청구인 소유 서울특별시 종로구 OO동 OOOO소재 대지 149.1㎡ 및 건물 O0.4㎡와 같은동 OO소재 대지 201.7㎡ 및 건물 95.O㎡(이상 “쟁점부동산”이라 한다)는 73.9.O 건설부 고시 제3O7호에 의하여 OO구역 제O지구 재개발사업지구로 지정되고 88.11.28 서울특별시 고시 제907호에 의하여 재개발사업시행인가 고시되어 재개발사업시행됨에 따라 91.O.24 중앙토지수용위원회 재결을 거쳐 사업시행자인 OOOOO산업주식회사(대표이사: OOO)에 수용되었다.

쟁점부동산을 OOOOO산업주식회사에 양도한 청구인은 92.5.29 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세 과세표준확정신고를 하면서 당해 신고세액(1,920,850,240원)전액에 대한 감면신청을 하였다.

처분청은 쟁점부동산의 양도 및 취득당시의 기준시가에 의하여 양도소득세액(1,920,951,720원)을 계산하고 조세감면규제법 제57조 제1항 제2호 및 제88조의2등의 규정에 의하여 세액 3억원을 감면한 후 93.1.1O 양도소득세 1,782,93O,890원을 결정 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.3.1O 심사청구를 거쳐 93.O.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

쟁점부동산은 73.9.O OO구역 제O지구 재개발사업지구에 편입되어 91.8.8 사업시행자인 OOOOO산업주식회사에 수용되었으며, 조세감면규제법(90.12.31 법률 제4285호) 제57조 제1항 제2호 및 같은법부칙 제14조의 규정에 의하면 토지수용법등 법률에 의하여 수용된 경우로서 당해 토지등의 양도(수용)가 91.12.31 이전에 이루어진 경우에는 양도소득세액 전액을 면제하도록 되어 있으므로 쟁점부동산의 양도소득세액 전액을 면제하여야 한다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

조세감면규제법 제88조의2의 양도소득세 감면의 종합한도에 관한 규정은 같은법부칙(90.12.31, 법률 제4285호) 제20조의 규정에 의하여 91년도 양도분부터 적용하는 것이므로 쟁점부동산의 양도에 따른 양도소득세액을 산출하고 세액 3억원을 감면한 후 이 건 양도소득세를 부과한 처분청의 처분에 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 도시재개발사업시행자인 OOOOO산업주식회사에 수용된데 대하여 조세감면규제법 제88조의2의 양도소득세감면 종합한도의 규정을 적용하여 세액감면하고 과세한 처분이 타당하지 여부를 가리는데 그 다툼이 있다.

나. 관련법령

조세감면규제법(90.12.31 법률 제4285호) 제57조(공공사업용 토지등에 대한 양도소득세등 감면) 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다(단서생략)고 규정하고 그 제2호에 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득을 규정하고, 같은법 제88조의2(양도소득세 감면의 종합한도)에서 개인이 제57조내지 O0조등이 규정에 의하여 감면받는 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은법부칙(90.12.31 법률 제4285호) 제2조(일반적 적용례)에서 이법중 소득세 및 법인세에 관한 규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세년도분부터 적용한다고 규정하고, 같은법부칙 제14조(양도소득세등의 면제에 관한 적용례)에서 제57조 제1항 제2호에 해당되는 토지등에 대하여는 법 제57조 제1항등의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은법부칙 제20조(양도소득세 면제의 종합한도에 관한 적용례)에서는 제88조의2의 개정규정은 이법시행후 최초로 종료하는 과세기간분부터 적용한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계

① 청구인이 54.2.3 취득한 쟁점부동산은 73.9.O 건설부고시 제3O7호 의하여 OO구역 제O지구 도시재개발사업지구로 지정되고 88.11.28 서울특별시고시 제907호에 의하여 도시재개발사업시행인가 고시되었다.

위 재개발사업시행인가후 사업시행자인 OOOOO산업주식회사가 당해 사업지구내에 위치한 쟁점부동산을 취득하고자 청구인과 협의를 하였으나 보상금의 저렴등을 이유로 청구인이 이에 응하지 아니하므로 도시재개발법 제39조에 의거 중앙토지수용위원회에 수용재결신청을 하였으며, 91.O.24 중앙토지수용위원회로부터 쟁점부동산에 대한 수용결정이 난후 91.8.8 사업시행자인 OOOOO산업주식회사에 수용을 원인으로 하여 그 소유권이 이전되었다.

② 청구인은 92.5.29 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세 과세표준 확정신고를 하면서 양도소득세액을 1,920,850,240원으로 계산하고 당해세액 전액에 대한 감면신청을 하였는 바, 처분청은 청구인의 위 감면신청에 대하여 조세감면규제법 제88조의2의 규정을 적용하여 세액 3억원을 감면한 후 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과하였다.

라. 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세액 3억원을 감면하고 이 건 양도소득세 과세한 처분이 타당하지 여부

① 위 조세감면규제법 제57조 제1항 제2호 및 제88조의2의 규정과 같은법부칙 제14조 및 제20조의 규정에 의하면 91년도중에 토지등이 토지수용법등의 법률에 의하여 수용된 경우에는 당해 양도소득세의 세액전액을 감면하되 그 감면한도액은 과세기간별로 3억원을 초과할 수 없는 것인 바, 처분청이 청구인에게 쟁점부동산의 양도(수용)에 따른 양도소득세를 부과함에 있어서 양도 및 취득당시의 기준시가에 의하여 양도소득세액 1,920,951,720원을 계산하고 위 조세감면규제법 제88조의2의 규정에 의하여 세액 3억원을 감면한 후 이 건 과세한 처분은 적법하다고 할 것이다.

② 청구인은 같은법 제57조 제1항 제2호 및 같은법부칙 제14조의 규정을 들어 이 건 양도소득세액 전액을 면제하여야 한다고 주장하고 있으나 앞에서 살펴본 바와 같이 같은법 제88조의2 규정에 의거 양도소득세의 감면세액은 과세기간별로 3억원을 초과할 수 없는 것이며, 또한 당해규정은 같은법부칙 제20조의 규정에 의하여 91.1.1 이후 양도분부터 적용하는 것이므로 청구주장은 이유없어 받아들일 수 없다 할 것이다.

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제O5조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.