하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구인은 85.12.11 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOOOO외 1필지 대지 608.1㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다) 지상에 지하1층 지상4층의 OO빌딩 1,488.21㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점외토지와 쟁점건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 임대용부동산으로 사용하다가 96.6.3 청구외 (주)OOO인터내셔널에게 쟁점부동산을 48억원(매매계약서에 쟁점외토지는 45억원, 쟁점건물은 3억원으로 각각 구분기재)에 양도하는 매매계약을 체결하고 96.10.10 소유권이전등기를 마쳐준 후 쟁점건물의 공급가액을 3억원으로 하여 96.2기 부가가치세 확정신고 및 자진납부를 이행하였다.

처분청은 청구인이 쟁점건물의 공급가액을 매매계약서에 기재된 쟁점건물가액인 3억원으로 신고한 사실에 대하여 쟁점부동산의 실지거래가액 48억원 중 매매계약서에 구분기재된 쟁점외토지가액(45억원)과 쟁점건물가액(3억원)의 신빙성이 없는 것으로 보아 부가가치세법시행령 제48조의 2 제3항 단서규정을 적용하여 쟁점건물의 공급계약일 현재 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 가액인 1,160,093,814원을 쟁점건물의 공급가액으로 하여 97.8.16 청구인에게 96.2기 부가가치세 103,211,260원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 97.9.18 심사청구를 거쳐 97.12.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

쟁점부동산의 매매계약서에 쟁점외토지가액(45억원)와 쟁점건물가액(3억원)이 구분기재되어 있어, 쟁점부동산의 매수인인 청구외 (주)OOO인터내셔널이 3억원을 쟁점건물의 취득가액으로 장부상 기장하고 있음에도 불구하고 이를 부인하고 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 쟁점건물의 공급가액으로 산정하여 부가가치세를 과세함은 부당하고, 설령 매매계약서상 구분기재된 3억원을 쟁점건물의 실지거래가액으로 인정하지 아니하는 경우에도 쟁점건물의 공급계약일로부터 약 5년전에 담보목적으로 감정평가한 가액으로 쟁점건물가액을 안분계산하여야 한다.

나. 국세청장 의견

쟁점부동산의 매매계약서상 쟁점건물가액(3억원)은 쟁점부동산의 가액(48억원)의 6%에 불과할 뿐만 아니라 쟁점부동산의 규모, 이용상태(고급의류판매장), 거래관행에 비추어 볼 때 합리적인 안분근거없이 산정한 가액이어서 쟁점건물의 실지거래가액을 3억원으로 인정하기는 어려우므로 부가가치세법시행령 제48조의 2 제3항 단서규정에 의하여 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 쟁점건물의 공급가액으로 산정한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 쟁점부동산의 양도당시 매매계약서에 구분 기재된 쟁점건물의 공급가액이 불분명한 것으로 보아 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 쟁점건물의 공급가액으로 하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

부가가치세법 제13조(과세표준) 제5항 및 부가가치세법시행령 제48조의 2(과세표준의 안분계산) 제3항에서 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의하되 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 것으로 규정하고 있고, 같은조 제4항에서 “제3항 본문의 규정”을 적용함에 있어서 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인의 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다고 규정하고 있다.

위 부가가치세법시행령 제48조의 2 제3항 및 제4항의 규정취지는 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에 그 건물에 대한 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어서 그 건물의 공급가액은 실지거래가액으로 계산함을 원칙으로 하되, 그 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 때에도 건물등에 대한 분양가액, 장부가액, 감정가액이 있는 경우에는 지방세법에 의한 시가표준액보다 이들을 우선 적용토록 함으로써 건물가액을 보다 실지거래가액에 근접한 합리적인 방법으로 안분계산하도록 하는데 있다고 할 것이다(국심 93서1300, 93.9.11 같은뜻).

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 84년도에 쟁점외토지를 취득한 다음 85.12.11 그 지상에 쟁점건물을 신축하여 부동산임대업에 사용하였는데 96.6.3 쟁점건물의 공급계약일 현재 쟁점건물 중 지하1층은 다방과 기계실등으로, 지상1층은 다과점등으로, 지상2층부터 4층까지는 사무실로 사용한 사실이 건축물관리대장에 의하여 확인되고 있고, 쟁점부동산의 매수인인 청구외 (주)OOO인터내셔널은 쟁점건물을 매수하여 고급의류매장으로 개수하여 사용하고 있다.

(2) 청구인은 96.6.3 청구외 (주)OOO인터내셔널에게 쟁점부동산을 48억원에 양도하였고 그 매매계약서에 쟁점부동산 중 쟁점외토지는 45억원, 쟁점건물은 3억원으로 각각 구분기재되었으나 그 구분근거에 관하여 거래당사자간에 서로 약정한 바 없다는 사실에 대하여는 서로 다툼이 없다.

(3) 청구외 (주)OO상호신용금고가 91.8.23 청구인이 채무자로서 담보 제공한 쟁점부동산을 평가할 목적으로 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOOOO에 소재하고 있는 청구외 OO감정평가법인에 감정을 의뢰하여 평가한 감정서(감정서번호 OO OOOOOOOO)에 의하면, 그 당시 쟁점외토지가액은 3,040,500,000원으로, 쟁점건물가액은 370,334,000원으로 각각 평가되었고 쟁점건물가액은 쟁점부동산 가액의 10.86%에 해당된다.

(4) 처분청은 쟁점부동산의 양도당시 매매계약서상 구분기재된 쟁점외토지와 쟁점건물의 실지거래가액이 신빙성이 없는 것으로 보아 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 쟁점건물의 공급가액(1,160,093,814원)으로 보았으나, 청구인은 쟁점부동산의 양도당시 매매계약서상 구분기재된 쟁점건물가액(3억원)을 실지거래가액으로 보아야 하고, 설령 이를 쟁점건물의 실지거래가액으로 인정하지 아니하는 경우에도 쟁점건물의 공급계약일로부터 약 5년전에 담보목적으로 감정평가한 가액으로 쟁점건물가액을 안분계산하여야 한다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점부동산의 양도당시 매매계약서에 구분기재된 쟁점건물가액 3억원을 실지거래가액으로 인정할 수 있는지에 대하여 보면, 청구인이 청구외 (주)OOO인터내셔널에게 쟁점부동산을 매매대금 48억원에 양도하는 매매계약서를 작성함에 있어서 쟁점외토지가액을 45억원으로, 쟁점건물가액을 3억원으로 각각 구분기재된 근거나 기준(쟁점외토지와 쟁점건물의 평당 가액등)에 관한 약정내용이 전혀 확인되지 않는 점에 비추어 볼 때, 이를 쟁점건물의 실지거래가액으로 인정하기는 어렵다 할 것이다.

(나) 쟁점건물의 시가표준액(318,876,000원)은 매매계약서상 쟁점건물가액(300,000,000원)의 106.29%로서 거의 비슷한 반면, 쟁점외토지의 시가표준액(1,000,504,000원)은 양도당시 개별공시지가(3,283,740,000원)의 30.46%에 불과하여 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 경우 쟁점건물가액은 쟁점외토지가액에 비하여 상대적으로 과대평가되는 것으로 보인다(공급계약일로부터 약 5년전의 감정평가액에 비례하여 안분계산한 쟁점건물가액은 쟁점부동산가액의 10.86%를 차지하는 반면 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 쟁점건물가액은 쟁점부동산가액의 24.17%에 해당된다).

(다) 쟁점건물의 공급계약일로부터 약 5년전에 담보목적으로 감정평가한 가액(쟁점외토지가액 3,040,500,000원, 쟁점건물가액 370,334,000원)에 비례하여 쟁점부동산가액 48억원을 안분계산하면 쟁점외토지가액은 4,278,720,000원, 쟁점건물가액은 521,280,000원이 되는 바, 이는 쟁점부동산가액 48억원을 쟁점외토지는 개별공시지가(3,283,740,000원), 쟁점건물은 지방세법에 의한 시가표준액(318,876,000원)에 비례하여 안분계산한 쟁점외토지가액 4,464,029,620원과 쟁점건물가액 424,859,268원과 거의 비슷하게 나타나고 있을 뿐만 아니라 쟁점건물의 공급계약일로부터 약 5년전에 감정평가한 쟁점건물가액은 쟁점건물의 공급계약일 현재 그 동안의 감가상각으로 인하여 하락(시가표준액 기준으로 51,458천원하락)하고 쟁점외토지가액은 상승(개별공시지가 기준으로 243,240천원 상승)하는 것이 일반적인 추세라 할 것이므로 쟁점건물의 공급계약일로부터 약 5년전의 감정평가액에 비례하여 쟁점건물가액을 안분계산한다 하더라도 쟁점건물의 공급계약일 현재 최소한 쟁점건물가액이 과소평가되는 것으로는 보이지 않는다 할 것이다.

(라) 따라서 쟁점부동산의 매매계약서에 구분기재된 쟁점건물가액(3억원)을 실지거래가액으로 인정하지 않는 경우에도 전시한 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 제3호에서 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액도 실지거래가액의 하나로 규정하고 있으므로 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 것보다는 쟁점건물의 공급계약일로부터 약 5년전의 감정평가액에 비례하여 안분계산하는 것이 오히려 쟁점건물의 실지거래가액에 보다 근접한 합리적인 안분계산방법이라 할 것이므로 쟁점건물의 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하여 쟁점건물의 공급가액을 산정한 당초 처분은 부당한 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.