청구인은 1994.12.30 OOOOO OOO OOO OOOOO번지 소재 대지 435㎡, 위 대지상 지하1층 지상4층의 건물 1,148.81㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구인의 처(妻)인 황OO 및 자(子)인 한OO과 공동으로 취득하여 부동산 임대업을 영위하다 2001.11.26 OOOOO장로회 OO교회(이하 “쟁점교회”라 한다)에 양도하고 이를 사업의 포괄적 양도·양수로 보아 부가가치세 신고를 하지 아니하였다.

처분청은 쟁점교회가 쟁점부동산을 양수하여 지하층을 직접 쟁점교회건물로 사용함으로써 양도당시 임대상황과는 다르게 사용하고 있으므로 쟁점부동산 임대사업의 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도·양수한 것으로 볼 수 없다고 하여 2002.4.4 청구인에게 2001년 2기분 부가가치세 OO,OOO,OOO원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2003.4.4 이의신청을 거쳐 2003.7.31 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

사업의 포괄적 양도·양수 여부는 양도·양수 시점에서 그 사업에 관한 권리와 의무가 승계 되었는지에 따라 판단되어야 할 것이며 청구인은 양도·양수일 현재 부동산 임대업에 공하던 쟁점부동산, 임차인들에 대한 임대차관계, 임차인의 임대보증금 및 쟁점부동산에 관련된 은행채무를 인계하여 사업의 동질성을 유지하면서 경영주체만이 바뀌었으므로 사업의 양도에 해당됨에도 양수인이 공실 이었던 지하실을 자가 사용하였다는 이유로 이 건 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점부동산의 양수자인 쟁점교회가 공실이었던 지하실을 자가사용한 것은 과세사업자의 임대용 건물을 면세사업자인 교회가 자가사용하여 사업의 동질성이 상실되었으므로 쟁점부동산의 양도를 재화의 공급으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인의 쟁점부동산 양도를 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업양도로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

④ 사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 경우에 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령이 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것.

(2) 부가가치세법시행령제17조 【담보제공 사업양도 및 조세의 물납】 ② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지 건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2001.11.26 부동산 임대에 공하던 지상4층 지하1층의 쟁점부동산을 지하실이 공실인 상태에서 쟁점교회에 양도하였고, 쟁점교회는 쟁점부동산을 취득한 후 공실이던 지하실을 자가 사용하였으며 사업자등록 신청은 2002.6.17 하였고, 쟁점부동산의 양도양수 전후 부동산임대 내역은 아래와 같음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 쟁점교회가 공실이던 쟁점건물의 지하실을 자가사용하여 부동산 임대 사업의 동질성이 상실되었다고 하여 이 건 과세한 반면, 청구인은 양도·양수일 현재 부동산 임대업에 공하던 쟁점부동산, 임차인들에 대한 임대차관계, 임차인의 임대보증금 및 쟁점부동산에 관련된 은행채무를 인계하여 사업의 동질성을 유지하면서 경영주체만이 바뀌었다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(가) 부가가치세법시행령 제17조는 사업을 양도하는 것으로서 재화의 공급으로 보지 아니하는 것은 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말하며 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 자산을 비롯한 물적·인적시설 및 권리 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지 하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말한다(부가가치세법 기본통칙 6-17-1 같은 뜻).

(나) 재단법인 OOOOO장로회총회유치재단의 교회주소변경확인서에 의하면 쟁점교회는 2001.10.30자로 쟁점부동산으로 교회주소가 변경되었음을 알수있고 쟁점교회가 입주한 지하층은 2001.5.31까지 (주)OOOOOO이 사용한 이후 공실로 되어 있음이 부가가치세신고서에 첨부된 부동산임대공급가액명세서에 의하여 확인된다.

(다) 쟁점부동산의 매도인인 청구인과 매수인인 쟁점교회가 2001.9.22 작성한 부동산 매매계약서에는 계약금 OO원은 계약시에 지불하고 중도금 OO원은 2001.10.15일에 잔금 OO원은 2001.10.31 지불하기로 하면서 OO은행 융자금 OO원을 승계하기로 하였으며, 쟁점교회는 2001.10.30 쟁점부동산의 잔금을 지불하면서 1～4층의 임대보증금 OOOO원과 OO은행 융자금 OO원을 잔금으로 대체하였음이 매매계약서, 영수증 및 합의각서에 의하여 확인된다.

(라) 쟁점교회는 2001.10.31 쟁점건물 취득후 2002.6.17 사업자등록 신청하여 2002.7.1부터 쟁점교회가 입주한 지하층을 제외하고 1～4층의 부동산임대에 대한 부가가치세 신고를 하였음이 부가가치세 신고서 등에 의하여 확인되며, 사업의 양수자가 사업자등록을 하지 않았더라도 사실상 양도자의 사업을 계속하여 영위한 경우에는 부가가치세법 제6조 제6항의 사업의 양도에 해당한다 하겠다.(재정경제원 소비 46015-32, 1997. 1. 25, 같은 뜻)

(3) 위 사실관계와 관련법령을 종합하여 보면, 처분청이 이 건 과세사유로 본 쟁점건물의 지하층을 비록 매수인인 쟁점교회가 직접 입주하여 사용하고 있으나, 지하층은 양도일 현재 공가상태로 있었던 사실이 인정되는 점, 쟁점부동산의 양도일을 전후하여 쟁점건물내 임차인들에 대한 임대차관계가 변함없이 승계되고 임대보증금 및 은행 융자금을 잔금으로 대체하여 쟁점교회가 인수한 점, 사업양수인이 쟁점건물을 매수하고 일시적으로 사업자등록을 하지 아니하였다 하더라도 사업양수인이 이를 양수받아 사업을 계속적으로 영위하고 있는 사실이 나타나는 점 등을 종합하여 보면, 청구인이 쟁점부동산을 양도한 것은 당해 부동산을 임대용자산으로 하여 부동산임대업을 운영한데 대한 사업주만 변경된 경우로서, 그 임대사업의 본질은 변동된 바 없이 사업의 동질성이 유지된 것으로 봄이 타당하므로(국심 2001서2451, 2001.12.27, 국심 2003중2317, 2003.12.30 같은 뜻) 처분청이 쟁점부동산의 양도를 재화의 공급으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

라. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기 본법 제81조 및 제65조 제1항 3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.