청구인은 1977.6.28. 취득한 OOO OOO OOO OO OOOO번지 답 1,228㎡와 같은 곳 31-3번지 답 1,232㎡(이하 “종전토지”라 한다)가 OO OOOOOO OOOOOO 시행에 따라 2003.7.15. 환지예정지로 OOO OOO OOO OO OOOOO OOO OOOO(이하 “쟁점토지”라 한다)을 지정받은 후 2005.1.8. OOO 외 1인에게 양도하고 2005.3.31. 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세 예정신고를 하면서 8년 자경농지에 대한 감면세액 100,000,000원을 공제하여 양도소득세 43,450,667원으로 신고ㆍ납부하였다.

그 후 청구인은 2005.7.22. 당초 양도소득세 예정 신고한 내용 중 양도 당시 적용한 기준시가(1,145,000원/㎡)가 실제 기준시가(890,500원/㎡) 보다 높게 신고하였다 하여 35,844,493원을 환급하여 줄 것을 경정청구를 하자 처분청은 경정청구 내용대로 환급하였다.

처분청은청구인의 신고내용 중 8년 자경농지에 대한 감면세액이 취득일부터 환지예정지 지정일(2003.7.15)까지 발생한 소득이 아닌 도시개발구역지정일(2002.7.6)까지 발생한 소득만이 감면대상으로 보아 양도소득세 49,369,408원을 감면 배제하여 2008.1.7. 청구인에게 2005년귀속 양도소득세 57,388,975원을 경정 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2008.3.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 쟁점토지에 대한 양도당시의 기준시가를 산정함에 있어 환지예정지의 지정으로 토지의 품위 또는 정황이 현저히 달라져 환지예정지 지정 전 토지의 개별공시지가를 적용하는 것이 불합리하다는 이유로 개별공시지가가 없는 토지로 보아 2개 감정평가법인의 감정가액 평균액으로 산정하였고, 8년 자경에 따른 감면세액을 환지전 종전 토지의 개별공시지가를 기준시가로 하여 계산하였는 바, 양도가액을 감정가액이 반영된 기준시가로 적용하였다면 취득일부터 도시개발구역지정일까지 발생된 소득에 대한 자경농지에 대한 감면세액 계산시 적용되는 도시개발구역지정일의 기준시가 또한 환지전 종전 토지의 기준시가가 아닌 감정가액을 감안한 새로운 기준시가를 기준으로 계산한 금액을 감면세액으로 하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인의 쟁점토지에 대한 양도가액은 환지예정지 지정으로 당해 토지의 품위 또는 정황이 현저히 달라져 환지예정지 지정전 토지의 개별공시지가를 적용하는 것이 불합리한 경우로써 개별공시지가가 없는 토지로 보아 처분청이 평가한 가액을 기준시가로 보아 양도가액을 결정한 것에 불과하며, 청구인의 주장과 같이 자경농지에 대한 감면세액을 계산함에 있어 도시개발구역지정일의 기준시가를 환지전 종전토지의 개별공시지가가 공시되어 있음에도 불구하고 감정가액을 감안한 새로운 기준시가로 결정하여 달라는 주장은 관련 법령의 법리를 무리하게 확대해석한 것으로 받아들이기 어려우므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액 계산의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제96조 【양도가액】② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

(2) 소득세법제99조 【기준시가의 산정】① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조제7항의 규정에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가. 토지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만,개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

(3) 소득세법시행령 제164조 【토지·건물의 기준시가 산정】① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」제111조제2항 제1호 단서의 규정에 따라 시장·군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

1. 「지적법」에 의한 신규등록토지

2. 「지적법」에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 「지적법」상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지(국·공유지를 포함한다)

(4) 소득세법시행규칙 제77조 【환지예정지등의 양도 또는 취득가액의 계산】① 양도 또는 취득가액을 기준시가에 의하는 경우 「도시개발법」 또는 「농어촌정비법」등에 의한 환지지구내 토지의 양도 또는 취득가액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다. 다만, 1984년 12월 31일 이전에 취득한 토지로서 취득일 전후를 불문하고 1984년 12월 31일 이전에 환지예정지로 지정된 토지의 경우에는 제2호의 산식에 의한다.

1. 종전의 토지소유자가 환지예정지구내의 토지 또는 환지 처분된 토지를 양도한 경우

가. 양도가액

환지예정(교부)면적 × 양도당시의 단위당 기준시가

나. 취득가액

종전 토지의 면적 × 취득당시의 단위당 기준시가

2.환지예정지구내의 토지를 취득한 자가 당해 토지를 양도한 경우

가. 양도가액

환지예정(교부)면적 × 양도당시의 단위당 기준시가

나. 취득가액

환지예정면적 × 취득당시의 단위당 기준시가

(5) 조세특례제한법제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(6) 조세특례제한법시행령제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

양도소득금액 ×주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가/(양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1985.1.1(의제취득일) 취득하여 보유하던 종전토지가 OOOOOOOO OOOOOOOO으로 환지예정지로 지정받은 쟁점토지를 2005.1.8. 양도하고 8년 자경농지의 양도에 대한 감면세액 1억원을 공제하여 신고한데 대하여, 처분청이 신고한 감면세액의 계산에 오류가 있다하여 감면세액을 재계산하여 이 건 과세하자 청구인은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 종전토지가 소재하는 OOOOOOOO OOOOOO의 진행사항을 보면, 2002.7.6. OOOOOOOO OOOOOOOO OO(OOOO OO OOOOOOOOOO)되었고, 2003.3.14. OOOOOOOO OOOOOO OOOOOO(OOOO OO OOOOOOOOO)되었으며, 2003.7.15. 환지예정지로 공고되었음이 도시개발구역지정서에 의해 확인된다.

(3) 청구인은 양도소득세를 신고하면서 8년 자경농지에 대한 감면세액을 취득일로부터 환지예정지 지정일(2003.7.15)까지 발생한 소득으로 하여 계산하였으나, 처분청은 의제취득일(1985.1.1)로부터 도시개발구역지정일(2002.7.6)까지 발생한 소득으로 감면세액을 계산하여(이에 대하여 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다) 신고한 감면세액 100,000,000원 중 49,369,408원을 배제하여 이 건 과세하였음이 심리자료에 나타난다[처분청에서는 도시개발구역지정일인 2002.7.8.을 상업지역 편입일로 보았으나 도시개발사업 실시계획인가일인 2003.3.14.을 상업지역 편입일로 봄이 타당하고(국심OOOOOOOOO, 2007.11.7, OOOOOOOOO, 2007.11.12), 다만, 상업지역편입일을 2003.3.14.로 보더라도 세액계산에는 영향을 미치지 않는다].

(4) 처분청은 조세특례제한법시행령 제66조 제7항의 자경농지에 대한 양도소득세의 감면세액을 산정함에 있어, 쟁점토지의 양도당시 기준시가를 환지예정지 지정으로 토지의 품위 또는 정황이 현저히 달라지므로 인하여 환지예정지 지정전 토지의 개별공시지가를 적용하는 것이 불합리한 경우에 해당하여 양도당시 개별공시지가가 없는 토지로 보아 2005.2.22. 제일감정평가법인과 미래감정평가법인에 감정평가를 의뢰하여 그 감정가액을 참작하여 쟁점토지에 대한 2004.1.1. 기준 개별공시지가를 단위(㎡)당 890,500원으로 결정한 기준시가를 적용하였고, 취득시 기준시가는 종전토지의 취득일(1985.1.1)의 기준시가(OOO OO OOOOOO O,OOOOOOOO,OOOO, OOO OO OOOOOO 1,232㎡×110,000원)를 적용하였음이 심리자료에 나타난다.

(5) 이에 대하여 청구인은 양도가액을 감정가액이 반영된 기준시가로 적용하였다면 취득일부터 도시개발구역지정일까지 발생된 소득에 대한 자경농지에 대한 감면세액 계산시 적용되는 도시개발구역지정일의 기준시가 또한 환지전 종전 토지의 기준시가가 아닌 감정가액을 감안한 새로운 기준시가를 기준으로 계산하여야 한다고 주장하고 있으나, 처분청이 쟁점토지에 대한 양도 당시의 기준시가를 새로이 결정한 가액으로 적용한 것은 쟁점토지가 환지예정지 지정으로 당해 토지의 품위 또는 정황이 현저히 달라져 환지예정지 지정전 토지의 개별공시지가를 적용하는 것이 불합리하여 소득세법시행령 제164조의 규정에 의하여 개별공시지가가 없는 토지로 보아 양도당시의 기준시가를 평가하여 결정한 가액을 적용한 것에 불과하며, 또한 도시개발구역지정일의 기준시가는 환지전 종전토지의 개별공시지가가 고시되어 있으므로 감정가액을 감안한 새로운 기준시가로 결정하여 달라는 주장은 현행 법령상 달리 규정되어 있지 아니하므로 이 부분 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.