청구인은 서울특별시 구로구 OO동 OOOOO, OOOOOO 지상에 상가건물을 신축하여 분양한 후 93년도 분양수입금액을 862,893,900원, 94년도 분양수입금액을 550,405,800원으로 하고 동 분양수입금액에 표준소득율을 곱하여 소득금액을 추계로 계산하여 94.5월과 95.5월에 부동산매매업에 대한 소득세 과세표준 확정신고를 하였다.

처분청은, 청구인이 신고한 93년 귀속분은 토지가액과 건물가액을 구분하지 않고 매매차익을 계산하였다 하여 지방세 과세시가표준액을 기준으로 토지가액과 건물가액을 안분계산한 후 동 금액을 기준으로 매매차익을 다시 계산하고, 94년 귀속분은 무기장할증율에 의한 표준소득율(30%)을 적용하여 매매차익을 다시 계산하여 96.7.16 청구인에게 93년 귀속 종합소득세 10,365,540원 및 94년 귀속 종합소득세 17,992,440원을 결정고지 하였다.(심사청구단계에서 청구인의 주장이 일부 받아들여져 96.9.30 추가고지 세액이 93년 귀속분 4,830,720원, 94년 귀속분 10,431,650원으로 경정결정 되었음)

청구인은 이에 불복하여 96.8.21 심사청구를 거쳐 96.10.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구 주장 및 국세청장 의견

가. 청구 주장

부동산매매업의 추계소득금액 계산시 양도소득세율을 적용하는 매매차익의 계산은 양도가액에 표준소득율을 적용하여 계산할 것이 아니고, 소득세법 시행령 제142조 제2항에 의하여 기준시가로 매매차익을 계산하여야 하는 것이므로 처분청이 양도가액에 표준소득율을 곱하여 매매차익을 계산하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

본 청구인 주장은 심사청구시에는 주장하지 않은 사항으로 국세청장 의견 없으나 처분청은 부동산매매업의 매매차익은 부동산매매가액에 표준소득율을 곱하여 계산함이 적법하다는 의견임.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 부동산매매업자에 대한 종합소득세 추계과세시 양도소득세율을 적용할 매매차익을 양도가액에 표준소득율을 적용하여 계산할 것인지 아니면 기준시가에 의한 양도소득 계산방법에 의할 것인지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

구 소득세법(94.12.22 전면 개정되기 전의 것) 제82조 제2항에는 『부동산매매업자로서 종합소득금액에 토지등의 매매로 인하여 발생하는 사업소득이외의 종합소득이 있는 자에 대한 종합소득에 대한 세액의 계산에 있어서는 다음 각호의 세액 중 많은 금액을 종합소득산출세액으로 한다.

1. 제70조의 규정에 의한 종합소득산출세액

2. 제92조 제2항의 규정에 의한 산출세액의 당해년도분 합계액과 종합소득과세표준에서 제92조 제1항의 규정에 의한 토지 등 매매차익의 당해년도분 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 기본세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액』으로 규정하고 있고, 같은법 시행령 제134조 제2항에서 “법 제82조에 규정하는 종합소득산출세액의 계산은 재무부령이 정하는 바에 의한다.”고 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 제67조에는 『영 제134조 제2항의 규정에 의한 종합소득산출세액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. (생략)

2. 토지등의 매매로 인하여 발생한 소득이외의 종합소득이 있는 경우에는 다음(가) 및 (나)에 의하여 계산한 금액중 많은 금액을 그 종합소득산출세액으로 한다.

(가) {(매매차익­기타필요경비 + 다른 종합소득금액)­소득공제액} × 기본세율 = 종합소득산출세액

(나) {(매매차익­양도소득공제­법 제68조 제2항의 규정에 의한 소득공제액) × 법 제70조 제3항 각호의 규정에 의한 세율} + {(다른 종합소득금액­소득공제액) × 기본세율} = 종합소득산출세액』으로 규정하고 있다.

한편, 같은법 제92조 제1항에는 “부동산매매업자의 토지등 매매차익은 그 매매가액에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액으로 한다.”고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제141조 제1항에서 “법 제92조 제1항에 규정하는 토지등 매매차익은 그 매매가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 것으로 한다. 1～5,(생략)”라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제142조 제1항에는 “법 제94조의 규정에 의한 토지등 매매차익과 세액의 결정은 다음 각호에 의한다. 1. 부동산매매업자가 매매차익예정신고시 제출한 증빙서류 또는 비치·기장한 장부와 증빙서류에 의하여 제141조의 규정에 의한 토지등 매매차익을 계산할 수 있을 때에는 그에 의하여 조사·결정한다. 2. 제169조 제1항 각호(추계조사결정사유)에 해당하는 경우에는 토지등 매매차익은 제141조의 규정에 불구하고 매매가액에 표준소득율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.”고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 “제1항 제2호에서 매도한 토지등의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에는 실지거래가액을 매매가액으로 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제115조에 규정한 기준시가를 매매가액으로 한다.”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 전시한 법령을 종합하여 보면 부동산매매업자의 종합소득산출세액은 “매매차익”의 결정이 선행되어야 하고, 매매차익은 신고여부에 불구하고 비치· 기장한 장부와 증빙서류에 의하여 계산할 수 있을 때에는 그에 의하여 결정하여야 하며, 비치·기장한 장부 및 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때에는 매매가액에 표준소득율을 곱하여 계산한 금액을 매매차익으로 하고, 이 경우 매도한 토지등의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 매도당시의 기준시가를 매매가액으로 하도록 하고 있음을 알 수 있다.(국심 95경1406, 95.9.21 같은 뜻임)

(2) 처분청의 이 건 과세자료를 보면 청구인의 부동산매매업에 대한 93년 귀속분 수입금액(분양가액)이 862,893,900원이고 94년 귀속분 수입금액(분양가액)이 550,405,800원임이 확인되나, 취득가액등 필요경비는 모두 불분명하여 종합소득세과세표준금액을 추계조사결정하였는바, 이에 대하여는 처분청과 청구인간에 서로 다툼이 없다. 다만, 청구인은 부동산매매업에 대한 종합소득세를 추계조사결정함에 있어 양도소득세율을 적용할 매매차익의 산정은 기준시가에 의한 양도차익 산출 방법에 의하여야 한다고 주장하고 있다.

(3) 청구인은 이 건 부동산매매업에 대한 소득금액을 추계에 의하여 산출하여 종합소득세를 신고하였고 달리 비치·기장한 장부 및 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수도 없으므로 이는 소득세법시행령 제169조 제1항의 추계조사결정사유에 해당된다 하겠으며, 부동산매매업의 매매차익에 대하여 종합소득세율을 적용하는 경우와 양도소득세율을 적용하는 경우를 구분하여 그 산정방법을 달리하여 규정한 바가 없으므로 청구인의 부동산매매업에 대한 매매차익은 전시한 소득세법시행령 제142조 제1항 제2호의 규정에 의하여 실지매매가액(분양가액)에 표준소득율을 곱하여 계산한 금액으로 하여야 하는 것이고, 실지매매가액을 확인할 수 없는 경우에는 소득세법 시행령 제115조(기준시가의 결정)에 규정한 기준시가를 매매가액으로 하여 표준소득율을 곱하여 계산한 금액으로 하여야 한다 할 것이다.

따라서 이 건 처분청이 청구인이 신고한 실지매매가액(분양가액)에 표준소득율을 곱하여 산정한 매매차익에 의하여 종합소득세를 부과한 당초처분은 잘못이 없다고 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.