청구인은 1989.4.7 청구외 한OO으로부터 경상북도 구미시 OO동 OOOOO 소재 임야 1,100㎡(이하 “쟁점토지”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 1998.2.10 경상북도 구미시 OO동 OOO 소재 청구외 (주)OO폐차사업장에 양도하고, 쟁점토지의 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액(양도가액 102,957,317원, 취득가액 100,609,756원)으로 자산양도차익예정신고를 하였다.

처분청에서는 청구인이 신고한 쟁점토지의 실지거래가액을 조사한 결과 신고한 실지양도가액이 사실과 다른 것을 확인하고, 그 확인된 실지양도가액 (189,665,679원)에 의하여 양도차익을 산정하여 2001.8.11 청구인에게 양도소득세 32,963,610원을 결정고지 하였다.

청구인은 이에 불복하여 2001.9.20 이의신청을 거쳐 2001.12.24 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

소득세법 제96조 제1호 및 제97조 제1항 제1호 등의 규정에 의하면 제94조 제1호에 규정된 자산의 경우 양도가액 또는 취득가액은 당해 자산의 양도 또는 취득당시의 기준시가에 의하되, 다만 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있다.

구 소득세법시행령 제166조 제4항 제3호에서는 실지거래가액에 의할 수 있는 예외적 사유의 하나로서 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우를 규정하고 있는바, 이 규정은 양도차익을 산정함에 있어서 종래의 실지거래가액 과세원칙에서 기준시가 과세원칙으로 전환하였음을 선언한 것으로 실질과세원칙에 대한 예외를 인정한 취지로 해석된다 할 것이다.

따라서, 신고한 가액이 실지거래가액으로 확인되면 그에 의하고, 신고가 없거나 신고가 있더라도 신고한 가액이 실지거래가액으로 확인되지 아니하는 때에는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이므로 청구인이 신고한 실지양도가액과 확인된 실지양도가액이 서로 다르다는 이유로 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하지 아니하고 확인된 실지양도가액에 의하여 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

소득세법 제96조 제1호 및 같은 법 제97조 제1항 제1호 가목에 의하면, 양도 및 취득가액은 당해 자산의 기준시가에 의하되, 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제166조 제4항 제3호에는 실지거래가액에 의할 수 있는 예외적 사유의 하나로서 양도자가 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 및 취득 당시의 실지거래가액을 납세지관할 세무서장에게 신고하는 경우로 규정하고 있다.

소득세법상의 자산양도차익 산정은 기준시가를 원칙으로 하면서, 납세자가 실지거래가액으로 신고한 경우에는 처분청에서 실지거래가액을 확인하여 결정하고, 실지거래가액이 확인되지 아니하는 경우에만 기준시가에 의하여 과세하도록 되어 있는 바, 이 건의 경우 납세자가 소득세법시행령 제166조 제4항 제3호의 규정에 의하여 실지거래가액으로 신고하였으므로 처분청에서 조사하여 확인된 양도당시의 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액으로 신고한 경우 신고한 실지거래가액을 부인하고, 확인된 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

이 건 양도소득세 과세요건 성립일 현재 시행된 법령은 다음과 같다.

소득세법 제96조【양도가액】양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.(1995.12.29개정)

2.(생 략)

같은 법 제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.(1994.12.22개정)

1. 취득가액

가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.(1995.12.29개정)

같은 법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다.(1994.12.22개정)

②～③ (생략)

같은 법 시행령 제166조【양도차익의 산정】

① 법 제100조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 제3항 각호 및 제157조 제4항·제5항에 규정된 자산을 양도하는 경우 또는 제4항 각호의1(제3호의 경우에는 상속 또는 증여받은 자산의 경우에 한한다)의 경우를 말한다.(1995.12.30개정)

② ～ ③ (생략)

④ 법 제96조 제1항의 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 단서에서 당해자산의 종류, 보유기간, 거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우라 함은 다음 각호의 1호에 해당하는 경우를 말한다.(1995.12.30개정)

1. (생략)

2. 조세부담을 회피할 목적으로 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우 및 법 104조 제3항에 규정된 자산을 양도하는 경우

3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우

다. 사실관계 및 판단

처분청에서 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하고 조사·확인된 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 처분이 적법한 것인지 여부에 대하여 살펴본다.

첫째, 처분청에서 제시한 이 건 과세기록을 보면, 청구인과 청구외 조OO, 청구외 박OO은 1989.4.7 청구외 한OO으로부터 경상북도 구미시 OO동 OOOOO 소재 임야 3,444㎡(청구인 지분 1,100㎡)를 315,000,000원에 취득하여 보유하다가 1998.2.10 경상북도 구미시 OO동 OOO 소재 청구외 (주)OO폐차사업장에 322,350,000원에 양도한 것으로 검인계약서를 작성하고, 위 토지 중 청구인 지분에 상당하는 쟁점토지의 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액(양도가액 102,957,317원, 취득가액 100,609,756원)으로 자산양도차익예정신고를 한 것으로 나타나고 있다.

둘째, 처분청에서는 위 양도토지를 매수한 (주)OO폐차사업장의 대표이사 이OO의 부(父)인 이OO으로부터 부동산매매계약서와 확인서를 받아 양도가액을 593,826,000원으로 하고. 취득가액을 315,000,000원으로 하여 청구인의 지분에 상당하는 양도가액 189,665,679원과 취득가액 100,609,756원으로 양도차익을 산정하여 과세한 것으로 확인되고 있다.

셋째, 구 소득세법(1999. 12. 28. 법률 제6051호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1호 및 제97조 제1항 제1호 가목에 의하면, 제94조 제1호 등의 규정에 의한 자산의 경우 양도가액 또는 취득가액은 당해 자산의 양도당시 기준시가에 의하되 다만, 대통령령이 정하는 경우에 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있고, 이에 따라서 구 소득세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항 제3호에서 실지거래가액에 의할 수 있는 예외적 경우의 하나로서 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우를 규정하고 있는바, 위의 각 규정은 일정한 자산을 양도한 경우에 그 양도차익을 산정함에 있어서 종래의 실지거래가액 과세원칙으로부터 기준시가 과세원칙으로 전환하였음을 선언한 것으로서 실질과세원칙에 대한 예외를 인정한 취지로 해석되는 것이므로, 일정한 자산을 양도한 경우에 양도자가 실지거래가액이라 하여 신고한 가액이 실지거래가액으로 확인되는 경우 당해 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하고, 그와 같은 신고가 없거나 신고가 있었다 하더라도 당해 신고한 실지거래가액이 실지거래가액으로 확인되지 아니하면 그 때는 다시 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고, 비록 조사 등에 의하여 달리 실지거래가액이 확인된다 하더라도 그 확인되는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 것은 아니라 할 것(국심2001중513, 2001.7.14 같은 뜻임)이다.

따라서, 청구인이 신고한 양도당시의 실지거래가액이 확인되지 아니하는 이 건의 경우, 취득 및 양도당시 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 것임에도 확인되는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 부과한 처분은 위 법리를 오인한 잘못이 있다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.