가. 청구인은 2003.5.30. 취득한 OOO를 2013.4.8. 양도하고 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제적용을 배제하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 청구인은 2015.5.21. 처분청에 쟁점토지를 취득한 후 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의하여 제1종 지구단위 계획구역으로 지정되어 토지의 사용이 제한되어 있어 비사업용으로 보지 아니하는 토지에 해당된다는 이유로 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세OOO의 환급을 요구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은쟁점토지에 대하여 2004.10.30. 개발행위허가의 제한이 해제되어 법령에 따라 사용이 금지 및 제한된 토지로 볼 수 없다는 이유로2015.7.6. 청구인에게경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2015.7.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2003.5.30. 쟁점토지를 취득한 후 2013.4.8. 양도하였으며, 쟁점토지가 소재한 지역은 2004.10.30. 제1종 지구단위계획구역 및 준주거지역으로 지정OOO된 사실이 있으며, 지구단위계획구역으로 지정된 토지는 법령에 의하여 제한된 것으로 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항 제1호의 규정에 따라 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당되지 아니하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부통지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

법원의 판례OOO에 의하면, 쟁점토지는 1999.4.20. OOO 토지구획정리지구로 결정·고시OOO되어 주거지역으로 편입되었고, 2003.6.20. OOO에 따라 폐지되었으며, 같은 날 OOO 지구단위계획구역으로 결정·고시된 이후 OOO구청장은 2003.7.5. OOO지구단위계획 결정·고시일까지 위 구역 내의 건축허가 제한을 공고OOO하였고, 2004.10.30. OOO지구단위계획 결정·고시OOO로 위 건축허가 제한이 해제된 사실이 나타난다.

「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제63조에 의하여 지구단위계획구역으로 지정된 지역에 대하여 1회에 한하여 3년 이내의 기간 동안 개발행위허가를 제한하고, 1회에 한하여 2년 이내의 기간 동안 개발행위허가의 제한을 연장할 수가 있는데 위 구역은 2003.7.5.부터 2004.10.30.까지 개발행위허가의 제한을 두고 있다.

따라서, 쟁점토지는 483일(2003.7.5.～2004.10.30.) 동안 법령에 따라제한을 둔 경우에 해당하여 비사업용 토지 기간에서 제외하여야 한다.

그렇다면, 제한된 기간이 483일이므로 쟁점토지 소유기간 3,601일 중 비사업용 토지에 해당하는 기간은 3,118일로 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하고, 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하며, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하여 「소득세법」제104조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제 168조의6 제1호에 따라 비사업용 토지에 해당되므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 비사업용 토지인지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제104조의3【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」제3조제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.(이하 생략)

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.(이하 생략)

제168조14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간(이하 생략)

(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제63조【개발행위허가의 제한】① 국토교통부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수는 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 지역으로서 도시ㆍ군관리계획상 특히 필요하다고 인정되는 지역에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 중앙도시계획위원회나 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐 한 차례만 3년 이내의 기간 동안 개발행위허가를 제한할 수 있다. 다만, 제3호부터 제5호까지에 해당하는 지역에 대해서는 중앙도시계획위원회나 지방도시계획위원회의 심의를 거치지 아니하고 한 차례만 2년 이내의 기간 동안 개발행위허가의 제한을 연장할 수 있다.(이하 생략)

4. 지구단위계획구역으로 지정된 지역(이하 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고 및 경정청구 내역은 다음 <표1>과 같으며, 처분청은 2004.10.30. OOO지구단위계획 결정·고시에 따라 개발행위허가의 제한이 해제되어 법령에 따라 사용이 금지 및 제한된 토지로 볼 수 없어 비사업용 토지에 해당한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 사실이 조사서에 나타난다.

OOO

(2) 쟁점토지는 OOO 토지구획정리지구에 포함된 토지이며, 처분청이 제시한 OOO에 의하면, “이 사건 토지의 지목은 답이고，원고가 위 토지를 매수하기 전까지는 농지로 사용되었으나，그 이후로는 농지로 사용되지 않은 사실, 이 사건 토지는 1999.4.20. OOO 토지구획정리지구로 결정·고시되었으나 위 사업은 시행인가를 받지 못한 상태에서 2003.6.20. 폐지된 사실，이 사건 토지는 같은 날 OOO지구단위계획구역으로 결정·고시됨에 따라 2003.7.5. OOO구청장의 건축허가 제한 공고에 따라 건축물의 신·증축 및 용도변경，공작물의 축조행위가 제한되었다가 2004.10.30. OOO지구단위계획 결정·고시에 따라 위 제한이 해제된 사실은 앞서 본 바와 같은바，위 인정사실에 의하면 OOO 토지구획정리사업은 시행인가를 받지 못한 상태에서 폐지되었으므로 구획정리사업시행 등의 공고일로부터 사업 시행에 장애가 될 토지의 형질변경，건축 등을 제한한다고 규정하였던 구 OOO 제39조 제1항이 적용되지 아니한다. 한편, OOO구청장의 2003.7.5.자 건축허가 제한 공고 외에는 그 밖에 원고가 이 사건 토지를 현황인 대지로 사용하는데 어떠한 법령상의 금지 또는 제한이 있었음을 인정할 아무런 증거가 없으므로，이 사건 토지에 관하여 건축허가가 제한되었던 기간인 483일(2003.7.5.～2004.10.29.)은 비사업용 토지 기간에서 제외하여야 한다”고 판시하고 있다.

처분청은 다음 <표2>와 같이 위 판결에 따라 쟁점토지가 위 기간을 제외하고도 「소득세법」제104조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제168조의6 제1호에서 정한 사업용 토지 기간요건을 충족하지 못한 것으로 본 사실이 조사서에 나타난다.

OOO

(3) 쟁점토지는 등기부등본 및 매매계약서상 지목은 답(농지)으로 되어 있으나, 청구인은 사실상 대지로 사용하였다고 주장하고 있으며, 2002.6.5.부터 현재까지건축자재 대여업체인 주식회사 OOO에게 임대한 사실이 국세청 전산자료에 나타난다.

청구인은 2003년부터 쟁점토지 양도일까지 주식회사 OOO에 근무하고 있는 회사원이면서 부동산임대업 등을 영위한 사업자로 농업에 종사하지 아니한 사실이 국세청 전산자료에 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점토지는 사실상 현황인 대지로 사용하는데 어떠한 법령상의 금지 또는 제한되었던 기간은 483일(2003.7.5.～2004.10.29.)로 「소득세법」제104조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제168조의6 제1호에서 정한 비사업용 토지로 보지 아니하는 기간요건을 충족하지 못하여 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 이 건 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.