가. 청구법인은 2005.3.9.부터 노인복지주택(실버타운)의 신축·분양사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 영위하는 법인사업자로, 정OOO(이하 “청구인①”이라 한다) 및 오OOO(이하 “청구인②”이라 하고 청구인①과 함께 “청구인들”이라 하며, 정OOO를 포함하여 “정OOO 등”이라 한다)는 2009.3.23. 상가개발사업권(이하 “쟁점사업권”이라 한다)을 주식회사 OOO에 OOO원(2011.12.15. OOO원으로 감액합의)에 양도하는 계약을 체결하고 2010년 6월경 양도대금 중 일부인OOO원을 지급받았다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2011.9.29.～2012.1.13. 기간 동안 주식회사 OOO에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점사업권의 양도가액을 상가예정부지인 OOO 외 2필지(8,517㎡, 이하 “쟁점상가부지”라 한다)의 양도가액에 포함시켜 청구법인의 소득으로 과세해야 한다고 판단하여 2011.12.23. 관련 과세자료를 처분청(OOO세무서장)에 통보하였고, OOO세무서장은 2013.8.30. 쟁점사업권 양도가액을 쟁점상가부지 양도가액에 포함시키기 어렵다고 판단하여 과세하지 않았으나, 국세청장의 처분청(OOO세무서장)에 대한 업무감사(2013.10.21.～2013.11.8.)시 쟁점사업권의 실제 권리 등을 조사하여 그 결과에 따라 다시 처리할 것을 지시하였고, OOO세무서장은 2014.4.14.～2014.9.2. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 후 쟁점사업권의 양도가액이 정OOO 등이 아닌 청구법인에게 귀속되는 것으로 보아 이를 청구법인의 익금에 산입하여 2014.11.28. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하고, 정OOO 등에게 상여로 소득처분하여 2009년 귀속 OOO원(정OOO원, 청구인① OOO원, 청구인② OOO원)의 각 소득금액변동통지를 하였으며, OOO세무서장은 2015.6.18. 청구인①에게 2009년 귀속 종합소득세 OOO원을, OOO세무서장은 2015.4.9. 청구인②에게 2009년 귀속 종합소득세 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.2.25. 이의신청을 거쳐 2015.7.14., 청구인①은 2015.9.3., 청구인②는 2015.7.8. 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 정OOO 등이 쟁점사업권에 대한 인허가비용을 직접 부담하고 토지사용승낙서를 받아 취득한 것으로 청구법인이 이를 양도할 수 있는 권한이 없으므로 정OOO 등에게 상여로 소득처분하거나 청구법인에게 유보로 소득처분할 수 없다.

정OOO 등은 쟁점사업권을 양도하고 OOO원을 지급받으면서 기타소득으로 원천징수되었고 종합소득세를 신고납부하였는바, 청구법인은 쟁점상가부지만을 양도하였을 뿐이고 쟁점사업권에 대한 권리가 없어 아무런 회계처리를 하지 않았으며, 쟁점사업권을 보유한 사실이 없기 때문에 양도할 수 없는데도 청구법인이 개발행위허가를 받아직접 양도한 것으로 보아 상여내지 유보처분을 하는 것은 부당하다.

또한, 조사청은 쟁점사업권을 쟁점상가부지의 양도가액에 포함시켜 청구법인의 소득으로 보아 과세자료를 통보하였으나, 처분청에서는 청구법인이 쟁점사업권에 대한 권리를 주장할 수 있는 근거가 없어서 쟁점사업권의 양도가액을 쟁점상가부지의 양도가액에 포함시킬 수 없다고 판단한 것은 정당한 결정이었는바, 이를 인정하지 아니한 것은 부당하다.

(2) 쟁점사업과 관련하여 OOO 외 4필지(이하 “쟁점사업부지”라 한다)를 매수하는 계약에 앞서 정OOO 등이 쟁점사업부지에 대한 매매계약금을 지급하는 조건으로 청구법인이 쟁점사업을 진행하는 것과 별개로 도로변 상가개발사업권(쟁점사업권)을 취득하기로 2006.3.3. OOO(이하 “종중”이라 한다), 청구법인, 정OOO 및 청구인① 간 합의서(이하 “쟁점합의서”라 한다)를 작성하였다.

정OOO 등은 쟁점사업부지와 별개로 개인자금으로 정당한 대가를 지급하고 쟁점사업권을 취득한 것이고 정OOO 등이 선납한 OOO원은 쟁점사업권을 취득하기 위해 지출한 취득원가에 해당한다.

2008.9.1. 정OOO 등을 포함한 7인(정OOO, 청구인①, 청구인②, 강OOO)은 OOO 주식회사로부터 쟁점상가부지에 대한 토지사용승낙을 받아 OOO시에 개발행위 허가신청을 하였고, 7명 중 강OOO은 OOO시청 행정공무원으로 20년간 재직하다가 1998.7.8. 퇴직한 자로서 인허가 관련 행정업무의 편의를 위해 공문서에는 강OOO 외 6명으로 표기되어 있다.

(3) 정OOO 등은 청구법인의 이사로 취임하기 전에 이미 쟁점합의서에 따라 쟁점사업권을 취득한 것이고 이사의 지위에서 청구법인의 사업권을 부당하게 처분한 것이 아니다.

정OOO 등은 종중 및 청구법인과 합의하여 쟁점사업부지의 계약금을 대납하고 쟁점사업권을 취득한 것은 2006.3.3.이고 청구법인 대표이사 권OOO의 권유에 따라 경영에 참여하기로 한 것은 2006.4.25.로, 청구법인의 이사로 취임하기 전에 이미 쟁점합의서를 통해 노인복지시설과 인접한 쟁점사업권의 취득이 완료되었다.

계약금 OOO원의 투자는 개인적인 판단에 의한 투자일뿐 청구법인의 지위 및 감독 등에 따라 자금을 투자한 것이 아니고, 설령, 처분청의 주장대로 정OOO 등이 청구법인과의 관계에서 종속적인 지위에 있다 하더라도 OOO원이라는 큰 금액을 청구법인의 재산 등에 어떠한 근저당 등 담보도 없이 지급이 되었다는 조사청의 판단은 사회통념상 인정하기 어렵다.

처분청은 쟁점사업권을 취득하기 위해 정OOO 등이 사업 관련 비용을 지출한 것은 청구법인을 대신하여 대납한 것에 불과하므로 정OOO 등이 청구법인에게 비용청구권이 존재하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 당사자 간 합의에 의해 정OOO 등은 토지사용승낙서를 교부받아 개인의 비용으로 허가를 받아 쟁점사업권을 양도한 것이고, 양도대금을 양수자로부터 원천징수를 당하고 지급받아 종합소득세를 신고하였으며, 정OOO 등이 어떤 근거로 청구법인에게 비용을 청구할 수 있는 것인지 알 수 없고, 처분청이 이러한 주장을 정당화하려면 쟁점사업권 허가에 소요된 비용, 즉 계약금 대납액 등을 부채누락으로 손금산입하였어야 한다.

(4) 정OOO 등은 개인명의 및 비용으로 개발허가를 신청하여 OOO시청으로부터 개발행위허가를 획득한 것이고 이 과정에서 청구법인은 어떠한 역할도 하지 아니하였다.

정OOO 등은 대체산림조성비, 면허세 및 복구비 보험가입비용 등 사업권 허가에 소요되는 모든 비용을 정OOO 등이 직접 부담해가며 사업허가를 받은 것이고, 연접개발 제한제도를 두고 있는 OOO시 조례에 따르면 1만평이상 개발허가를 받은 자는 그 연접토지에 새로운 개발허가를 취득하는 것이불가능하므로 쟁점사업부지에 노인복지시설 허가를 득한 청구법인은 상가부지의 자체개발이 불가능하여 쟁점사업권을 취득할 수도 없다.

처분청은 정OOO 등이 종중회장을 이용하여 OOO에 토지처분신탁 의뢰를 하여 미등기상태에서 종중 및 신탁회사와 처분신탁계약을 맺어 소유권을 신탁회사에 이전시킨 후 철저한 보안 속에서 토지사용승낙서를 신탁회사로부터 받아 OOO시청에 제출하여 개발행위 허가를 받았다고 주장하나, 중중에게 토지대금을 지불한 쟁점사업부지는 개발사업과 관련된 사업부지로서 채권자와 수분양자를 보호하기 위해서는 사업시행자인 청구법인이나 정OOO 등에게 소유권을 이전할 수가 없고, 신탁사에 소유권을 이전하고 수익자를 프로젝트 파이낸싱 대출자 및 시공사로 지정하는 것이 시행사업의 기본임에도 처분청에서는 전혀 맞지 않은 주장으로 실질을 호도하고 있다.

또한, 중중회장과 신탁자는 토지사용승낙과는 관계가 없고 토지사용승낙서는 토지소유자인 청구법인의 요청과 지시에 의하여 교부되는 것이다.

(5) 쟁점합의서의 내용에 따라 종중이 쟁점상가부지의 소유권을 보유하다가 상가개발허가(쟁점사업권)를 획득한 후 쟁점사업권을 주식회사 OOO에게 양도할 때 쟁점상가부지는 OOO원에 청구법인으로 양도되었다가 원가 그대로 주식회사 OOO에 양도하였을 뿐이므로 청구법인은 쟁점사업권의 취득 및 양도과정에서 아무런 이익과 손해가 없었으므로 쟁점사업권과 관련하여 청구법인은 이해관계가 없다.

조사청은 정OOO 등이 쟁점사업권을 토지와 분리하여 양도함으로써 OOO원의 부당이득을 취하였고 청구법인에게는 OOO원의 양도차손이 발생하였다고 주장하나, 쟁점사업권은 합의에 따라 정OOO 등에게 귀속하기로 하였으므로 개인의 비용으로 허가를 취득하여 직접 양도한 것이어서 청구법인은 아무런 이해관계가 없고, 토지의 양도차손은 세법에 따라 처리할 수 있으므로 손실 OOO원으로 인하여 쟁점사업권의 양도금액 전체가 청구법인의 수입금액누락이 될 수는 없다.

(6) 또한, 정OOO 등이 쟁점사업권을 OOO에 양도하였고 OOO은 쟁점사업권의 양도에 따른 소득을 기타소득으로 보아 양도대금에서 원천징수하였으며, 청구인 오OOO는 종합소득세를 신고·납부하였으므로 원천징수세액은 기납부세액으로 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 2013년 하반기 국세청장이 처분청을 감사하는 중 쟁점사업권과 관련한 과세자료에 대하여 담당자의 과세자료 처리경위서 및 청구법인으로부터의 사실해명을 받았고, 감사결과 청구법인의 대표이사인 정OOO가 대표이사의 지위를 이용해 OOO시청 공무원 출신 강OOO 외 4인을 명의위장하여 동원함으로써 2008.11.18. 쟁점사업권에 대한 허가를 받아 노인복지시설과 별개로 쟁점상가부지를 양도하고 사업개발권 명목으로 OOO원을 정OOO 등이 부당하게 이득을 취한 것으로 보았다.

정OOO는 청구법인을 설립할 당시(2005년)부터 쟁점사업에 관심이 있어 청구인들에게 청구법인의 지분율 12.5%를 각 투자하도록 설득하여 정OOO 등은 개발초기부터 일정지분이 있는 임원들로서 청구법인의 중요한 의사결정에 관여해온 자들이고, 청구법인에 대한 조사과정에서 주도적인 사업추진자는 정OOO로 확인되었다.

청구법인은 정OOO 등이 정당하게 OOO주식회사으로부터 토지사용승낙서를 교부받아 자신들의 비용으로 허가를 취득하여 양도하였고 종합소득세도 자진신고하였으며 처분청에서도 과세자료를 무혐의 처리한 사실도 있어 전반적으로 실질적·법률적 근거가 없는 처분이므로 취소되어야 한다고 주장하나, 쟁점사업부지의 매매대금에 대하여 2008.4.21. OOO원이 무통장입금되었고 종중은 쟁점사업부지에 대한 소유권이나 처분권이 실질적으로 없었음에도 불구하고 종중과 상호 합의하여 쟁점상가부지만을 OOO 주식회사와 처분신탁을 체결하여 청구인들이 종중명의를 이용해 신탁회사로부터 토지사용승낙을 편법적으로 받아 OOO시청에 제출함으로써 쟁점상가부지에 대한 근린생활시설 신축허가(쟁점사업권)를 받았다.

(2) 쟁점사업에 어려움이 봉착하여 관여하게 된 청구법인의 대표이사를 비롯한 임원들의 행위는 법인의 법률행위에 귀속되는 것이 타당하고 설령, 임원들이 2차 부동산 매매계약을 체결하는 과정에서 OOO원을 정OOO 등이 대납하였다 하더라도 그 공로는 청구법인에게 귀속되어야 하고, 임원들은 향후 청구법인으로부터 근로 또는 상여 등으로 보상을 받을 수 있는 것이다.

쟁점상가부지가 포함된 쟁점사업부지를 종중으로부터 취득하였는 바, 청구법인이 추진한 노인복지 실버타운 분양 및 임대사업의 개발에 따른 쟁점상가부지의 근린생활시설 신축개발은 파생적이며 부수적인 일환으로 이루어진 사업이고, 실버타운 건립에 따른 쟁점상가부지의 허가권(쟁점사업권)만을 실버타운 사업부지에서 분리하였으며, 청구법인의 창립연도부터 주요의사결정에 깊이 관여해온 정OOO 등이 청구법인과는 별개로 쟁점사업권의 소유권을 주장하는 것은 논리적으로 맞지 않다.

(3) 청구인들이 2006.3.3. 체결한 쟁점합의서는 쟁점사업부지에 대한 매매계약 체결직전에 청구법인의 대표이사를 비롯한 내부 임원들의 단합에 의해 작성하여 제시한 것으로 보이고, 계약은 청구법인이 계약상의 시한까지 도시계획시설 결정을 받지 못함에 따라 해지되었던 바, 계약 전에 그 계약의 성립을 전제로 작성된 쟁점합의서도 그 효력이 상실된 것이다.

청구법인은 정OOO 등이 지불한 계약금 OOO원 등이 사실상 청구법인이 빌려간 돈이므로 청구법인에서는 청구인들 간에 부채로 보아 청구법인의 부채누락으로 인정하여 손금산입 유보처분하여야 한다고 주장하나, 정OOO 등은 청구법인이 설립된 2005년경부터 청구법인의 지분을 각 12.5%씩 보유하고 있었으며 그 당시부터 청구법인의 핵심경영 주체들로서 경영이나 의사결정에 실질적인 영향력을 행사하였던 것으로 볼 수 있으며 핵심경영주체인 청구인들의 행위는 청구법인의 실제로 귀속되는 행위로 판단되므로 부채누락으로 볼 수 없다.

(4) 청구법인에 소유권이 있는 쟁점사업권에 대해 회사관계자들이 사업관련 비용을 지출한 것은 청구법인을 대리하여 대납한 것에 불과하므로 정OOO 등은 청구법인에게 비용청구권이 존재하는 것으로 보아야 한다.

(5) 쟁점사업권이 포함된 쟁점상가부지의 양도 및 취득가액을 검토한바, 쟁점사업권을 제외한 토지의 양도가액은 OOO원이고 취득가액은 OOO원으로서 정OOO 등이 쟁점사업권과 쟁점상가부지를 분리하여 부당하게 OOO원의 이득을 취함으로써 결과적으로 청구법인에게는 양도차손 OOO원이 발생하였다.

(6) 청구법인이 쟁점상가부지의 토지사용승낙을 청구인들에게 승낙한 사실이나 내부의사결정기구인 이사회회의록, 기타 관련 서류 등 입증자료가 전혀 없었으며 청구법인은 쟁점상가부지를 양도하고 쟁점상가부지의 양도소득에 대해서도 법인세를 신고한 사실이 없다.

청구법인은 쟁점상가부지를 포함한 사업부지에 대한 매매대금을 종중에게 완불하였음에도 불구하고 종중과의 합의 하에 이를 OOO에 양도할 때까지 쟁점상가부지에 대한 명의상의 소유권을 계속 종중 앞으로 남겨두었던 바, 쟁점사업권을 쟁점상가부지와 분리하여 거래함으로써 지가상승에 따른 막대한 양도차익을 의도적으로 정OOO 등이 가져가려는 의도가 있었다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

정OOO 등이 양도한 상가개발허가권(쟁점사업권)의 실질양도자가 청구법인인 것으로 보아 그 양도대금을 정OOO 등에게 상여로 소득처분하고 청구법인에게 소득금액변동통지한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 법인세법 제15조[익금의 범위] ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제67조[소득처분] 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령 제11조[수익의 범위] 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액[도급금액·판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다]. 다만, 법 제66조제3항 단서의 규정에 의하여 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입금액은 금융회사 등의 정기예금이자율을 참작하여 기획재정부령이 정하는 이자율(이하 "정기예금이자율"이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

2. 자산의 양도금액

10. 그 밖의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제106조[소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(4) 소득세법 제21조[기타소득] ① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권·어업권·산업재산권·산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청에서 제출한 심리자료에 따른 주요 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인과 주식회사 OOO은 실버타운 신축·분양을 위해 2005.3.23. 아래 <표1>과 같이 쟁점사업부지를 OOO원에 매수하기로 하는 계약을 종중과 체결하였고, 1차 부동산 매매계약서에 의하면 계약 당일 1차 계약금 OOO원을 종중에 지급하고 계약일로부터 11개월 내에 매수인이 도시계획시설 결정을 받지 못하면, 별도 절차 없이 계약은 당연 해지되고 계약금은 종중에 귀속한다는 특약이 포함되어 있었으며, 청구법인은 1차 계약의 시한인 2006.2.23.까지 도시계획결정을 받지 못하여 계약은 해지되고 계약금은 종중에 귀속되었다.

OOO

(나) 1차 부동산 매매계약이 파기된 후 자금부족에 시달리던 청구법인의 대표이사 권OOO은 지인인 정OOO 등에게 자금지원을 요청하여 2006.3.3. 종중과 청구법인 간 쟁점사업부지에 대한 매매계약을 하기 전에 정OOO 및 청구인①은쟁점사업부지 매매계약금을 대납하는 대신 쟁점사업이 시행되면 도로변 토지의 쟁점사업권을 정OOO 및 청구인①에게 부여하기로 종중, 청구법인, 정OOO 및 청구인① 간 쟁점합의서를 작성하였다.

(다) 청구법인은 2006.3.6. 쟁점사업부지를 OOO원에 매수하기로 하는 2차 부동산 매매계약을 종중과 체결하였고, 2차 부동산 매매계약에 의하면 계약 당일 계약금 OOO원을 종중에 지급하고 2006.9.6.까지 청구법인이 도시계획결정을 받지 못하면 별도의 절차 없이 계약은 당연 해지되고 계약금은 종중에 귀속된다는 특약이 포함되어 있었으며, 청구법인은 2006.9.6.까지 OOO시로부터 도시계획시설 결정을 받지 못하여 계약이 해지되었고 계약금은 종중에 귀속되었다.

(라) 청구법인은 2006.9.8. 쟁점사업부지를 OOO에 매수하기로 하는 3차 부동산 매매계약을 종중과 체결하고 2008.11.18. OOO시로부터 노인복지시설 건축허가를 받아 2008.4.15. OOO 주식회사를 시공사로 하는 공사계약을 체결하였으며, OOO 주식회사로부터 OOO원의 프로젝트 파이낸싱 대출을 받아 쟁점사업부지의 매수대금을 2008.4.21. 지불하였다.

(마) 쟁점사업부지 중 상가예정부지를 제외한 부분은 2008.4.22. 청구법인 앞으로 소유권이전등기가 되었으나, 쟁점상가부지는 종중 앞으로 계속 소유권등기가 되어 있었고, 청구법인은 2008.5.19. 증여계약(2007.7.25.)을 원인으로 쟁점사업부지 중 OOO 외 1필지 69,600㎡를 OOO에 소유권이전등기함으로써 쟁점사업부지내 OOO병원을 유치하였다.

(바) 정OOO 등은 2008.9.23. OOO시청에 쟁점상가부지에 대한 개발행위허가를 신청하여 2008.10.21. OOO구청장으로부터 쟁점사업권을 허가받았고 청구법인은 2009.4.17. 쟁점상가부지를 양도하기로 하는 계약을 주식회사 OOO과 체결하고 양도대금 OOO원을 받았다.

(사) 정OOO 등은 2009.3.23. 쟁점사업권을OOO원에 양도하기로 하는 계약을 주식회사 OOO과 체결하고 2010년 6월경 OOO원만을 지급받고 나머지 양도대금은 받지 못하였으며, 정OOO 등은 2011.12.15. 양도대금을 OOO원으로 감액하기로 주식회사 OOO과 합의하였다.

(2) 국세청의 쟁점사업권 양도와 관련한 감사처분지시의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 조사청은 주식회사 OOO에 대한 법인세 일반통합조사 과정에서 주식회사 OOO이 쟁점상가부지를 취득하면서 이를 부동산과 사업개발권(쟁점사업권)으로 구분하여 부동산은 청구법인으로부터 OOO원에, 쟁점사업권은 청구법인의 임원인 정OOO 등으로부터 OOO원에 각 취득한 것으로 계약서를 작성하였고, 정OOO 등은 OOO원을 기타소득(필요경비 80% 공제대상)으로 신고한 것을 확인하였다.

(나) 조사청은 쟁점사업권의 실질이 임야인 토지를 상가부지로 개발하여 그 토지의 가치가 상승함에 따라 발생하는 토지개발수익에 해당하므로 토지의 소유자인 청구법인의 권리에 해당하고 이를 형식적으로 조세부담을 적게 하기 위하여 임원 개인명의로 사업권을 취득한 것이므로 쟁점사업권 양도가액 전액을 부동산 가액에 포함시켜 청구법인의 소득으로 과세하여야 할 것으로 판단하여, 2011.12.23. 처분청에 과세자료를 통보하였다.

(다) 처분청은 과세자료 확인을 위한 관련 서류의 수집, 해명요구 및 현장확인 등과 같은 절차 없이 2013.8.30. 과세자료 처리보고서의 처리자 의견에 부동산개발 허가권과 관련하여 부동산 가액에 포함시키기 어렵다고 판단되며 과세실익이 없다고 기재함으로써 동 자료를 과세하지 않는 것으로 처리하였다.

(라) 과세자료에 첨부된 주식회사 OOO의 대표자 유OOO의 확인서에 의하면, “쟁점상가부지의 토지대금과 개발사업권 가액 구분 없이 OOO원에 취득하기로 2008.6.23. 계약한 것으로, 개발허가를 득하는 조건이 있는 조건부 매매계약이었고, 개발계획은 2008.10.21.OOO구청장으로부터 허가를 받아 조건이 성취되었으며, 쟁점상가부지는 2009.3.23. 청구법인 앞으로 소유권이전등기되었고 같은 날 주식회사 OOO 앞으로 다시 소유권이전등기되었다”고 되어 있다.

(마) 또한, 청구법인으로부터 관련 토지의 일부를 받은 강OOO의 문답서에 의하면, 청구법인으로부터 OOO 1,165평 중 650평을 받았는데, 이는 매도자에게 계약이 유지되도록 설득하고 인허가를 받을 수 있도록 행정관리를 하며 개발수익에 대한 보상차원에서 부동산을 받았다고 진술한 것으로 나타난다.

(바) 이러한 사실관계에 비추어 쟁점사업권에 대한 실질적 권리는 청구법인에 있다고 보아야 하고, 설령 외견상 쟁점사업권을 취득한 정OOO 등에게 그 권리가 있는 것으로 본다고 하더라도 이는 그 권리를 청구법인이 정OOO 등에게 무상으로 양도한 것에 해당하므로, 쟁점사업권의 양도가액은 청구법인의 익금에 산입하고 동 금액을 정OOO 등에게 상여나 배당 등으로 처분했어야 한다.

(사) 설령, 쟁점사업부지의 취득과정에서 쟁점사업권을 정OOO 등이 갖기로 하는 사전 약정이 있었다 하더라도, 사업허가 취득 및 관리와 관련하여 청구법인이 지출한 비용과 강OOO에게 무상으로 이전한 부동산은 정OOO 등을 대신하여 지급한 것이므로 동 금액을 정OOO 등에게 상여나 배당 등으로 처분했어야 하는데도 면밀한 검토 없이 과세하지 않는 것으로 처리한 잘못이 있다.

(3) OOO세무서장의 청구법인에 대한 조사보고서(2014년 9월)의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 실버타운 1,192세대를 신축·분양하기 위해 쟁점사업부지를 매수하여 그 중 69,600㎡는 OOO에 병원신축용 부지로 증여하고 병원을 유치하였고, 실버타운 1,192세대의 주택부지와 OOO병원부지 입구에 위치한 쟁점상가부지에 정OOO 등이 개발행위허가를 개인들 명의로 받아 쟁점사업권을 포함하여 쟁점상가부지를 양도하고 법인세를 무신고 하였으며, 쟁점상가부지 및 쟁점사업권 관련 거래내역은 아래 <표2>와 같다.

OOO

(나) 쟁점상가부지는 미등기상태에서 실제 전소유자인 종중은 소유권 처분권리가 없음에도 종중명의로 쟁점상가부지를 처분신탁하였고, 쟁점상가부지에 대한 토지사용승낙서를 의도적으로 수탁자인 OOO 주식회사로부터 받아 OOO시청으로부터 상가부지의 개발행위를 허가받았다.

(다) 정OOO 등이 임야의 소유권 행사가 불가능한 전소유자인 종중회장을 이용하여OOO에 토지처분신탁의뢰를 하여 교묘하게 미등기상태에서 종중 및 신탁회사와 처분신탁계약을 맺어 소유권을 신탁회사에 이전시킨 이후에 철저한 보안속에서 토지사용승낙서를 신탁회사로부터 받아 OOO시청에 제출하여 개발행위허가를 받았으며, 개발행위허가를 얻은 이후에 쟁점상가부지를 양도하고 청구법인의 토지양도차익에 대해서 무신고하였으며, 쟁점사업권 OOO원 중 실제로 매수인으로부터 수령한 OOO원에 대해서는 기타소득으로 신고하였다.

(라) 쟁점사업권의 양도가액 OOO원을 청구법인의 2009사업연도 익금에 산입하여 법인세를 경정하여야 하고, 주식회사 OOO이 정OOO 등에게 지급한OOO원에 대하여는 개인의 기타소득으로 신고한 것을 부인하고 이들에 대한 상여로 소득처분하며, 미지급한OOO원 가량에 대하여는 유보로 처분하여야 한다.

(4) 청구인들의 주장 및 관련 증빙은 다음과 같다.

(가) 1차 부동산 매매계약서(2005.3.23.), 1차 부동산 매매계약서가 무효가 된 것과 관련하여 종중이 작성한 부동산 매매계약 무효확인서(2006.2.23.) 및 청구법인이 작성한 부동산 매매계약서 해지확인서(2006.3.6.)를 제출하였다.

(나) 종중, 청구법인, 정OOO 및 청구인① 간 체결한 쟁점합의서(2006.3.3.)를 보면, 쟁점사업부지에 대한 부동산 매매계약에 앞서 계약금은 정OOO 및 청구인①이 청구법인을 대신하여 지급하고, 청구법인이 노인복지주택사업에 성공할 경우 청구법인의 비용으로 처리하며, 노인복지주택사업에 제척되는 도로변 토지의 상가개발의 사업권은 정OOO 및 청구인①에게 인정한다고 되어 있다.

(다) 청구법인과 종중 간 체결한 2차 부동산 매매계약서(2006.3.6.), 2차 부동산 매매계약에 따른 계약금 지불에 대한 입증자료로 2006.3.6. OOO은행 OOO지점에서 발행된 OOO원권 자기앞수표 3매 및 청구법인이 작성한 부동산 계약서 해지확인서(2006.9.7.)를 제출하였다.

(라) 청구법인과 종중 간 체결한 3차 부동산 매매계약서(2006.9.8.)를 보면, 쟁점사업부지에 대한 매매대금을OOO원으로 하고 계약체결 후 2007.2.15.이내에 도시계획시설 결정을 받아야 하는 것으로 되어 있다.

(마) 토지사용승낙서(2005.7.28.)를 보면, 종중에서 청구법인에게 OOO의 노인복지주택 사업용도로 사용함을 승낙한다고 되어 있고, 토지사용승낙서(2008.9.16.)를 보면, OOO 주식회사가 OOO 외 6인에게 OOO의 3,851㎡를 개발행위허가 등의 용도로 사용하는 것을 승낙한다고 되어 있다.

(바) OOO구청장이 OOO시청에 보낸 개발행위(토지형질변경) 허가신청에 따른 협의공문을 보면, 강OOO외 6인은 2008.9.26. 개발행위허가신청서 및 사업계획서 등을 제출한 것으로 나타나고, 쟁점상가부지와 관련한 개발행위허가는 강OOO 외 6인에게만 통보된 것이라고 주장하며 OOO구청장의 개발행위 허가신청 중간통보(2008.10.8.),OOO구 도시건축과장의 개발행위 허가신청에 대한 의견회신(2008.10.10.) 및 개발행위허가 통지서(2008.10.21.) 등을 제출하였다.

(사) 강OOO, 정OOO, 청구인①, 청구인②, 강OOO이 작성한 이행각서(2008.10.15.)를 보면 OOO에 대한 도시계획시설의 행정절차가 진행 중인바 경관녹지결정에 따라 토지이용계획을 변경수립하여 이행할 것을 확약한다고 되어 있다.

(아) 부동산매매계약서(2009.4.17.)를 보면, 청구법인이 주식회사 OOO에 OOO를 OOO원에 매도하는 것으로 되어 있다.

(자) 쟁점사업권의 양도양수계약서(2009.3.23.)를 보면, 정OOO 등은 주식회사 OOO에 OOO에 대한 개발행위허가권 및 개발행위와 관련 권리를OOO원(정OOO OOO원, 청구인① OOO원, 청구인②OOO원)에 양도하는 것으로 되어 있다.

(차) 쟁점사업권의 양도양수계약 변경합의서(2011.12.15.)를 보면, 양도대금을 OOO원(정OOO OOO원, 청구인① OOO원, 청구인② OOO원)으로 변경한 것으로 되어 있다.

(카) 그 밖에 청구법인의 등기부등본, 정OOO 등의 2009～2010년 종합소득세 신고서 및 청구인②의 쟁점사업권에 대한 양도대금의 입금통장사본 등을 제출하였다.

(5) 청구법인의 등기사항전부증명서에 기재된 대표이사 변경 이력을 보면 정OOO는 2007.1.8.～2012.4.18. 기간 동안 청구법인의 대표이사였고, 국세통합전산망에서 조회된 청구법인의 주주현황을 보면 청구인①, ②는 청구법인 설립 당시부터 2009년까지 청구법인의 주주였으며, 쟁점상가부지의 소유권 변동내역(등기부등본)은 아래 <표3>과 같다.

OOO

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점사업권의 실질양도자가 청구법인이라는 의견이나, 정OOO 등이 OOO구청장으로부터 쟁점사업권을 허가받아 청구법인과는 관련이 없는 것으로 보이는 점, 청구인들이 청구법인 설립 당시부터 주주였으나 청구법인의 대주주는 아닌 점, 정OOO 등이 계약금을 지급하는 조건으로 청구법인이 쟁점사업을 진행하는 것과 별개로 쟁점사업권을 취득하기로 하는 내용의 쟁점합의서를 작성한 점 등에 비추어 쟁점사업권의 실질양도자를 청구법인으로 보기 어려운 것으로 판단된다.

따라서, 쟁점사업권의 양도대금을 정OOO 등에게 상여로 소득처분하고 청구법인에게 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.