가.처분청은 청구인이 OOOOOOO 택지개발사업에 수용된OOOOOO OOO OO 733-9외 1필지 토지 1,359㎡(이하 “이 건수용부동산”이라한다)를 대체하여 2009.9.15. OOO OOO OOO OOO 1101-2지하1층 제1호 OOOOOOO(OO O O,OOOOOOOOO, OO O O,OOOO, OOOO O OOOOOO OO)를 취득하고, 2009.10.12. 취득신고를 한데 대하여 처분청은 「지방세법」 제109조 및 127조의2의 규정을 적용하여 이 건 부동산의 시가표준액7,807,920,564원에서 이 건 수용부동산의 시가표준액1,090,039,700원을 차감한 6,717,880,864원을 과세표준으로 하고같은 법제112조 제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 134,357,610원, 농어촌특별세 13,435,760원, 등록세 134,357,610원, 지방교육세 26,871,250원, 합계 309,022,500원의납부서를 청구인에게 교부하였고, 청구인은 2009.10.26. 이를 납부하였다.

나.처분청은 위 취득세 등을 2009.12.28.이 건 부동산 중 건물 부분의시가표준액을경감 조정한 7,493,377,314원을 이 건 부동산의 과세표준으로 하여 산출한 취득세 128,066,750원,농어촌특별세 12,806,670원, 등록세128,066,750원, 지방교육세 25,613,550원, 합계 294,553,520원으로 그 세액을감액경정 하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2010.1.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 등 의견

가. 청구인 주장

청구인은 이 건 수용부동산이 OOOO 신도시 개발계획에 따라택지개발사업 부지로 OOOOOOOO에 수용되자 이 건 부동산을대체취득하면서 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한법률」 제27조의 규정에 따라 이 건 부동산의 실제 거래가격4,500,000,000원을 처분청에 신고하고 등기부등본에도 등재하였고, 2009.12.23. 감정평가법인 OOOOO에서 평가한 이 건 부동산의 가격도 4,700,000,000원이므로 이 건 부동산의사실상의 취득가격4,500,000,000원에서 이 건 수용부동산의 보상금2,163,681,210원을차감한 2,336,318,790원을 과세표준으로하여 취득세 등을 부과하여야 함에도처분청이 현실적으로 사실관계에 부합하지 아니하는이 건 부동산의 시가표준액인7,807,920,564원에서이 건 수용부동산의 시가표준액 1,090,039,700원을 차감한 6,717,880,864원을과세표준으로 하여 이 건 취득세 등을 신고납부토록 한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

이 건 부동산은 일반건축물 및 그 부속토지로서 이에 대한 부동산거래가격 검증체계가 구축되지 아니하여 검증이 이루어지지 아니하였으므로 이 건 부동산의 취득은 「지방세법」제111조 제5항 제5호에서규정하고 있는 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」의규정에 의한 신고서를 제출하여 부동산 거래가격 검증체계에 따라 검증이 이루어진 취득이라고 볼 수 없는 바,사실상 취득가액의 적용대상에해당되지 아니한다 하겠으므로 이 건 부동산의 시가표준액에서 수용된부동산의 시가표준액을차감한 금액을 과세표준으로 하여취득세 등을 신고납부토록한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

토지 수용 등으로 인하여 상가용 부동산을 대체취득 한경우 시가표준액을 과세표준으로 초과액을 산정하여취득세 등을 신고납부토록한것이 적법한지 여부

나. 관련 법령 등

(1)지방세법

제109조(토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세) ①「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」·「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」·「도시개발법」 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자( 「관광진흥법」제55조 제1항의 규정에 의한 조성계획의 승인을 얻은 자 및 「농어촌정비법」 제30조의 규정에 의한 농어촌정비사업시행자를 포함한다)에게 부동산(선박·어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 동법 제78조 제1항 내지 제4항 및 제81조의 규정에 의한 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 당해 사업인정고시일(「관광진흥법」에 의한 조성계획 고시일 및 「농어촌정비법」에 의한 개발계획 고시일을 포함한다)이후에 대체 취득할 부동산등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 지급받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내에 이에 대체할 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 부동산등을 취득한 때(건축중인 주거용부동산을 분양받는 경우에는 분양계약을체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다.다만, 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

1. 농지외의 부동산

가. 매수·수용·철거된 부동산 등이 소재하는 특별시·광역시·도내의 지역

제111조 (과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

1.「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의하여 가격이 공시되는 토지 및 주택에 대하여는 동법에 의하여 공시된 가액. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장·군수가 동법의 규정에 의하여 건설교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 기준에 따라 시장·군수가 산정한 가액으로 한다.

2. 제1호외의 건축물과 선박·항공기 그 밖의 과세대상에 대하여는 거래가격, 수입가격, 신축·건조·제조가격 등을 참작하여 정한 기준가격에 종류·구조·용도·경과연수 등 과세대상별 특성을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

1. 국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3.판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이입증되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득

제127조의2(대체취득등기에 대한 비과세) ② 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

제130조 (과세표준) ① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.

③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.

(2)지방세법 시행령

제79조의3 (수용시의 초과액 산정기준) ① 법 제109조제1항 단서의 규정에 의한 초과액의 산정기준과 방법은 다음 각호와 같다.

1. 부동산등의 대체취득이 법 제111조 제5항 각호의 규정에 의한 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산등의 사실상의 취득가격에서 매수·수용·철거된 부동산등의 보상금액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다.

2. 부동산등의 대체취득이 법 제111조 제5항 각호의 규정에 의한 취득외의 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산등의 시가표준액(법 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다. 이하 같다)에서 매수·수용·철거된 부동산등의 매수·수용·철거 당시의 시가표준액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다.

제80조(토지 또는 주택외의 과세대상에 대한 시가표준액의 결정 등)① 법 제111조 제2항 제2호의 규정에 의한 토지 또는 주택외의 과세대상에 대한 시가표준액의 결정은 과세대상별 구체적 특성을 감안한 다음 각호의 방식에 의한다.

1. 건축물 : 「소득세법」 제99조제1항제1호나목의 규정에 의하여 산정·고시하는 건물신축가격 기준액에 다음 각목을 적용한다.

가. 건물의 구조별·용도별·위치별 지수

나. 건물의 경과연수별 잔존가치율

다. 건물의 규모·형태·특수한 부대설비 등의 유무 및 기타 여건에따른 가감산율

(3)공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률

제27조(부동산거래의 신고) ① 거래당사자(매수인 및 매도인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산 또는 부동산을 취득할 수 있는 권리에 관한 매매계약을 체결한 때에는 부동산 등의 실제 거래가격 등 대통령령이 정하는 사항을 거래계약의 체결일부터 60일 이내에 매매대상부동산(권리에 관한 매매계약의 경우에는 그 권리의 대상인 부동산)소재지의 관할 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 공동으로 신고하여야 한다. 다만, 거래당사자 중 일방이 신고를 거부하는 경우에는 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 상대방이 단독으로 신고할 수 있다.

1. 토지 또는 건축물

2. 「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위

3. 「주택법」 제16조의 규정에 따른 사업계획승인을 얻어 건설공급하는 주택의 입주자로 선정된 지위

제28조(부동산거래 신고가격의 검증 등) ① 국토해양부장관은 공정하고 투명한 부동산거래질서를 확립하기 위하여 제27조의 규정에 의하여 신고를 받은 부동산거래내용 및 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의하여 공시된 토지 및 주택의 가액 그 밖의 부동산가격정보를 활용하여 부동산거래가격 검증체계를 구축ㆍ운영하여야 한다.

② 시장·군수 또는 구청장은 제27조의 규정에 의한 신고를 받은 때에는 제1항의 규정에 의한 부동산거래가격 검증체계에 의하여 그 적정성을 검증하여야 한다.

(4)부동산 실거래가 신고제도 업무처리 요령p17(2005.12 구 건설교통부)

5. 가격검증

가. 가격검증 대상

가격검증은 부동산거래계약신공와 주택거래계약신고를 통해 신고처리된 가래건 중 다음 각 호를 대상으로 함.

1) 토지거래

2) 단독주택(단독 및 다가구, 다중주택포함)거래

3) 공동주택(아파트, 연립주택 및 다세대주택 포함)거래

※ 주택거래신고의 경우 주택법에 따라 처리되고 공인중개사의업무및부동산거래신고에관한법률 적용은 배제되나 가격검증은 부동산거래관리시템을 통해 실시

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 청구인이 2009.5.20.이국재와매매대금을 4,500,000,000원으로 하여 이 건 부동산매매계약을체결하였고,2009.9.25. OOOOOOOO로부터 이 건 수용부동산의보상금 2,055,847,880원을 수령하였으며, 2009.10.8. 처분청에 이 건 부동산의 부동산거래계약 신고를 필한 후, 2009.10.12. 이 건 부동산 취득신고 및 대체취득 비과세 신청을 하자처분청은 이 건 부동산의 시가표준액 7,807,920,564원에서 수용된 부동산의 시가표준액1,090,039,700원을차감한 금액인 초과액 6,717,880,864원을 과세표준으로하여 산출한 취득세 등의 고지서를 발부하였고, 2009.12.28.이 건 부동산의 건축물 부분에 대하여 「시가표준액이 시가보다 높은 건물의 시가반영 차등감산특례」를적용하여 차감한 조정된 시가표준액 7,493,377,314원으로 산출한 세액으로 취득세 등을 경정하였으며, 이 건 부동산의 감정평가액(OOOOOO OOOOO)은 4,700,000,000원인사실을 알 수 있다.

(2) 「지방세법」 제109조 제1항 본문 및 같은 법 시행령 제79조의3제1항 등의 규정에 따르면 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등에 의하여 부동산이 수용되고 보상금을 수령한 후 수용된 부동산이 소재하는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역에서 다른 부동산을 대체 취득하는 경우에는 그 취득에 대해 취득세를 부과하지 아니하되, 대체취득한 부동산의 가액이 수용된 부동산의 가액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 대해서 취득세를 부과하고 그 초과액의 산정기준 및 방법과 관련하여 그 대체취득이 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득 등 「지방세법」 제111조 제5항 각호의 규정에 의한 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산의 사실상의 취득가격에서 수용된 부동산의 보상금액을 감한 금액을 그 초과액으로 하고 그 외의 경우에는 대체취득한 부동산의 시가표준액에서 수용된 부동산의 수용될 당시의 시가표준액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다고 규정하고 있다.

(3) 「지방세법」 제111조 및 제130조에서 취득세·등록세의 과세표준은 취득 당시 가액으로 하되 취득·등기당시의 가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 시가표준액을 과세표준으로 한다고 규정하면서, 다만, 법인장부 등에 의해 취득가격이 입증되는 취득, 공매방법에 의한 취득, 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득 등은 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 국토해양부(구 건설교통부)의 「부동산 거래신고제도 업무처리요령」에서 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」제28조 규정에 따른 가격검증은 토지거래, 단독주택거래 및 공동주택거래의 경우를 그 검증대상으로 하고 있다.

(4) 청구인이 취득한 이 건 부동산은 근린생활시설용 부동산으로서「공인중개사의 업무 및 부동산거래신고에 관한 법률」제28조 및 국토해양부(구 건설교통부)의 부동산 실거래가 신고제도 업무처리 요령 등에 의한 가격검증 대상 부동산에 해당되지 아니하므로, 청구인이 비록「공인중개사의 업무 및 부동산거래신고에 관한 법률」에 의한 부동산거래계약신고를 하였다고 하더라도 같은 법 제28조의 규정에 의한 검증이 이루어진 취득이라고 볼 수 없기 때문에 「지방세법」 제111조 제5항 제5호에서 규정한 사실상 취득가액의 적용대상에 해당되지 아니한다 하겠으므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에의하여 주문과 같이 결정한다.