다.

청구인은 서울특별시 동작구 OOO동 OOOOOO 대지 95㎡중 92㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1989.9.1 매매를 원인으로, 나머지 3㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다)는 1996.12.23 매매를 원인으로 1996.12.28 청구외 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에게 소유권이전등기를 하였으나 이에 대한 양도소득세는 신고·납부하지 아니하였다.

처분청은 쟁점토지의 양도시기를 소유권이전등기 접수일인 1996.12.28로 보고 기준시가로 양도차익을 산정하여 1999.4.1 청구인에게 1996년 귀속 양도소득세 65,496,200원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1999.4.26 심사청구를 거쳐 1999.7.14 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지는 1989.9.1자 매매계약에 의하여 1989.9.10 매매잔금이 청산되었으므로 1989.9.10이 양도시기이고, 그렇다면 이 건 처분은 부과제척기간이 만료(1995.5.31)된 이후의 처분이므로 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견

쟁점토지의 양도계약서에는 면적이 25평(82.65㎡)으로 기재되어 있으나 등기 이전된 면적은 92㎡로 양도면적이 서로 다르고, 분할과 지목변경 등을 조건으로 하는 조건부양도인 경우는 당해 조건이 성취되었을 때에 잔금을 청산하는 것이 일반적인 부동산거래관행임에도 이 건의 경우는 조건성취이전에 잔금을 청산했다는 것이며, 그 밖에 잔금청산 후 근저당설정등기나 매매예약에 의한 가등기설정 등의 소유권 보전조치가 전혀 없는 사실 등에 비추어 소유권이전등기 6년전에 잔금을 청산한 것으로 기재되어 있는 양도계약서와 영수증은 거래사실에 입각하여 작성된 계약서라고 인정하기 어려워 실지 양도시기가 불분명한 것으로 보아 등기접수일을 양도시기로하여 양도소득세를 과세한 당초처분에 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 청구인이 주장하는 쟁점토지에 대한 잔금청산일의 신빙성 유무를 가리는데 있다.

나. 관련법령

소득세법 제27조(1982.12.21 개정된 것)【양도 또는 취득의 시기】는 『자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다』고 규정하고 있고,

같은법시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】제1항은 『법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.

2. (이하 생략)』고 규정하고 있다.

한편 국세기본법 제26조의 2(1984.2.7 신설된 것)【국세부과의 제척기간】제1항은 『국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.

1. 소득세·법인세·토지초과이득세·상속세·증여세·재평가세·부당이득세·부가가치세·방위세(생략) 및 교육세(생략)는 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년간

2. (생략)』이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1970.5.29 서울특별시 동작구 OOO동 OOOOO 답2,440㎡를 취득하여 소유권이전등기를 마친후 1975.3.17 위 토지를 같은 동 OOOOO 답 810㎡, OOOOO 답 116㎡, OOOOO 답 331㎡ 및 OOOOO 답 1,183㎡로 분할한 다음, 위 OOOOO 답 1,183㎡를 제외한 나머지 토지는 대지로 지목을 변경하여 각 지상에 건물을 건축한 후, 위 OOOOO의 토지를 1978.12.29 청구외 OOO에게 양도하였고, OOO은 1985.2.21 이를 청구외 OOO에게, OOO은 1989.9.1 OOO에게 순차적으로 양도하였다. 위 OOOOO 토지에 대하여는 공부상의 지목을 변경하지 아니한 채 콘크리트 포장을 하여 주차시설을 갖추고 청구인이 1989.1.19 동작구청장에게 민영노외주차장 설치신고를 한 이래 현재까지 유료주차장업을 운영하고 있음이 청구인이 제시한 판결문 등에 의하여 확인된다.

한편 청구인은 1977.12.28 위 OOOOO 토지위의 건물 증축시 경계를 넘어 연접한 청구인 소유의 같은 곳 OOOOO 토지 지하로 지하실을 축조하였고 이 지하실이 점유된 부분을 포함한 쟁점토지에 대하여 소유권변경등기를 하지 아니하고 보유하던중 1995.6.21 위 OOOOO 답 1,183㎡를 대지로 지목변경한 후 위 OOOOO 대지 810㎡, 위 OOOOO 대지 116㎡와 함께 OOOOO 2,109㎡로 합병등기를 하였으며 1996.12.26 쟁점토지 및 쟁점외토지 95㎡를 위 OOOOOOO 토지에서 OOOOOOOO로 분할하여 1996.12.28 위 OOOOO 부동산 매수자인 OOO에게 소유권이전등기한 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 소유권이전등기 접수일인 1996.12.28로 보아 1999.4.1 이 건 과세하였고, 이에 대하여 청구인은 1989.9.1 OOO과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하고 1989.9.10 매매잔금을 수령하였으므로 위 처분은 1990.6.1부터 기산하여 부과제척기간이 만료되는 1995.5.31 이후에 부과한 것으로 취소되어야 한다고 주장하며 그 입증자료로 매매계약서와 각서, 쟁점토지의 지목변경과 관련한 소송 판결문, 지목변경으로 개발부담금 등이 부과된 데 대한 소송 판결문 등을 제시하고 있어 이를 살펴본다.

(가) 청구인이 제시한 매매계약서에 의하면 청구인은 OOO에게 매매대금 100,000,000원중 계약금 20,000,000원은 1989.9.1, 잔금 80,000,000원은 1989.9.10에 수수하고 쟁점토지를 매매(단, 지목변경하여 분할등기해준다)하는 것으로 기재되어 있고, 청구인의 1989.9.10자 각서에는 쟁점토지의 지목을 “대지”로 변경한 후 위 OOOOO토지에서 분할하여 소유권이전 등기를 해주기로 약정되어 있으며 서울민사지방법원의 판결문(96가합56257,1996.10.18)에 의하면 청구인이 위 계약서의 내용을 민사소송법 제139조에 의하여 모두 자백한 것으로 보아 쟁점토지에 대하여 1989.9.1 매매를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행할 의무가 있다고 하고 있다.

(나) 이 건 관련 소송판결문에 의하면 청구인이 1992.3.28 토지형질변경행위허가신청을 한데 대하여 동작구청장은 신청토지면적의 20%이상 공공용지로 기부채납하지 않았음을 이유로 1992.4.15 이를 반려하였고 1993.11.24 서울고등법원(92구25016)은 「위 OOOOO 토지가 이미 대지화가 완료되어 토지의 형상의 변경이 따로 필요하지 않은 상태로서 동 토지의 일부가 기존도로에 접해있는 이상 굳이 이 사건 토지의 일부를 도로 등 공공용지로 확보하기 위하여 토지면적의 20%이상을 서울시에 기부채납할 공익상의 필요성이 있다고 단정하기 어려워 위 반려한 처분을 취소한다」라고 판결하였으며 이 판결이 1995.3.3 대법원(94누415)에서 확정됨으로서 1995.6.21 쟁점토지의 지목이 답에서 대지로 변경되었고, 이와 같은 지목이 변경에 따라 부과되는 취득세 등 12,304,850원과 개발부담금 621,054,270원은 1996.10.16 서울고등법원(96누855), 1997.10.14 대법원(97누2399)의 판결에 의하여 취소되었다.

(다) 쟁점토지와 쟁점외토지의 등기권리증에 의하면 등기원인일이 쟁점토지는 1989.9.1로, 쟁점외토지는 1996.12.23로 각각 상이한 바, 매수인 OOO은 위 1996.10.18자 승소판결에 의하여 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 하고자 하였으나 동작구청 지적과에서 쟁점토지의 경계선과 도로사이에 쟁점외토지가 끼어있어 쟁점토지만 분할하는데 문제가 있다고 함에 따라 쟁점외토지를 1996.12.23 추가로 매수하여 1996.12.28 쟁점토지와 쟁점외토지 95㎡를 OOOOOO로 분할하고 소유권이전등기를 하였다고 확인(사실확인서, 1999.4.20)하고 있다.

(3) 위의 사실관계를 종합하여 보면, 매매계약서 및 각서에 쟁점토지의 매매잔금청산일이 1989.9.10로 기재되어 있고, 이 잔금청산일로부터 약 7년3개월만에 소유권이전등기된 것은 당해 매매조건인 지목변경을 하는데 필연적으로 야기되는 형질변경신청과 관련한 소송제기, 형질변경으로 부과되는 개발부담금 등에 대한 소송제기, 매수인 OOO이 소유권이전등기가 너무 지연된다 하여 위 소송진행 중에 제기하였던 소유권이전등기이행청구의 승소판결(1996.10.18)에 의하여 소유권이전등기한 사실 등에 의하여 설득력이 있어 보이는 점, 매수인의 경우 토지의 분할이 가능한 상태에서 매매계약을 했다면 등기이전절차에 필요한 서류를 잔금지급시 수취함이 부동산거래의 일반적인 관행인데 이 건은 변호사에게 위임하여 소유권이전 등기 절차이행청구소에 의한 등기이전이 이루어졌고 매도인인 청구인의 경우 쟁점토지가 포함된 위 OOOOO토지의 지목변경목적이 동 토지가 현재도 주차장으로 사용되고 있어 쟁점토지 매도로 인한 분할목적 이외의 다른 특별한 사유를 찾을 수 없는 점을 감안할 때 쟁점토지의 매매는 최소한 청구인의 지목변경신청일(1992.3.28)이전에 이루어졌다고 보는 것이 합당한 점, 쟁점외토지의 등기원인일(1996.12.23)이 매수인 OOO의 소유권이전등기이행청구의 소판결일(1996.10.18)이후인데 반해 쟁점토지의 등기원인일은 그 이전인 점, OOO이 위 OOOOO 부동산을 OOO으로부터 취득할 당시인 1989.9.1 당해 건물의 지하실이 OOOOO토지의 경계를 넘어 건축되어 있어 그 경계를 넘은 지하실 점유토지가 포함된 청구인 소유의 쟁점토지도 동시에 취득할 필요가 있었을 것으로 추정되는 점, OOO이 1996.12월 쟁점토지를 소유권이전할 때에 지적분할의 필요상 부득이 쟁점외토지도 매수한 점 등을 종합하여 볼 때, 비록 10년이 지나 대금청산일에 관한 금융자료의 제시는 없으나 위에서 본 관련자료에 의하여 1989.9.1 OOO과 청구인간에 쟁점토지에 대한 매매계약이 체결되어 1989.9.10 매매대금이 청산되었다고 보여지므로 청구주장은 이유있는 것으로 인정된다.

그렇다면 이 건은 1989.9.10이 양도시기이므로 이의 부과제척기간은 당해 양도소득세 과세표준 신고기한의 익일인 1990.6.1부터 기산하여 1995.5.31에 만료된다 하겠고, 따라서 1999.4.1에 부과한 이 건 처분은 부과제척기간이 만료된 이후의 처분으로 취소되어야 할 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.