가. 청구인은 “OOO개발”이라는 상호로 부동산업을 영위하는 사업자로, 2011.6.30. OOO건설 주식회사(이하 “OOO건설”이라 한다)로부터 공급가액 OOO원의 OOO 숙박시설 신축공사 용역을 제공받고, 공급자인 OOO건설은 2011.6.30.을 작성일자로 하여 2011.7.15. 전자세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급하여 국세청장에게 전송하였으며, 청구인은 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받았다.

나. 처분청은 쟁점세금계산서가 과세기간을 경과하여 지연수취한 세금계산서에 해당한다고 보아 관련 매입세액 OOO원을 불공제하여 2012.7.11. 청구인에게 2011년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구인은 2011년 제1기분 부가가치세 신고시 쟁점금액을 신고하여 환급조사시 모든 증빙서류를 제출하여 정상적으로 환급을 받았으며, 숙박시설 신축에 따른 공사비는 2011.6.30.까지 대금결제를 이행한 정상적인 거래이고, 전자세금계산서는 공급자가 발행하는 행위로서 공급받는 자의 입장에서는 아무런 권한이 없는 데에도 불구하고 공급자가 발급을 지연하였다는 사실만으로 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「부가가치세법」 제16조 제2항에 ‘법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 전자적인 방법으로 세금계산서를 발급하여야 하고, 전자세금계산서를 발급하였을 경우에는 대통령령으로 정하는 기간까지 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다’고 규정되어 있고, 같은 법 제17조 제2항 제2호 및 같은 법 시행령 제60조 제2항 제3호에서 ‘공급시기가 속하는 과세기간까지 전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우 공급받는 자는 매입세액을 불공제한다’고 규정되어 있으므로, OOO건설이 과세기간 후에 발급하여 청구인에게 교부한 쟁점금액의 매입세액 불공제한 당초 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

전자세금계산서를 지연하여 발급·교부하였다고 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 제출된 증빙 등에 의하면, 청구인에게 숙박시설 신축공사 용역을 제공한 OOO건설은 아래 ＜표＞와 같은 쟁점세금계산서를 국세청장에게 전송하였고, 처분청은 OOO건설의 자료소명 결과 지연발급으로 보아 OOO건설에 대하여 세금계산서 지연발급 가산세를 부과하였으며, 매입자인 청구인에게 매입세액을 불공제한 것으로 나타난다.

＜표＞ 전자세금계산서 전송내역

(2) 청구인은 쟁점세금계산서의 발급에 아무런 권한이 없는 데에도 불구하고 공급자가 발급을 지연하였다는 사실만으로 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 주장하면서, OOO건설(대표이사 이OOO)이 발행한 지연발급사유서(2012.10.29.) 등을 제출하였다.

(3) 「부가가치세법」 제17조 제2항 제2호 및 같은 법 시행령 제60조 제2항 제3호에서는 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 공제하지 아니하되, 다만 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우에는 예외로 정하고 있다.

(4) 살피건대, 「부가가치세법」 제17조 제2항 제2호 본문의 해석상 매입세액의 공제가 부인되는 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 작성연월일이 사실과 다르게 기재된 경우라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 같은 법 시행령 제60조 제2항 제2호 및 제3호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 보아야 할 것인바, 이는 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행·교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있고, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이라 할 것이므로, 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 「부가가치세법」 제17조 제2항 제2호 본문 소정의 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제대상에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단된다(조심2012중672, 2012.3.29. 참고). 따라서, 쟁점세금계산서의 경우 건설용역의 거래시기(작성일자)가 2011.6.30.이고, 교부일(발급·전송일)이 2011.7.15.인바, 공급시기가 속하는 과세기간(2011.6.30.) 이후에 작성·교부된 세금계산서인 이상, 당해 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없으므로 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.