위는 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제9호의 부당행위계산에 해당하며, 법인세 신고기한 말일인 2006.3.31.에 와서야 청구법인들의 토지에 대하여 감정을 실시하여 감정가액과 유사하게 법인세를 신고한 이유는 부당행위계산부인을 회피할 목적으로 뒤늦게 소급하여 감정한 것으로, 합리적인 기준인 기준시가를 적용할 경우 부당하게 조세부담을 감소시킨 사실이 인정되므로 당초 과세처분은 잘못이 없다.

(2) 청구법인들의 토지와 대표자 토지의 시가가 불분명한 이 건의 경우, 안분방법에 있어서 청구법인들과 그 대표자는 특수관계자로 서로의 이해관계 또는 조세회피 책략에 따라 각 양도가액의 임의조정이 가능한 상황이므로 객관적 가치를 잘 반영하는 방법으로 감정기관이 적정하게 평가한 감정가액이 모두 있는 경우에는 각 감정가액비율로, 어느 하나라도 감정가액이 없다면 각 기준시가의 비율로 안분하여야 할 것인 바, 청구법인들의 토지에 대해서만 지나치게 낮춘 각 법인토지의 양도가액이 향후 조세대응 목적으로 세무서제출용 소급감정평가를 형식적으로 실시하였으므로 토지의 기준시가 비율로 안분할 수밖에 없다. 각 소유자별 토지에 대해서 감정기관이 적정하게 평가한 감정가액을 제시하여야 하나, 청구법인들은 세무서제출용 소급감정평가를 형식적으로 실시하였다. 일반적으로 감정기관이 적정하게 평가한 감정평가서의 토지단가 결정(=산정지가) 산식은 「표준지공시지가 × 지가변동률 × 지역요인 × 개별요인 × 기타요인」으로 구성되나, 청구법인들이 제시한 토지의 감정평가서를 보면, 각각 공시기준일로부터 가격시점까지의 지가변동추이 및 당해 토지의 위치, 형상, 환경 등 토지의 객관적 가치에 영향을 미치는 제요인과 인근 지가수준 등을 종합적으로 참작하여 각 토지의 가액을 평가하였다는 취지만이 기재되어 있을 뿐, 인근 유사토지의 가격수준 뿐만 아니라 비교표준지 간의 지역요인, 개별요인 등의 구체적인 품등비교 내역이나 그 격차율 등의 기재가 전혀 없이 청구법인들 각 토지가액의 평가에 여러 가격산정 요인이 어떻게 참작되었는지를 알 수 있는 구체적인 내용이 전혀 기재되어 있지 않고 있고, 특히, 주변토지의 적정한 시세가 이미 공시지가의 350% 수준을 상회하고 있음에도 ‘기타요인’으로 반영하지 않았으므로(“별도 보정요인 없음”으로 기재됨), 지역요인이 동일한 대표자 토지에 대해서도 동일한 방법으로 감정평가를 실시하였다면 공시지가 격차율(개별요인의 차이)과 크게 다를 바 없고, 청구법인들의 2006.3.31. 감정은 소급 감정으로 당시 부동산 가격 결정의 핵심요소인 아파트부지 편입에 따른 토지가치가 제대로 반영되지 않은 부실감정이므로 감정가액을 시가로 인정할 수 없다. 추가로 제출한 손OOO의 토지의 감정평가 역시 여러 가격 산정요인이 어떻게 참작되었는지 알 수 있는 구체적인 내용이 전혀 기재되어 있지 않고, 평가가액(OOO원)만 기재되어 있어 막연하고, 서로 연접하여 동일지역, 동일지목인 경우 가액이 비슷해야 함에도 감정가액이 공시지가에 비해 8배 이상으로 상당히 높고, 대표자의 개인보유토지를 추가로 감정하려면 청구법인들의 토지도 같이 동일한 기준에 의해 한꺼번에 감정해야 함에도 이번엔 대표자 개인보유토지만 별도로 감정하여 신뢰할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인들과 대표이사 토지의 양도에 대하여, 부당행위계산부인 규정을 적용하여 총 양도가액을 기준시가로 각각 안분계산하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제52조【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가” 라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제88조【부당행위계산의 유형 등】 ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

제89조【시가의 범위 등】 ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만，재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것) 제48조의2【과세표준의 안분계산】 ④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 손OOO은 OOO종합식품, OOO가구의 대표이사로서 OOO에 서로 연접한 OOO종합식품, OOO가구, 손OOO(처남 최OOO 명의의 토지 포함) 소유의 쟁점토지(10,086㎡) 및 쟁점건물(4,054㎡)을 2005.6.14. OOO주택건설에게 아파트건설용부지로 양도하는 계약을 체결하였는 바, 검인계약서에 기재된 토지 및 건물의 양도가액은 <표1>과 같다.

(가) 청구법인들은 2006.3.31. 주식회사 OOO감정평가법인(이하 “OOO감정평가법인”이라 한다)에 가격시점을 2005.10.27.로 하여 감정평가를 실시하였으나, 손OOO 소유토지에 대하여는 별도의 감정평가를 실시하지 아니하였다.

(나) 청구인들의 법인세 신고시 양도차익 및 양도소득세 신고내역은 아래의 <표2>와 같이 나타난다.

(다) OOO지방국세청장은 2010.1.21.부터 2010.3.12.까지 청구법인들을 조사하여 손OOO이 양수법인에게 쟁점토지(건물양도는 적정한 것으로 판단함)를 같은 날짜에 총OOO원으로 사실상 일괄 양도하면서 개인은 기준시가로, 법인은 실지거래가액으로 과세된다는 점을 이용하여, 법인세 부담을 감소시키고 손OOO에게 부당한 이익을 분여할 목적으로 법인소유 토지의 양도가액은 공시지가보다 낮게, 손OOO 개인소유 토지의 양도가액은 공시지가보다 지나치게 높게 매매계약서를 각각 작성한 것으로 보아, OOO종합식품 및 OOO가구가 2005사업연도 법인세 신고시 감정평가액을 감안하여 양도가액으로 신고한 것이, 향후 조세대응 목적의 형식적 소급감정평가로 객관적인 시가를 반영한 가액이 아니라고 조사하였다.

(라) 처분청은 「법인세법」 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 쟁점토지의 총 양도가액 OOO원을 OOO종합식품, OOO가구, 손OOO 토지의 기준시가를 기준으로 각각 안분하여, OOO종합식품 및 OOO가구의 안분가액(OOO원 및 OOO원)에서 법인세신고시 양도가액(OOO원 및 OOO원)을 차감한 OOO원 및 OOO원을 각 법인의 익금에 산입하고 대표자에게 상여처분하여 소득금액변동 통지하였는 바, 구체적인 과세내역은 아래의 <표3>과 같다.

(2) 처분청이 제시한 심리자료의 주요 내용은 아래와 같다.

(가) OOO종합식품 및 OOO가구의 토지는 대표자 손OOO의 토지등과 함께 총액 OOO원에 일괄양도된 것으로, 양수법인은 2002년 9월부터 OOO 일대에 아파트 신축·분양사업을 목적으로 회사설립을 준비하여 2003.3.26. 설립등기하였고, 회사설립 중인 2002.11.20. OOO 453-2 등 2필지 매매계약을 시작으로 2006.2.6.까지 아파트단지 건설용지 28필지에 대한 토지취득계약을 완료하였으며, 손OOO과 박OOO은 지역구 국회의원 정당활동 관계로 알게 되었고, 손OOO이 국회의원 후원회 총무를 맡고 있을 때 박OOO은후원회 청년조직에 소속되어 7～8년 같이 일을 했다고 서로 진술하였다.

(나) 쟁점부동산의 각 계약서상의 매매가액은 손OOO의 요구로 임의 배분가액으로 작성된 것이다.

1) 양수법인의 대표이사 박OOO은 “주택사업 시행을 위해 토지를 매입해야 할 약자이기 때문에 손OOO의 요구대로 각 필지별 매매가액을 결정할 수밖에 없었고, 청구법인 토지의 각 매매계약은 손OOO이 경매로 싸게 취득한 대지라 하여 그 매매가액을 낮게 하겠다고 하였고, 대표자 토지의 매매가액은 비싸게 취득한 대지라 하여 비싸게 매매해야 한다고 요구하여 결정한 것이다. 본인은 토지 전체 가액이 다소 비쌌지만 당시의 매입예산 범위내에 들어와 쟁점부동산 전체가액을 OOO원(평당 OOO원)으로 하여 매수한 것이고, 매수자 입장에서 각 필지의 특성상 그 중 대표자 토지를 주변시세보다 5배 이상 높은 가격으로 매입해야 할 만큼 그 토지의 특별한 가격형성 요인은 없으며, 매도자인 손OOO이 그렇게 요구한 것이다.”라는 취지로 진술(2010.2.18.)을 하였다.

2) 손OOO의 “양수법인의 대표이사가 청구법인들의 토지를 취득하지 못한다면 사업이 중단될 가능성이 높다면서 토지의 매도를 간곡히 요구하여 처분을 결정하고 매매협상에 임하였다”라는 진술( 2010.2.22., 2010.3.5.) 내용을 보더라도 청구법인들의 토지와 손OOO 토지를 일괄하여 매매협상을 하면서 합의된 총 매매가액으로 소유자별 매매가액을 임의로 조정한 것임을 알 수 있다.

(다) 2010.1.21. 손OOO 개인사무실 PC에서 세무조사시 징취한 한글문서 파일에는, 매도자인 손OOO과 양수법인 간에 내부문서인 매매합의서와 각서를 작성한 사실이 확인된다.

1) 매매합의서에는 청구법인 토지와 대표자 토지 등 6필지 전체 매매가액을 합계 OOO원(평당 OOO원)으로 정하고, 추후 각 필지별 매매가액을 쌍방 협의하여 정하며, 각 필지별 매매가액 등에 대한 대외비밀 엄수 등이 포함되어 있다.

2) 각서에는 손OOO 개인소유 부동산을 고가로 매입하는 계약조건에서 손OOO이 양수법인의 대표이사 등에게 사례금을 지급한다는 내용과 함께 차후 토지의 세금 및 법률적 문제 발생시 적극 협조한다는 내용이 포함되어 있다.

(라) 손OOO은 청구법인들의 주식 지분 93% 및 100%의 권리를 실질적으로 행사하는 과점주주이면서 법인의 경영을 사실상 지배하는 대표이사로, 쟁점부동산 양도의 대표행위를 함에 있어서도 청구법인들을 자기의 의사대로 자유롭게 사실상 지배·운영하는 지위에 있기 때문에 자기의 이익을 위해 대표권을 남용하여도 회사로부터의 감시 또는 민·상법상의 제재를 받지 않는다는 점을 악용한 것이다.

(마) 국세통합전산망에는 김OOO이 OOO저축은행 주식을 소유한 사실이 나타나지 않고, 금융감독원 전자공시시스템에도 김OOO이 OOO저축은행 임원으로 근무한 사실 나타나지 않으며, 국세통합전산망상 근로소득자료에 1996년 이후 OOO저축은행에 근무한 사실이 나타나지 않는다.

1) 급여는 아래의 <표4>와 같이 박OOO이 김OOO보다 더 많이 수령한 것으로 나타난다.

2) 양수법인인 OOO주택건설 방문 당시 박OOO의 방이 김OOO의 방보다 훨씬 큰 것으로 조사되었다.

(3) 청구인들은 청구법인들 및 손OOO의 개별 매매계약서상 소유자별 토지가액은 사회통념 및 객관적인 시가를 반영하는 합리적인 가격이라는 주장으로 주요 주장내용은 아래와 같다.

(가) 양수법인의 아파트건설용지(28필지)에 대한 실제 매매실례가격에 비추어 볼 때에도, 손OOO의 토지 양도가액은 사회통념상 실제 가치를 적절하게 반영하고 있음을 알 수 있다.

(나) 기준시가로 안분계산한 결과는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격과는 거리가 멀고, 기준시가비율로 안분했을 때 소유자별 취득가액대비 양도가액 비율이 OOO종합식품 9.7배, OOO가구 4.7배, 손OOO 1.3배에 불과하며, 사실상 맹지이며 나대지인 청구법인들 토지의 가치는 취득이후 4.7～9.7배 증가한 반면, 10차선 50m 도로에 연접한 주유소 부지인 손OOO 토지는 1.3배만 증가한 것이 되어 불합리하다.

1) 처분청의 의견대로라면 가장 요지에 있는 손OOO은 OOO원에 취득하여 OOO원에 처분한 것이 되고, OOO종합식품은 OOO원에 취득하여 OOO원에 처분한 것이 되는데 만약 손OOO과 OOO종합식품이 특수관계자가 아닌 제3자라면 손OOO이 쟁점토지를 불과 OOO원의 이익만을 남기고 처분하였을 리가 없다.

2) 쟁점토지는 사실상 맹지이며 나대지로서 실제 가치가 크게 증가하기 어려운 토지이고, 실제로 OOO종합식품, OOO가구, 손OOO 토지의 취득가액은 취득시 공시지가 대비 0.5, 1, 2.9였으나, 처분청의 안분가액은 양도시 공시지가 대비 4, 4, 3.5로서, 기준시가는 시장가치를 제대로 반영하지 못하므로 합리성이 결여된 것이다.

(다) 쟁점토지를 감정평가한 OOO감정평가법인은 「법인세법」상의 감정평가법인으로 OOO본사 및 전국 13개 지사에 171명의 감정평가사를 보유한 업계 8위 수준으로서, 감정평가법인의 감정평가서를 다시 평가하여 판단할 권한이 없는 처분청이 부실감정이라고 단정하는 것은 부당하다.

(라) 청구법인들은 OOO저축은행의 이사 출신이면서 양수법인의 실질 대표자인 김OOO과 매매거래 관련 협의를 하였고, 양수법인의 공동대표인 박OOO은 양수법인의 바지사장으로 쟁점부동산이 일괄양도 되었고, 손OOO이 가격을 임의로 배분하였다는 박OOO의 진술은 사실과 다르다.

(마) 국세청 심사청구(양도 2011-114호, 2011.11.11.)에서 실지거래가액 과세대상의 손OOO 토지인 OOO, 같은 곳 OOO을 기준시가 과세대상인 OOO과 함께 양도한 것(이하 “2차 양도”라 한다)에 대하여, OOO세무서장이 2차 양도분에 대하여 기준시가에 의하여 안분하여 과세하였으나, 국세청장에게 심사청구한 결과 개별계약을 한 것으로 보아 부당행위계산부인 적용대상에서 제외하여 취소로 결정하였는 바, 쟁점토지의 양도도 개별거래이므로 과세처분은 부당하다.

(바)　일괄양도한 것으로 보더라도 손OOO의 토지에 대하여 추가로 감정평가법인 OOO감정원이 2012.4.2. 소급하여 감정한 가액이 있으므로 쟁점토지를 감정평가가액으로 안분하여야 한다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점부동산의 거래는 일괄계약이 아닌 개별 계약으로 매매계약을 체결한 것이고, 양도가액의 구분이 불분명한 경우에 해당되지 않으며, 경제적 합리성이 있는 거래로 부당행위계산 부인규정을 적용하여 쟁점토지의 양도가액을 기준시가로 안분하여 과세한 처분은 부당하다는 주장이나, 「법인세법」제52조 제1항 및 제2항은 특수관계자와의 거래로 인하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인의 행위 또는 계산에 관계없이 법인의 소득금액을 계산하도록 규정하고 있고, 법인의 부당행위계산의 부인규정을 둔 본래의 취지는 법인이 세법에서 규정한 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 그 거래가 세법에서 열거한 제반거래형태를 빙자하여 조세법을 남용함으로써 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감되었다고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령이 정하는 방법에 의하여 객관적으로 타당하다고 보여지는 소득이 있었던 것으로 의제하여 이를 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는데 있는 것(대법원 2005두7358, 2005.9.29. 참조)인 바,

손OOO은 청구법인들의 대표이사이자 각각 93% 및 100%의 지분을 가지고 있는 과점주주로 실질적으로 청구법인들의 경영을 지배하는 자로 특수관계자에 해당하고, 손OOO 개인의 토지는 양도소득세 신고시 기준시가 과세대상으로 기준시가의 2,157%, 실지거래가액 과세대상인 청구법인들의 토지는 기준시가의 79% 및 91%로 각각 매매계약을 체결한 것은 손OOO 토지의 취득가액, 형상·위치 및 사용용도 등을 감안한다 하더라도 합리적인 매매가액으로 볼 수 없는 것인 반면, 쟁점토지를 양수한 OOO주택건설의 대표이사 박OOO은 손OOO의 요구에 의하여 각 필지별 매매가액을 결정할 수밖에 없었다고 진술하였고, OOO지방국세청장의 세무조사시 손OOO의 개인사무실에서 확보한 매매합의서에는 매매가액을 OOO원으로 정하되 추후 각 필지별 매매가액을 쌍방 협의로 결정하도록 한 사실이 나타나고, 각서에는 손OOO 개인소유 부동산을 고가로 매입하는 계약조건에서 손OOO이 양수법인의 대표이사 등에게 사례금을 지급한다는 내용과 함께 차후 토지의 세금 및 법률적 문제가 발생하는 경우 적극 협조한다는 내용이 나타나는 점, 손OOO 개인의 토지 양도에 대한 국세청 심사결정(양도 2011-114호, 2011.11.11.)에서 실지거래가액 신고대상인 465-1 및 465-5(계약일 2005.12.26.)는 아파트사업부지에 편입된 사실을 알지 못하여 싸게 매각한 것이고, 기준시가 과세대상인 465-7(계약일 2005.12.30.)은 아파트사업부지에 포함된 것을 알게 되어 높은 가격을 요구하여 가격이 높게 책정되었다는 주장이 받아들여진 것인 바, 쟁점토지의 계약일은 모두 2005.6.14.로 손OOO이 아파트사업부지에 편입된 사실을 알게 되었다는 2005.12.30. 이전이므로 특별히 공시지가의 2,157%까지 높게 받을 요인은 없는 것으로 보이는 반면, 청구법인들은 쟁점토지를 기준시가 이하로 양도해야 할 특수한 경제적 사정 및 합리적이고 정당한 사유 등을 찾을 수 없는 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인들의 쟁점토지 매매계약서상 양도가액은 부당행위계산 부인대상에 해당되는 것이라 할 것이고,

청구법인들의 토지에 대한 감정평가는 2006.3.31. OOO감정평가법인이 가격시점을 2005.10.27.로 하여 법인세 신고 목적으로 소급감정한 가액이고, 손OOO의 개인토지에 대한 감정평가는 우리 원에 심판청구하여 심리진행중인 2012.4.2.에 2005.6.14.을 가격시점으로 소급감정한 가액으로, 가격시점 및 감정평가법인에 있어 서로 상이한 점, 청구법인들의 토지와 손OOO의 개인토지를 동일한 감정평가법인에서 감정평가를 하였다면 청구인들이 주장하는 쟁점토지의 각 배분가액과 달라질 것으로 예견되는 점을 고려할 때, 청구인들이 제시하는 감정평가가액으로 양도가액을 배분하여야 한다는 주장은 받아들이기 어려운 것으로 보인다.

따라서, 청구인들이 쟁점토지의 양도가액을 임의로 배분한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 기준시가로 안분하여 과세한 처분청의 과세처분은 달리 잘못이 없는 것(대법원 2009두3705, 2009.5.28. 참조)으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.