가.청구법인은 건설업 등을 영위하는 바, 2001년 1기～2003년 2기 부가가치세 과세기간 동안 에이스 아파트형 공장 건물 및 대지(이하 “쟁점공장”이라 한다)를 일괄 공급하고, 토지 및 건물가액을 지방세법에 의한 과세시가표준액에 의해 안분계산하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 소득세법 제99조에 의한 기준시가에 따라 쟁점공장의 토지 및 건물가액을안분계산하여 2004.10.2. 청구법인에게 부가가치세 2001년1기분 78,599,030원,2001년 2기분 627,886,970원, 2002년 1기분 1,029,651,790원, 2002년 2기분 258,553,750원, 2003년 1기분 1,494,891,270원, 2003년 2기분 74,204,300원을 각경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.12.29. 이의신청을 거쳐 2005.8.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점공장 분양계약서를 작성하면서 토지 및 건물가액을 구분하여 기재하였으므로 이를 실지거래가액으로 인정하여야 함에도 불구하고, 소득세법 제99조의 기준시가에 따라 안분계산한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점공장 중 2001.1.1. 현재 미분양분(OO3차)은 2000년에 관할 구청에 분양관련 승인 및 이에 대한 공고가 되어 있었으므로 2000년 당시 시행법규인 지방세법에 따라 토지 및 건물가액을 안분계산함이 타당하므로 2001.1.1. 이후 최초 공급분부터 적용되는 소득세법 제99조를 적용한 처분은 부적법하다.

(3) 설령, 소득세법에 의한 기준시가로 토지 및 건물가액을 안분계산하는 것이 타당하다 할지라도, 부가가치세가 포함된 금액을 기준으로 안분계산하여야 하므로 부가가치세를 제외한 금액을 기준으로 안분계산한 처분은 부당하다.

(4) 예비적 청OO서, 안분계산 방법을 달리 적용함에 따라 추가 경정 고지된 이 건 부가가치세는 거래상대방인 계약자에게 청구할 수 없으므로 이를 청구법인의 손금으로 산입하거나 수입금액에서 제외하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 실지거래가액이라 주장하는 건물가액은 거래당사자들이 실제 합의한 것이 아니고, 세법적용을 잘못한 것에 기인한 것으로 이를 실지거래가액으로 인정할 수 없을 뿐만 아니라, 거래관행 등에 비추어 볼 때 합리성 있는 금액이라 볼 수 없으므로 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.

(2) 관할구청의 모집공고 승인 및 일간지 등의 공고는 부가가치세와는 전혀 관련이 없으며, 쟁점공장과 같은 아파트형 공장의 거래단위는 각 개별 호로 거래가 이루어지는 것이므로 2001.1.1. 이후 공급한 것으로 보아 소득세법 제99조의 기준시가를 기준으로 건물가액을 산정한 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 분양계약서를 작성하면서 부가가치세를 별도로 기재한 점, 청구법인이 부가가치세를 산정한 방법 등을 볼 때청구법인이 부가가치세 명목으로 지급받은 금액을 제외하여 토지 및 건물가액을 안분계산한 당초 처분은 정당하다.

(4) 관련 부가가치세 상당액이 대손금으로 인정되기 위해서는 관련규정에 따라 채권회수 절차를 진행한 후, 대손요건을 구비하여 대손처리할 사항이어서 이는 별개의 문제이지 이 건 부가가치세 과세처분과 무관한 사항이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점공장 공급에 대하여 토지 및 건물가액이 불분명한 것으로 보아 부가가치세법시행령 제42조의 2 제4항에 의해 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점공장 중 일부분이 2000년도에 분양이 공고되었으나 2001년 이후에 분양이 된 경우 토지 및 건물가액을 2000.12.29. 개정된 부가가치세법시행령에 의하여 소득세법 제99조의 기준시가에 따라 안분계산한 처분의 당부

③ 토지와 건물의 구분가액을 부가가치세가 포함되지 아니한 금액을 기준으로 안분계산한 처분의 당부

④ 안분계산방법을 달리 적용함에 따라 추가되는 부가가치세상당액을 청구법인의 손금으로 산입 또는 수입금액에서 제외하여야 하는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법시행령 제48조의 2(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정된 것)【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

(2) 부가가치세법시행령부칙 제1조(2000.12.29. 대통령령 제17041호로개정된 것)【시행일】이 영은 2001년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>

제3조【일반적 적용례】이 영은 이 영 시행후 최초로 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.

(3) 소득세법 제99조【기준시가의 산정】① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가. 토 지

지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

나. 건물

건물(다목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격ㆍ구조ㆍ용도ㆍ위치ㆍ신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

(4) 부가가치세법시행령 제48조의 2(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 이전의 것)【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인 심판 대리인의 의견 진술 및 처분청의 추가 답변서(2006.8월경)에 첨부된 분양현장별 부가가치세 과소신고금액기별구분표 등에 의하면, 쟁점공장은 2001년 이후에 분양계약이 체결되고 분양대금 잔금을 수령하는 등 분양이 이루어진 사실을 확인할 수 있다.

(나) 청구법인이 관련 증빙으로 제출한 쟁점공장 분양계약서(지상3층 301, 302호)에 의하면, 2001.8.10. 쟁점공장 중 OOOOO OOOO OOOO OOOOO외 1필지 에이스아파트형공장 지상3층 301호, 302호를 OOOOOOO 주식회사에게 분양하면서,「과세」245,744,000원,「면세」387,128,000원,「부가세」24,574,400원으로 분양대금을 구분기재한 사실을 알 수 있다.

(다) 청구법인 대표이사 김OO 작성의 확인서(2004.8월), 청구법인 작성의 부가가치세 산정기준 기안서(2001.4.25. 및 2001.9.20.) 등에 의하면, 쟁점공장 분양계약서에 구분기재된 토지가액 및 건물가액은 2000.12.29 개정되기 전의 부가가치세법시행령 제48조의 2의 제4항 단서조항에 의거 지방세법에 의한 시가표준액에 의하여 안분계산한 금액인 것으로 확인된다.

(라) 처분청 작성의 답변서(2005.9.2.)에 첨부된 안분계산결과표와 청구법인의 현장별 진행율 관련 근거 자료 등에 의하면, 청구법인이 주장하는 건물가액은 건물의 공사원가에 미치지 못하거나 근접한 수준인 것으로 나타난다.

(마) 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급함에 있어서 계약서에 토지와 건물 등의 가액을 구분 표시하여 양도하는 경우의 과세표준은 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항의 규정에 의하여 그 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액에 의하는 것이며, 이 경우 실지거래가액은 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 계약서상에 구분 표시된 토지와 건물 등의 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에 적용되는 것으로 풀이된다(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO)O

(바) 위의 사실관계 및 법령 등을 종합하여 보면, 이 건의 경우 분양계약서에 기재된 총분양가액은 실지거래가액임이 확인되지만, 구분표시된 건물가액은 쟁점공장의 분양 당시 시행법령이 아닌 2000.12.29. 개정되기 이전의 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 단서에 따라 건물과 토지가액을 구분 계산한 금액일 뿐만 아니라 건물 공사원가에 미치지 못하거나 근접한 수준에 불과한 것이어서 구분 표시된 토지와 건물가액이 합리적인 방법에 의한 것으로 인정하기 어렵다 할 것이므로(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO) 처분청이 기준시가를 기준으로 안분계산한 건물의 공급가액에 대하여 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 2000.4.26.자 매일경제신문에 게재된 쟁점공장 입주자 모집공고에 의하면, 분약가액과 관련하여 각 층별 평당 분양단가(부가가치세 별도) 및 납부시기와 방법이 공고된 사실을 알 수 있으며, 쟁점공장은 2001년 이후 분양이 이루어졌음은 앞에서 살펴본 바와 같다.

(나) 부가가치세법 제9조 제1항 제2호에 의하면,재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때를 재화의 공급시기로,2000.12.29. 개정된 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항은 부칙 제3조에 의하면, 2001.1.1. 최초 공급분부터 적용한다고 각 규정되어 있다.

(다) 청구법인은 쟁점공장 중 2000년도에 관할구청에 분양관련 승인 및 이에 대한 공고가 이루어졌으나 미분양되어 2001년 이후 분양된 부분(OO 3차분)에 대하여 2000.12.29. 개정되기 전의 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 단서에 따라 토지와 건물의 구분가액을 안분계산하여야 한다고 주장하나,

상기 분양공고는 건물과 토지의 구분가액 및 부가가치세와 관련이 없는 내용이고, 실제 분양이 이루어진 시기가 2001년 이후인 이상 이를 공급시기로 보아야 할 것이므로 2000.12.29. 개정된 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 제1호에 따라, 소득세법 제99조에 의한 기준시가에 의하여 안분계산한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 분양계약서를 작성하면서, 분양대금을 「과세」와 「면세」의 공급가액을 표기한 다음, 과세분에 해당하는 부가가치세를 「부가세」로 별도로 기재하였음은 앞에서 본 바와 같다.

(나) 청구법인이 작성한 부가가치세 산정기준 기안서(2001.4.25. 및 2001.9.20.) 등에 의하면, 분양계약서에 기재된부가가치세는 전체 공급가액(부가가치세 별도)을 정한 후 이를2000.12.29 개정되기 전의 부가가치세법시행령 제48조의 2의 제4항 단서조항에 의거, 지방세법에 의한 시가표준액에 의하여 안분계산하여 산출한 건물 구분가액의 10%를 부가가치세로 하여 산정한 금액임을 알 수 있다.

(다) 청구법인은 청구법인이부가가치세 명목으로 거래징수한 금액을 공급가액에 가산하여 총거래가액을 확정한 후 토지와 건물의 구분가액을 안분계산하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면,

사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우 또는, 부가가치세가 포함되어 있는지 여부가 불분명한 경우 그 거래금액 또는 영수할 금액에 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 보아 그 금액의 100/110에해당하는 금액을 과세표준으로 하는 것이나(부가가치세법기본통칙 13-48-1 참고), 청구법인은 분양계약서를 작성하면서 부가가치세를 별도로 표시하였으므로 부가가치세가 포함되어 있지 아니한 금액을 기준으로 부가가치세 과세표준을 산출한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점④에 대하여 살펴본다.

청구법인은안분계산 방법을 달리 적용함에 따라 추가 경정 고지된 부가가치세는 거래상대방에게 청구할 수 없으므로 이를 청구법인의 손금으로 산입하거나 수입금액에서 제외되어야 한다고 주장하나, 이는 당해 사업연도 법인세와 관련된 사항으로 부가가치세 부과처분의 당부를 심판대상으로 하고 있는 이 건 심판청구와는 관련 없는 주장이므로 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.