가. 청구법인은 2016.12.13. 종합부동산세 과세기준일(2016.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건(종합합산과세대상토지 78개, 별도합산과세대상토지 7개)에 대하여 2016년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 신고․납부하였으나,

2018.9.13. 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항․제2항 규정(이하 “쟁점규정”이라 한다)은 상위 법령인 「종합부동산세법」을 위반하여 무효이므로 기납부한 2016년 귀속 종합소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 2018.10.19. 시행령의 법률 위반 여부는 처분청이 판단할 사항이 아니라는 사유로 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.11.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결은 “종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 ‘공시가격 - 과세기준금액’ 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 것을 뜻하므로 그 중 서로 중첩되는 부분, 즉 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당”한다고 판시하면서, “재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다.”고 판단하였다.

(2) 위 판결 취지에 의하면, 주택 등의 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택 등 종합부동산세액에서 공제하도록 규정한 「종합부동산세법」제9조 제3항과 같은 법 제14조 제3항 및 제6항에 내포된 공제할 재산세액은 ‘재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 경우, 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식’으로 계산된 금액이라고 할 것이다.

(3) 그럼에도 불구하고, 쟁점규정은 상위 법령인 「종합부동산세법」의 취지에 반하여 공제할 재산세액을 [(감면후 공시가격 – 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]의 산식으로 계산하도록 하여 공제할 재산세액을 축소하였는바, 쟁점규정은 「종합부동세법」에 위배되어 무효이다.

(4) 따라서 무효인 쟁점규정에 의하여 신고․납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세와 「종합부동산세법」이 본래 예정한 공제할 재산세액에 의하여 계산한 종합부동산세 및 농어촌특별세의 차액(2016년도 재산세 공정시장가액비율 : OOO%, 종합부동산세 공정시장가액비율 : OOO%)은 감액 경정되어야 함에도 불구하고 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역이 정확하게 특정될 수 있음을 전제로, 쟁점규정이 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세액을 공제해 주지 않았다는 청구법인의 주장은 그 자체로 타당하다고 볼 수 없고, 설령 청구법인의 주장과 같이 쟁점규정이 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 완벽하게 전부 공제해 주지 못한다고 하더라도, 쟁점규정을 현행 「종합부동산세법」제9조 제3항 및 제14조 제3항, 제6항의 위임범위를 한계를 벗어나 위법하다고 해석하는 것은 입법자의 재량을 간과한 잘못이 있다.

대법원 판결은 쟁점규정의 산정방식 자체가 위법하다고 판시한 것이 아니라 관련 시행령 규정의 의미를 대법원과 다르게 해석하였던 것 뿐이므로, 비록 대법원이 제시한 재산세액 공제방법을 따르지 않고 ‘공제되는 재산세액’을 축소하더라도, 그러한 사실 자체만으로 입법자가 입법형성의 한계를 넘어서는 입법을 하였다고 단정 지을 수 없다.

(2) 쟁점규정이 위임입법의 한계를 벗어나 무효라고 할 수 없다.

(가) 「종합부동산세법」은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 재산세로 부과된 세액은 공제하여야 하는데, 위 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있는바, 입법자가 ① 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 공제한다고만 하였지, ‘전부’ 공제하여야 한다고 규정하지 않은 점, ② 대통령령으로 위임한 ‘재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항’에는 그 공제의 범위도 포함되어 있다고 해석하는 것이 합목적적 해석에 부합하고, 포괄위임입법금지원칙에 반한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, ‘공제의 구체적 범위’까지도 대통령령에 위임하였다고 보는 것이 타당하다.

(나) 쟁점규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 최대한 전부 공제해 주려고 하였는바, 「종합부동산세법」에 따라 가급적 종합부동산세 과세표준 금액 전체에 대하여 부과된 재산세액을 공제하기 위하여, 전체 재산세액 중 ‘재산세 과세표준에서 종합부동산세 과세표준이 차지하는 비율’ 만큼의 재산세액을 종합부동산세액에서 공제해 주고자 하였는데, 이는 합리적인 범위 내에서 비례원칙에 따라 이중과세의 문제를 조정하고자 한 것이므로, 쟁점규정이 무효라는 청구법인의 주장은 타당하다고 볼 수 없다.

(3) 따라서 청구법인이 당초 신고․납부한 바와 같이 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용한 것을 타당하다고 보아, 청구법인의 감액 경정청구를 거부한 이 건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2016.12.13. 종합부동산세 과세기준일(2016.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세대상물건(종합합산토지 78개, 별도합산토지 7개)에 대하여 쟁점규정에 따라 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 계산하여, 2016년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 신고․납부하였다(아래 ＜표1＞에 정리).

＜표1＞

(나) 청구법인은 2018.9.13. 쟁점규정이 무효라는 취지에서 공제할 재산세액을 재계산하여 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고(아래 ＜표2＞ 참조), 처분청은 2018.10.19. 쟁점규정의 상위 법률 위반에 대하여는 처분청이 판단할 사항이 아니라는 사유로 거부 통지하였다.

＜표2＞

(다) 「종합부동산세법」 시행령(대통령령 제26670호) 개정이유 및 ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면 기획재정부는 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여, 2015.11.30. 「종합부동산세」 시행령 제4조의2 및 제5조의3의 계산식을 아래 ＜표3＞과 같이 개정하였다.

＜표3＞