가. 청구법인은 산업폐기물 최종처리업(폐기), 산업폐기물 수집운반업 등을 주요 사업목적으로 하여 2011.3.25. 설립되었고, 2012년 12월경부터 2013년 10월경까지 폐기물 처리를 위한 부지조성 및 우수배제시설공사, 에어돔 제작 및 설치공사를 완료하여 폐기물 매립을 개시하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.8.22.부터 2017.11.27.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하였는바, 청구법인이 2015.1.1. 대표이사 가지급금OOO원을 감액하고, 이를 매립가스 재이용시설 설치공사에 따른 시설장치(이하 “쟁점시설장치”라 한다)로 계정대체하였으나, 쟁점시설장치에 대한 공사내역 등이 확인되지 아니한다는 이유로 쟁점시설장치를 가공자산으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 따라 처분청은 쟁점시설장치에 대한 2015년 및 2016년 감가상각비OOO원 및 OOO원을 부인하여, 2017.12.7. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO원 및 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.2.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2012.8.13.부터 2014.3.11.까지 3회에 걸쳐 다음의 매립가스 재이용시설 1식을 공사업체를 통해 설치하였고, 당시 공사대금은 공사업체 선정의 어려움 등으로 인해 전액 현금으로 지급하였으며, 지급내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

OOO

＜표1＞ 쟁점시설장치 관련 공사대금 지급내역

OOO

(2) 청구법인이 쟁점시설장치에 대하여 매입세금계산서를 발급받지 못했기 때문에, 당시 세무대리인은 쟁점시설장치를 단기대여금으로 계상하였다. 이후 청구법인이 회계상 쟁점시설장치가 반영되지 않았음을 인지하고, 2016년 1월경 세무대리인에게 공사 집행내역(공사스케줄, 현장사진)을 제출하였으며, 2015.1.1. 시설장치 계정에 OOO원, 감가상각비 계정에 2015년 OOO원, 2016년 OOO원을 계상하고 손금산입하였다.

(3) 쟁점시설장치의 설치 공사는 에어돔 내 유해가스로 인한 피해가 우려되는 사정 등으로 인해 공사를 할 수 있는 업체가 없었으므로, 공사비를 현금으로 집행하는 등의 조건으로 공사를 진행하였다. 당시 공사 대응 및 대금지급은 전무이사 및 담당 직원이 하였고, 대표이사는 사후현장검토만 하였다. 당시 공사를 담당하였던 임직원 전부 퇴사하였고, 당시 담당 임직원을 통해 공사업체를 수소문했으나 확인되지 않는다.

(4) 매립가스 재이용 시설공사에 관한 기안서상 일부 우수배제시설 내역이 기재된 점과 우수배제시설공사(시공사 : OOO)의 사진이 첨부된 것은 당시 기안서를 작성하던 총무직원의 실수에 의한 것이다. 청구법인의 내부 관리 프로세스상 서류작성, 보관 등의 관리가 허술한 측면이 있었고, 이 부분은 조사 과정에서 밝힌 사항이다.

(5) 처분청은 쟁점시설장치가 OOO㈜의 매립가스 재이용 시설 설치공사(공사금액 OOO원)와 관련된다는 의견이나, 이는 에어돔 외부에 설치된 시설장치인 반면, 쟁점시설장치는 에어돔 내부 시설장치로서 OOO의 공사 건과 무관하다.

OOO

(6) 청구법인이 제출한 공사비 집행 관련 내부 기안서, 공사스케줄, 시설비 지급일 및 현장사진, 외부 공문을 보면 쟁점시설장치 관련 공사가 집행되었음을 알 수 있다.

(7) 처분청은 2015년 감가상각비 OOO원 및 2016년 감가상각비 OOO원을 손금불산입 하였으나, 쟁점시설장치 관련 2016년 감가상각비는 OOO원으로 OOO원의 차이가 발생한다. 쟁점시설장치에 대해서는 생산량비례법을 적용하여 감가상각비를 계상하였는바, 처분청 의견에 따르면 2016년에 쟁점시설장치에 대한 감가상각이 완료되었다는 것인데, 2016.12.31. 기준으로 잔여 매립량 OOO㎡가 남아있었으므로 상각이 완료될 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점시설장치 공사에 대하여 전액 현금으로 대금을 지급하였고, 세금계산서는 수취할 수 없었으며, 관련 임직원은 전부 퇴사하여 공사업체 인적사항은 확인되지 않으나 실제 공사는 진행되었다고 주장한다. 공사업체조차 확인되지 않는 상태에서 실제 공사가 진행되었다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 청구법인은 쟁점시설장치에 대한 증빙자료로 공사당시 기안서와 기안서에 첨부된 공사사진을 제출하였으나, 조사청이 확인한 결과 기안서상의 우수배제시설 내역은 OOO가 시공하여 모두 공사가 완공되었고, 제출된 사진도 OOO의 공사사진으로 확인되었다. 청구법인은 그 당시 기안서를 작성한 직원의 실수로 인해 쟁점시설장치 공사 관련 기안서에 OOO의 시공내역이 기재되었고, OOO의 공사사진도 첨부되었다고 주장하나, 기안서는 관리이사, 전무이사까지 결재가 이루어진 서류로서, 공사의 규모로 보아 담당직원의 단순 실수라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 청구법인은 2014.2.10. OOO와 매립가스 재이용시설 설치 공사 계약을 체결한 바 있다. 청구법인은 OOO의 공사는 매립가스 자동간이소각기 1식 등 에어돔 외부에 설치된 시설장치와 관련된 것이어서 쟁점시설장치와 무관하다고 주장하나, OOO와 청구법인이 체결한 계약서의 공사계약 일반조건 중 제2조(과업의 범위)를 보면 OOO가 내부공사를 진행했음을 알 수 있다.

(4) 조사청은 환경청에 매립가스 재이용시설 설치 공사에 대하여 유선으로 문의하였는데, 매립가스 재이용시설은 변경허가 사항이고, 2014.4.22. 변경 허가한 사항이 1회 있으며 그 외에는 없는 것으로 확인되었다. 이는 OOO가 매립가스 재이용시설 설치 공사를 하였고, 더 이상의 공사는 없었다는 것을 말해주는 것이다.

(5) 청구법인은 쟁점시설장치에 대한 2016사업연도 감가상각비는 OOO원으로 조사청이 부인한 감가상각비 OOO원과 OOO원의 차이가 발생한다고 주장하나, 조사청은 청구법인의 계정별원장과 전표상 계상된 금액을 기준으로 범칙혐의자 심문조서 작성시 대표자에게 감가상각비 금액을 확인하였으므로 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점시설장치를 가공자산으로 보아 관련 감가상각비를 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제23조[감가상각비의 손금불산입] ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제·감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산으로 한다.

④ 제1항 또는 제2항에 따라 감가상각비를 손금으로 계상한 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 감가상각비의 손금계상방법, 상각범위액을 초과하는 금액의 처리, 국제회계기준 적용 시기의 결정, 종전감가상각비 및 기준감가상각비의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제26조[상각범위액의 계산] ① 법 제23조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 말한다.

3. 광업권(「해저광물자원 개발법」에 의한 채취권을 포함한다) 또는 폐기물매립시설(「폐기물관리법 시행령」 별표 3 제2호가목의 매립시설을 말한다) : 생산량비례법 또는 정액법

② 제1항 각 호에 따른 상각방법은 다음과 같다.

3. 생산량비례법 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액에 당해 사업연도의 기간 중 그 광구에서 채굴한 양을 곱하여 계산한 금액을 각 사업연도의 상각범위액으로 하는 상각방법

나. 해당 감가상각자산의 취득가액을 그 자산인 폐기물매립시설의 매립예정량으로 나누어 계산한 금액에 해당 사업연도의 기간 중 그 폐기물매립시설에서 매립한 양을 곱하여 계산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인에 대한 조사청의 조사결과에 따르면, 청구법인은 쟁점시설장치 투자분에 대하여 매립장을 완공한 후 매립장 내부의 우수배제시설공사와 매립가스 재이용 수평관로 작업을 추가 공사하였으나, 작업의 특성상 세금계산서를 수취할 수 없었고, 대금도 모두 현금으로 지급하였다고 주장하면서, 그에 대한 증빙으로 공사 관련 사진을 제출하였으며, 이에 조사청은 우수배제시설에 대해서는 2012년 12월～2013년 5월 OOO가 시공하여 공사가 모두 완공되었고, 청구법인이 증빙으로 제출한 사진은 OOO의 공사사진으로 확인되며, 매립가스 재이용 수평관로 공사는 2014년 2월～2014년 3월 기간 OOO가 시공(공사금액 OOO원)하여 완공하였으므로 청구법인이 추가 공사를 하였다는 주장은 허위인 것으로 판단하고, 쟁점시설장치 OOO원을 가공자산으로 보아 동 가공자산에 대한 감가상각비 2015사업연도 OOO원, 2016사업연도 OOO원을 손금불산입하고 대표자 상여로 소득처분한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 제출한 대표이사 OOO의 심문조서에 따르면, OOO은 조사청 조사시 수차례 있었던 심문과정에서 쟁점시설장치 관련 공사가 실제로 있었다고 일관되게 주장하였으나, 공사를 수행하였던 업체를 특정하지 못하였고, 2016사업연도에 쟁점시설장치와 관련한 감가상각비로 OOO원을 손비로 계상한 사실이 있다고 확인하였다.

(3) 청구법인과 OOO 간에 체결된 공사계약서(2014.2.10.)의 공사계약일반조건 제2조(과업의 범위)에는 ‘매립가스 이송관(PE관) 설치(매립장 내 상부 소단까지)’가 포함되어 있는바, 청구법인은 OOO에서 한 매립가스 재이용시설 설치공사는 에어돔 외부에 설치되는 시설장치이고, 쟁점시설장치는 에어돔 내부 공사로 별개의 것이라고 하며, ‘매립가스 이송관(PE관) 설치(매립장 내 상부 소단까지)’는 외부 소각기에서 매립장 초입 안까지(대략 5m) 배관을 설치한다는 뜻이라고 주장하나, 처분청은 OOO가 수행한 과업에 매립장 내부 공사가 포함되었다는 의견이다.

(4) 조사청이 OOO에게 한 거래사실 조회 및 관련 회신문에 따르면, OOO는 청구법인의 OOO산업단지 매립장 조성공사와 관련하여 1) 부지조성고, 2) 우수배제공, 3) 지하수배제공, 4) 차수시설공, 5) 침출수배제공, 6) 구조물공, 7) 부대시설공 등의 전반적인 매립장 관련 공사를 하였고, 착공년월일(2012.12.1.)부터 준공년월일(2013.5.28.)까지의 공사기간에 준하여 시공완료하였으며, 작업공정상의 내용 중에 있는 우수배제시설 작업 및 매립가스시설의 관로 및 포집점 설치 작업 또한 OOO에서 공사 진행 완료하였으나, 에어돔 설치는 타회사에서 진행하였고, OOO에서는 에어돔 외부 우수유입방지 가림막 설치 공사만 진행되었다고 답하였다.

(5) 청구법인은 2016사업연도 감가상각누계액 계정별원장이 아래 ＜표2＞와 같고, 감가상각누계액 계정별원장에는 전체 시설장치에 대한 감가상각비 합계액만 기재된다고 주장하나, 처분청은 조사 당시 청구법인이 제출한 2016사업연도 감가상각누계액 계정별원장은 아래 ＜표3＞과 같으며, 2016사업연도 감가상각비가 OOO원으로 확인된다는 의견이다.

＜표2＞ 청구법인 제출 계정별원장

(단위 : 원)

OOO

＜표3＞ 처분청 제출 계정별원장

(단위 : 원)

OOO

(6) 청구법인은 쟁점시설장치 관련 공사가 실제로 있었다고 주장하며, 다음의 자료를 제출하였다.

(가) 청구법인은 쟁점시설장치 관련 내부기안서 3건 및 관련 공사스케줄, 시설비 지급내역, 작업사진을 제출하였는바, ‘우수배제시설 작업종료 보고 건(2013.6.3.)’으로 작성된 기안서는 매립가스 재이용 수평관로 작업과 관련된 것이나, 우수배제시설 공사와 그 형태가 유사하여 기안서를 담당했던 총무직원이 내부기안서를 잘못 작성한 것이라고 주장한다.

(나) 청구법인은 쟁점시설장치 관련 공사를 포함하여 OOO에게 변경허가를 받았다고 주장하며, OOO의 공문을 제출하였다.

OOO

(다) 청구법인은 쟁점시설장치 관련 공사를 포함하여 OOO군수에게 사용개시 신고를 하였다고 주장하며, OOO군수의 공문을 제출하였다.

OOO

(라) 청구법인은 쟁점시설장치에 대하여 생산량비례법을 적용하여 감가상각하였고, 처분청이 제시한 감가상각누계액 계정별원장은 잘못되었다고 주장하며, 2016사업연도 감가상각비 OOO원의 계산내역이 기재된 자료를 제출하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시설장치 관련 매립가스 재이용시설 설치공사가 있었다고 주장하나, 공사와 관련된 매입증빙 또는 계약서 등을 제출하지 아니하였고, 공사를 수행한 업체나 인부들을 특정하지 못하며, 공사대금을 현금으로 지급했다고 주장하는 등 해당 거래를 객관적으로 입증하지 못하는 점, 청구법인이 제출한 내부기안서 및 작업사진을 보더라도 해당 공사가 쟁점시설장치와 관련된 것인지가 분명하게 확인되지 아니하는 점, 조사청은 청구법인에 대한 조사 당시 청구법인으로부터 제공받은 감가상각누계액 계정별원장을 바탕으로 청구법인이 2015사업연도 및 2016사업연도에 쟁점시설장치와 관련한 감가상각비로 계상한 금액을 손금불산입한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점시설장치를 가공자산으로 보아 관련 감가상각비를 부인하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.