처분청은 청구인이 2004.5.30. 서울특별시 ○○구 ○○동 1691-7번지 주택 355.68㎡(부속토지 163.9㎡)를 취득하고, 동 주택 3층 76.32㎡(부속토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여 취득세 등을 비과세 신청을 하자 종교용부동산의 취득으로 보아 취득세 등을 비과세 하였으나 2006.7.20. 현장확인 결과, 이 사건 부동산을 주거용으로 사용하고 있으므로 기 비과세한 취득세 등 7,133,130원(가산세 포함)을 2006.10.2. 부과고지 하였다.

※ 취득세 등 부과고지 현황 (단위 : 원)

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 부동산을 취득하여 청구인의 책임교화사를 인사 발령하여 포덕사업 등 종교업무를 담당하게 하고 있음에도 단지주민등록을 이전하였다고 하여 종교용 부동산이 아니라고 보는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 취소를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체를 목적으로 하는 사단법인이 부동산을 취득한 후 취득일로부터 3년 이내에 집회장소로 사용함과 동시에 책임교화사가 거주하는 경우 기 비과세한 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제122조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 규정하고 있으며, 같은 법 제127조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기를 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2001.10.29. 경상남도○○시○○면○○리 373번지를 소재지로 하고 목적을자성반성 성덕명심 도덕경을 중심으로 한 일반강좌 및 특별강좌,일선교화자의 육성과 지도 감독, 포교를 위해 필요한 지역에 교화원의 설치 등으로 하여 설립하고, 2004.5.30. 이 사건 부동산을 취득한 후 취득세 등을 비과세 받았으나, 2004.11.18. 청구 외 이○○이 이 사건 부동산에 전입신고를 하였고, 2006.7.20. 현재 청구 외 이○○외 1인의 주민등록이 등재되어 있음은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 후 청구인의 책임교화사를 발령하여 종교용으로 사용하고 있다고 주장하고, 처분청은 청구 외 이○○외 1인이 전입신고를 필하고 주거용으로 사용하는 것으로 보아 기 비과세한 취득세 등을 추징하였으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호에서 용도구분에 의한 취득세와 등록세 비과세 규정은 사회정책과 경제정책 등의 여러 요소를 고려하여 공공의 목적에 쓰이거나 공익적 성격을 갖추고 있는 부동산을 과세대상에서 제외함으로써 공익성이 인정되는 부동산에 대하여 세제지원을 하려는 데에 그 입법 목적이 있다고 하겠고, “직접 사용”의 의미는 종교 활동을 하는 비영리사업자의 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 직접 사용되고 있는지 여부를 구체적이고 객관적으로 판단하여야 할 것으로서 종교단체가 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식·예배·축전·종교교육·선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하다 할 것(행심2004-394, 2004.12.29.)인데, 청구인은 전국에 10개 교구, 21개 교화원을 운영하는 종교단체로 1996.10.12. 서울특별시○○구○○동(번지 미상) 장수갈비집 3층에 서울교구 서울교화원을 개원하여 방배동, 서초동 구로동으로 주소지를 이동하였고, 2004.5.30. 이 사건 부동산을 취득하여 청구외 이만성이 2004.11.14.까지 책임교화사로 근무하던 중 인사이동으로 타 지역으로 전근하면서 청구 외 이○○과 이○○이 2004.11.14.부터 2006.12.9.까지 책임교화사로 근무하였으며, 이후 2006.12.9.부터 현재까지 청구 외 최○○과 김○○이 담임교화사로 근무하고 있음이 청구인의 서울교화원 원사 이전현황 및 담당교직자 재직 현황에서 나타나고 있고, “책임교화사”라는 직위는 수양에 정진함이 타의 모범이 되고 교화발전에 유망함이 인정되어 선임된 교화생 중에서 교화포덕에 적격하다고 인정된 자를 소정의 교육과 심사를 통해 선임한 자임이 청구인의 정관에서 확인되고 있으며, 통계청 고시(제2000-2호, 2000.1.7.) 한국표준직업분류표상의 분류코드 17390 “기타종교전문가”를 교리를 자국이나 외국에 선교하는 자와 종교의식과 화합을 집행하는 자가 여기에 포함된다고 규정하면서 선교사와 포교사를 예시로 들고 있고, 이 사건 부동산에 주민등록이 되어있던 청구 외 이○○은 1995.6.1. 부산교화원 담임이 된 후 1999.1.10. 책임선생으로 임명되었음이 청구인이 제출한 일선교화자인사기록카드에서 나타나고 있고, 또한 이 사건 부동산에서 매일 저녁 5～6명 내외의 평도생, 교화생 등이 참석하여 “청심주 독송”, “자아반성 성덕명심 도덕경 독송” 등 일일공부를 실시하며, 매주 일요일에는 평균 20명 내외의 회원이 참석하여 제성일 공부를 실시하고, 연1회 실시하는 주일공부는 6박7일간의 일정으로 진행되며 2006.1.8.～1.14.까지 진행된 주일공부에는 교화생 등 연인원 170여명이 참석하였음이 사단법인 명덕도 서울교화원 출석부에서 확인되고 있는 것으로 보면, 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 후 책임교화사 등으로 하여금 동 주소지에서 숙식을 하며 서울지역 명덕도 회원의 교화 및 포덕사업을 하도록 임명한 것이므로 이 사건 부동산은 청구인의 서울교구 서울교화원 원사로 사용함과 아울러 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있는 자가 거주하고 있는 것이므로 이 사건 부동산은 종교용 부동산으로 이용되고 있다고 보아야 함에도 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하다고 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2007. 1. 29.

행 정 자 치 부 장 관