가. 청구법인은 친환경에너지 수소가스 발생기 도매업을 영위하기 위하여 관련 기술을 연구·개발중인 법인으로, 2009년도 제2기 과세기간 중 수소가스제조시스템의 국제특허출원과 관련하여 OOO 등(이하 “쟁점매입처”라 한다)으로부터 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 세금계산서를 수취하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.

나. 처분청은 부가가치세 환급 현지확인 결과, 쟁점금액 관련 매입세액을 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 매입세액 불공제 하여 2010.7.5. 청구법인에게 2009년도 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2010.9.10. 이의신청을 거쳐 2011.2.9.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 수소가스 발생 특허기술을 사용하여 수소가스발생기 제품을 생산·판매할 목적으로 청구법인의 이사인 황OOO 명의로 출원한 국제특허출원 관련 비용을 지급하였다. 특허의 명의자를 청구법인이 아닌 황OOO 개인명의로 출원하게 된 것은 청구법인을 인수하는 과정에서 인수대금 지불이 지연되어 청구법인 명을 사용할 수 없었고, 국제특허 진행 중에는 특허출원 명의자를 법인명으로 변경할 수 없었으며, 법인명의로 특허출원시 특허내용이 쉽게 검색되어 정보가 노출되는 점을 방지하기 위하여 개인명의로 출원한 바, 특허명의를 청구법인이 아닌 황OOO 명의로 출원할 수 밖에 없었던 부득이한 사유가 있고, 황OOO과 청구법인간 특허사용계약서를 체결한 후 청구법인이 특허를 사용할 목적으로 특허출원 비용을 지출하였음에도 쟁점금액이 청구법인의 사업과 무관한 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 특허출원과 관련하여 교부받은 세금계산서는 실제 용역을 공급받는 자가 달라 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 이 건 특허권이 청구법인의 이익을 위한 것이라 하더라도 특허출원의 1차 수혜자는 청구법인이 아닌 특허권자에게 있으며, 개인소유의 특허권에 대한 출원비용을 청구법인의 업무와 관련된 비용으로 보기 어려우므로 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

개인명의의 특허출원과 관련하여 청구법인이 특허출원 비용으로 지급한 쟁점금액이사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액인지 여부

나. 관련법령

(1)부가가치세법

제17조 [납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

3. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

3의2. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령이 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

5. 제5조제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제60조 [매입세액의 범위] ③ 법 제17조제2항제2호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 「소득세법 시행령」 제78조또는 「법인세법 시행령」 제48조, 제49조제3항 및 제50조에 규정하는 바에 의한다.

(3) 법인세법

제27조 [업무와 관련없는 비용의 손금불산입] 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용등 대통령령이 정하는 금액

2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO 주식회사라는 상호로 2000.8.10. 설립되어 금융업을 영위하다가 2008.9.24. 주업종을 금융업에서 도매업으로 변경하였고, 2009사업연도에 주주가 아래와 같이 변경되었음이 처분청 심리자료, 국세통합전산망에 의하여 나타난다.

OOOOOOOOO OO OOOO(OOOOOO)OOOO

(OO : O)

(2) 청구법인은 2009년 제2기 부가가치세 신고시 아래와 같이 환급신청하여 2010.1.29. OOO원을 환급 받은 것으로 나타난다.

OOOOOOOOO OOOO(OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO)OOOO

(OO : OO)

(3) 처분청의 부가가치세 환급현지확인 조사자료에 의하면, 청구법인은 친환경 에너지인 수소가스 관련업에 투자중으로, 탄소나노튜브를 이용하여 수소 발생량을 획기적으로 높이는 기술로 국내 30건의 특허를 출원하였고, 현재 총 55개국에 국제특허출원 중이며, 매입·매출액은 특허출원 등을 위한 비용만 발생하고 매출은 발생되지 않았으며, 쟁점금액과 관련된 특허출원자는 2010.1.18. 청구법인의 사내이사로 취임한 황OOO이고, 청구법인은 황OOO과의 특허사용계약에 따라 쟁점금액을 청구법인이 부담하고 교부받은 세금계산서의 매입세액을 공제하여 환급신청을 한 것으로 나타난다.

OOOOOOOOO OOOOOO

(OO : OO)

(4) 2009.1.26.자 황OOO(갑)과 청구법인(을) 간에 체결된 특허사용계약서의 주요내용은 아래와 같다.

(가) 제1조(조건 및 계약) 본 계약은 갑이 개발한 수소가스제조시스템을 을이 제조, 판매를 하고 갑의 특허사용을 갑과 을이 공유하며 갑의 요청시 국내외 특허출원료를 을이 부담하고 선급할 수 있다.

(나) 제2조(계약기간) 계약기간은 10년으로 하며 추후 논의한다.

(다) 제3조(계약해지) 갑과 을은 계약해지 요구 발생시에 해지요구 발생 30일전에 문서로서 계약해지 요구를 할 수 있다.

(5)특허출원서에 의하면 특허명은 A Hydrogen-Oxygen neratingSystem(수소-산소 발생시스템)이고, 특허출원자는 황OOO이며, 2009.7.2.황OOO(갑)과 OOO(을)의 특허출원약정서의 주요내용은 아래와 같다.

사건의 표시 : 국제출원에 대한 사건의 표시(미국, 일본, 대만, 호주, 유렵통합 등) 총 55개국

O) OO-OOOO-OOOOOO O) OOOOOOO O) OOOOOOO O) OOOOOOO O) OOOOOOO O) OOOOOOO O) OOOOOOO O) OOOOOOO O) OOOOOOO OO) OOOOOOO OO) OOOOOOO OO OOO

(가) 제1조(위임업무의 내용) 갑은 위 사건의 표시란에 기재된 사건에 관하여 특허청 또는 법원에 대하여 수행할 일체의 행위 및 이에 대한 대리인의 선임 및 해임권한을 을에게 위임하고 을은 이를 수락한다.

(나) 제5조(위임비용) ① 갑은 위임비용으로서 수수료OOO를 을에게 지급하여야 한다.

(6) 부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세를 거래징수당한 경우 「부가가치세법」 제17조 제1항의 규정에 의하여 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액은 매출세액에서 공제하고 동법 제17조 제2항 각호에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것인 바, 특허권이 청구법인의 이익을 위한 것이라 하더라도 특허출원의 1차 수혜자는 어디까지나 청구법인이 아니라 특허권자에게 있는 점에 비추어 개인 소유의 특허권에 대한 출원비용을 법인의 업무와 관련된 비용으로 보기는 어렵다고 판단된다(국심 2005서3208, 2007.3.22. 같은 뜻임).

(7) 살피건대, 청구법인은 특허명의를 황OOO 개인 명의로 출원할 수 밖에 없었던 부득이한 사유가 있고, 특허사용계약에 의하여 특허사용수익권이 청구법인에게 있어 쟁점금액이 업무와 직접 관련된 지출에 해당한다는 주장이나, 청구법인이 특허출원과 관련하여 교부받은 세금계산서는 실제 용역을 공급받는 자가 달라 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 점, 이 건 특허권이 청구법인의 이익을 위한 것이라 하더라도 특허출원의 1차 수혜자는 청구법인이 아닌 특허권자에게 있는 점, 개인소유의 특허권에 대한 특허출원 비용을 청구법인의 업무와 관련된 비용으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청에서 쟁점금액이 청구법인의 업무와 직접 관련이 없는 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.