가. 청구법인은 2006.9.11. OOO 329, 329-2, 329-3 상의 공장건물 및 근린생활시설 1,089㎡(이하 “쟁점①부동산”이라 한다)를, 2006.9.28. 같은 동 329, 329-2, 329-3, 329-4, 329-5 대지 5,514㎡(이하 “쟁점②부동산”이라 한다)를, 2007.10.2. 같은 동 329-11 대지 430㎡(이하 “쟁점③부동산”이라 한다)를 취득하였다.

그 후 청구법인은 2008.4.28. 쟁점②부동산 위에 건물 2개동 4,995.38㎡(이하 “쟁점④부동산”이라 하고, “쟁점①,②,③부동산”과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하고, 2008.10.14. 쟁점②부동산의 지목을 공장용지에서 종교용지로 변경한 후,

쟁점부동산을 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득․등기하는 부동산이라 하여 처분청으로 부터 취득세 등의 비과세를 적용받았다.

나. 처분청은 2010.7.5. 현지조사 조사결과, 청구법인이 쟁점④부동산을 미인가대안학교OOO 및 유치원OOO으로 사용하고 있는 사실을 확인하고, 청구법인이 쟁점부동산을 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하는 것으로 보아 취득세 등의 비과세 적용을 배제하고

쟁점부동산의 취득가액을 합한 OOO과 쟁점②부동산의 지목변경으로 인하여 증가된 OOO에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하고, 가산세를 포함하여 2010.10.19. 청구법인에게 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점④부동산을 월요일부터 금요일까지 기독교 교육과 일반 초․중등과정의 학과를 함께 교육하는 OOO(미인가대안학교)와 OOO(유치원)으로 사용하고 있으며, 토요일과 주일에는 전적으로 교인들의 예배장소로 사용하고 있다.

청구법인의 원래 설립취지가 기독교 인재를 양성하기 위한 예배와 성경공부를 교육하기 위한 것이며, 실제 수업시간도 일반 초․중등 과정의 학과보다 예배와 성경공부시간이 더 많은 점으로 볼 때, 쟁점④부동산을 OOO(미인가대안학교)와 OOO(유치원)으로 사용하는 것은 고유목적에 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 한다.

쟁점④부동산은 월요일부터 금요일까지 OOO(미인가대안학교)와 OOO(유치원)으로 사용하고 있지만, 토요일과 주일 에는 종교목적(예배의식거행)에 적접 사용하고 있으므로 적어도 7일 중 2일에 해당하는 부분만이라도 비과세를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2006.9.11.부터 2008.4.28.까지 쟁점부동산의 취득과 2008.10.14. 쟁점②부동산의 지목을 변경하여 종교용 부동산으로 취득세 등의 비과세를 적용받았고, 처분청은 2008.4.24. 현지확인 조사결과 청구법인이 쟁점④부동산을 비인가대안학교OOO와 유치원OOO으로 사용하고 있음을 확인한 사실이 지방세감면신청서, 출장복명서 등에 의하여 확인되는 바,

종교단체의 경우 취득세 등이 비과세되는 것은 당해 재산이 종교목적으로 직접 사용되는 경우에 한한다 할 것이고, 청구법인의 경우처럼 종교목적에 직접 사용하지 아니하고 비인가대안학교 및 유치원으로 사용하는 경우에는 이에 해당된다고 볼 수 없으므로 취득세 등의 비과세 적용을 배제하고 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점부동산을 종교목적에 직접 사용하지 아니하였다 하여 취득세 등의 비과세를 배제하고 부과고지한 처분이 정당한지 여부

나. 관련법령

(1) 지방세법(2008.12.26. 법률 제9182호로 개정되기 전의 것)

제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것 (제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용 하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일 부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용 하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과 한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제120조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과 대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

제121조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 "가산율"이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

제150조의2(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

제151조(부족세액의 추징 및 가산세) 등록세 납세의무자가 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

(2) 지방세법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것)

제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

제94조(비영리사업자의 범위 등) ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료와 청구인의 항변자료에는 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인은 2006.9.11.부터 2008.4.28.까지 쟁점부동산을 취득하였고, 2008.10.14. 쟁점②부동산을 공장용지에서 종교용지로 지목 변경한 후 종교용 부동산에 대한 취득세 등의 비과세를 적용받았다.

(나) 처분청은 2010.7.5. 현지확인 조사결과, 쟁점④부동산은 미인가 대안학교OOO 및 유치원OOO으로 아래와 같이 사용되고 있음을 확인하였다.

1) 현지확인 조사결과 사용현황

OOO

2) OOO 설립일 : 2008.4.24.

3) OOO 개요

가) 인터넷홈페이지OOO에는 국어․영어․수학 등을 교육하는 초등․중등과정형태로 입학금 및 분기별 수업료를 받고 있음

나) 초등과정 : 입학금 OOO, 분기별 수업료 OOO

다) 중등과정 : 입학금 OOO, 발전기금 OOO, 분기별수업료 OOO

라) 현재는 대안학교 설립인가를 받기 위하여 OOO에 신청서를 제출해 놓은 상태임

4) OOO 개요

가) 인터넷홈페이지OOO에 의하면 5세～7세 정도의 미취학아동들의 생활지도 및 교육을 하는 일반유치원 형태임

나) 원비 : 매월 1인당 OOO

(다) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 이후 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하는 것으로 보아, 쟁점부동산의 취득가액을 합한 OOO과 쟁점②부동산의 지목변경으로 인하여 증가된 OOO에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하고 가산세를 포함하여 2010.10.19. 청구법인에게 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 부과고지하였다.

(2) 살피건대, 청구법인은 쟁점④부동산을 토요일과 일요일에는 전적으로 종교목적(예배, 성경교육)을 위해 사용하고 있고, 평일(월요일～금요일)에만 대안학교 및 선교원으로 사용하고 있지만 일반사립학교나 유치원과 달리 기독교 교육과 예배를 교육목표로 하여 운영중이므로 평일에도 청구법인이 고유목적에 직접 사용하는 것으로 보아야 하며, 설령, 쟁점④부동산이 대안학교와 유치원으로 사용된다 하더라도 그 기간은 7일 중에 5일에 불과하여 2일에 해당하는 부분에 대하여는 비과세를 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(3) 지방세법 제107조 및 제127조 제1항에서 그 사업에 사용한다고 규정한 것은 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 비영리사업 그 자체에 직접 사용되는 것만을 의미하므로, 종교단체의 경우 취득세와 등록세의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식, 예배축전, 종교교육, 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것OOO이다.

(4) 청구법인은 종교목적에 사용한다 하여 쟁점부동산을 취득하고 취득세 등의 비과세를 적용받았으나, 쟁점④부동산을 비인가 대안 학교 및 유치원으로 운영(유료)하고 있는 사실이 지방세감면신청서, 출장복명서 등에 의하여 확인되는 바,

종교단체의 경우 취득세와 등록세가 비과세되는 것은 종교목적 으로 직접 사용되는 경우에 한한다 할 것이므로, 비인가 대안학교 및 유치원으로 사용되는 부분은 이에 해당되지 아니하는 것으로 보아야 할 것이다.

한편, 고유목적사업에 직접 사용되는지 여부는 간헐적․일시적 사용이 아닌 연속적․영구적 사용을 의미하며 부수적인 용도가 아닌 주된 용도가 무엇인지를 보고 판단하는 것이 합리적이라 할 것이므로 쟁점부동산을 월요일부터 금요일까지는 고유목적사업에 사용하지 아니한다 하더라도 토요일과 일요일에는 고유목적사업에 사용하고 있어 7일 중 2일에 해당하는 부분에 대하여 비과세를 적용하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

(5) 따라서, 청구법인이 쟁점부동산을 종교목적에 직접 사용하지 아니한다 하여 취득세 등의 비과세 적용을 배제하고 부과고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.