청구인은 광주광역시 동구 OO동 OOOOOOOO에 건물(1,126.02㎡)을 신축하여 부동산임대업을 영위하면서 94.3.18 일반과세자로 사업자등록을 한 후 94년 제1기 확정신고부터 94년 제2기 확정신고까지 건물신축등에 따른 부가가치세매입세액 33,034,620원을 부가가치세 신고시 환급받았다.

처분청은 청구인이 사업을 개시한 후의 최초과세기간인 94년 제2기 과세기간의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 3,600만원에 미달함에도 청구인이 과세특례포기신청을 법정기한인 95.6.20까지 하지 아니하여 95년 제2기부터 과세특례자로 과세유형이 전환된 것으로 보아 당해 변경일 현재의 감가상각자산에 대한 재고납부세액을 계산하여 96.6.16 청구인에게 95년 제2기분 부가가치세 25,394,210원을 부과하였다.

청구인은 이에 불복하여 96.7.2 심사청구를 거쳐 96.8.29 이건 심판청구를 하였다.

2. 청구인주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

(1) 부동산임대업에 대한 과세특례 적용배제 조항이 93.12.31 부가가치세법 시행령 제74조 제2항 제5호 및 같은 법 시행규칙 제23조의 2 제3항으로 신설되었으며 그 적용시기는 94.7.1 이후로 하였으며, 그 범위는 국세청장이 정하는 규모이상의 사업장으로 한정하였다. 이에 국세청장은 94.6.29 국세청고시 1994-36호로 원천적으로 과세특례적용을 배제한는 기준 및 사업자등록시에 과세특례적용을 배제하는 기준을 과세특례적용을 배제하는 기준 및 사업자등록시에 과세특례적용을 배제하는 기준을 정하여 관보에 게재하였으며, 다음해인 95.7.1 국세청고시 제1995-23호로 사업자등록신청에 과세특례적용을 배제하는 기준( 부가가치세법 시행령 제74조 제5항 관련)을 개정하면서 원천적으로 과세특례를 배제하는 기준( 부가가치세법 시행령 제74조 제2항 제5호 관련)을 폐지하였다.

(2) 청구인의 경우는 94.7.1 이전에 사업자등록을 한 계속사업자로서 부가가치세법 시행령 제74조 제2항 제5호, 같은 법 시행규칙 제23조의2 제3항, 국세청고시 제1994-36호에 따라 95.6.30 까지는 과세특례를 적용받을 수 없는 사업자에 해당되므로 과세특례포기신고의 법정기한인 95.6.20 까지 과세특례포기 신고를 할 수 없는 것이다.

따라서 과세특례포기신청 법정기한일인 95.6.20 까지 과세특례포기신청을 하지 아니하였다고 하여 과세특례로 유형을 전환하여 재고납부세액을 부과한 처분은 부당하다.

나. 국세청장의 의견

(1) 청구인은 과세특례자로 사업자등록을 하였으나 부가가치세법 제25조 소정의 과세특례자의 기준에 해당되는 개인사업자가 된 경우에 일반과세자로 적용받기 위하여는 부가가치세법 제30조 제2항, 같은 법 시행령 제78조 제1항의 규정에 의한 과세특례포기신고서를 관할세무서장에게 제출하여야 하며, 위 포기신고서를 제출하지 아니한 경우에는 같은 법 시행령 제74조의 2 제1항에 규정한 시기에 당연히 과세유형이 과세특례를 적용받는 사업자로 전환되는 것이므로 이 건의 경우 과세특례전환일 10일전인 95.6.20까지 과세특례포기신고서를 제출하여야 함에도 청구인은 법정기한 경과 후인 95.7.3에 제출하였으므로 과세특례자로 보아 재고납부세액을 계산하여 과세함은 정당하다.

(2) 청구인은 부동산임대업중 국세청장이 정하는 규모이상이면 과세특례적용을 배제하도록 규정한 국세청고시 제1994-36호(94.6.29)와 국세청고시 제1995-23호(95.7.1)를 들어 이 건 과세는 부당하다고 주장하고 있으나, 동 국세청고시는 신규사업자 등록신청시 과세특례자로 등록할 수 없는 업종의 규모를 정하고 있는 것으로서 이 건의 경우와 같이 기존사업자인 경우에는 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구는 94.3.18 일반과세자로 사업자등록을 하고 부동산 임대업을 영위하는 청구인에게 95년 제2기부터 과세특례자로 과세유형이 전환된 것으로 보아 재고납부세액을 부과한 것이 정당한지 여부를 가리는데 그 다툼이 있다.

나. 관계법령

(1) 부가가치세법 제25조에서 ① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 “공급대가”라 한다)가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고, 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 사업은 제외한다.

② 직전년 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일로부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다. 고 규정하고 있으며,

같은법 제30조 제1항에서 과세특례자는 이 장의 규정에 불구하고 제4장 내지 제6장의 규정을 적용받을 수 있다 고 규정하고 있고,

같은조 제2항에서 제1항의 적용을 받고자 하는 자는 그 적용받고자 하는 과세기간개시 10일전에 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 신고하여야 한다 고 규정하고 있다.

(2) 부가가치세법 시행령 제74조 제1항·제2항 및 제5항에서 ① 개인사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다.

1. 대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해공급대가의 합계액이 3,600만원에 미달하는 때

② 법 제25조 제1항 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 사업은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

5. 부동산임대업으로서 총리령으로 정하는 것

⑤ 신규로 사업을 개시하는 개인사업자가 법 제25조 제3항의 규정에 의한 신고를 한 경우에 당해 사업자의 사업장 소재지역·사업의 종류·규모 등을 감안하여 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 때에는 과세특례를 적용하지 아니한다 고 규정하고 있으며,

부가가치세법 시행령 부칙(93.12.31 대통령령이 제14081호) 제1조에서 제74조 제2항 제5호의 개정규정은 94.7.1부터 시행한다 고 규정하고 있다.

(3) 부가가치세법 시행령 제74조의 4 제3항에서 일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해사업자는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “재고납부세액” 이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다. 고 규정하고 있으며,

같은 법 시행규칙 제23조의 2 제3항에서 영 제74조 제2항 제5호에서 “총리령이 정하는 것” 이라 함은 특별시 및 직할시 지역에 소재하는 부동산임대사업장을 영위하는 사업으로서 국세청장이 정하는 규모이상의 사업을 말하다 고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

(1) 개인사업자에 대하여 과세특례적용을 배제하는 경우 2가지 유형이 있는 바,

첫째는 신규로 사업을 개시하는 자가 사업자등록을 신청하는 경우에 부가가치세법 제25조 제4항 및 같은 법 시행령 제74조 제5항의 규정에 의하여 과세특례적용을 배제하는 경우로서 사업자 등록신청을 하는 신규사업자에게만 적용되고 계속사업자에게는 적용되지 아니한다.

둘째는 부가가치세법 제25조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제74조 제2항의 규정에 의한 경우로서, 신규로 사업자등록을 신청하는 개인사업자인지 또는 계속사업자인지에 불구하고 원천적으로 과세특례적용을 배제하는 경우이다.

(2) 부동산임대업이 원천적으로 과세특례적용을 배제하는 업종에 해당되는 지에 대하여

첫째, 부동산임대업에 대하여는 부가가치세법 제74조 제2항 제5호 및 같은 법 시행규칙 제23조의 2 제3항에서 국세청장이 정하는 규모이상의 사업에 대하여는 과세특례적용을 원천적으로 배제하도록 되어 있으나, 국세청장은 국세청고시 제1994-36호(94.6.29 관보게재)에 의하여 그 시행일을 94.7.1로 하여 신규사업자에 대한 배제기준 및 원천적 배제기준을 고시하였다가 원천적 배제기준에 대하여 94.7.1 관보게재 내용을 정정하여 관련내용을 삭제하였으므로 실제로는 심리일 현재까지 시행한 사실이 없음이 확인된다.

둘째, 청구인이 국세청고시 제1994호-36호(94.6.29 관보게재)에 의한 부동산임대업의 과세특례 원천적 배제기준이 시행되고 있는 것으로 오인하여 95.6.20까지 과세특례의 포기신고를 하지 아니하여도 된다는 청구인의 주장은 타당성이 없어 보인다.

(3) 부동산임대업에 대하여는 심리일 현재까지 과세특례적용을 원천적으로 배제하는 규정이 시행되지 아니하고 있고, 부동산임대사업자인 청구인이 과세특례포기신고 법정기한인 95.6.20까지 과세특례포기를 하지 아니한 사실이 인정된다.

따라서, 청구인은 95.7.1부터 과세특례자로 유형이 전환되어 재고납부세액을 가산하여 납부하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였으므로, 처분청에서 당행 유형전환 변경일 현재의 감가상각자산에 대한 재고납부세액을 계산하여 결정고지한 처분을 정당하다고 판단된다.

라. 결론

따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.