가.청구법인은 2006.12.6.부터 OOOOOOO OOO OOOO OOOOOO에서 지중열 냉·난방 설비 건설업을 주업종으로 하고, 냉난방제품·농산물건조기 도소매업을 부업종으로 하는 법인으로, 2010년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중 축산농가에 공급가액 680,000,000원(이하 “쟁점매출액”이라 한다)에 해당하는 난방시스템 설치공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 하고 쟁점매출액 관련 세액을 영세율로 하여 부가가치세 신고를 하였다.

나.처분청은 쟁점매출액 관련 세액이 영세율 적용대상이 아니라고 보아 2011.1.14.청구법인에게 2010년 제1기 66,606,170원, 제2기 12,432,420원, 합계79,038,590원의 부가가치세를 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.23.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「조세특례제한법」제105조 제1항 제5호는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급하는 농업용·축산업용 또는 임업용 기자재에 대하여 부가가치세를 면제함으로써 생산원가를 절감하여 농가의 경쟁력 강화하기 위한 것인바, 쟁점공사과정 중 지하굴착공사는 지하열을 이용하여 냉·난방을 가능케 하는 동 난방기의 공급에 필수적으로 부수하여 제공하는 설치용역에 해당하므로, 쟁점공사 전체를 농업용 난방기의 공급으로 보아 영세율을 적용하여야 함에도, 처분청이 쟁점공사를 용역의 공급으로 보아 영세율 적용을 배제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 건설업 면허를 보유하고 있고, 사업자등록상 주업종이 냉난방설비 건설업인 법인으로, 농업용 난방기 기자재를 직접 구매한 후 동 기자재를 사용하여 설치공사를 시공하여 주고 그 대가를 일괄하여 지급받아온 것은 농업용 난방기 기자재 공급이 아니고 용역의 공급이므로, 처분청이 쟁점공사에 대하여 영세율 적용을 배제하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매출액에 대하여 영세율을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제105조【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용하고, 제5호 및 제6호는 2011년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다.

5. 대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(「농업협동조합법」·「엽연초생산협동조합법」또는「산림조합법」에 의하여 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는농업용·축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각목의 1에 해당하는것

다. 농촌인력의 부족을 보완하고 농업의 생산성향상에 기여할 수 있는 농업용기계로서 대통령령이 정하는 것

(2) 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정 제3조【영세율 적용대상 농·축산·어업용 기자재의 범위】③ 법 제105조 제1항 제5호 다목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 별표 1의 농업기계를 말한다.

[별표1] 영세율이 적용되는 농업기계

17. 농업용 난방기

(3) 부가가치세법 제1조【과세대상】② 제1항에서 "재화"란 재산 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

③ 제1항에서 "용역"이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무 및 그 밖의 행위를 말한다.

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수(附隨)되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1)쟁점공사는 히트펌프, 지열교환기, 온수배관 및 닥트, 송풍기 휀모터 등을 설치하여 일정한 온도(16～18℃)의 지하공기 및 대기 중의 공기 열을 사용하여 냉·난방을 함으로써 50～80% 정도의 에너지 절감을 이룰 수 있는 난방시스템 설치공사로 공정순서와 공사별 견적내역은 아래와 같다.

<쟁점공사 공정순서>

<쟁점공사 견적내역>

(OO O OO)

(2)청구인은 2010년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중 축산농가 26개소에 난방시스템 설치 공사를 하고, 쟁점매출액 관련 세액을 영세율로 하여 부가가치세 신고를 하였으나,처분청은 쟁점매출액 관련 세액이 영세율 적용대상이 아니라고 보아, 2011.1.5.청구법인에게 2010년 제1기 66,606,170원, 제2기 12,432,420원, 합계79,038,590원의 부가가치세를 경정·고지하였다.

<부가가치세 신고 및 과세 내역>

(OO O OO)

(3)청구법인은제주특별자치도의 2010년 축산사업추진계획,국세청 질의회신문,농림수산식품부 질의회신문 등을 제출하였다.

(가)제주특별자치도의 2010년 축산사업추진계획에는 제주특별자치도가 지중열이용 축산시설 현대화를 위하여 아래와 같이 제주특별자치도 내 29개소에 (개소당 2,700만원～3,000만원) 8억원의 축산사업 추진계획을 수립한 것으로 나타난다.

<제주특별자치도 축산사업 추진 내역>

(OO O OO)

(나)청구법인이 제출한 청구법인의 질의서, 국세청 질의회신문(부가가치세과-1347, 2009.9.22 및 부가가치세과-1870, 2009.12.23.)에 의하면, 청구법인은 2009.9.18. 국세청장에게 쟁점공사가 영세율 적용대상인지 질의한바, 국세청장은 2009.9.22. ‘OOOOOO’가「농업기계화촉진법」에서 규정하는 농업기계에 해당하는지 여부를 소관부처인 농림수산식품부장관에 문의하여, 그 회신을 첨부하여 재질의하라고 회신하였고, 2009.12.7. 청구인이 2009.10.18.자 농림수산식품부장관의 질의회신문을 첨부하여 국세청장에게 재질의하자, 2009.12.23. 국세청장은 청구법인이 전문공사 등 용역공급에 해당하는지 여부에 대하여 사실관계를 보완하여 재질의하라고 회신한 것으로 되어 있다.

(다)농림수산식품부 질의회신문(농산경영과-2136, 2009.10.18.)에 의하면 청구법인이 질의한 OOOOOO 등은 「농업기계화촉진법」제2조 제1호 다목의 “농림축산물 생산시설의 환경제어와 자동화에 사용되는 기계·설비 및 그 부속기자재”에 포함되므로 농업기계에 해당된다고 되어 있으나, 농림수산식품부에 질의한 질의서에는 청구법인이 비닐하우스 시설재배(감귤, 화훼 등) 농가 등에 지중열 난방시스템의 설치 및 공급을 주업으로 하는 업체이고, 지중열 난방시스템은 사계절 저온의 채소를 재배할 경우 주로 설치 사용하는 시스템이라고 되어 있다.

(라) 그 외 청구법인은 공사도급표준계약서, 견적서, 준공사진 등을 제출하였다.

(4)위 사실관계와 관계법령 등을 종합하여 보건대, 청구법인은 쟁점공사 전체를 농업용 난방기의 공급으로 보아 영세율을 적용하여야 한다고주장하나, 농림수산식품부장관이 쟁점공사가 농업기계에 해당한다고 회신한 것은 쟁점공사가 농업용인 경우를 전제로 한 것인 점,쟁점공사는 제주특별자치도의 축산사업 추진계획에 따라 축산시설 현대화를 위한 것으로 농업용이 아닌 축산용으로 보이는 점, 영세율이 적용되는 축산용 기자재에 축산용 난방기는 포함되어 있지 않은점 등을 감안할 때, 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

따라서,쟁점공사에 대하여 영세율 적용을 배제하여 청구법인에게부가가치세를 과세한 처분청의 처분에는잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.