가.처분청은 청구법인이 2006.11.30. OOO OOO OOO OOOO 746 외 1필지 OOOOOOO(토지 913㎡, 건축물 5,979.75㎡, 이하“이 건 부동산”이라 한다)를 매매로 취득한 후, 같은 날 일반세율을적용하여 등록세 140,000,000원, 지방교육세 28,000,000원 합계 168,000,000원을 신고·납부하였으나, 2008.5.25.～2008.6.2. 세무조사결과 청구법인이 2006.12.6. 이 건 부동산 소재지에 지점(이하 “이 건 지점”이라 한다)을 설치한 후 사업자등록을 필하고 임대업을 영위하고 있는 지점으로 보아 이 건 부동산 등기가 대도시내에서의 지점설치에 따른 부동산 등기에 해당된다고 판단하여 이 건 부동산의 취득가액 7,000,000,000원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제138조 제1항의 등록세 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 387,744,000원, 지방교육세 71,948,800원, 합계 459,692,800원(가산세 포함)을 2008.9.9. 부과고지 하였다.

나.청구법인은 이 건 부동산에 인적·물적시설을 갖춘 지점을 설치한 바 없음에도 등록세 등을 중과세함은 부당하다고주장하면서2008.12.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 지점에 대한 사업자등록은 「부가가치세법」제5조 제1항의 규정에 의한 가산세 등 불이익을 회피하기 위한 것이고, 지점근무 직원 3인에 대한 주민세를 처분청에 납입한 사실은 있지만 지점근무 직원 중 OOO 차장은 본점 총무업무 및 회계관리와 OO지점의 회계관리 업무를 수행하고 있고, OOO은 본점 및 OO지점의 회계관리 직원의 보조업무를 수행하고 있으며, OOO는 소방방재 및 전기기계관련 업무를 OO지점에서 수행하고 있으나, 이는 부동산임대업의 주요한 업무와 관련이 없는 단순한 업무를 수행하고 있는 것에 불과하므로 이를 별도의 인적·물적설비를 갖추고 사업을 영위하는 사업장으로 볼 수 없다.

(2) 부동산임대업과 관련한 임대료수납 및 지출경비관리용 예금계좌의 예금주는 본점명의로 개설되었으며 계좌개설지점을 OOOO OOOOOO으로 한 것은 이 건 부동산에 OOOO을 유치하기 위하여 개설하게 된 것이고, 입주업체 선정, 임대료 산정, 계약 체결, 자금관리, 임차인 관리, 회계처리 등 부동산임대업과 관련된 주된 업무는 본점에서 직접 수행하고 있고, OO지점에서는 전기 및 소방 등 건물관리와 보조적인 회계업무를 수행하고 있으므로, 처분청에서 이 건 지점을 별도의 인적·물적 설비를 갖추고 부동산임대업을 영위하는 사업장으로 보아 이 건 부동산 전체에 대하여 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 경우 2006.12.6. 이 건 부동산을 소재지로 사업자등록(업태 : 부동산업, 업종 : 임대)을 하였고, 2008년 5월 이 건 지점의 근무인원을 3명으로 기재하여 작성한 지방세 서면조사서를 처분청에 제출하였으며, 청구법인 직원들의 근로소득에 대한 주민세(소득할)를 특별징수하여2007년 6월부터 2008년 6월까지매월 납입한 바 있고, 이 건 부동산 임대와 관련하여 청구법인이 제출한 예금계좌 사본을 보면 해당 계좌의 관리점이 이 건 부동산에 입주하여 영업을 하고 있는 OOOOOOOOOOO임이 확인되고 있으며, 청구법인이 속한 OOOO의 인터넷홈페이지를 보면 이 건 부동산의 임대문의 연락처를이 건 부동산 소재 사무실의 전화번호(OOOOOOOOOOOO)로 되어 있고, 직원의 명의도 이 건지점에 근무하는 직원인 OOO로 표시(2008년 8월 현재)되어 있다.

(2)청구법인이 2006.2.1. OOOOOO(주)와 건물종합관리계약 체결시 청구인의 소재지를 이 건 부동산 주소지인 OOO OOO OOO OOOO 746으로 기재한점을 볼 때,청구법인이 이 건 부동산에 사업자등록을 하고 인적·물적 설비를 갖추어 임대 및 건물관리 등 부동산임대업을 영위하기 위해 지점을설치한 것으로봄이 타당하므로,청구법인이 취득·등기한 이 건 부동산은 대도시내 지점 설치 전후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산에해당하여 이에 대하여 등록세 등을 중과세한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

부동산 임대사업을 영위하기 위하여 취득한 부동산에 지점설치 및사업자등록을 한 경우 취득한 부동산에 대한등기가 대도시내에서의 지점 설치에따른부동산 등기에 해당하여 등록세 중과세 대상에 해당되는지여부

나. 관련 법령 등

(1) 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것)

제138조【대도시지역 내 법인등기 등의 중과】

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3.대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

(2) 구 지방세법 시행령(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것)

제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조 제1항 제3호에서"법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며,"그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며,"지점 등"이라 함은행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 지방세법 시행규칙(2008.3.24. 행정안전부령 제10호로 개정되기 전의 것)

제55조의2【사무소 등】

영 제102조 제2항 후단에서"행정자치부령이 정하는 사무소 또는사업장"이라 함은「법인세법」·「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」·「부가가치세법」 또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인은 1963.2.5. 목적사업을 부동산임대업 및 철강제 도매업으로, 본점은OOOOO OO OOO 3-1로 하여 설립된 법인으로서 2006.11.30. OOO OOO OOO OOOO 746 외 1필지(OOOO OOOOOO) OOOOOOO(토지 913㎡, 건축물 5,979.75㎡)를 취득한 후, 2006.12.6. 부동산임대업을 영위하기 위하여 이건 부동산을 소재지로 사업자등록(업태 : 부동산업, 업종 : 임대)을 하고, 2008년 5월 이 건 지점의 근무인원을 3명으로 기재하여 작성한 지방세 서면조사서를 처분청에 제출하였으며, 청구법인 직원들의 근로소득에 대한주민세(소득할) 특별징수분 266,120원을 처분청에2007년 6월부터 2008년 6월까지매월 납입한 바 있고, 2007.4.30. 주민세(법인세할) 8,848,900원, 2007.8.27. 주민세(법인균등할) 62,500원, 2008.4.30. 주민세(법인세할) 8,932,380원을 처분청에 신고·납부하였으며, 이 건 부동산 임대와 관련하여 청구인이 제출한 예금계좌 사본을 보면 해당 계좌의 관리점이 이 건 부동산에입주해 있는 OOOOOOOOOOO임이 확인되고 있으며, 청구인이 속한 OOOO의 인터넷홈페이지를 보면 이 건 부동산의 임대문의 연락처가이 건 부동산 소재 사무실의 전화번호(OOOOOOOOOOOO)로 되어 있고, 직원의 명의도 이 건지점에 근무하는 직원인 OOO로 표시(2008년 8월 현재)되어 있으며 청구법인이 임대사업을 하기 위하여 지점으로 직접 사용하는 이 건 부동산 304호의 사업장 면적은토지 14.90㎡, 건축물 97.61㎡임이제출된 증빙자료에서 알 수 있다.

(2) 청구법인의 경우 2006.12.6. 이 건 부동산을 소재지로 사업자등록(업태 : 부동산업, 업종 : 임대)을 하였고, 2008년 5월 이 건 지점의 근무인원을 3명으로 기재하여 지방세 서면조사서를 처분청에 제출하였으며, 이들 직원들에 대한 주민세(소득할)를 특별징수하여 처분청에2007년 6월부터 2008년 6월까지매월 납입한 점, 2007.4.30. 주민세(법인세할) 8,848,900원, 2007.8.27. 주민세(법인균등할) 62,500원, 2008.4.30. 주민세(법인세할) 8,932,380원을 처분청에 신고·납부한 점과, 이 건 부동산 임대와 관련하여 청구법인이 제출한 예금계좌 사본을 보면 해당 계좌의 관리점이 이 건 부동산에 입주해 있는 OOOOOOOOOOOO이 확인되고 있고, 청구법인이 속한 OOOO의 인터넷홈페이지를 보면 이 건 부동산의 임대문의 연락처가이 건 부동산 소재 사무실의 전화번호(OOOOOOOOOOOO)로 되어 있어 지점 사무실로 사용하고 있음을 알 수 있고, 직원의 명의도 이 건지점에 근무하는 직원인 OOO로 표시(2008년 8월 현재)되어 있는 점, 청구법인이 2006.2.1. OOOOOO(주)와 건물종합관리계약 체결시 청구법인의 소재지를 이 건 부동산 주소지인 OOO OOO OOO OOOO 746으로 기재한점,청구법인이 제출한 OOOO 조직도를 보면 별도의 OO사업부 소속으로 OOO, OOO, OOO가 따로 편제되어 있어 OO지점의 업무처리를 수행하고 있음이 입증되는 점 등을 볼 때,청구법인이 이 건 부동산에 사업자등록을 하고 인적·물적 설비를 갖추어 임대 및 건물관리 등 부동산임대업을 영위하기 위해 지점을설치한 것으로봄이 타당하다고 하겠으므로,이 건 부동산의 304호(토지 14.90㎡, 건축물 97.61㎡)를 지점으로 사용하지 아니하였다는 청구법인의 주장은 이를 받아들일 수 없다.

(3) 한편, 구「지방세법 시행령」제102조 제2항에서말하는 일체의 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 그 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하는것이므로 그 설립·설치·전입과 아무런 관련이 없이 취득한 부동산의 등기는 포함되지 않는다 할 것이다(OOOOOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO O OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOOO O).

또한,「지방세법시행령」제102조 제2항의개정(2009.5.21. 대통령령 제21498호)이유는 대도시내 법인의 사무소로 직접 사용되지 않는 부동산에 대해서까지 등록세가 중과되는 문제를 해소하기 위하여, 대도시내에 법인·지점또는 분사무소가 설립 또는 설치되거나 대도시내로 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소가 전입될 때 하는 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 대상을 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기 로 명확하게 정함 으로 나타나는바 이러한 사실을 보아도이 건의 경우와 같이 법인의 지점 설치 이전에 지점설치와 관련성이 없이 지점용도가 아닌 임대를 하기 위하여 취득하는 부동산등기까지등록세 중과세 대상으로 하는 것은 무리가 있다.

따라서,처분청에서 청구법인이 지점 설치 이전에 취득·등기한이건토지 및건축물 중 지점용도로 직접 사용한부분(304호,토지 14.90㎡, 건축물 97.61㎡)이아닌 임대용 부분에 대하여도 등록세 등을 중과세한 처분은 잘못이라 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.