가.청구인은 1987.8.6. 취득한 OOO 단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 멸실한 후 지하 1층, 지상 4층, 5세대의 다세대주택을 신축하여 2003.3.7. 사용승인을 받고, 2003.4.8. 소유권보존등기를 한 후 소유하고 있다가 2008.3.21. 그 중 301호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 OOO원에 양도하고, 「조세특례 제한법」 제99조의3에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택의 양도일까지의양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다.

나. 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면세액을 OOO원으로 보고, 농어촌특별세 과다납부세액 OOO원을 양도소득세 기납부세액으로 보아 2013.5.15. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2013.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점신축주택을 양도하고 국세청 해석사례(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 따라 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전액을 감면대상 소득금액으로 보아 양도소득세 신고를 하였으나, 처분청에서는 새로운 해석사례(재산세과-227, 2009.1.20.)를 들어 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 감면을 적용할 수 없다 하여 감면배제하고 이 건 양도소득세를 과세하였는바, 이는 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배된 처분으로서 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「조세특례 제한법」 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 감면대상으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상에 포함되는 것으로 볼 수 없으므로 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상에서 제외하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분인지 여부

② [직권심리] 쟁점신축주택의 양도에 대하여 세액감면방식에 따른 양도소득세 과세특례를 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제15조 [신의‧성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

(2) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. (단서 및 각 호 생략)

(3) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점신축주택에 대한 등기부등본 및 집합건축물대장에 의하면, 청구인은 1987.8.6. 종전주택을 취득하였고, 2003.3.7. 쟁점신축주택의 사용승인을 받아 2003.4.8. 소유권보존등기를 한 후 취득일로부터 5년이후인 2008.3.21. 쟁점신축주택을 양도한 것으로 나타난다(자기가 건설한 주택은 사용승인일을 취득일로 봄).

(2) 양도소득세 신고서 등에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도한 것에 대하여 「조세특례 제한법」 제99조의3에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면대상 소득금액을 OOO원,감면세액을 OOO원으로 보고,농어촌특별세 과다납부세액 OOO원을 양도소득세 기납부세액으로 보아 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다.

(4) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는것으로 보기 어렵고, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 보도록 명확히 답변하고 있지 않으며, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다(조심 2013서1018, 2013.6.7. 등 참조).

다만, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점, 「조세특례 제한법」 제99조의3 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 「조세특례 제한법」 제99조의3의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을종합하여 볼 때, 「조세특례 제한법」 제99조의3 제1항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 할 것이므로(대법원 2010두3725,2012.6.28., 조심 2013서1018, 2013.6.7. 등 다수 참조) 이 건 양도소득세과세처분은 쟁점신축주택의 양도소득금액 중 「조세특례 제한법」 제99조의3 제1항에따른 양도소득세 과세특례대상 소득금액을 양도소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.