청구인은 서울시 강남구 OO동 OOOOOOOO에서 오피스텔 신축분양판매업(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 영위하는 사업자로서, 1996년도 및 1997년도 종합소득세를 신고함에 있어서, 쟁점사업장의 사업소득을 추계로 신고하고, 1995과세연도에 발생한 쟁점사업장의 결손금 1,907,485,702원을 이자소득에서 공제하여 신고하였다.

처분청은 세무조사시 쟁점사업장의 이월결손금을 1,478,410,232원(이하 “쟁점이월결손금”이라 한다)으로 경정하였으며, 청구인이 쟁점사업장의 소득을 추계로 산정하였기 때문에 이월결손금을 공제할 수 없다고 하여 이월결손금 공제를 부인하고 1999.3.12 청구인에게 1996년도 종합소득세 398,627,090원, 1997년도 종합소득세 262,888,850원 합계 661,515,940원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1999.6.10 심사청구를 거쳐 1999.8.31 이 건 심판청구를 제기하였다.