가. 청구인은 1972.11.30. 서울특별시 OOO을 취득하여 2009.6.30. OOO원에 양도하였고, 2009.8.28. 공부상 면적(토지 125.2㎡, 주택 34.18㎡, 상가 20㎡)을 기준으로 주택면적이 상가면적보다 큰 것으로 보아 쟁점겸용주택 전체에 대해 1세대 1주택 비과세(고가주택) 규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.

나. 처분청은 2013.4.22.～2013.6.22. 기간 동안 청구인의 쟁점겸용주택 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점겸용주택이 2001년 불법증개축 등으로 양도 당시 상가면적(64.6㎡)이 주택면적(60.4㎡)보다 큰 것으로 보아 2013.9.12. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.10. 이의신청을 거쳐 2014.5.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

“양도일 현재 1세대 1주택으로서 당초 상가면적이 주택면적보다 큰 겸용주택에서 일부 용도변경으로 인해 주택면적이 상가면적보다 큰 겸용주택이 된 경우 건물 전체를 주택으로 보아 장기보유특별공제율을 적용하는 것으로 건물의 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액은 「소득세법」 제95조 제2항의 건물의 보유기간에 따른 표1과 주택의 보유기간에 따른 표2의 공제율 중 큰 공제율을 적용하여 계산하는 것”으로 회신한 예규, “장기보유특별공제율 적용시 양도일 현재 주택면적이 주택 외 면적보다 크다고 하여 겸용주택 전체 보유기간을 주택보유기간으로 인정하는 것이 아니라 주택면적이 주택 외 면적보다 커서 전체를 주택으로 인정하는 기간만 주택보유기간으로 보는 것이 타당하다”는 선결정례(조심 2010서3556, 2011.6.17.)에 따를 경우 청구인은 쟁점겸용주택을 취득한1972.11.30.부터 불법증개축을 하였던 2001년 8월까지 28년 이상 동안 주택연면적이 상가연면적보다 크므로(토지 125.2㎡, 주택 34.18㎡, 상가 20㎡) 동 기간 동안은 주택 보유기간에 해당되어 표2를 적용할 경우 장기보유특별공제율이 80%이고, 불법증개축 이후 양도시까지 기간 동안은 상가면적 부분에 대해 표1을 적용할 경우 장기보유특별공제율은 21%이므로 이 중 장기보유특별공제율이 큰 80%를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점겸용주택은 2001년 불법증개축 전부터 상가면적이 주택면적보다 커서 전체를 주택으로 보아야 하는 기간이 없고, 「소득세법」 제95조에서 1세대 1주택과 그 부수토지에 대한 장기보유특별공제는 표2에 따라 10년 이상 보유주택은 80%를 적용하되 이 외의 부동산에 대하여는 별표1에 따른 30%를 적용하는 것으로 되어 있어 쟁점겸용주택 중 양도 당시 상가면적이 커 상가와 상가부수토지에 대한 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점겸용주택의 장기보유특별공제액 산정시 보유기간별 공제율 적용의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것)

제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(2) 소득세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제154조【1세대 1주택의 범위】③ 법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택 외의 부분의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점겸용주택 양도소득세 예정신고 내역 및 처분청이 양도 당시 실제 상가면적이 주택면적보다 큰 것으로 보아 양도소득세를 경정·고지한 내역은 다음과 같다.

(2) 청구인은 쟁점겸용주택 취득 당시(1972.11.30.)부터 불법증개축이있었던2001년 8월까지 기간(28년 이상) 동안은 공부상 면적(토지 125.2㎡, 주택 34.18㎡,상가 20㎡)을 적용하여야 하고, 이 경우 주택연면적이 상가연면적보다 큰 기간이 10년 이상이므로 쟁점겸용주택 전체 양도차익에 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 양도소득금액을 계산하여야 한다고 주장하고 있다.

(3) 처분청은 불법증개축 이전부터 상가면적이 주택면적보다 커서 청구인의 주장은 타당하지 않다는 의견이며, 다음과 같은 자료를 제시하였다.

(가) 처분청이 서울특별시 종로구청장에게 요구하여 회신받은 쟁점겸용주택에 대한 2005년부터 2010년까지의 재산세 과세내역을 아래와 같이 제시하였다.

(나) 처분청은 쟁점겸용주택이 1977년부터 2009년까지 상가 3개(64.6㎡)로 계속 사용되었다고 주장하며 그 근거로 쟁점겸용주택 주소지상 사업자등록을 한 사업자 내역을 다음과 같이 제시하였다.

(4) 쟁점겸용주택 토지 및 건물등기부등본, 일반건축물대장에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(5) 쟁점겸용주택의 불법증개축 발생시기에 대하여 청구인은 2002년부터 이행강제금이 부과된 사실을 근거로 2001년 10월경이라고 주장하고 있고, 서울특별시 종로구청의 단속대장에는 1982.4.12.～2001.10.18.로 기재되어 있다.

(6) 청구인의 쟁점겸용주택 양도시 「소득세법」 제95조 제2항에서 규정하고 있는 장기보유특별공제율 표2 적용요건 중 1세대 1주택(고가주택)의 요건은 모두 충족하였다는 것에 대해서 처분청과 청구인 간에 다툼은 없다.

(7) 「소득세법」 제95조 제1항 및 제2항에서 양도소득금액은 양도소득의 총수입금액에서 필요경비를 공제하고 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 하며, 장기보유특별공제액은 그 자산의 양도차익에 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말하되, 다만, 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점겸용주택 양도 당시 상가면적이 주택면적보다 큰 상태였다는 사실은 인정하면서도 쟁점겸용주택이 상가로 불법증개축 되기 전에는 주택면적이 상가면적보다 큰 상태를 유지한 기간이 10년 이상이므로 쟁점겸용주택 전체의 양도차익에 대한 장기보유특별공제율은「소득세법」제95조 제1항 및 제2항 표2에 따라 80%를 적용하여야 한다고 주장하나,양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하는 양도소득세에서 어떤 자산의 양도가 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 양도되는 자산의 양도시기를 기준으로 판단하여야 할 것(대법원 2012.9.27. 선고 2010두12675 판결, 같은 뜻임)인바, 쟁점겸용주택 양도 당시에는 상가면적이 큰 상태였으므로 쟁점겸용주택 전부를 주택으로 볼 수는 없고, 상가와 주택을 각각 구분하여 쟁점겸용주택의 양도차익 및 장기보유특별공제액을 산정하여야 할 것이어서처분청이 양도 당시 쟁점겸용주택 중 상가부분 건물 및 부수토지에 해당하는 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제율 30%를, 주택부분 건물 및 부수토지에 해당하는 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제율 80%를 각 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.