가. 청구인은 1988.9.19. 취득한 서울특별시 OOO호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 세대전원이 미국으로 이주한 후인 2009.2.18. 양도하고, 「소득세법」 제95조 제2항에서 규정하고 있는「표1」의 장기보유특별공제율인 100분의 30을적용하여 2009년 2월 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 「소득세법」 제95조 제2항 단서에서 규정하고 있는「표2」의 장기보유특별공제율인 100분의 80을 적용하여 기납부한 양도소득세 OOO원을 환급하여야 한다는 내용으로 2011.12.21. 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 비거주자의 경우에는 「소득세법」 제95조 제2항 단서에서 규정하고 있는「표2」의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없다 하여 2012.2.13. 경정거부통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

대법원에서는 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 「소 득세법」 제121조 제2항의 ‘거주자와 동일한 방법으로 과세한다’라고 함은 소득금액과 과세표준 및 세액등을 산정함에 있어 거주자와 동일한 방법을 적용해야 한다는 의미라고 해석하면서 「소득세법」제95조 제2항 단서조항은 양도소득금액의 산정시 공제되는 항목에 관한 규정이므로 동 조항은 비거주자의 경우에도 그대로 적용된다고 해석함이 타당하다고 판시(대법원 2009두21147, 2011.7.14.)하였으므로 「소득세법」 제95조 제2항의 단서 규정은 비거주자에게도 그대로 적용되어야 한다.

또한, 조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유없이 축소해석할 수 없는 것인바,장기보유특별공제제도는 그 취지나 성격면에서 비과세나 감면과는 달라 거주자에 한정하여 적용할 특별한 이유가 없고, 조세평등주의 원칙상 거주자와 비거주자를 차별하여서는 안 되며, 「소득세법」 제95조 제2항 본문은 거주자와 비거주자에게 모두 적용되는데 동항 단서 규정만 비거주자에게는 적용되지 않는다는 합리적인 이유가 없다.

나. 처분청 의견

기획재정부에서는 1세대 1주택 비과세 등은 국민의 주거생활 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 취지의 제도이므로 비거주자의 경우에는 「소득세법」제95조 제2항 단서에서 규정하고 있는 「표2」의 장기보유특별공제율을 적용받을 수 없다고 해석(재산세제과-962, 2008.12.10.)하였고, 이를 명확히 하기 위하여 2009.12.31. 세법을 개정한 점 등에 비추어 경정거부한 당초 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

비거주자에 대하여도 「소득세법」제95조 제2항 단서에 따른「표2」의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부(2009.12.31.이전 양도분)

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택의 양도와 관련한 청구인의 양도소득세 신고 및 경정청구 내역은 아래 <표1>과 같다.

〈표1> 신고 및 경정청구 내역

(2) 2009.12.31. 법률 제9897호로 일부 개정되기 전의 「소 득세법」 제121조 제2항에서는 국내에 소재한 토지, 건물 등의 양도소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세하도록 규정하고 있다가, 비거주자에게 과세할 경우에는 1세대1주택 비과세와 「소득세법」 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니하는 것으로 2009.12.31. 법령을 일부 개정하였고, 개정 부칙 제1조와 제2조에서 2010.1.1.후 최초로 양도하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있으며, 기획재정부에서 발간한 “2009 간추린 개정세법”에 의하면, 비거주자에 대하여는 1세대1주택 비과세와 최대 80%의 장기보유특별공제를 배제하고, 최대 30%의 일반 장기보유특별공제만 허용하도록 2010.2.18. 「소득세법 시행령」제180조의2를 신설한 이유에 대하여 “기획재정부의 예규(재산세제과-962, 2008.12.10.)는 1세대1주택 비과세 등은 국민의 주거생활 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 취지인 점을 감안하여, 비거주자에게는 1세대1주택 비과세와 최대 80%의 장기보유특별공제가 적용되지 아니한다는 것을 법령에 명확화하기 위한 것”으로 나타난다.

(3) 「소득세법」제95조 제1항에서 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 장기보유특별공제액은 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 「표1」에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하면서 단서에서 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 「표2」에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제159조의2에서는 법 제95조 제2항 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대1주택은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제154조 제1항에서 1세대를 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 세대로 규정하고 있다.

(4) 위 사실관계와 관련 법령을 종합하여 보면, 「소득세법」의 1세대1주택 비과세 및 장기보유특별공제 특례규정의 입법취지는 거주자의 주거안정을 위한 국가정책적 목적을 세제측면에서 지원하기 위한 것으로 보이는 점, 「소득세법」 제95조 제2항 단서는 장기보유특별공제액의 적용에 있어 “대통령령으로 정하는 1세대1주택”에 해당하는 경우 「표2」의 공제율을 적용하도록 하고 있는바, 여기서 ‘1세대’는 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대”를 의미하므로 청구인이 1주택인 쟁점주택을 소유하다가 양도하였다 하더라도 양도당시 비거주자인 이상, 쟁점주택은 「소득세법」 제95조 제2항 단서 규정상 1세대1주택에 해당하지 아니하여 같은 항 본문 「표1」의 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2012서1340, 2012.6.22. 등 다수 참고).

따라서, 처분청에서 「소득세법」 제95조 제2항 단서에 따른 「표2」의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.