2. 나머지 청구는 기각합니다.

2000. 6월경 부산지방국세청에서 자동차부품 제조업을 영위하는 중소기업인 청구법인에 대한 법인세조사 결과, OO개발리스(주)부터 운용리스한 기계장치설비(이하 “쟁점①의 기계장치”라고 한다)를 1997.4.1부터 1998.3.31까지 청구외 OO공업주식회사(이하 “청구외 법인”이라고 한다)에 전대함으로써 발생한 전대수입금액 266,381,069원(이하 “쟁점①의 금액”이라고 한다)에 대하여 부가가치세 신고가 누락되었음을 적출하고, 비업무용부동산인 충청남도 아산시 OO리 OOOOO외 3필지 토지 9,195㎡(이하 “쟁점②의 토지”라고 한다)에 대한 관련지급이자를 부인하고, 청구외 법인에 대한 외상매입금을 조기결제한 1,196,552,858원(이하 “쟁점③의 금액”이라고 한다)과 선급금 155,000,000원(이하 “쟁점④의 금액”이라고 한다)을 가지급금으로 보아 인정이자를 계산하여 익금가산하고 관련지급이자를 부인하였으며, 또한, 청구외 법인에 임대하고 있는 성형기등 기계장치들(이하 “쟁점⑤의 기계장치”라고 한다)에 대해 손금산입 또는 세액공제를 적용하여 신고한 중소기업투자준비금 설정액 135,930,505원(1997년 62,866,903원, 1998년 43,478,471원, 1999년 29,585,125원)과 중소기업투자세액 또는 임시투자세액을 배제하는 등의 사항을 적출하여 처분청에 통보하자,

2000.10.17 처분청은 청구법인에게 쟁점①의 금액등에 대하여 부가가치세 38,992,640원(1997년 제1기분 13,187,510원, 1997년 제2기분 14,168,080원, 1998년 제1기분 11,637,050원)과 쟁점②~⑤등의 사항에 대하여는 다음과 같이 법인세등을 경정고지하였다.

<법인세등 고지액>

(단위 :원)

청구법인은 이에 불복하여 2001.1.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 자동차부품을 제조하는 업체인데, 1997.1월부터 “도어샤시등” 일부 특정 아이템의 부품은 관계회사인 청구외 법인이 생산하기로 함에 따라 동 부품제조시설을 청구외 법인에 이관하면서 동 시설의 일부시설인 쟁점①의 기계장치도 이관하게 되었는데, 쟁점①의 기계장치들은 OO개발리스(주)로부터 운용리스하여 사용하여 오던 것으로서 리스이용자 변경계약을 하고 이관을 하여야 했으나 당시 리스료를 1년간 선납한 관계로 리스변경계약을 할 수 없어 부득이 리스회사의 사전동의를 얻어 이관하였을 뿐만 아니라 청구법인이 선납금액을 모두 받은 1998.3.31. 위 리스회사, 청구법인과 청구외 법인등 3자간에 리스이용변경계약을 하면서 1997.4.1부터 소급적용하기로 한 점을 보아도 임차인의 지위를 양도하였다거나 운용리스자산인 쟁점①의 기계장치를 전대한 것이 아니므로 이를 전대한 것으로 보아 리스선급금을 청구외 법인으로부터 대신 받았다고 하여 부가가치세를 과세한 것은 부당하다.

(2) 쟁점②의 토지에 대하여 1996.2.3. 아산시장으로부터 공장설립사업계획을 승인받아 1996.11.7 취득하였으나 IMF여파로 자금사정이 어려워 1999.7.1 부득이 청구법인이 자진하여 공장설립취소를 요청하여 그 취소승인을 받아 2000.2.1. 양도하였는데, 처분청은 쟁점토지를 공장용 부지로 보지 아니하고 건축물이 없는 토지로 보아 유예기간 2년을 적용하여 1998.11.7까지 쟁점토지가 업무에 사용되지 아니하였다 하여 관련지급이자를 부인하여 각 해당 사업연도분의 법인세를 경정하였는바,

(가) 법인세법시행규칙(1999.5.24 개정된 것임) 제26조 제1항 제1호의 규정에 의하면, 공장용부지는 비업무용부동산 판정의 유예기간이 5년인데, 쟁점②의 토지는 그 유예기간 중인 2000.2.1 양도되었으므로 1999사업연도 이전분의 관련 지급이자부인액에 상당하는 세액은 같은법시행규칙 제27조의 규정에 따라 2000사업연도에 추가납부될 것인데도 1996~1999사업연도분을 각각 경정한 것은 위법할 뿐만 아니라 가사, 쟁점②의 토지를 공장용부지가 아닌 건축물이 없는 토지로 보더라도 같은법시행규칙 제26조 제1항 제7호에서 그 유예기간이 종전 2년에서 3년으로 연장되었고, 그 부칙 제15조 제1항의 규정에서 1999.1.1 이후 최초로 개시하는 사업연도개시일 현재 유예기간이 경과된 부동산에 대하여는 그 기간에 관한 종전의 규정을 적용토록 하고 있는 바, 쟁점②의 토지는 1999.1.1 현재에는 공장용 부지로 유예기간이 진행 중이었고, 1999.7.1 공장설립이 취소됨으로써 건축물이 없는 토지가 되었으므로 개정된 3년을 적용하여 1999사업연도를 유예기간이 경과된 사업연도로 보아야 한다.

(나) 또한, 유예기간내 미사용으로 비업무용부동산으로 소급적용시 과소신고가산세는 적용할 수 없고, 미납부가산세는 유예기간이 경과되는 날이 속하는 사업연도 신고분부터 적용되어야 할 것인데도 유예기간이 경과되기 전의 사업연도분에 대하여 과소신고가산세와 미납부가산세를 적용한 것은 위법하다.

(3) 특수관계자에 대한 외상매입금의 결제가 업무와 관련없는 자금의 실질적 대여인 가지급금으로 보기 위해서는 외상매출금의 회수 여부와 비교할 것이 아니고 특수관계없는 타 거래처들에 대한 외상매입금의 결제상황과 비교하여 부당거래 여부를 판단하여야 하는데도 특수관계자인 청구외 법인에 대한 쟁점③의 외상매입금 결제는 특수관계가 없는 타거래처에 비하여 조기결제하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 청구외 법인에 대한 외상매입금을 결제시 소비대차로 전환한 사실도 없으므로 업무와 관련없는 가지급금으로 본 것은 위법하다.

(4) 청구법인이 외주를 주어 납품받는 청구외 법인에게 1998.11.3 선급금으로 지급한 쟁점④의 금액은 업무와 관련하여 지급하였으나 외상매입금을 별도로 지급한 관계로 부득이 1999.12.31 받을어음으로 회수하였을 뿐인데도 업무와 관련없는 가지급금으로 본 것은 위법하다.

(5) 청구법인이 위탁제조 의뢰한 자동차부품을 청구외 법인이 청구법인 소유의 쟁점⑤의 기계장치로 제조하여 전량 청구법인에 납품하고 있어 동 기계장치는 청구법인의 제조업에 직접 사용하고 있다할 것인데도 임대료를 받고 있다 하여 임대에 공하고 있는 기계장치로 보아 중소기업투자준비금을 손금부인하고 임시투자세액등의 공제를 배제한 것은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 운용리스자산인 쟁점①의 기계장치에 대하여 1997.1.1~1997.3.31간의 임대료에 대하여는 청구외 법인과 임대차계약을 체결하여 임대료에 대한 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고한 점으로 보아 1997.4.1부터 리스이용자 명의변경계약일인 1998.3.31까지 청구외 법인으로부터 받은 쟁점①의 금액에 대하여도 전대수입금액으로 인정하여 부가가치세를 과세한 것은 정당하다.

(2) 비업무용부동산 판정의 유예기간으로 구법인세법시행규칙(1999.5.24 개정되기 전의 것임) 제18조 제2항의 규정에서 『부동산을 취득한 후 1년(건축물 또는 시설물이 없는 토지인 경우에는 2년)이 경과할 때까지 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산』이라고 규정하고 있는데, 청구법인은 농지인 쟁점②의 토지를 공장신축을 위하여 1996.11.7. 취득하였으나 2000.2.1 매각시까지 지목변경 및 부지조성공사를 전혀 하지 아니하고 당초 취득당시의 상태로 보유하고 있다가 아산시청에서 비업무용부동산으로 보아 취득세를 중과하자 1999.6.28 공장설립사업계획승인에 대한 취소신청을 하여 1999.7.1자로 취소승인을 받았으므로 쟁점②의 토지는 건축물 또는 시설물이 없는 토지에 해당되어 위 구법인세법시행규칙 제18조 제2항 규정의 유예기간 2년이 되는 토지에 해당되고, 공장설립사업계획 취소일이 속하는 사업연도인 1999사업연도에 소급하여 비업무용부동산으로 판정하여 관련지급이자를 부인하여 각 해당사업년도분 법인세를 경정하여 부과한 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 타 거래처의 외상매입대금 결제내용과 비교하여 부당거래 여부를 판단하여야 한다고 하나, 이 건 쟁점③의 금액의 경우는 청구법인이 청구외 법인과 물품판매대행계약을 체결하여 자동차부품을 OO자동차공업(주)등에 납품한 후 그 납품대금을 어음(평균 60일~90일 만기)으로 받고서도 청구외 법인에게는 어음만기전에 현금으로 조기결제하였는 바, 이는 개별적인 사안으로서 타거래처의 외상매입대금 결제내용과 비교할 사항이 아닌 실질적인 자금대여에 해당하므로 가지급금으로 본 것은 정당하다.

(4) 청구법인이 쟁점④의 금액을 청구외 법인에 대한 물품구입에 대한 선금으로 지급한 양 선급금으로 회계처리하였으나, 청구법인과 청구외 법인간의 거래는 전부 OO자동차공업(주)등에 물품판매대행거래 밖에 없는데, 그에 의하여 발생된 물품매입대금(외상매입금)과 상계처리하지 아니하고 1999.12.31. 받을어음(2000.2.29자 만기)으로 회수한 점으로 보아 쟁점④의 금액은 당초 물품대 선금과는 무관하게 실질적인 자금대여에 해당되므로 가지급금으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

(5) 기계장치등을 임대에 공하는 경우에는 중소기업투자준비금 손금산입등의 적용이 배제되는 것(조세특례제한법 기본통칙 4-0…2)인 바, 청구법인은 청구외 법인이 쟁점⑤의 기계장치들로 생산한 제품전량을 청구법인에게 납품한다고 주장하고 있으나, 청구외 법인의 1997~1999사업년도분의 매출액명세서에 의하면 총매출액 중 40%정도만 청구법인에게 매출하고 있는 점, 청구법인과 청구외 법인간의 거래내용은 청구법인이 청구외 법인에 원재료를 판매하고 청구외 법인이 생산한 자동차부품을 물품판매대행계약에 의거 매입하고 있어, 제조업으로 볼 수 있는 위탁제조의 요건에도 해당하지 아니하므로 청구법인의 주장은 사실과 다르며, 쟁점⑤의 기계장치들에 대하여 임대차계약에 의거 임대료를 받고 있어 임대에 공하는 자산으로 보아 중소기업투자준비금 손금산입등의 적용을 배제한 처분은 적법하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점①의 기계장치를 전대한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

(2) 쟁점②의 토지에 대하여 비업무용부동산으로 보아 지급이자를 손금부인함에 있어서

(가) 비업무용부동산판정 유예기간의 시점을 언제로 볼 것인지

(나) 비업무용부동산에 대한 지급이자 손금부인액의 과세방법과 유예기간이 경과되기 전의 사업연도분에 대한 과소신고가산세와 미납부가산세를 부과할 수 있는지 여부

(3) 쟁점③의 금액이 업무와 관련 없는 가지급금으로 볼 수 있는지 여부

(4) 쟁점④의 금액이 업무와 관련없는 가지급금으로 볼 수 있는지 여부

(5) 쟁점⑤의 기계장치들을 임대에 공하고 있는 자산으로 보아 중소기업투자준비금 손금산입액 등을 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 쟁점① 관련법령

부가가치세법 제7조【용역의 공급】제1항에서 “용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.”고 규정하고 있다.

(2) 쟁점②~④ 관련법령

구법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전의 것임) 제18조의 3【지급이자의 손금불산입】제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하고 있는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것

2. (생략)

3. 제20조 규정에 의한 특수관계자에게 업무와 직접 관련이 없이 지급한 가지급금등으로서 대통령령이 정하는 것”이라고 규정하고 있고,

같은법시행령(1998.12.31 대통령령 제15967호로 개정되기 전의 것임) 제43조의 2【지급이자의 손금불산입】제1항에서 “법 제18조의 3 제1항 제1호에서 ‘대통령령이 정하는 것’이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 ‘비업무용부동산등’이라 한다)을 말한다.

1. 부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산

2. ~ 5. (생략)”이라고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서 “법 제18조의 3 제1항 제1항 제3호의 규정에 의한 업무와 관련없이 지급한 가지급금등의 범위는 다음과 같다.

1. (생략)

2. 법 제18조의 3 제1항 제3호의 규정에 의한 업무와 관련없이 지급한 가지급금등은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제19조 제3항 각호의 1에 해당하는 법인의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다) 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.”고 규정하고 있으며,

구법인세법시행규칙(1997.12.31 총리령 제675호로 개정되기 전의 것임) 제18조【지급이자의 손금불산입】제3항에서 “영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 ‘비업무용부동산등’이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 부동산(제12호에 규정된 매매용부동산을 제외한다)을 취득 한 후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경등 정당한 사유없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산. 다만, 다음 각목의 경우에는 취득한 후 3년이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경등 정당한 사유없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산

가. (생략)

나. 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호에 규정된 공장용 부지

다. (이하 생략)”라고 규정하고 있고,

1997.12.31 총리령 제675호로 개정된 구법인세법시행규칙 제18조【지급이자의 손금불산입】 제2항에서 “영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항의 규정에 의한 비업무용부동산등은 부동산(제4항 제12호에 규정된 매매용부동산을 제외한다)을 취득한 후 1년(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 2년) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 토지의 경우에는 당해 토지를 취득한 후 5년(제2호에 해당하는 토지의 경우에는 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 또는 중소기업창업지원법에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우 당해 공장건설계획기간을 말한다) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경등 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다.

1. (생략)

2. 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호에 규정된 공장 부지

3. ~ 4. (생략)”라고 규정하고 부칙 제1항【시행일】에서 “이 규칙은 공포한 날부터 시행한다”라고 규정하고, 제3항【비업무용 부동산판정유예기간에 관한 경과조치】에서 “이 규칙 시행 후 최초로 종료하는 사업연도의 개시일 현재 종전의 제18조 제3항 제1호 또는 제12호의 규정에 의한 기간이 경과된 부동산에 대하여는 종전의 규정에 의한다.”라고 규정하고 있으며,

1999.5.24 재정경제부령 제86호로 개정된 같은법시행규칙 제26조 제1항 제7호에서 “… 다만, 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우는 3년으로 한다.”라고 규정하면서 부칙 제15조【업무와 관련없는 부동산의 판정유예기간 등에 관한 경과조치】제1항에서 “1999.1.1 이후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 종전의 제18조 제2항의 본문, …의 규정에 의하여 기간이 경과된 부동산에 대하여 그 기간에 관한 종전의 규정을 적용한다.”라고 규정하고 있다.

한편, 위 구법인세법시행규칙(1999.5.24 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것임) 제18조 제8항에서 “제2항 및 제4항 제12호 단서의 규정에 의한 기한내에 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 날(제5항 제1호에 해당하는 경우에는 제6항 제1호의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 비업무용 부동산으로 본다. 이 경우 제2항 및 제4항 제12호 단서의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업연도 이전 사업연도의 지급이자 및 영 제30조 제1호의 규정에 의한 유지·관리비를 손금에 산입하지 아니하는 때에는 다음 각호의 방법에 의하여 계산하여 증가하는 세액 중 하나를 선택하여 동 세액을 제2항 및 제4항 제12호단서의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부한다.

1. 전사업연도의 각 사업연도 소득·과세표준 등을 다시 계산함에 따라 산출되는 결정세액에서 전사업연도의 결정세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)

2. 전사업연도의 과세표준금액과 손금에 산입되지 아니하는 지급이자등을 합한 금액에 법 제22조의 규정에 의한 세율(공공법인의 경우에는 조세감면규제법 제59조의 규정에 의한 세율)을 적용하여 산출한 세액에서 전사업연도의 산출세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)”라고 규정하고 있고,

1999.5.24 재정경제부령 제86호로 개정된 법인세법시행규칙 제27조【업무와 관련없는 비용등의 손금불산입】에서 “영 제49조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 부동산이 있는 법인은 법 제27조 제1호 및 법 제28조 제1항 제4호 가목의 규정에 의하여 그 유예기간이 경과되거나 양도한 날이 속하는 사업연도 이전에 종료한 각 사업연도(이하 이 조에서 ‘종전 사업연도’라 한다)의 업무와 관련없는 비용 및 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 경우 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 계산한 세액을 그 유예기간이 경과되거나 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.

1. 종전 사업연도의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준등을 다시 계산함에 따라 산출되는 결정세액에서 종전 사업연도의 결정세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)

2. 종전 사업연도의 과세표준과 손금에 손금에 산입하지 아니하는 지급이자등을 합한 금액에 법 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 종전 사업연도의 산출세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)”라고 규정하고 있다.

(3) 쟁점⑤ 관련법령

구조세감면규제법(1998.12.28 법률 제5584호로 개정되기 전의 것임) 제4조【중소기업투자준비금의 손금산입】제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업(이하 ‘중소기업’이라 한다)을 영위하는 내국인이 대통령령이 정하는 사업용자산(이하 ‘사업용자산’이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용자산가액에 100분의 20을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있고,

같은법 제5조【중소기업투자세액공제】제1항에서 “중소기업이 사업용자산을 새로이 취득하여 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)한 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3에 해당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.”라고 규정하고 있으며,

같은법 제27조【임시투자세액공제】제1항에서 “정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.”라고 규정하고 있고,

같은법시행령(1998.12.31 대통령령 제15976호로 개정되기 전의 것임) 제3조【중소기업투자준비금의 범위등】 제1항에서 “법 제4조 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 사업용 자산’이라 함은 사업용고정자산 중 재정경제부령이 정하는 것을 말한다.”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령(1998.11.16 대통령령 제15932호로 개정되기 전의 것임) 제24조【임시투자세액공제】제1항에서 “법 제27조 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액’이라 함은 제조업을 영위하는 내국인이 1998년 6월 30일까지 다음 각호의 1에 해당하는 시설을 새로 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.

1. 중소기업의 경우에는 법 제5조 제1항의 규정에 의한 사업용 자산

2. (생략)”이라고 규정하고 있고,

같은법시행규칙(1999.4.26 재정경제부령 제76호로 개정되기 전의 것임) 제3조【사업용자산의 범위】 제1항에서 “영 제3조 제1항에서 ‘총리령이 정하는 것’이라 함은 법인세법시행규칙 별표 2 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수 범위표의 적용을 받는 자산으로서 차량 및 운반구( 특별소비세법 제1조 제2항 제5종 제1류에 규정된 승용자동차로서 자가용인 것을 제외한다)와 선박을 포함하며, 의료법에 의한 의료기관을 운용하는 사업을 주된 사업으로 영위하는 중소기업의 경우에는 제25조에 규정된 의료기기를 포함한다.”고 규정하고 있다.

위 법령들은 1998.12.28 법률 제5584호로 전면개정되면서 조세특례제한법 제4조【중소기업투자준비금의 손금산입】제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업(이하 ‘중소기업’이라 한다)을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 대통령령이 정하는 사업용자산(이하 ‘사업용자산’이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용자산가액에 100분의 20을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있고,

같은법 제5조 【중소기업투자세액공제】제1항에서 “중소기업을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일까지 사업용자산을 새로이 취득하여 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)한 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3에 해당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.”라고 규정하고 있으며,

같은법 제26조【임시투자세액공제】제1항에서 “정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.”라고 규정하고 있고,

같은법시행령(1998.12.31 대통령령 제15976호로 개정된 것임) 제3조【중소기업투자준비금의 범위등】제1항에서 “법 제4조 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 사업용 자산’이라 함은 사업용고정자산 중 재정경제부령이 정하는 것을 말한다.”라고 규정하고 있으며,

같은법시행령(1998.11.16 대통령령 제15932호로 개정된 것임) 제24조【임시투자세액공제】제1항에서 “법 제27조 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액’이라 함은 광업, 제조업… 을 영위하는 내국인이 1999년 6월 30일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.”라고 규정하고 있으며,

같은법시행규칙(1999.4.26 재정경제부령 제76호로 개정된 것임) 제3조【사업용자산의 범위】제1항에서 “영 제3조 제1항에서 ‘재정경제부령이 정하는 것’이라 함은 법인세법시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산을 말한다. (단서규정 생략)”라고 규정하고 있고,

같은법시행규칙(1998.11.24 재정경제부령 제52호로 개정된 것임) 제14조의 2【사업용자산의 범위】에서 “영 제24조 제1항에서 ‘재정경제부령이 정하는 사업용자산’이라 함은 제3조의 규정에 의한 사업용자산과 다음 각호의 자산을 말한다. (이하생략)”라고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구법인과 처분청이 제시하는 증거서류에 의하면, 쟁점①의 기계장치들은 운영리스자산으로서 1996.12.31 이전부터 OO개발리스(주)로부터 청구법인이 임차·사용하여 오다가 1997.1.3 임대차계약을 체결(임대차기간 : 계약일부터 90일간)하여 청구외 법인에 이관하였고, 1997.1월~1997.3월간의 임대료(93,427,069원)에 대하여는 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고하였으나, 처분청이 1997.4.1~1998.3.31간의 전대수입으로 과세한 쟁점금액(266,381,069원)에 대하여는 임대차계약서 작성이나 세금계산서를 교부하지 아니한 사실과 동 금액은 청구법인이 리스회사에 지급한 금액과 일치되고 청구외 법인에 대한 미지급금과 상계한 사실은 다툼이 없다.

(나) 청구법인이 리스회사의 사전동의를 얻어 쟁점기계장치들을 이관하였다는 주장에 대하여는 제시되는 증거가 없어 이를 믿기가 어렵고, 처분청이 제시하는 “OO산업(주)의 리스료 중 OO공업(주)분에 해당하는 실비금액명세서”에 의하면, 1996.12.31 당시 일부 리스기계장치에 대하여 몇 개월분의 선납리스료가 지급되기는 하였으나 이관 후에도 몇 개월분씩 여러차례에 걸쳐 지급된 사실이 확인되므로 이관당시 1년간의 리스료를 선납하였다는 주장도 신빙성이 없으며, 다만, 1998.3.31자 “시설대여(리스) 이용자 변경계약서”에 의하면 본 계약서는 1998.4.11 자로 공증인의 확정일자를 받은 것인데, OO개발리스(주), 청구법인 및 청구외 법인등 3자간에 쟁점기계장치의 이용자를 종전 청구법인에서 청구외 법인으로 변경하면서 종전의 계약상 권리 및 의무를 승계하기로 하고 “본 변경은 97.4.1부터 소급하여 적용하기로 한다”라고 되어 있다.

(다) 이러한 사실을 종합하여 볼 때, 쟁점기계장치를 당초 청구외 법인에 이관시 이용자 변경을 하지 못한 사유가 쉽게 납득되지 아니하고, 1997.1.3 부터 90일간은 임대차계약서가 작성되어 그 리스료에 대하여 세금계산서까지 교부되고 부가가치세도 신고된 점, 1998.3.31자로 리스이용자 명의변경시 그 계약서의 효력을 1997.4.1부터 소급하기로 규정하고 있으나, 이는 리스회사로서는 소급적용하기로 해도 아무런 이해득실이 없어 그렇게 응해준 것에 지나지 아니하는 것으로 보일 뿐 그 동안 청구법인과 리스회사간에 리스계약으로 진행되어 온 사실이나 법률관계가 소급하여 소멸되었다고는 볼 수 없으므로 쟁점①의 기계장치를 전대한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분청의 부과처분은 적법하다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인과 처분청의 각 주장 및 제시하는 증거서류에 의하면, 청구법인은 1.1부터 12.31간을 사업연도로 하고 있는 법인이면서 1996.2.3 아산시장으로부터 쟁점②의 토지에 대하여 공장설립사업계획을 승인(준공예정일 1996.2~1997.12.30)을 받아 1996.11.7 쟁점토지를 취득하였고, 1998.10.8(준공예정일 1996.10~1998.5.31) 및 1998.12.31(준공예정일 1996.10~2000.5.31) 두 차례에 걸쳐 변경승인을 받았으나 1999.6.28 청구법인이 위 공장설립사업계획승인건에 대하여 취소원을 제출하여 1999.7.1 아산시장으로부터 승인취소통보를 받아 2000.2.1 쟁점②의 토지를 양도한 사실, 쟁점②의 토지는 청구법인이 지목변경이나 공장설립과 관련하여 부지정지작업등을 함이 없이 취득당시의 농지상태로 양도된 사실, 처분청은 이에 대하여 쟁점②의 토지를 건축물등이 없는 토지로서 비업무용부동산에 해당하는 것으로 보아 1996사업연도부터 1999사업연도분에 해당하는 지급이자를 손금부인하고 각 해당 사업연도를 경정하여 과소신고가산세 및 미납가산세까지 부과한 사실은 다툼이 없다.

(나) 쟁점②의 관련법령에서 본 바와 같이 비업무용부동산의 판정 유예기간으로 공장용 부지는 취득일로부터 5년, 건축물등이 없는 토지는 1997.12.31 종료하는 사업연도의 개시일 현재 종전의 유예기간이 경과되지 아니한 부동산은 종전 1년에서 2년으로 변경되었다가 1999.1.1부터는 1999.1.1 현재 종전의 기간이 경과되지 아니한 부동산은 3년으로 변경되었는데, 이 건의 경우 취득일로부터 5년이 경과되기 전에 양도되어 취득일로부터 소급하여 비업무용 부동산에 해당하는 점은 다툼이 없으나 비업무용판정 유예기간을 언제로 볼 것인가에 따라 구 법인세법시행규칙 제27조(1999.5.24 개정되기 전은 종전 제18조 제8항의 규정임)의 규정에 의거 비업무용부동산 관련지급이자등을 취득일부터 소급하여 손금에 산입하지 아니하는 종전 사업연도의 법인세를 유예기간이 경과된 날이 속하는 사업연도에 가산하여 징수하도록 하고 있어 처분청이 종전 사업연도에 해당하는 지급이자부인액을 각 해당 사업연도분의 법인세로 경정하여 징수한 것은 잘못일 뿐만 아니라 유예기간이 경과된 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 징수함에 따라 가산세 부담효과가 달라 질 수 있어 쟁점토지의 유예기간을 언제로 볼 것인지를 가릴 필요가 있다 하겠다.

(다) 위와 같이 청구법인이 쟁점②의 토지에 대하여 공장설립사업계획의 승인을 받아 취득하였고, 그 후 2차례에 걸쳐 변경승인을 받은 점으로 볼 때, 당초 취득목적이 공장용부지로 취득된 것으로 보이므로 쟁점②의 토지는 취득일부터 공장용부지로 유예기간이 진행 중인 상태에서 1999.6.28 청구법인이 승인취소를 요청하여 1999.7.1 승인이 취소됨으로써 그 승인취소일부터는 건축물등이 없는 토지로 용도가 변경되었다고 보여진다.

이렇게 볼 때 쟁점②의 토지는 건축물등이 없는 토지에 대한 유예기간이 3년으로 변경된 1999.1.1 현재는 공장용부지로서 유예기간이 진행 중에 있었으므로 유예기간이 경과된 토지로는 볼 수 없고, 공장용부지에서 건축물등이 없는 토지로 용도가 변경된 때 즉, 공장설립사업계획승인이 취소된 때부터는 당시 법규정의 유예기간 3년이 적용되어야 할 것이므로 그 3년이 되는 1999.11.6 이 경과됨으로써 비업무용부동산 판정의 유예기간이 경과되었다 할 것이다.

(라) 위와 같이 쟁점②의 토지가 1999사업연도에 비업무용부동산판정의 유예기간이 경과함에 따라 구 법인세법시행규칙 제27조(1999.5.24 개정된 것임)의 규정에 의거 비업무용부동산 관련지급이자등을 취득일부터 소급하여 손금에 산입하지 아니하는 종전 사업연도의 법인세는 유예기간이 경과된 날이 속하는 사업연도에 가산하여 징수하여야 하고, 이 때 과소신고가산세는 부과할 수 없다 할 것이며, 미납부가산세는 1999사업년도분 법인세 신고기한의 익일부터 고지일까지의 기간에 대하여만 부과함이 타당할 것(국심 96광 868호, 1997.12.16 같은뜻)이므로 처분청이 비업무용부동산인 쟁점②의 토지에 대한 지급이자를 부인하여 취득일이 속하는 1996사업연도분부터 1998사업연도분까지 해당 사업연도분 법인세를 각각 경정하여 과소신고가산세와 미납부가산세까지 부과한 것은 잘못이라 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 본다.

(가) 청구법인과 청구외 OO공업(주)이 특수관계에 있는 사실은 다툼이 없고, 처분청이 제시하는 “물품판매대행계약서”에 의하면, 청구외 법인에서 생산한 자동차부품을 청구법인이 OO정공, OO공업등에 판매대행하고, 판매대행수수료는 매출액의 1%로 한다는 내용등으로 보아 청구외 법인과는 일반적인 거래가 아닌 판매대행거래인 사실이 인정되고, 청구법인이 위 판매대행계약에 따라 OO자동차등에 납품하고 그 납품대금 중 쟁점③의 금액 1,196,552,858원을 어음으로 받아 당해 어음만기일로부터 1~3개월전에 현금으로 청구외 법인에 지급한 사실은 다툼이 없다.

(나) 청구법인의 주장과 같이 청구외 법인 이외의 타거래처들에 대한 당월 발생분의 외상매입금에 대하여 당월 결제되는 비율이 월평균 50% 이상되더라도 이들 타거래처들의 외상매입금은 쟁점거래와 같이 물품납품대행계약에 의거 지급할 외상매입금이 아니고 일반적인 원자재매입등으로 발생된 것으로 보이는 바, 판매대행의 납품대금을 어음으로 받아 그 어음만기일전에 미리 현금으로 지급한 쟁점③의 금액은 일반적인 외상매입금과는 성질이 다른바, 이들 타거래처들의 외상매입금의 결제와 비교할 수 있는 사안은 아니라 하겠으므로 처분청이 쟁점금액에 대하여 그 현금지급일부터 어음만기일까지 실질적인 대여금(가지급금)으로 보아 인정이자를 계산하고 지급이자를 부인한 것은 정당하다고 판단된다.

(4) 쟁점④에 대하여 본다.

청구법인이 타 매입처에도 선급금을 지급하고 있으므로 청구외 법인에게 선급금으로 지급한 쟁점④의 금액에 대하여 부당행위계산부인을 할 수 없다고 주장하고 있어 이를 보건대, 처분청이 제시하는 청구법인의 “선급금 보조원장 및 대체전표”에 의하면, 1998.11.3 쟁점금액 155,000,000원이 청구외 법인에 현금으로 지급되고, 1999.12.31 받을어음(자가16043611, 만기 2000.2.29)으로 회수되어 만기일에 결제되어 청구법인의 당좌예금에 입금된 사실이 확인되는 바, 쟁점금액이 선급금이기 위해서는 물품대 구입과 상계되어야 하나 물품구입대금과 상계되지 아니하고, 위와 같이 어음으로 별도 회수된 점으로 보아 실질적인 자금대여(가지급금)로 보여 지므로 처분청이 이를 선급금으로 보지 아니하고 가지급금으로 보아 인정이자를 익금가산하고 지급이자를 손금부인한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(5) 쟁점⑤에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 제조업을 영위하는 중소기업에 해당되고, 쟁점사항 이외의 공제요건은 충족되는 것으로 보이며, 청구외 법인의 공장에 설치된 쟁점⑤의 기계장치들에 대하여 청구외 법인으로부터 임대차계약에 의거 임대료를 받고 있는 사실들에는 다툼이 없는 바, 쟁점③에서 본 바와 같이 청구법인은 자동차부품들을 자체 생산하는 한편, 청구외 OO공업(주)에서 생산한 자동차부품을 OO정공, OO공업등에 판매대행하고 있는 사실에 반하여 조세특례제한법 제7조[중소제조업등 특별세액 감면]규정의 적용시 위탁제조시에도 제조업으로 볼 수 있는 요건[기본통칙 7-0…1]에 충족되는 것으로 볼 수 있는 증거자료나, 청구외 법인이 쟁점⑤의 기계장치로 제조한 제품은 전량 청구법인에만 납품하고 있다는 주장에 대한 증거자료의 제시가 없어 쟁점⑤의 기계장치가 청구법인의 제조업에 사용되고 있다고 보기 어렵고 청구외 법인에 임대용으로 공하고 있는 자산이라 판단된다.

(나) 중소기업투자준비금의 손금산입등의 규정인 구조세감면규제법 제4조 제1항· 같은법 제5조 제1항등(1998.12.28 법률 제5584호로 개정된 조세특례제한법 제4조 제1항· 같은법 제5조 제1항등)에서 “사업용 자산”이라 함은 각각의 해당사업에 직접 사용하는 고정자산이라 할 것(조세특례제한법 기본통칙 4-0…2, 같은뜻)인 데, 쟁점⑤의 기계장치는 청구법인의 제조사업에 직접 사용하지 아니하고 타인의 사업에 임대용으로 공하고 있으므로 처분청이 중소기업투자준비금의 손금산입등을 배제한 처분은 적법하다고 판단된다.

(6) 따라서 본 심판청구는 심리결과 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.