가. 청구법인은 2015.6.29. 경기도 성남시 분당구 OOO 외 1필지 소재 토지 45,727.9㎡ 및 건축물 79,826.5㎡(명칭 : OOO파크, 지상 4층․지상 7층, 이하 “이 건 ①부동산”이라 한다)를 취득(매매)한 후, 같은 날 「지방세특례제한법」(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조의 규정에 따른 고유업무(병원용 등)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 감면받았고, 2016.2.17. 이 건 ①부동산 중 건축물 부분(79,083.21㎡, 이하 “이 건 ②부동산”이라 하고, 이 건 ①부동산과 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)에 대해 리모델링(대수선) 공사를 완료한 후, 2016.4.15. 청구법인이 병원용도로 사용하는 부분(62.84%)에 대해서는 같은 법 제37조의 규정에 따라 감면을 받고, 나머지 임대부분(37.16%)에 대하여는 2016.4.18. 처분청에 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2018년 6월경 청구법인이 병원용도로 감면을 받은 이 건 부동산 중 건축물 3,194.46㎡ 및 부속토지(대강당, 세미나실 등 및 주차장 등 공용부분 포함, 이하 “쟁점시설”이라 한다)를 유료로 제3자에게 대관하고 있는 사실을 확인하고, 청구법인이 쟁점시설을 「지방세특례제한법」제178조 제2항 제2호에 따른 고유목적(병원용)에 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2018.8.16. 청구법인에게 쟁점시설의 취득가액(대수선비용 포함) OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제7호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

2016년부터 2018년까지의 기간 동안 청구법인이 쟁점시설을 사용한 실태를 보면, 청구법인은 쟁점시설을 서울대학교병원의 의료종사자 교육, 연구 및 간담회 등의 목적으로 주로 사용(71~87%)하였고, 나머지 잉여 부분(13~29%)에 대해서도 청구법인이 무분별하게 불특정 다수에게 대관한 것이 아니라 자체 심의를 거쳐 주로 병원용도와 관련한 의료 학회와 국가․지방자치단체 등에게만 대관을 승인하였으며, 대관료도 시설유지비, 건축물 감가상가비, 인건비 등의 비용 등을 고려하여 최소한의 실비 수준으로만 받았다. 또한, 청구법인이 쟁점시설의 대관으로 인해 얻는 수익보다 매년 손실을 기록하여 쟁점시설 관리 등에 추가 비용이 발생하고 있는 실정임에도, 청구법인이 쟁점시설을 제3자에게 일부 대관을 하였다는 이유만으로 청구법인이 고유 업무인 병원용도에 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다고 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

직접 사용이란 부동산의 소유자인 청구법인이 소유주체로서 해당 부동산을 용도에 맞게 사용하는 것(헌법재판소 2018.1.25. 선고, 2015헌바277, 같은 뜻임)이며, 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 사용하는지 여부는 당해 비영리사업자의 사업 목적과 부동산 취득 목적 등을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것(대법원 2008.6.12. 선고, 2008두368, 같은 뜻임)이고, 「지방세특례제한법」제37조에서 공공의료기관이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 함은 공공의료기관의 고유업무에 전용되는 것에 한정되고 그 이외의 용도에 겸용하는 경우에는 감면대상에서 제외되는 것(조심 2011지204, 2011.9.30. 같은 뜻임)인바,

청구법인은 쟁점시설을 외부인에게 대관하고 있는 이상 하나의 부동산에 복수의 사용주체를 인정함으로서 다수가 하나의 부동산을 직접 사용하게 되는 부당한 결과에 이르게 되므로, 쟁점시설에 대해 직접 사용의 주체인 청구법인 이외의 외부 연구 및 학술단체에게 대관하여 사용하는 것까지 청구법인이 쟁점시설을 직접 사용한 것으로 볼 수 없는 점, 청구법인의 쟁점시설 대관규약을 보면, 대관승인 기준, 대관료 및 대관시간 등을 정하여 외부에 유료(연중무휴)로 대관하고 있는 점, 대관료 이용료도 다른 외부시설과 비교할 때 현저히 낮다고 보기 어려운 점 등을 고려할 때, 청구법인은 쟁점시설을 병원용도 외에 다른 용도로 사용한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점시설은 청구법인이 주로 사용하였고, 일부에 대해 의료관련 학회 등의 학술연구 등의 용도로 최소 실비수준만을 받고 대관하였으므로 이를 병원용도 이외 다른 용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인의 사업자등록을 보면, 사업장 소재지를 경기도 성남시 분당구 OOO으로, 업태는 보건·제조·부동산업으로 하여 2003.3.1., 사업을 개시한 것으로 기재되어 있다.

(나) 청구법인이 개설한 홈페이지(https://hip.snubh.org, 헬스케어혁신파크)을 보면, 쟁점시설 대관과 관련하여 대관시간은 연중무효로하고, 대관용도는 교육시설로, 대관료는 기본 3시간당 OOO원에서 OOO원까지로 기재되어 있다. 세부 대관료 현황은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점시설의 대관료 현황

(다) 청구법인이 제출한 2016년부터 2018년까지의 기간 동안의 쟁점시설 대관현황 자료를 보면, 이용건수 대비 2016년 13%, 2017년 27.5%, 2018년 19%, 대관수입 대비 2016년 32.5%, 2017년 43.7%, 2018년 36.1%를 청구법인 외의 자에게 대관한 것으로 나타난다. 쟁점시설 세부 이용현황은 다음의 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 2016년부터 2018년까지 쟁점시설 운영현황

(단위 : 원)

(라) 청구법인이 제출한 2016년부터 2018년까지의 기간 동안의 쟁점시설을 순손익 계산서를 보면, 2016년에 △OOO원, 2017년에 △OOO원, 2018년에 △OOO원의 손실이 발생하였다고 기재되어 있다. 년도별 세부내역은 다음의 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 년도별 쟁점시설 순손익 현황

(마) 청구법인은 처분청 관내 종합병원, 기타 대관료를 받는 시설과 쟁점시설간의 대관료 사용현황을 비교하기 위해 좌석당 기본 3시간 사용요금을 기준으로 산정한 자료를 보면, 쟁점시설 좌석당 대관료 OOO원 대비 병원시설은 OOO원, 기타 시설은 OOO원에서 OOO원까지 대관료를 각각 받는 것으로 기재되어 있다. 각 시설별 대관료 산정현황은 다음의 ＜표4․5＞와 같다.

＜표3＞ 처분청 관내 종합병원 대관료 산정 현황

＜표5＞ 처분청 관내 유사시설 대관료 산정 현황

(바) 청구법인의 쟁점시설에 대한 대관 규약 제3조 및 제4조를 보면, 정기대관(년 1회 공지), 수시대관을 하며, 대관 대상 기관으로 정부, 지방자치단체, 학술연구단체 등으로 규정하고 있다. 세부 규약내용은 다음과 같다.