가. 청구법인은 1991.12.12. 정관 상 신앙을 근간으로 하여 하나님께 예배드리고 국내외 선교사업, 구호사업, 사회사업 등과 관련 토지․건물 및 설비품 등을 소유․관리함을 목적으로 설립된 비영리내국법인으로, 1997.2.21. 취득한 OOO대지 326㎡ 및 지상건물 164.78㎡(1998.2.10. 신축), 같은 동 22-5 전 1,363㎡ [이 중 282㎡를 제외한 1,081㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)] 및 같은 동 22-6 도로 10㎡ 등 합계 대지 1,699㎡ 및 건물 164.78㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2018.12.14. OOO에 양도한 후, 2018사업연도 법인세 신고 시 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 동 토지에 대한 유형자산처분이익 OOO계상하여 법인세 OOO토지 등 양도소득에 대한 법인세(10% 중과) OOO합계 OOO납부하였다가, 동 토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 사업용 토지로 보아 2019.6.11. 처분청에 과다납부한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 2019년 7월경 청구법인의 경정청구한 내용을 검토한 결과, 쟁점토지의 구체적인 용도가 정하여져 있지 아니한 상태로 재산관리 목적상 전으로 경작되었고, 청구법인은 그 수확물을 종교활동 이후 다과 및 식재료 등에 사용하였다고 하나, 이를 객관적으로 입증하지 못하여 관련 법령 또는 정관에서 정한 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2019.8.14. 청구법인에게 동 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.10.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 대표자인 담임목사 등이 쟁점토지를 직접 경작하였음이 농지원부 및 신도들의 농지사용확인서 등에서 확인되고 있고, 쟁점토지의 면적은 327평이고 다른 곳에 판매할 정도로 수확량이 많지 않았으며, 그 소출을 교회사업 등에 직접 사용하였는바, 쟁점토지는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에서 정한 고유목적사업에 직접 사용된 사업용 토지로, 과다납부한 법인세 환급을 구하는 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 지목이 전이고, 청구법인이 이를 종교 등 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하여 OOO구청으로부터 재산세 부과를 받았으며, 청구법인이 양도한 쟁점부동산(종교용지) 중 쟁점토지가 차지하는 면적비율은 약 70%정도이고, 1997년 취득 이후 2018년 양도 시까지 장기간 종교 관련시설로 사용하지 아니한 상태에서 채소 등 경작물을 경작하였다는 것은 관련 법령 및 정관에서 정한 고유목적사업에 직접 사용된 것이라 할 수 없으며, 담임목사 및 신도들이 작성한 농지사용확인서 외에는 청구주장을 뒷받침할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하는바, 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 사용되었는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만,「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

(2) 법인세법 시행령

제3조(수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

제92조의5(농지의 범위 등) ① 법 제55조의2 제2항 제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

③ 법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 농지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

5. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 「지방세법 시행령」제22조에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지

⑤ 법 제55조의2 제2항 제1호 나목 단서에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 3년을 말한다.

(3) 지방세법 시행령

제22조(비영리사업자의 범위) 법 제11조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”란 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 청구법인은 2018.12.14. 쟁점부동산을 OOO에게 양도(아래 ＜표1＞ 참조)한 후, 2018사업연도 법인세 신고 시 쟁점토지를 제외하고는 정관 등에서 정한 고유목적사업에 직접 사용하였다고 하여 비과세대상으로 하고, 쟁점토지는 비사업용 토지로 보아 그에 대한 유형자산처분이익 OOO계상하여 법인세 OOO및 토지 등 양도소득에 대한 법인세(10% 중과) OOO합계 OOO을 납부하였다.

＜표1＞ 쟁점부동산의 취득 및 양도내역

(단위 : ㎡)

(나) 청구법인의 2019.6.11.자 처분청에 한 경정청구 내용을 보면, ① 청구법인의 대표자인 담임목사 OOO과 신도들이 2014.6.19.부터 쟁점토지를 경작하여 소작물을 종교활동의 일환인 예배 후 다과ㆍ식재료 및 지역사회 봉사 등에 사용하였으므로 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정한 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 법인세 납세의무가 없고, ② 「법인세법」제55조의2 제2항 제1호 가목 단서규정 및 같은 법 시행령 92조의5 제3항 제5호의 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 「지방세법 시행령」제22조에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지로 비사업용 토지에 해당하지 아니함에도 착오로 법인세를 과다납부한바, 이의 환급을 구한다(아래 ＜표2＞ 참조)는 내용으로 기재되어 있다.

＜표2＞ 청구법인의 법인세 경정청구 내용

(단위 : 원)

(2) 청구법인은 쟁점토지를 동 법인의 고유목적사업에 직접 사용하였다는 증빙으로 ① OOO정관[…4조(사업) 제3조의 목적을 달성하기 위하여 다음과 같은 사업을 한다. 국내외 선교사업, 교육사업, 구호사업, 사회사업, 탁아사업…], ② 청구법인, 대표자인 담임목사 및 OOO외 4명이 서명한 농지사용확인서(쟁점토지는 청구법인 명의의 농지로 1997년∼양도일까지 지속적으로 농지로 사용하였고 이 기간 동안 신도들과 함께 경작하여 이 땅에서 소출되는 농산물을 교회 신도들의 예배 후 식재료로 사용하고 추가 수확되는 농산물은 지역사회의 어려운 분들이나 미자립교회를 지원하기로 하고 지속적으로 목적에 따라 사용하여 왔음을 확인함), ③ 농지원부[농업인 : OOO소유자 : 청구법인, 임차농지 : OOO(1,363㎡)], ④ OOO등에서 씨앗 등 농자재 구매 간이영수증, ⑤ 2016.5.22. 및 2017.4.3. 촬영한 OOO발행한 항공사진과 교회에서 직접 촬영한 사진 등을 제시하였다.

(3) 처분청은 2019.7.2. OOO구청장으로부터 회신(OOO세무1과-8221, 2019.7.4.)받은 쟁점부동산에 대한 2015년부터 2018년까지의 재산세 부과현황을 제시하였고, 그 부과내역에 의하면, 교회건물, 교회용지, 주택(사택), 도로, 쟁점토지 중 도로 등에 대하여는 지방세(재산세)를 부과하지 아니하고, 쟁점토지에 대하여만 조회대상 기간 동안 총 OOO천원의 재산세가 부과(아래 ＜표3＞ 참조)된 것으로 확인된다.

＜표3＞ 쟁점부동산에 대한 재산세 부과내역

(단위 : ㎡, 천원)

* 전체 양도면적(토지) 1,699㎡중 326㎡만 종교용지(29%)임

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에서 정한 고유목적사업에 직접 사용된 사업용 토지라고 주장하나, 관할 지방자치단체장이 쟁점토지에 대하여 종교 등 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 재산세 부과를 한 것으로 확인되는 점, 1997년 취득하여 2018년 양도시까지 장기간 종교 관련시설로 사용하지 아니하고 쟁점토지에서 생산한 수확물을 종교활동 이후 다과 및 식재료 등에 사용하였다고 주장할 뿐, 농지사용확인서 외에 이를 뒷받침할 만한 객관적인 증빙이 부족하여 종교활동의 용도라기보다는 재산관리 목적상 쟁점토지 위에 경작물을 심었다고 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 정관 또는 관련 법령상 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.