가. 청구인은 1999.2.27. OOO를 취득하였고, 같은 아파트에 관하여 2000.3.15. 공사착수되어 2003.5.10. 사용승인을 받아 신축된 같은 장소 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2003.7.16. 취득하였던 바, 2006.6.20. 쟁점아파트를 양도한 후, 2006.8.11. 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 신축주택에 대한 양도소득세감면대상으로 보아 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 쟁점아파트의 양도가액이 6억원 이상으로 주택에 해당하므로 신축주택에 대한 감면대상에 해당되지 않는다고 보아 2006.11.6. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 278,011,710원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2006.11.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조세특례제한법 부칙 제29조 제2항(2002.12.11. 개정된 후의 것)에서는 같은 법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 2003.1.1. 이전에 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에는 같은 법 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정하고 있고, 쟁점아파트는 2000.3.16. 재건축공사에 착공하여 2003.5.10. 관할구청인 OOO구청으로부터 사용승인을 받았으므로 같은 법 제99조의 3 제1항의 2002.12.11. 개정전 규정이 적용되어야 한다 할 것인데, 개정전 규정내용에 따르면 감면배제대상으로 ‘고급주택’을 규정하고 있고, 소득세법 시행령에 따르면 고급주택이란주택의 전용면적이 149제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원이상인 경우를 의미한다 할 것이나, 쟁점아파트의 전용면적은 111.32㎡로 그 기준에 미달한다 할 것이므로 쟁점아파트를 감면배제대상으로 봄은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점아파트에 관하여 2000.3.16. 재건축공사가 착수되었고, 2003.5.10. 사용승인을 받았으므로 신축주택 취득기간 이내 임에 관하여는 다툼이 없으나, 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 단서는 고가주택의 경우에는 감면배제됨을 규정하고 있고, 2003.1.1.부터는 양도당시의 실지거래가액 6억원 초과 주택이 고가주택이라 할 것이므로 쟁점아파트는 감면배제대상에 해당한다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점아파트(전용면적 111.32㎡)에 대하여 2000.3.15. 재건축사업승인이 있었고, 2003.6.30. 이전인 2003.5.10. 사용승인을 받은 이후, 2006.6.20. 쟁점아파트를 양도하였으나 그 양도가액이 6억원을 초과하는 경우 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 따른 양도소득세 감면대상이 되는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의 3(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 후의 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 후의 것) 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

(4) 조세특례제한법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 대통령령이 정하는 조합원 이라 함은 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

(5) 소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조【고급주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 거주용건물의 연면적·가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로서 보는 경우를 제외한다)으로서주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이149제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원이상일 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 폐쇄등기부등본, 아파트매매계약서, 신축주택취득신고서 및 처분청의 답변서에 의하면 청구인은 1999.2.27. OOO(전용면적: 111.31㎡)를 취득하였고, 같은 아파트에 관하여 2000.3.15. 재건축 공사가 착수되어 2003.5.10. 사용승인을 받아 신축된 쟁점아파트를 청구인이 2003.7.16. 취득하였으며, 2006.6.20. 쟁점아파트를 1,320,000,000원에 양도한 사실이 확인되는 바, 청구인은 2006.8.11. 쟁점아파트의 양도를 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 신축주택에 대한 양도소득세감면대상으로 보아 양도소득 과세표준 예정신고를 하였으나, 처분청은 쟁점아파트의 양도는 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 단서의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 고가주택의 양도에 해당하므로 감면배제대상에 해당한다고 보아 이 건 과세처분을 하였다.

(2) 청구인은 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 단서의 2002.12.11. 개정전규정은 감면배제대상으로 ‘고급주택’을 규정하고 있고, 당시 소득세법 시행령에 따르면 고급주택이란주택의 전용면적이 149㎡이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원이상인 경우를 의미한다고 규정하고 있으나, 쟁점아파트의 전용면적은 111.32㎡로 그 기준에 미달한다 할 것이므로 쟁점아파트를 감면배제대상으로 봄은 부당하다고 주장한다.

(3) 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호 및 같은법 시행령 제99조의 3 제5항에 의하면 사업계획의 승인일 현재 주택건설촉진법에 의한 주택조합의 조합원이 동 조합을 통하여 취득하는 신축주택으로 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 후 이를 양도하는 경우에는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되, 같은 조 제1항 단서에서는 신축주택이 고급주택(2003.1.1.부터는 고가주택)에 해당하는 경우에는 감면을 배제하도록 규정하고 있고, 같은 법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 후의 것) 제29조 제2항은 같은 법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정되어 있으며, 소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조는 고급주택의 기준으로 공동주택의 경우에는 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원이상인 것으로 규정하고 있고, 같은 법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정된 후의 것) 제156조는 고가주택이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 6억원을 초과하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 위에서 확인한 바와 같이 쟁점아파트는 양도가액이 1,320,000,000원으로 개정된 소득세법시행령 제156조의 고가주택의 범위에는 해당한다 할 것이나, 쟁점아파트의 전용면적은 111.31㎡로 종전의 고급주택의 면적기준인 149㎡에 미달한다 할 것이어서, 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항에 따라 2002.12.30. 개정전 소득세법시행령상의 고급주택에 해당하지 아니한다 할 것인 바(국심2005서 3968, 2006.2.21 같은 뜻), 쟁점아파트의 양도를 양도소득세 감면 배제대상으로 보고 이루어진 이 건 과세처분은 부당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조및제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.