가. 청구인은 아래 ＜표＞ 기재와 같이, OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO 등에게 양도하고 양도소득세 2014년 귀속분 OOO원 및 2017년 귀속분 OOO원을 신고·납부하였다가, 쟁점토지가 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제4항 제1호 나목의 감면대상 농지에 해당한다고 보고 2019.4.1. 양도소득세 2014년 귀속분 OOO원 및 2017년 귀속분 OOO원의 환급을 경정청구하였다.

＜표＞ 쟁점토지의 양도 내역 .

나. 처분청은 쟁점토지가 주거지역 편입일(2007.3.19.)로부터 3년이 지난 후 양도되었고, 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제4항 제1호 나목의 부득이한 사유에도 해당하지 않는다고 보고 2020.3.2. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.3.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 경기도 고시 제2007-69호(2007.3.19.)에 따르면 쟁점토지가 속해 있는 OOO는 도시개발사업 방식으로 개발할 것임이 적시되어 있는바, 「도시개발법」 제11조에는 도시개발사업의 시행자가 될 수 있는 자를 열거하면서 전부를 환지방식으로 시행하는 경우 조합이 시행자가 되는 것이 우선이나, 1년 안에 시행자 지정신청이 없는 경우에는 지방자치단체 등을 시행자로 지정해야 한다고 규정되어 있으므로 OOO를 사업시행자로 봄이 타당하고, 사업시행자가 정해져 있지 않았더라도 그에 대한 책임은 OOO에 있다고 보아야 한다.

(2) 또한 쟁점토지는 OOO 안쪽에 있는 자연녹지와 접해 있으므로 단독으로는 개발이 어렵고, 용도제한 등으로 매각이 쉽지 않은 상황이었다.

(3) 위 도시관리계획에 의한 지구단위계획 결정고시(2007.3.19.)가 있은 후 2012년 2월에 작성된 ‘OOO 개발방안에 대한 주민설명회’ 자료에 의하면, 도시개발사업 시행과 지구단위계획 재수립 중 최적 대안을 주민이 선택하는 방안이 추진되었으나, 실행되지 않았다.

(4) 2015.11.17. OOO 개발방식 변경 관련 주민청원에 대한 OOO 심사보고서를 보면, 개발제한구역 해제를 위한 도시관리계획 입안시 취락지구 외에 전·답 구간까지 과도하게 해제되어 기반시설 비율이 높아져 감보율이 상승하고 부동산 경기 침체로 인해 도시개발사업이 지연되고 있다고 명시되어 있다.

(5) 해당 보고서의 요지부분을 보면, OOO가 2006년에 OOO 사업계획 수립시 도시개발사업을 목적으로 그린벨트해제와 제1종 일반주거지역으로의 용도변경을 입안하였고 OOO가 이를 수용하였다고 되어 있는바, 이는 쟁점토지가 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제4항 제1호 나목의 개발사업으로 인하며 주거지역에 편입된 농지를 확인시켜주는 대목이다.

나. 처분청 의견

(1) 도시관리계획 결정 고시(제1종 지구단위계획 수립)는 일종의 토지이용 합리화 계획에 따라 도시 안의 특정한 구역을 지정해 종합적이고 체계적인 공간계획을 수립한 것일 뿐, 구체적인 대규모 개발사업계획이 수립되었다고 보기는 어렵고, 대규모 개발사업을 시행하고자 하는 경우 개발계획에 대하여 OOO의 심의를 거쳐 국토교통부장관과 협의하거나 승인을 얻어야 함에도 이러한 절차가 없었으며, 또한 「도시개발법」 제11조 제2항에는 “토지 소유자나 조합이 시행자 지정을 신청하지 아니한 경우에는 지방자치단체 등을 시행자로 지정할 수 있다”고 규정되어 있으므로 사업시행자가 지정되어 있지 않았다고 하여 OOO를 사업시행자로 볼 수는 없다.

(2) 청구인은 쟁점토지가 당초 OOO의 개발사업 시행으로 인하여 주거지역에 편입되었다고 주장하나, OOO는 쟁점토지가 주거지역에 편입된 주목적은 개발제한구역 해제와 취락 정비 및 관리를 위한 것이라고 확인하였다.

(3) 쟁점토지는 주거지역 편입시 사업의 포괄적인 계획인 도시관리계획 결정이 있었을 뿐 구체적으로 개발사업의 시행기간, 시행자 및 시행방식 등을 규정한 사업인정고시 및 개발계획 수립 고시가 없었고, 개발사업의 시행으로 주거지역에 편입된 것과 구별되며, 매매에 제한이 없었다.

(4) 주거지역으로 편입된 지 3년이 지난 농지의 자경 감면배제의 취지는 대도시 근교 주거지역 내의 토지 위에서 채소 등을 경작하는 경우에도 농지로 취급하여 감면하는 불합리한 점을 개선하고 대지와 경제적 가치 면에서 큰 차이가 없는 도시지역 내의 농지의 감면을 배제하여 농지에 대한 투기 수요를 억제하기 위한 것으로서, 주거지역 편입일로부터 3년 내에 양도할 경우에만 편입일까지의 양도소득에 대하여 감면을 해주는 것이 기본 원칙이고 법이 규정하는 부득이한 사유에 해당되는 경우에만 3년이 지나 양도하여도 예외적으로 인정하는 것이므로 동 규정은 엄격하게 해석하여야 한다. 청구인은 쟁점토지가 주거지역에 편입된 후 3년 내에 양도할 수 있었음에도 양도하지 않았고 사업시행으로 인해 쟁점토지의 매매가 제한된 적도 없어 이는 감면배제 예외 사유인 부득이한 사유에도 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지를 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제4항 제1호 나목의 감면대상 농지로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여, 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역・상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 「지방자치법」 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(도농) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제27조(농지의 범위 등) ④ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제7항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 공공기관”이란 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 지정된 공공기관과 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방직영기업·지방공사·지방공단을 말한다.

⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제8항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유”란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.

(4) 도시개발법

제11조 (시행자 등) ① 도시개발사업의 시행자(이하 “시행자”라 한다)는 다음 각 호의 자 중에서 지정권자가 지정한다. 다만, 도시개발구역의 전부를 환지 방식으로 시행하는 경우에는 제5호의 토지 소유자나 제6호의 조합을 시행자로 지정한다.

1. 국가나 지방자치단체

2. 대통령령으로 정하는 공공기관

3. 대통령령으로 정하는 정부출연기관

4. 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사

5. 도시개발구역의 토지 소유자(「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따라 면허를 받은 자를 해당 공유수면을 소유한 자로 보고 그 공유수면을 토지로 보며, 제21조에 따른 수용 또는 사용 방식의 경우에는 도시개발구역의 국공유지를 제외한 토지면적의 3분의 2 이상을 소유한 자를 말한다)

6. 도시개발구역의 토지 소유자(「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따라 면허를 받은 자를 해당 공유수면을 소유한 자로 보고 그 공유수면을 토지로 본다)가 도시개발을 위하여 설립한 조합(도시개발사업의 전부를 환지 방식으로 시행하는 경우에만 해당하며, 이하 "조합"이라 한다)

7. 「수도권정비계획법」에 따른 과밀억제권역에서 수도권 외의 지역으로 이전하는 법인 중 과밀억제권역의 사업 기간 등 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 법인

8. 「주택법」 제9조에 따라 등록한 자 중 도시개발사업을 시행할 능력이 있다고 인정되는 자로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자( 「주택법」 제2조 제6호에 따른 주택단지와 그에 수반되는 기반시설을 조성하는 경우에만 해당한다)

9. 「건설산업기본법」에 따른 토목공사업 또는 토목건축공사업의 면허를 받는 등 개발계획에 맞게 도시개발사업을 시행할 능력이 있다고 인정되는 자로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자

9의2. 「부동산개발업의 관리 및 육성에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 등록한 부동산개발업자로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자

10. 「부동산투자회사법」에 따라 설립된 자기관리부동산투자회사 또는 위탁관리부동산투자회사로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자

11. 제1호부터 제9호까지, 제9호의2 및 제10호에 해당하는 자(제6호에 따른 조합은 제외한다)가 도시개발사업을 시행할 목적으로 출자에 참여하여 설립한 법인으로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 법인

② 지정권자는 제1항 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있으면 지방자치단체나 대통령령으로 정하는 자(이하 “지방자치단체등”이라 한다)를 시행자로 지정할 수 있다. 이 경우 도시개발사업을 시행하는 자가 시ㆍ도지사 또는 대도시 시장인 경우 국토교통부장관이 지정한다.

1. 토지 소유자나 조합이 대통령령으로 정하는 기간에 시행자 지정을 신청하지 아니한 경우 또는 지정권자가 신청된 내용이 위법하거나 부당하다고 인정한 경우

2. 지방자치단체의 장이 집행하는 공공시설에 관한 사업과 병행하여 시행할 필요가 있다고 인정한 경우

3. 도시개발구역의 국공유지를 제외한 토지면적의 2분의 1 이상에 해당하는 토지 소유자 및 토지 소유자 총수의 2분의 1 이상이 지방자치단체등의 시행에 동의한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 경기도지사는 2007.3.19. 쟁점토지가 속한 OOO과 같은 시 OOO의 용도지역을 자연녹지지역에서 제1종 주거지역으로 변경하고(사유 : 개발제한구역 해제취락), 지구단위계획구역으로 지정(사유 : 지속가능한 도시개발 및 관리)하였다(경기도 고시 제2007-69호, OOO

(2) 지역언론 보도자료OOO에 의하면, OOO의 지구단위계획은 환지방식에서 변경, 현지개발방식, 또다시 혼용방식(수용 및 환지) 등 용역비(세금)만 낭비한 채 백지화된 것으로 나타난다.

(3) 한편 OOO 토지소유자의 일원인 OOO은 2015.11.17. OOO에 ‘OOO 개발방식 변경’과 관련하여 청원을 하였으며, 당시 청원내용과 OOO 전문위원의 검토내용은 다음과 같다.

(4) 처분청은 청구인이 쟁점토지가 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제4항 제1호 나목에 해당한다는 사유로 경정청구를 하자, 관할 지방자치단체에 그 여부에 대한 검토를 요청하였고(재산세과-149, 2019.4.17.), OOO는 쟁점토지 일원에 계획 중인 ‘OOO’은 국가나 지방자치단체 등이 추진하는 사업에 해당하지 않고OOO 쟁점토지 일원은 동 사업이 아니라 ‘개발제한구역내 위치한 취락’의 정비 및 관리를 위해 주거지역에 편입되었다고 회신하였다(도시전략과-3132, 2019.4.17.).

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「조세특례제한법」 제69조 제1항, 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목 및 같은 법 시행규칙 제27조 제4항ㆍ제5항에 의하면 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 「지방자치법」 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(도농) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 감면대상에서 제외하되, 국가, 지방자치단체, 그 밖에 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 지정된 공공기관과 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방직영기업·지방공사·지방공단이 시행하는 개발사업지역 안의 주거지역 등에 편입된 농지로서 사업시행자의 사업지연 또는 보상지연으로 주거지역 등에 편입 후 3년이 경과한 경우에는 예외적으로 감면을 적용하도록 규정하고 있는바, 쟁점토지와 같이 주거지역에 편입된 지 3년이 지난 농지에 대하여 자경감면을 배제하는 취지는 해당 농지가 사실상 대지화되어 더 이상 농지로 보기 어렵고, 이와 더불어 여타 토지에서 발생하는 개발이익에 대해 과세하는 것과의 형평을 고려한 것으로서, 법이 정한 부득이한 사유에 해당하는 경우에 한해 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지나 양도하더라도 예외적으로 감면을 적용하겠다는 것인 점, 도시개발사업의 추진절차는 크게 ① 구역지정 단계[도시개발구역지정 제안(시행자→시장) 또는 요청(시장→도지사), 도 도시계획위원회 심의, 도시개발구역지정 고시], ② 실시계획 단계(시행자 지정, 실시계획인가 신청, 실시계획인가 고시), ③ 사업시행 단계(수용·사용방식 또는 환지방식)로 구분할 수 있는데, 쟁점토지가 속한 OOO는 OOO가 2006년에 입안한 OOO 개발계획에 기초한 OOO 도시관리계획 결정에 따라 2007.3.19. 주거지역에 편입되었으나, 해당 개발사업은 지구단위계획구역이 포괄적으로 지정되었을 뿐, 사업시행자 지정 등 본격적인 사업절차가 진행되지 못한 채 백지화되었고, 지구단위계획구역 지정으로 구역내 토지의 매매가 제한된 사실도 없는 점 등을 감안하면, 처분청이 쟁점토지가 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제4항 제1호 나목의 감면대상 농지에 해당하지 않는다고 보고 청구인의 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.