가.청구인은 1996.8.18. 서울특별시 OOO OOO OOO, OOO 대지 및 지상 위 주택을 상속으로 취득한 후 2000.10.30. 서울특별시 OOO OOO OOOOO OOOO OOOOO로 분할, 842에서 37㎡가 842-1로 분할되었다가 2002.3.12. 분할된 토지인 서울특별시 OOO OOO OOOOO OOO, OO O OOOOO OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)가 서울특별시 OOOOO에 수용되었다.

나. 서울특별시 OOOOO은 쟁점토지 지역이 2004.12.3. 택지개발지구로 지정되어 도로가 필요없게 되자 2008.7.23. 원소유자인 청구인에게 수용된 쟁점토지에 대하여 환매소유권 이전을 요청하여 매매계약을 체결하였고, 청구인은 73,840,000원에 쟁점토지를 환매취득하였다가 이후 2009.1.9. 쟁점토지는 OOOOOOO에 131,386,666원에 다시 수용되었고 2009.2.10. 청구인은 1년미만 보유에 대한 세율 50%를 적용하여 양도소득세 22,746,360원을 신고⋅납부하였다.

다. 청구인은 2009.4.3. 쟁점토지의 취득시기를 청구인이 환매한 2008.7.23.로 함은 부당하다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 2009.5.30. 처분청은 이를 거부통지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2009.8.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지는 본인의 의사와 상관없이 수용 후 환매취득 및 재수용된 경우로서 수용 후 환매취득하지 아니하였다면 1세대 1주택 비과세 대상에 해당되었을 것이며, 쟁점토지는 환매취득 후 2년이상 보유하다가 수용되었다면 일반세율을 적용받을 수 있었으나, 2년 미만의 기간내에 재수용되어 50%의 높은 세율을 적용받게 되었고, 또한 공익사업용으로 수용된 토지는 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지는 현금보상의 경우 20%의 감면을 받을 수 있음에도 쟁점토지의 경우 사업인정고시일 이후에 환매취득하여 감면을 받지 못하게 되었는 바 쟁점토지의 취득시기를 환매일로 보아 50%의 세율을 적용하여 이 건 과세한 처분은 부당하며,

1세대 1주택 비과세와 수용에 따른 양도소득세 감면을 적용함에 있어 사업인정고시일 이전 취득 또는 소급 2년 전 취득할 것을 요건으로 함은 투기성 거래에 대하여 비과세를 배제하고 자의에 반하여 수용된 점을 배려하는 취지이므로 쟁점토지와 같이 환매취득후 재수용된 경우 취득시기를 환매취득일이 아닌 최초 취득일을 기준으로 사업인정고시일 또는 소급 2년 전 취득인지 여부로 판정하는 것이 타당하며,

2008.12.31. 「조세특례제한법 시행령」제66조 제7항 단서를 신설하여 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 하도록 하여 양도시기(보상금 수령시기)에 따라 감면세액이 달라지는 문제점을 보완하였는데 이 개정례에서 보듯 쟁점토지와 같이 자의에 반하여 수용 후 환매취득 및 재수용된 경우 환매시기에 따라 과도한 세부담이 발생하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

「소득세법 시행규칙」제72조 제2항에서, 주택의 부수토지를 분할하여 양도하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 1세대 1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 주택 및 그 부수토지의 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수⋅수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우의 당해 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)의 경우에는 1세대 1주택으로 보도록 규정하고 있는 바, 쟁점토지는 2000.10.30. 분할하여 2002.3.12. 수용되었으므로 1세대 1주택 부수토지로 볼 수 없는 것은 명백하며 청구인이 주장하는 것처럼 1세대 1주택 부수토지 적용, 일반세율 적용, 감면적용을 위하여는 환매 취득한 쟁점토지의 취득시기를 최초 취득일로 보아야 한다는 것인데 이는 다음과 같은 사유로 불가하다.

청구인이 취득시기를 당초 취득일로 보아야 한다는 주장은 2002.3.12.쟁점토지가 서울특별시 OO구에 수용된 효력을 인정하지 않는다는 것인데 이에 대하여 살펴보면, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 수용된 경우에는 같은 법 제45조의 규정에 따라 수용의 시기에 보상금의 지급 공탁을 조건으로 사업시행자는 수용대상토지의 소유권을 원시 취득하게 되며, 환매권은 형성권으로서 당초 공익사업의 시행으로 인하여 토지가 수용된 원소유자는 같은 법에서 규정하고 있는 사업의 폐지변경 등 일정한 환매사유가 발생한 경우 사업시행자에게 환매가액 상당액을 지급하고 환매를 청구하면 사업시행자의 소유권이전을 기다릴 것 없이 당초 수용되었던 토지의 소유권을 다시 취득하게 되는 것으로, 위와 같이 환매권 행사절차에 따라 환매로 취득한 토지는 새로운 토지를 취득한 것으로서 취득시기는 환매대금을 청산한 날이 되고 이 토지를 양도하게 되면 당연히 종전의 토지수용과는 별개의 새로운 토지를 양도한 것이므로 별도의 양도소득세 과세대상이 되는 것으로 수용된 토지를 환매권 행사를 통해 원소유자가 다시 취득하였다 하더라도 이러한 환매로 인해 당초 수용이 무효가 되거나 취소되는 것은 아니다.

환매권은 공익사업을 위해 수용된 토지가 필요없게 된 경우 사업시행자가 매각할 때 원소유자의 감정을 존중하고 공평의 관념에서 원소유자에게 수용된 토지를 우선적으로 취득할 수 있는 권리를 인정하는 것일 뿐이고, 환매대금에 대하여는 당사자간 협의에 의하고 협의가 안 될 경우 법원의 증감을 청구하는 점에서 보아도 환매에 의한 토지취득한 당초 수용에는 아무런 영향을 미치지 않는 별개의 부동산 거래에 해당하는 것이므로, 세액이 과다하다는 사유로 당초 수용 및 환매취득의 효력을 부인하고 최초 취득일을 취득시기로 보아 1세대 1주택 비과세 부수토지, 일반세율 적용, 감면 적용을 청구하는 것은 법적 근거에 위배되는 주장으로서, 이 건 처분이 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지가 수용된 후 청구인이 이를 환매하였다가 다시 수용된 경우 그 취득시기를 당초 청구인이 취득한 시기로 보아 1세대 1주택의 부수토지, 일반세율 적용, 20% 감면율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령 등

(1) 소득세법

제89조 【비과세양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제98조 【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제104조 【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

2의2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

양도소득과세표준의 100분의 50

(2) 소득세법 시행령

제154조 【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

가.주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

제162조 【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

(3) 소득세법 시행규칙

제72조 【1세대 1주택의 특례】② 영 제154조 제1항의 규정을 적용함에 있어서주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조 제3호에 규정하는 1세대 1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며1주택을 2 이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대 1주택으로 보지 아니한다.이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그밖의 법률에 의하여 수용되는 경우의 당해 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다.

(4) 조세특례제한법

제77조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 25로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다)안의 토지 등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 기타 법률에 의한 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

(5) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률

제45조 【권리의 취득⋅소멸 및 제한】① 사업시행자는 수용의 개시일에 토지나 물건의 소유권을 취득하며, 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 이와 동시에 소멸한다.

② 사업시행자는 사용의 개시일에 토지나 물건의 사용권을 취득하며, 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 사용의 기간 중에는 이를 행사하지 못한다.

제48조 【반환 및 원상회복의 의무】① 사업시행자는 토지나 물건의 사용기간이 만료된 때 또는 사업의 폐지⋅변경 그 밖의 사유로 인하여 사용할 필요가 없게 된 때에는 지체없이 당해 토지나 물건을 토지나 물건의 소유자 또는 그 승계인에게 반환하여야 한다.

제94조 【환매권】① 토지의 협의취득일 또는 수용의 개시일(이하 이 조에서 “취득일”이라 한다)부터 10년 이내에 당해 사업의 폐지⋅변경 그 밖의 사유로 인하여 취득한 토지의 전부 또는 일부가 필요없게 된 경우 취득일 당일의 토지소유자 또는 그 포괄승계인(이하 “환매권자”라 한다)은 당해 토지의 전부 또는 일부가 필요없게 된 때부터 1년 또는 그 취득일부터 10년 이내에 당해 토지에 대하여 지급받은 보상금에 상당한 금액을 사업시행자에게 지급하고 그 토지를 환매할 수 있다.

② 제1항의 규정을 취득일부터 5년 이내에 취득한 토지의 전부를 당해 사업에 이용하지 아니한 때에 이를 준용하되, 이 경우 환매권은 취득일부터 6년 이내에 이를 행사하여야 한다.

④ 토지의 가격이 취득일 당시에 비하여 현저히 변동된 경우 사업시행자 및 환매권자는 환매금액에 대하여 서로 협의하되, 협의가 성립되지 아니한 때에는 그 금액의 증감을 법원에 청구할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 이 건 양도소득세 경정청구 거부통지 경위를 보면, 청구인은 1996.8.18. 서울특별시 OOO OOO OOO OOO, OO O OOO OOOO 대지 및 지상 위 주택을 상속을 원인으로 취득한 후, 2000.10.30. 분할된 쟁점토지가 2002.3.12. 서울특별시 OO구청장에 수용되었다.

이후 청구인은 2008.7.23. 쟁점토지에 대하여 서울특별시 OOOOO과 매매계약을 체결하여 73,840,000원에 환매취득하였고 2009.1.2. 다시 쟁점토지가 OOOO에 131,386,666원에 수용되었는데 이에 대하여 청구인은 2009.2.10. 1년미만 보유에 대하여 50%세율을 적용하여 양도소득세 신고한 후 2009.4.3. 쟁점토지 취득시기를 2008.7.23. 환매취득시기로 봄은 부당하다는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2009.5.30. 이를 거부통지하였다.

(2) 2002.2.15. 서울특별시 OOOOO이 쟁점토지 당초 수용당시 수용재결 보상금 협의를 위하여 청구인에게 발송한 공문(OOOOOOOOOOO)에 의하면 서울특별시에서 시행하는 도시계획사업OOOOOOOOOOOOOO구간 공사와 관련하여 쟁점토지를 수용하면서 청구인에 대한 보상금액은 38,911,900원으로 나타난다.

(3) 2008.7.15. 서울특별시 OOOOO이 쟁점토지의 환매가격 결정 및 협의 안내와 관련하여 쟁점토지 환매권자인 청구인에게 발송한 공문(OOOOOOOO)에 의하면 쟁점토지를 감정평가액 73,840,000원에 의하여 환매가격을 결정하고 계약금 10%는 계약일에 납부하고 잔금은 계약일로부터 60일이내에 일시불로 납부하는 것으로 하며 협의기간은 2008.7.14. ~ 2008.7.25.로 하여 환매가격을 협의한 것이 나타난다.

(4) 2008.7.21. 청구인과 서울특별시 OOOOO이 체결한 “시유재산(토지)매매계약서”에 의하면 서울특별시 OOOOO은 쟁점토지를 73,840,000원에 청구인에게 매각하며 계약체결일에 계약금 7,384,000원을 납부하며, 나머지 잔금은 2008.9.19.까지 납부하는 것으로 하여 매매계약을 체결한 것이 나타난다.

(5) 2008.12.9. 서울특별시 OOOO가 청구인이 환매취득한 쟁점토지에 대한 보상협의 요청을 위하여 발송한 공문(OOOOOOOOOOO)에 의하면 상암2지구 택지개발사업에 대한 쟁점토지의 수용 보상금으로 131,386,666원이 산정된 것이 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지가 1세대 1주택의 비과세 또는 일반세율 적용과 공익사업용 토지 수용에 의한 20% 감면을 적용받을 것임에도 쟁점토지가 본인의 의사와 상관없이 수용 후 환매취득 및 재 수용되었는 바, 이를 1년 미만 보유한 것으로 보아 50%의 중과세율을 적용함은 부당하다는 주장이나, 「소득세법 시행규칙」제72조 제2항에서 쟁점토지와 같이 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도하는 경우 1세대 1주택의 부수되는 토지로 보지 아니하도록 규정하고 있는 점, 환매권은 사업시행자에게 수용된 토지가 필요없게 된 때 원소유자가 다시 취득할 수 있는 권리를 부여한 것으로서 청구인은 자신이 가진 권리에 따라 쟁점토지에 대한 환매권을 행사하여 서울특별시 OO구청장과의 협의에 따라 쟁점토지의 소유권을 취득하였는 바 이는 당초 수용과는 별개의 거래로 봄이 타당하다고 보이는 점, 「소득세법 시행령」제162조에 의하면 대금을 청산한 날을 양도 및 취득시기로 보도록 규정하고 있으므로 환매권을 행사하여 취득한 쟁점토지의 경우 청구인이 서울특별시 OOOOO에게 청구인이 환매대금을 청산한 날이 쟁점토지의 취득일로 봄이 타당하다고 보이는 점, 쟁점토지의 취득시기를 청구인이 당초 취득한 시기로 보려면 쟁점토지를 청구인으로부터 서울특별시 OOOOO이 수용한 것과 이후 청구인이 다시 환매한 행위를 무효로 보아야 할 것인데 이에 대한 법적 근거가 없는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점토지의 취득시기를 청구인이 환매 취득한 2008.7.23. 보는 것은 부당하다는 이유로 제기한 경정청구에 대하여 이를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.