가. 청구법인(변경전 법인명은 OOO OOO이다)은 2002～2004사업연도 법인세 신고시 외국납부세액을 「법인세법」 제57조 제1항 제2호에 따른 손금산입 방식으로 신고하였으나, 2008.11.10. 2002사업연도 법인세의 수정신고를 통하여 이를 「법인세법」 제57조 제1항 제1호에 따른 세액공제 방식으로 변경하였고, 같은 날 위 수정신고에 따라 발생한 2002사업연도 귀속 외국법인세액 이월액을 2005사업연도에 공제하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 당초 위 경정청구를 받아들여 2008.12.24. 2005사업연도 법인세 OOO원을 환급하였다가, 청구법인의 수정신고는 2002사업연도 법인세의 5년의 부과제척기간 종료일인 2008.3.31.을 경과한 이후에 이루어진 것이어서 그 효력을 인정하기 어렵다는 2010년 12월의 감사원 시정요구에 따라, 2011.1.11. 청구법인에게 2005사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「국세기본법」상 수정신고는 결정 또는 경정 통지 전까지 언제든 가능한 것으로 부과제척기간이 경과 여부와 무관하게 2002사업연도에 대한 법인세 수정신고는 아무런 하자가 없으며, 이를 바탕으로 한 2005사업연도의 경정청구는 적법한 것이므로, 이 건 과세처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

과세관청은 부과제척기간이 경과하면 새로운 결정이나 증액 및 감액경정을 할 수 없으므로(대법원 2002.9.24. 선고 2000두6657 판결 참조), 수정신고 또한 부과제척기간 내에 하여야만 법적 효력이 있는 것인 바, 청구법인이 2002사업연도 법인세의 수정신고 결과에 따라 발생하는 외국법인세액 이월공제액(OOO원)은 수정신고일 현재 부과제척기간이 경과하여 효력을 인정하기 어려우므로, 위 공제금액이 존재함을 전제로 한 경정청구 또한 받아들이기 어려워, 이를 재차 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

외국법인세액에 관하여 손금산입 방식에서 세액공제 방식으로 변경하는 부과제척기간 경과 후의 수정신고를 통하여 발생한, 경정청구대상 이전 사업연도의 외국법인세액 이월액을 경정청구대상 사업연도의 법인세액에서 공제받을 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)

제57조【외국납부세액공제 등】① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령이 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 “외국법인세액”이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 때에는 제21조 제1호의 규정에 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

1. 제55조의 규정에 의하여 산출한 당해 사업연도의 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에국외원천소득이 당해 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(「조세특례제한법」 기타 법률에 의하여 면제 또는 세액감면을 적용받는 경우에는 대통령령이 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서 “공제한도”라 한다)로 외국법인세액을 당해 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법

2. 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입하는 방법

②외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위안에서 이를 공제받을 수 있다.

(2) 국세기본법(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것)

제45조【수정신고】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자( 「소득세법」 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2.과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 감사원시정요구검토서, 국세통합전산망(TIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 청구법인은 아래 <표>와 같이 수정신고로 외국납부세액 공제를 손금산입 방식에서 세액공제 방식으로 변경하면서, 그에 따른 외국법인세액 이월액을 2005사업연도에 공제하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 당초 이를 받아들여 법인세를 환급하였다가, 다시 이 건 부과처분(추징)을 한 것으로 나타난다.

(2) 살피건대, 처분청은 2002～2004사업연도에 청구법인이 납부한(발생) 외국법인세액은 해당 사업연도의 부과제척기간이 지나 수정신고 대상이 아니므로, 동 수정신고를 전제로 한 2005사업연도의 경정청구는 받아들이기 어렵다는 의견이나,

「국세기본법」(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것으로, 2002년 이후 동 개정시까지 조문의 내용은 크게 차이가 없다) 제45조 제1항 제2호는 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과하는 경우 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있도록 규정하고 있어, 국세부과의 제척기간이 만료된 후라도 관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지는 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고가 가능한 것(기획재정부 조세정책과-386, 2011.3.30., 같은 뜻임)이므로, 청구법인이 2002～2004사업연도에 납부(발생)한 외국납부세액 공제를 손금산입 방식에서 세액공제 방식으로 변경하는 수정신고서를 제출한 것은 관련 법령에 따른 적법한 수정신고로 판단되며,

세액공제 방식을 적용할 경우 당초 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고할 과세표준 및 세액을 초과하는 2005사업연도에 대하여는 경정청구대상 사업연도의 법정신고기한인 2006.3.31.의 익일부터 3년 이내인 2008.11.10.에 청구법인이 경정청구를 제기하여 「국세기본법」 제45조의2에 따른 적법한 경정청구를 한 것이고, 그렇다면 「법인세법」 제57조 제2항에 따라 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위내에서 이를 공제할 수 있는 것이므로,

결국, 청구법인은 2002사업연도부터 2004사업연도까지 당초 손금에 산입하였던 외국법인세액을 익금산입하는 수정신고를 통하여 당초 손금산입 방식에서 세액공제 방식으로 변경한 이상, 2002～2004사업연도의 법인세액에서 공제되지 아니한 외국법인세액은 2005사업연도의 공제한도 범위 안에서 공제하는 것이 타당함에도, 처분청이 이를 부인하고 과세한 처분(처분청은 당초 청구법인의 경정청구를 받아들여 관련 세액을 환급하였다가, 이후 이를 부인하여 이 건 과세처분을 하였다)은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2011서1833, 2013.1.30., 조세심판관 합동회의, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.