가. 청구인은 OOO까지 OOO에서 OOO이라는 상호로 비철금속 도·소매업을 운영하였던 사업자로 2013년 제1기 부가가치세 과세기간에 아래 <표1>과 같이 주식회사 OOO(대표이사 : OOO, 이하 “OOO”이라 한다)로부터 비철금속 조인듐 총 89.2㎏을 매입하고 이에 상당하는 공급가액 합계 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 세금계산서 3매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 쟁점금액을 필요경비에 산입하여 2013년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.

<표1> 쟁점세금계산서 관련 거래 내역

나. OOO세무서장은 OOO이 자료상이라는 OOO세무서장의 조사결과에 따라 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 후 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점금액을 필요경비 불산입하여 OOO 청구인에게 2013년 귀속 종합소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 제기하였으나, 처분청은 OOO 이의신청을 기각하였고, 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청이 제출한 우편 접수증에도 청구인이 OOO 등기우편으로 심판청구서를 발송한 것이 명확히 확인되므로 이 건 심판청구가 OOO에 제기되어 심판청구기간을 도과하였다는 처분청의 의견은 타당하지 아니하다.

(2) 청구인의 실제 거래상대방은 미등록사업자인 OOO였으나, 세금계산서를 발급할 수 없었던 OOO가 OOO 명의의 쟁점세금계산서를 청구인에게 교부하였고, 청구인은 OOO 법인 계좌로 대금을 입금한 것인바, 쟁점세금계산서 관련 정산서, 인수증, 금융거래 내역 등의 증빙이 실물거래가 있었음을 보여주는 점, 이 건 조인듐은 청구인이 OOO로부터 매입하여 그 제품을 그대로 최종 가공업체들인 매출처OOO에 공급한 것으로서 쟁점세금계산서의 매입수량과 작성시기가 매출처에 발급한 세금계산서와 대응되는 점, 녹취록에 따르면 OOO가 실제 조인듐을 청구인에게 납품하였다고 인정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점금액을 가공비용으로 보아 종합소득세를 과세한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 등기수령확인증에 의하면, 청구인이 OOO 심판청구를 제기한 것으로 확인되는바, 이의신청 결정서 수령일인 OOO 이후 91일이 지나 심판청구를 제기하였으므로 이 건 심판청구는 부적법하다.

(2) 청구인은 일부 금융거래내역만을 제출하며 OOO로부터의 매입에 대응하는 매출거래가 있다고 주장하나, 청구인은 OOO과의 매입 외에 다수의 매입처에서 비철금속을 구입한 사실이 있고, 청구인의 매출처도 다수 존재하는 상황에서 OOO로부터 구입한 상품이 동일 중량 그대로 토리컴과 유라시아메탈에 판매되었다는 청구인의 주장은 설득력이 부족한 점, OOO와의 실거래내역을 확인할 수 있는 수불부, 검수증, 계근표(단가·순도·중량·매매금액) 등이 제출되지 아니한 점, 쟁점금액을 필요경비로 인정하면 청구인의 매출총이익률이 -3.5%가 되는 반면, 필요경비를 부인하면 6.1%가 되어 동종 업종 평균인 16.9%와 그나마 가까워 지는 점, 녹취록에 따르면 청구인이 실거래자였다고 주장하는 OOO는 조인듐의 물량도 정확히 알지 못하는 등 실거래가 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점금액을 가공비용으로 보아 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 조세심판 청구기간을 도과하였는지 여부

② 쟁점금액을 가공비용으로 보아 종합소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제5조의2[우편신고 및 전자신고] ① 우편으로 과세표준신고서, 과세표준수정신고서, 경정청구서 또는 과세표준신고·과세표준수정신고·경정청구와 관련된 서류를 제출한 경우 「우편법」에 따른 통신날짜도장이 찍힌 날(통신날짜도장이 찍히지 아니하였거나 분명하지 아니한 경우에는 통상 걸리는 우송일수를 기준으로 발송한 날로 인정되는 날)에 신고된 것으로 본다.

제61조[청구기간] ② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다.(단서 생략)

③ 제1항과 제2항 본문의 기한까지 우편으로 제출(제5조의2에서 정한 날을 기준으로 한다)한 심사청구서가 청구기간을 지나서 도달한 경우에는 그 기간의 만료일에 적법한 청구를 한 것으로 본다.

제68조[청구기간] ② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항을 준용한다.

제81조[심사청구에 관한 규정의 준용] 심판청구에 관하여는 제61조 제3항·제4항, 제63조, 제65조(괄호 생략) 및 제65조의2를 준용한다.(후문 생략)

(2) 소득세법 제27조[필요경비의 계산] ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

(3) 소득세법 시행령 제55조[사업소득의 필요경비의 계산] ① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용 외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①과 관련하여, 처분청이 제출한 심판청구서 등기수령확인증에는 처분청 납세자보호담당관의 수령일자가 OOO로 기재되어 있으나, 청구인이 제출한 심판청구서 등기우편물 영수증과 처분청이 제출한 심판청구서 우편봉투에는 청구인의 등기우편 접수일자가 모두 2016.11.23.로 기재되어 있다.

(2) 쟁점②와 관련하여 제출된 증빙은 다음과 같다.

(가) 쟁점세금계산서와 관련된 청구인 통장의 입·출금 내역은 아래 <표2>와 같고, 청구인은 OOO로부터 받은 조인듐에 수수료를 더하여 유라시아메탈과 토리컴에 납품하였다는 의견이다.

<표2> 청구인 통장의 입·출금 내역

(나) OOO가 작성한 청구인의 남편 OOO과 OOO의 통화녹취록OOO의 주요내용은 아래와 같다.

(다) 쟁점금액과 관련하여 아래 <표3>과 같이 3건의 거래에 대한 매출·매입세금계산서가 제출되었다.

<표3> 쟁점금액과 관련된 매입·매출거래 내역

청구인은 OOO 매출거래는 OOO으로부터의 매입분OOO과 합하여 OOO에 조인듐을 매출한 것이라는 의견이고, 이 중 OOO 매출거래와 관련하여 각각 인수증과 정산서가 제출되었다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제5조의2 제1항에서 우편으로 서류를 제출한 경우 「우편법」에 따른 통신날짜 도장이 찍힌 날에 신고된 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제61조 제2항, 제3항 및 제68조, 제81조에서 이의신청을 거친 후 심판청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 하고, 그 기간까지 우편으로 제출한 심판청구서가 청구기간을 지나서 도달한 경우에는 그 기간의 만료일에 적법한 청구를 한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 이 건에서 청구인이OOO에 이의신청 결정의 통지를 받은 사실에 대해서는 다툼이 없고, 처분청이 제출한 심판청구서 우편봉투의 등기 소인에 의해서도 청구인이 OOO에 심판청구서를 우편으로 제출한 사실이 확인되므로, 이의신청 결정의 통지를 받은 날부터 89일이 지나 제기된 이 건 심판청구를 부적법하다고 보기는 어려운 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 OOO로부터 매입한 거래에 대해서는 세금계산서와 금융증빙 외에 아무런 실물증빙을 제시하지 못하고 있고, 그에 대응하는 매출거래와 관련하여 일부 인수증과 정산서를 제출하기는 하였으나, 쟁점세금계산서 관련 계량증명서, 사업장 사진 등이 확인되지 아니하므로 제출된 증빙만으로 매출거래가 있었다고 단정하기도 어려운 점 등에 비추어 볼 때 쟁점금액을 가공비용으로 보아 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분청의 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.