가. 청구인은 1982.11.14. OOOOO OOO OOO OOOOO 231.4㎡(이하 ‘쟁점토지’라 한다) 및 동 지상 2층 주택(이하 ‘구주택’이라 한다)을 취득하고(의제취득일 1985.1.1.), 구주택이 멸실(1996.2.22.)된 이후인 1996.9.10. 쟁점토지 지상에 다가구주택(이하 ‘신주택’)을 신축하여 취득하였으며, 2006.12.12. 쟁점토지 및 신주택을 이OO외 2인에게 양도한 후 2007.1.31. 신주택에 대한 장기보유특별공제액을 양도차익의 30/100으로, 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제액을 양도차익의 45/100로 산정하여 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인이 신주택을 15년이상 보유하지 아니하였으므로 쟁점토지의 장기보유특별공제액을 양도차익의 45/100가 아닌 30/100으로 산정하여야 한다고 보아, 2007.5.29. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 9,226,530원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2007.7.2. 이의신청을 거쳐 2007.11.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

소득세법 제95조 제2항 제3호는 보유기간이 15년이상인 주택의 장기보유특별공제액은 양도차익의 45/100으로 한다고 규정하고 있고, 동법시행령 제154조 제8항은 멸실된 주택과 재건축한 주택의 보유기간을 통산한다고 규정하고 있는바, 설령 도시 및 주거환경법에 의한 재건축은 아니라 할지라도 청구인이 소유하던 구주택이 노후하여 신주택을 신축하였음은 등기부등본에 의하여 확인할 수 있다 할 것이므로, 청구인이 15년이상 보유한 쟁점토지에 대하여는 45/100의 장기보유특별공제율을 적용함이 타당하다 할 것이다.

나. 처분청 의견

국세청 예규(OOOOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)에 의하면 소득세법시행령 제156조의 고가주택에 해당하는 1주택을 보유한 1세대의 구성원인 거주자가 당해 고가주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우로서 당해 주택의 보유기간은 10년이상 15년 미만이고 그 부수토지의 보유기간은 15년이상인 경우 당해 부수토지에 대한 장기보유특별공제액은 같은 항 제3호 본문의 규정에 따라 양도차익의 100분의 30으로 하여야 하는 것이므로, 쟁점토지의 장기보유특별공제액을 양도차익의 30/100로 계산한 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

구주택 멸실 후 신주택 보유기간은 15년미만이나 주택부수토지인 쟁점토지 보유기간은 15년이상인 경우, 쟁점토지의 장기보유특별공제액을 양도차익의 45/100으로 산정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법

제95조【양도소득금액】①양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조제1항 제2호의3 내지 제2호의8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것

양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다.

제89조【비과세양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

(2) 소득세법시행령

제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

⑧ 제1항의 규정에 의한 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ도괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택의 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 기간을 통산한다.

제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

제159조의2【15년 이상 장기보유특별공제가 적용되는 1세대 1주택】법 제95조 제2항 제3호 단서에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 1982.11.14. 쟁점토지 및구주택을 취득하였고(의제취득일 1985.1.1.), 구주택이 멸실(1996.2.22.)된 이후인 1996.9.10. 쟁점토지 지상에 신주택을 신축하여 취득하였으며, 2006.12.12. 쟁점토지 및 신주택을 이OO외 2인에게 양도한 후 2007.1.31. 신주택에 대한 장기보유특별공제액을 양도차익의 30/100으로, 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제액을 양도차익의 45/100로 산정하여 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 신주택을 15년이상 보유하지 아니하였으므로 쟁점토지의 장기보유특별공제액을 양도차익의 45/100가 아닌 30/100으로 산정하여야 한다고 보아, 2007.5.29. 청구인에게 이 건 과세처분을 하였다.

(2) 청구인은 소득세법 제95조 제2항 제3호는 보유기간이 15년이상인 주택의 장기보유특별공제액은 양도차익의 45/100로 한다고 규정하고 있고, 동법시행령 제154조 제8항은 멸실된 주택과 재건축한 주택의 보유기간을 통산한다고 규정하고 있으므로, 청구인이 15년이상 보유한 쟁점토지의 장기보유특별공제액은 양도차익의 45/100로 산정함이 타당하다고 주장한다.

(3) 살피건대, 소득세법 제95조 제2항 제3호 단서는 양도소득세가 과세되는 1세대 1주택을 양도한 경우 ‘당해 주택의 보유기간이 15년이상’이면 양도차익의 45/100를 장기보유특별공제액으로 하도록 규정하고 있고, 동법 제4항은 ‘자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다’고 규정하고 있어서, 양도차익의 45/100를 장기보유특별공제액으로 산정하기 위해서는 양도하는 주택에 대한 취득일부터 양도일까지의 보유기간이 15년이상이어야 한다 할 것이고, 소득세법 시행령 제154조 제8항은 1세대 1주택 비과세요건중 3년이상 보유여부를 판단하는 경우에 적용되는 규정으로 장기보유특별공제액과 관련된 소득세법 제95조 제3항에는 적용되지 아니한다 할 것인바, 소득세법 제95조 제2항 제3호 단서의 보유기간을 산정함에 있어서 멸실 전 구주택의 보유기간은 통산할 수 없다 할 것이므로, 신축하여 취득한 신주택의 보유기간은 10년이상 15년 미만이고 그 부수토지의 보유기간은 15년이상인 경우 당해 부수토지에 대한 장기보유특별공제액은 양도차익의 30/100으로 산정함이 타당하다 할 것인데(OOOOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO, OO O),

앞에서 살펴본 바와 같이 청구인은 이 건 양도자산인 신주택을 취득일(1996.9.10.)로부터 양도일(2006.12.12.)까지 약 10년 3개월간 보유하였다고 할 것이므로, 신주택의 부수토지인 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제액은 양도차익의 30/100으로 산정함이 타당하다고 보인다.

(4) 따라서 쟁점토지의 장기보유특별공제액을 양도차익의 30/100으로 산정한 이 건 과세처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.