가. 청구인은 1998.12.18. OOO의 제조 및 판매를 목적으로 설립된 OOO 주식회사(2001.5.14. 벤처기업 확인, 이하 “청구외법인”이라 한다)의 발행주식을 1999.1.1～2006.11.1. 기간 동안 아래 <표1>과 같이 출자 및 유·무상 증자 형식으로 취득하였으며, 보유주식 중 152,711주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2013년도 중 6회에 걸쳐 장내 매도하였으나, 이에 대한 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.

나. 처분청은 2016.4.11.～2016.4.30. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 청구외법인의 벤처기업확인일인 2001.5.14. 이전에 쟁점주식을 취득한 사실을 확인하고 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제14조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호(이하 “쟁점법령”이라 한다)의 비과세 요건인 “벤처기업에 대한 출자”에 해당되지 아니한다고 보아 2016.7.12. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 창업 후 3년 이내인 벤처기업의 의미는 창업 첫 해부터 법 소정의 벤처기업의 요건을 갖춘 기업에 대해 출자하는 경우는 당연히 벤처기업에 해당된다고 해석함이 타당하다.

출자에 대한 과세특례규정인 쟁점법령에서는 창업 후 3년 이내인 벤처기업[「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(이하 “벤처육성특별법”이라 한다) 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다] 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 경우 출자지분에 대한 과세특례가 적용된다고 규정하고 있다.

한편, 벤처육성특별법 제2조 제1항에서 규정하는 벤처기업의 정의를 보면, ⓛ벤처캐피탈 투자총액이 20% 이상인 기업, ②직전사업연도 총매출액 중 R&D 지출이 5% 이상인 기업, ③특허권, 실용신안권에 의한 매출액이 직전사업연도 총매출액의 50%이상인 기업, ④신기술개발에 의한 매출액이 50%(수출은 25%) 이상인 기업으로 요약할 수 있다.

그렇다면, 위에서 나열한 것 중 어느 하나에 해당되고 창업된지 3년 이내인 기업에 대한 출자일 경우라면 중소기업청으로부터 벤처기업 확인 이전의 출자일지라도 출자지분에 대한 과세특례가 적용되어야 할 것이다.

(2) 청구외법인은 청구인이 출자당시부터 쟁점법령에서 정한 벤처기업 해당요건을 충족하였기에 중소기업청의 벤처기업 확인유무와 상관없이 벤처기업으로 보아야 한다.

청구외법인은 개업 첫해 업계 최초로 OOO을 개발·성공하였고 그 기술력을 인정받아 일본의 산요전기회사와 기술공급계약을 체결하여 아래 <표2>와 같이 개업 첫해 OOO원의 수출실적을 거양하였다.

청구외법인의 신기술개발 사실은 1999.6.1.자 전자신문에 “신생벤처기업 OOO가 업계 최초로 OOO에 성공하였다”는 보도가 확인되는바, 이는 1999년 5월 이전에 청구외법인이 신기술개발을 완료하였음을 짐작할 수 있다.

위와 같이 청구외법인은 1998.12.18. 법인설립 등기가 되었고 1999.1.1. 사업을 개시하였으며, 개업 후 5개월 내에 신기술을 개발하여 그 기술력을 인정받았고 이를 바탕으로 개업 첫해에 뚜렷한 수출실적을 거양하였는바, 청구외법인은 반도체 신기술개발을 목적으로 설립되었으며 창업 첫 해부터 벤처기업임이 명확하므로 쟁점주식은 쟁점법령의 “창업후 3년 이내인 벤처기업”에 출자된 것으로 보아 과세특례를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 청구외법인이 창업 첫 해부터 법이 정한 벤처기업 요건을 충족하였기에 청구인의 쟁점주식 양도행위는 쟁점법령의 “창업후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자”에 해당하여 비과세 혜택을 받아야 한다고 주장하나, 쟁점법령의 입법취지는 개인이 벤처기업에 직접 투자하는 경우에도 비과세 혜택을 부여함으로써 벤처기업에 대한 투자를 활성화하려는 취지에서 도입된 것으로 특수관계자가 출자한 경우 또는 매매 등으로 취득한 주식은 비과세 혜택을 제외하고 있으며, 벤처육성특별법에 의하면 법령에 따라 비과세 혜택을 지원받으려는 기업은 벤처육성특별법에 따른 확인을 요청하여 벤처기업 확인기관으로부터 확인을 받도록 규정하고 있고, 관련 예규 및 판례에서도 벤처기업에 과한 세제지원을 벤처기업 확인일 기준으로 적용·해석하고 있다.

청구인은 벤처기업 확인일 이전에도 청구외법인이 벤처육성특별법 따른 벤처기업 요건을 갖추고 있었다고 주장하나, 벤처육성특별법에 비추어 보아도 청구인이 제출한 자료만으로는 출자 당시에 청구외법인이 벤처기업의 요건을 갖추었다고 보기 어렵고 동 법에서 정한 다른 확인가능한 객관적인 자료가 없는 이상 벤처기업확인서의 최초발급일인 2001.5.14.부터 쟁점법령 및 벤처육성특별법에서 규정하는 벤처기업의 요건을 갖추었다고 판단하는 것이 타당하다.

(2) 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 안된다고 할 것(대법원 2006.5.25. 선고, 2005다19163 판결)이므로 쟁점법령 및 벤처육성특별법에 규정된 벤처기업 요건은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 할 것이며, 청구인의 쟁점주식은 비과세 요건에 해당하지 않으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식의 양도가 조특법 제14조 제1항 제4호의 양도소득세 과세특례 적용대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법

제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 출자는 중소기업창업투자회사ㆍ벤처기업출자유한회사 또는 신기술사업금융업자가 직접 또는 중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합, 신기술사업투자조합 및 부품ㆍ소재전문투자조합을 통하여 다음 각 호의 1에 해당하는 방법으로 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.

1. 당해 기업의 설립시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금의 자본전입에 의하는 방법

4. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무의 자본전환에 의하는 방법

제14조【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】① 다음 각 호의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의 2ㆍ제3호ㆍ제4호 및 제6호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각호의 1의 규정에 의한 방법으로 취득하는 경우에 한한다)의 양도에 대하여는 「소득세법」 제94조 제1항 제3호의 규정을 적용하지 아니한다.(단서 생략)

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득( 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제13조의 규정에 의한 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분

(2)조세특례제한법 시행령

제12조【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분”이라 함은 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업후 3년 이내인 벤처기업( 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것

2. 개인이 그와 「소득세법 시행령」제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 “특수관계”라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 본다.

(3)소득세법

제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(괄호 생략)의 양도로 인하여 발생하는 소득

다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식등

(4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법

제2조【정의】① 이 법에서 "벤처기업"이라 함은 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 기업을 말한다.

4. 다음 각 목의 1에 해당하는 기업으로서 대통령령이 정하는 기관으로부터 기술성 또는 사업화능력이 우수한 것으로 평가받은 기업

가. 창업중인 기업이거나 자체개발한 기술을 응용하여 사업화하는 기업

나. 의장권(의장등록출원중인 기술로서 특허청장이 인정하는 기술을 포함한다)을 이용하여 사업화하는 기업

다. 제3호 가목 내지 다목에 해당하는 권리신기술 또는 지식을 이용하여 사업화하는 기업으로서 사업화의 정도가 제3조의 규정에 의한 기준에 미달하는 기업

(5) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행규칙

제3조【사업화의 주된 부분의 기준등】② 법 제2조 제1항 제4호의 규정에 의한 벤처기업은 영 제2조 제3항 각호의 1에 해당하는 사업(이하 "신기술사업등"이라 한다)에 의하여 생산한 제품의 사업실적이 다음 각호의 1에 해당하는 기업으로 한다.

1. 당해 신기술사업등에 의하여 생산한 제품의 직전 사업연도의 매출액이 당해기업의 직전 사업연도의 총매출액의 100분의 50이상이거나 당해신기술사업등에 의하여 생산한 제품의 직전 사업연도의 수출액이 당해기업의 직전 사업연도의 총매출액의 100분의 25이상인 기업. 다만, 당해기업이 직전 사업연도 또는 당해사업연도중에 창업된 기업인 경우에는 제8조의 규정에 의한 벤처기업 해당여부의 확인을 요청한 날이 속하는 분기의 직전 2분기이상의 기간의 매출액 또는 수출액을 직전 사업연도의 매출액 또는 직전 사업연도의 수출액으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 전산자료 및 벤처기업확인서 등에 의하면, 청구외법인은 1998.12.18. 법인설립 등기되었고, 1999.1.6. 사업자등록 신청하여 사업을 개시하였으며, 2001.5.14. 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업으로 확인받은 것으로 나타난다.

(2) 처분청의 청구인에 대한 2016년 4월 조사종결보고서에는 청구인의 쟁점주식 양도행위는 쟁점법령에 따른 비과세 요건에 해당되지 아니하고, 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도(2012년) 종료일 현재 청구인이 청구외법인의 대주주(8.36% 소유)에 해당되는 것으로 보아 청구인에게 쟁점주식 양도에 따른 양도차익에 대하여 10%의 세율을 적용하여 양도소득세를 과세하였음이 나타난다.

(3) 청구인은 전자신문, 중앙일보 등에 기재된 아래의 기사내용 등을 제시하며, 청구외법인은 신기술개발을 목적으로 하여 처음부터 벤처기업으로 창업한 벤처기업(즉, 일반회사로 창업한 다음 벤처기업으로 전환된 것이 아니라, 창업 당시부터 계속하여 벤처기업)이라고 주장한다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 제14조 제1항 제4호는 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분’의 양도로 인하여 발생하는 소득을 양도소득세의 과세대상에서 제외하는 과세특례를 규정하고 있고, 그 위임에 따른 조특법 시행령 제12조 제1항은 “법 제14조 제1항 제4호에서 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분이라 함은 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다”고 규정하면서, 제1호에서 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업( 벤처육성특별법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다) 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것’을 들고 있다.

위 규정의 문언과 체계, 입법 취지 등을 보면 조특법 시행령 제12조 제1항 제1호의 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’란 ‘벤처기업으로 창업한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’를 의미하고, 청구외법인과 같이 일반기업으로 창업한 후 벤처기업으로 전환 또는 확인받은 기업에 창업 당시 출자하여 취득한 쟁점주식은 위 규정에서 말하는 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’에 의하여 취득한 주식에 해당하지 않는 것으로 보이는 점(대법원 2015.1.15. 선고 2014두11250 판결 같은 뜻임), 청구인이 제시한 언론기사 등만으로 청구외법인이 창업 당시 벤처기업임이 입증된다고 보기에 부족한 점 등에 비추어 쟁점주식의 양도에 대하여 조특법 제14조 제1항 제4호에서 정한 양도소득세 과세특례의 적용대상이 아니라고 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.