가. 청구법인은 2004.8.24. 개업하여 ‘부동산 신축판매업’을 영위하고 있는 법인으로, 강원도 OOO OOO OOO 외 24필지 아파트 397세대와 OOO OOOO 외 46필지 아파트 334세대(“OOOOO아파트” 각 1단지와 2단지로서, “쟁점아파트”라 통칭한다)를 공급할 목적으로 OOOOOOOO(OO OOOOOOOO OO)와 쟁점아파트 및 부대시설공사 일체와 모델하우스 건립, 홍보, 분양수입금·계약자 관리업무를 포함하여 총 101,416,542,640원(평당, 2,842,000원으로서, 계약건축연면적 : 117,967.21㎡)에 공사도급계약을 체결하고, 공급시기별로 국민주택규모 이하분과 초과분을 구분하여 각각 계산서와 세금계산서를 수취하였고, 동 공사와 관련하여 2005년 제2기부터 2009년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 OOOO 이외의 사업자로부터 수취한 세금계산서상 공통매입세액(처분청은 동 공통매입세액을 509,821,653원으로 계산하였으며, 이하 “매입세액1”이라 한다)을 면적비율로 안분하여 총 건축연면적에서 국민주택 이하면적이 차지하는 비율 상당액을 불공제세액으로 계산하여 2004년 제2기～2009년 제1기 부가가치세를 신고하였다.

나. 서울지방국세청장은 2009년 10월에 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, ① 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 당해 과세기간 과·면세 공급가액이 모두 발생된 경우에는 과·면세 공급가액 비율로 안분계산하여야 함에도, 청구법인과 처분청이 매입세액1을 사용면적비율로 안분계산하였고 ② OOOO로부터 수취한 매입세금계산서 중 분양대행 및 홍보 관련 매입세액 상당액인 238,338,255원(이하 “매입세액2”라 한다)이 공통매입세액임에도 안분계산하지 아니하고 전액공제함으로써 매입세액을 과다공제한 사실을 지적하였다.

다. 처분청은 이에 따라 매입세액1, 2를 공급가액 비율로 안분계산하여 2010.5.14. 및 2010.5.17. 청구법인에게 부가가치세 2005년 제2기83,468,060원, 2006년 제1기 93,053,530원, 2006년 제2기 11,107,060원, 2007년제1기 21,505,550원, 2007년 제2기 37,327,010원, 2008년 제1기 22,626,880원,2008년 제2기 2,148,780원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.8.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「부가가치세법 시행령」제61조 및 61조의2의 규정을 종합하면, 「부가가치세법 시행령」제61조 제4항에 의하여 예정사용면적비율에 따라 안분계산한 경우에는 계속 예정사용면적비율을 적용하여공통매입세액을 안분하고, 건축이 완공되는 등 사용면적비율이 확정되는 시점에 확정된 사용면적비율에 의하여 정산하는 것으로 해석하는 것이 법령의 제정목적에 부합하는 해석일 것인 바, 청구법인이 영위한 아파트 분양업의 경우 현장별로 건축기간이 정하여져 있고, 착공시점 또는 건축허가시점에 예정 과·면세비율이 산정되며, 건축공사가 완료되는 시점에 확정된 과·면세비율을 확인할 수 있으므로 해당 비율로 공통매입세액을 안분계산 및 정산하는 것이 타당하고, 공급가액을 기준으로 안분계산할 경우 과세분과 면세분 분양율에 따라 매입세액 공제액이 달라지는 문제점이 발생하게 되므로 타당하지 아니하다.

(2) 최근 분양되는 아파트의 경우 시공사 브랜드명으로 분양되고, 시공사 또한 자사 브랜드가치를 높이기 위하여 시공뿐만 아니라 분양, 입주, 하자관리 등 일체를 맡아서 종합적으로 용역을 제공하고 있는데, 분양율이 저조할 경우 사업성에 심각한 영향을 주므로 시공사가 해당 아파트 건설용역에 부수하여 분양대행 및 광고 등을 함께 수행하는 것이 일반화 되어 있는 상황이며, 이 건도 이러한 용역을 OOOO의 도급범위에 포함하여 건설용역과 함께 제공받았으나, 분양용역 및 광고 등에 해당하는 공급대가를 별도로 정하지는 아니하였고, 시공사가 제출한 관련 비용이 주된 용역 가액의 5.7% 상당액을 차지하는 점 등을 볼 때 주된 매입세액2는 건설용역에 부수되는 용역의 대가이므로 전액을 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 점에서 볼 때, 「부가가치세법 시행령」제61조는 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 원칙적으로 당해 과세기간의 과·면세 공급가액 비율로 안분계산하는 것이며, 이를 적용함에 있어서 과·면세사업의 공급가액이 모두 또는 그 중 한 사업이라도 없어 공급가액 기준으로 안분하는 것이 불가능한 경우에 한하여 예정사용면적 비율 등으로 안분계산한다는 취지로 새기는 것이 올바른 해석이므로(재부가-28, 2008.1.21.), 이 건 과세 기간과 같이 과·면세사업의 공급가액이 발생한 과세기간의 공통매입세액은 각각의 공급가액비율로 안분계산하여야 함이 타당하므로 청구주장은 받아들일 수 없다.

(2) 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제4항에서 부가가치세 면세대상으로 규정하고 있는 것은 국민주택규모 이하 주택의 건설용역과 설계용역의 공급이라고 명시하고 있을 뿐 그 이외의 용역까지 포함한다는 규정이 없으므로, 완공된 건축물의 판매활동과 관련되는 분양대행 및 광고홍보 용역은 건축물의 완공을 목적으로 하는 건설용역과는 엄연히 구분되는 것이고, 특히 분양대행 및 광고·홍보 용역은 건물의 공급 이외에도 토지의 공급(면세사업)에도 그 효익을 제공하므로 토지의 공급가액을 포함한 총 공급가액과 면세사업 공급가액 비율로 안분하는 것이 그 실지 귀속에 가장 적합한 판단기준일 것이다. 청구법인의 주장은 동일한 분양대행 및 광고홍보용역을 일반 시행자가 건설용역과 별도로 구분하여 공급받는 경우에는 이를 안분계산하여야 하고, 건설용역에 포함하여 공급받는 경우에는 안분계산하지 아니하고 전액 공제받아야 한다는 것인데, 동일한 용역제공에 대해서 공사도급계약형식의 차이에 따라 불공제 매입세액을 달리 산출한다는 것은 형평성에 비추어 보아도 맞지 않으며「조세특례제한법」에서 규정한 국민주택건설용역의 취지를 오해한 주장이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 공통매입세액인 매입세액1을 안분계산함에 있어서 과세기간별로 공급가액에 따라 안분계산하여야 하는지, 사용면적비율로 안분계산하여야 하는지 여부

②부가가치세 과세대상인 건설공사용역에 포함하여 제공받은 분양대행 및 홍보용역관련 매입세액인 매입세액2를 공통매입세액으로 하여 과세기간별 공급가액에 따라 안분계산한 것이 타당한지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제1조【과세대상】④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(2) 부가가치세법 시행령제3조【부수재화 또는 용역의 범위】법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화

제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

⑥ 제4항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지를 제외한 건물 등에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제61조의2 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.(2010.12.30. 신설)

제61조의2【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

2.제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 ＝

{총공통매입세액 ×

과세사업과 면세사업의 사용면적이

확정되는 과세기간의 면세사용면적

[1－ ─────────────────] － 기공제세액}

과세사업과 면세사업의 사용면적이

확정되는 과세기간의 총사용면적

(3) 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의 2의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은 2010년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다.

4. 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역(대통령령이 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(4) 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역" 이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 「건설산업기본법」ㆍ「전기공사업법」ㆍ「소방법」ㆍ「정보통신공사업법」ㆍ「주택법」ㆍ「하수도법」 및 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것

3. 제1호의 규정에 의한 주택의 설계용역으로서 건축사법에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 각 과세기간 부가가치세 신고서, 2006.7.31. 체결된 청구법인과 OOOO간 공사도급계약서, 이 건 과세에 대한 서울지방국세청장의 과세전적부심사결정서 등의 심리자료에는 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인의 매입세액1 신고내용을 보면, 청구법인은 아래 <표1>과 같이 매입세액1에 총 예정사용면적 중 면세사용면적 비율을 곱하여 불공제매입세액(면세분 매입세액)을 산출하였는데, 2006.7.31. 체결된 공사도급계약상 총면적(117,967.21㎡) 중 면세면적(69,765.66㎡)이 차지하는 비율은 59.1398%이었고, 그 이전인 2004년 제2기～2005년 제2기는 2006.7.31.자 도급계약상 면적이 아닌 면적비율을 적용하여 공통매입세액을 안분계산하였다.

OOOOOOOOOOOOOOO OOOOO OOOO

(OO : O)

(나) 매입세액2의 발생경위 및 신고내용을 보면,

1) 청구법인은 청구법인은 OOOO과 2006.7.31. 쟁점아파트에 대한 도급계약을 체결하면서 아파트 및 부대시설공사만 아니라 모델하우스 건립, 임차, 운영 홍보 및 아파트 분양수입금·계약자 관리를 포함하여 도급하였고,

2)OOOO은 쟁점아파트 분양대행 및 홍보 용역에 대하여 별도의세금계산서나 계산서를 교부하지 아니하고 도급금액에 대하여 일괄로 세금계산서 및 계산서를 발행하였으며 쟁점아파트 분양대행 및 홍보관련 비용으로 5,833,018,235원(부가가치세 별도)을 지출하였다고 소명하였는데, 처분청은 동 비용 중 과세면적비율(40.8602%) 상당액인2,383,382,915원이 OOOO이 발행한 세금계산서 가액에 포함된것으로 보고 매입세액2를 산출하였다.

<표2> 과세기간별OOOO 지출 분양대행 및 홍보관련 비용 지출 및 과·면세 구분

(OO : O)

(2) 처분청이 제출한서울지방국세청장(감사관)의 질문서(2009.10. 26.), 각 과세기간 부가치세결정결의서,이 건 과세에 대한 서울지방국세청장의 과세전적부심사결정서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 서울지방국세청장은 처분청에 대한 감사시 청구법인이 부가가치세 신고시 ① 과·면세 사업에 공통으로 사용되는 공통매입세액을 안분계산함에 있어, 당해 과세기간 중 과·면세사업의 공급가액이 발생된 경우에는 당해 공급가액 비율로 안분계산 해야 함에도 기존의 예정사용면적 비율로 잘못 안분계산하거나, ② 분양대행수수료 및 광고선전비 등 분양 관련 공통매입세액을 안분계산하지 아니하여 매입세액을 과다하게 공제한 사실이 있음에도, 처분청에서 검토 등을 소홀히 하여 부가가치세를 과다하게 환급하였다고 지적하였다.

(나) 처분청은 매입세액1과 매입세액2를 공통매입세액으로 보고 2005년 제2기부터 ～2009년 제1기 과세기간중 발생한 과세 및 면세 공급가액에 따라 안분하여 불공제할 매입세액을 계산한 후 기존의 불공제한 세액과의 차액을 추가 불공제하여 이 건 과세처분을 하였다.

OOOOOOOOOO OOOOO OO OOOOOO OOOO

(OO : O)

(3) 2010.12.30. 「부가가치세법 시행령」제61조 제6항으로 당초 공통매입세액을 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 안분한 경우 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 동 비율에 따라 계산할 수 있게 된 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 기존의 방법을 계속하여 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 공통매입세액을 정산하는 내용이 신설되었는 바,

국세청장이 발행한『2011 개정세법해설』에는 위 시행령 조항 신설은 당초 과·면세 공통사용 건물분 공통매입세액을 예정사용면적기준으로 안분계산·신고한 경우 추후 과·면세 공급가액이 확정된 경우 과·면세공급가액기준으로 정산하는지, 과·면세 확정사용면적기준으로 정산하는지 불분명한 것에 대하여 과⋅면세 공급가액이 확정되더라도 확정사용면적기준으로 정산함을 명확히 하기 위하여 신설된 것이며, 우리 원이 위 시행령 조항 신설전 이미 동일한 취지의 결정(조심 2009전165. 2009.5.25.)을 하였던 것으로 기재되어 있다.

(4) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 이 건 과세당시 「부가가치세법」제61조 제1항 및 제4항은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자에게 발생하는 공통매입세액에서 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 면세사업에 관련된 매입세액을 산출하며, 공급가액이 없는 경우에는 면세사업과 관련된 매입가액의 비율, 예정공급가액의 비율, 예정사용면적의 비율을 순차적용하여 이를 계산하되, 건물을 신축하는 경우에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 우선 적용하도록 규정하고 있었으며, 같은 법 시행령 제61조의2는 위 규정에 따라 매입세액을 안분계산한 경우 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 때에 정산되도록 규정하고 있었던 바, 관련하여 2010.12.30. 신설된 같은 법 시행령 제61조 제6항은 공통매입세액을 예정사용면적기준으로 안분계산·신고한 경우 추후 과⋅면세 공급가액이 확정되더라도 확정사용면적기준으로 정산함을 명확히 하였다.

(나) 따라서, 위 (1)-(가)에서 적시한 바와 같이 당초부터 공통매입세액을 총예정사용면적에서 면세관련 예정사용면적이 차지하는 비율에 따라 안분하였던 이 건은 비록 과·면세 공급가액이 확정되더라도 그에 따라서 안분할 것이 아니라 사용면적비율에 따라서 안분하여야 하고 사후 확정된 면적에 따라 정산하여야 할 것이므로, 처분청에서 과세·면세 공급가액이 발생한 기간 동 가액비율에 의하여 공통매입세액을 안분한 것은 타당하지 아니한 것으로 판단된다

(5) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 OOOO로부터 제공받은 분양 및 홍보관련 용역은 부가가치세 과세대상인 건설용역에 부수되는 용역이라는 주장이나, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 ① 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되거나, ② 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되거나, ③ 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되거나, ④ 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되어야 할 것인 바, 청구법인이 건설회사인 OOOO로부터 건설용역을 공급받으면서 제공받은 분양대행 및 홍보관련 용역이 건설용역에 필수적으로 부수되는 용역이 아닌 이상 이에 해당한다고 볼 수 없으며, 청구법인의 주장에 의할 경우 동일한 분양대행 및 광고홍보용역을 건설용역과 별도로 구분하여 공급받는 경우에는 이를 안분계산하여야 하고, 건설용역에 포함하여 공급받는 경우에는 안분계산하지 아니하고 전액 공제받게 되어 동일한 용역제공에 대해서 공사도급계약형식의 차이에 따라 불공제 매입세액을 달리 계산하게 된다는 처분청의 의견이 타당한 측면이 있으므로 분양대행 및 홍보관련 용역을 주된 건설용역에 부수되는 용역이라는 청구주장은 받아들일 수 없다고 할 것이다.

(나) 한편, 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항의 규정에 의한 국민주택건설용역을 공급하는 사업자가 주택공급업자와의 계약에 의하여 국민주택건설용역과 함께 동 주택의 분양대행용역을 제공하는 경우에도 당해 분양대행 등의 용역에 대하여는 부가가체세가 면제되지 아니하는 것이어서 거래 전체가 부가가치세 과세대상이므로 정상적으로 받은 세금계산서의 경우 공통매입세액 안분대상으로 보여지나 세금계산서를 받지 아니한 부분(계산서 수취분)은 매입세액을 부담하지 아니하여 공통매입세액 안분대상으로 보기 어려우므로, 세금계산서를 수취함에 따른 매입세액2를공통매입세액으로 보아 안분계산하여야 할 것(국심 2007구48, 2007.3.2.같은 뜻)이어서 이를 안분하여 계산한 처분청의 처분은 타당한 측면이 있으나, 이미 쟁점①에서 본 바와 같이 당초부터 사용면적비율에 의하여 공통매입세액을 안분계산하였다면 동 기준을 적용하여 사후정산까지 하여야 할 것이므로, 매입세액2 또한 쟁점아파트 확정사용면적 중 면세사업에 대한 사용면적이 차지하는 비율에 의하여 면세사업에 관련된 매입세액(불공제세액)을 계산하여야 할 것이다.

(6) 따라서, 이 건 부가가치세 과세처분은 공통매입세액인 매입세액1과 매입세액2를 「부가가치세법 시행령」제61조 제4항 제3호 및 같은 법 시행령 제61조의2에 의하여 총사용면적에 대한 면세사업에 관련된 면적의 비율에 의하여 안분계산하여 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.