가. 청구인은 1995.11.30. OOO과수원 1,669㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)를 자녀들로부터 증여받고, 1998.3.31. 같은 리 288-5 과수원 3,452㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 함께 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2009.12.15. 쟁점토지를 OOO, 이하 “양수인”이라 한다)에 OOO원에 양도하면서 처분청에 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 2009.12.23. 신고·납부하였으나, 처분청은 양도소득세 실지조사를 실시하여 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고, 2012.4.7. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

나. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.4. 심판청구(조심 2012서3242)를 제기하였고, 우리 원은 2012.9.27. 기각결정하였으며, 청구인은 이에 대해 2012.12.31. OOO법원에 행정소송(OOO법원 2012구단30915)을 제기하여 2013.9.27. 청구인이 승소하였으나, 처분청이 2013.11.5. 항소하여 OOO법원 2013누29577로 소송계류 중 분쟁의 신속한 해결을 위한 조정 권고(이하 “쟁점조정권고”라 한다)에 따라 청구인과 처분청은 이를 수용하여 처분청은 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 2014.7.8. 감액 경정하였고, 청구인은 2014.8.28. 소를 취하하였다.

다. 청구인은 2014.9.1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제96조를 근거로 처분청에 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 감액경정청구를 하였다가2014.10.24. “쟁점조정권고에 쟁점토지의 양도시기를 2005.3.5.로 결정하였으므로 청구인이 2009.12.21. 자진신고 납부한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원이 착오납부임을 사유로 환급을 요청”하는 것으로 경정청구사유를 변경(이하 “쟁점경정청구”라 한다)하였고, 처분청은 2014.10.28. 쟁점경정청구가 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부하였다.

라.청구인은 이에 불복하여 2015.1.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

OOO법원에서 양도시기를 2005년 3월 무렵으로 볼 경우 청구인의 양도소득세 자진신고 납부시기와의 차이로 인한 이득의 환원문제 등 당사자 쌍방의 의견을 종합하여 쟁점조정권고안과 같이 권고하여 수용한 것으로서 쟁점조정권고안과 같이 쟁점토지의 양도시기는 2005년이므로 청구인이 신고·납부한 2009년 귀속 양도소득세는 착오에 의한 납부이고, 따라서 이를 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

OOO법원의 쟁점조정권고안은 쟁점토지의 귀속시기를 2005년으로 확정한 판결이 아니라 양도시기를 2005년 3월 무렵으로 가정한 결정에 대하여 당사자 쌍방의 의견에 따라 청구인이 더 이상 소를 진행하지 않겠다는 것으로 하여 이를 수용한 것으로서 2009년 귀속 양도소득세 법정신고기한인 2010.5.31.로부터 3년이 도과하여 경정청구의 기간이 경과하였고, 쟁점조정권고는 판결과 같은 효력을 가지는 기타 행위로 볼 수 없어 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않으므로 쟁점경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점조정권고가 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것)

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

(2) 국세기본법 시행령 제25조의2【후발적 사유】법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 쟁점토지를 2009.12.15. 양수인에게 양도하고 처분청에 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 2009.12.23. 신고·납부하였으나, 처분청은 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고, 2012.4.7. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

(나)청구인은 2012.7.4. 쟁점토지가 사업용 토지임을 주장하면서 심판청구를제기하였으나, 2012.9.7. 기각결정이 되어 청구인은 2012.12.31. OOO법원에 행정소송을 제기하였다.

(다) OOO법원은 2005.3.2. 쟁점토지에 대한 대금이 청산되었거나 또는 2005.3.4. 양수인이 사용수익할 수 있게 하여 양도시기는 2005.3.2. 또는 2005.3.4.이므로 양도시기를 2009.12.15.로 보아 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 부과처분은 위법하다고 판결(2013.9.27.)하였다.

(라) 처분청은 위 판결에 불복하여 2013.11.5. OOO법원에 항소를 하였고, OOO법원의 2014.6.2. 쟁점조정권고에 따라 2014.7.8. 처분청은 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 감액 경정하였으며, 청구인은 2014.8.28. 소취하를 하였는바, 쟁점조정권고 내용은 다음과 같다.

OOO

(마) 청구인은 쟁점조정권고에 따른 처분청의 양도소득세 감액 결정 후 2014.9.1. 쟁점토지가 공익사업용 토지로서 양도소득세 감면대상에 해당한다는 사유로 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다가, 2014.10.24. 청구인이 당초 자진신고납부한 양도소득세 OOO원은 쟁점조정권고 이유에서 쟁점토지의 양도시기를 2005.3.5.로 하고 있음을 사유로 2009년 귀속으로 당초 신고·납부한 양도소득세가 착오납부분이므로 환급하여 줄 것을 내용으로 경정청구사유를 변경하였다.

(바) 처분청은 쟁점조정권고에서 귀속시기를 2005년으로 결정하는 내용이 없으며, 서로 의견조율을 통해 처분청과 청구인이 조정권고안을 수용하고 소를 취하한 것임을 사유로 청구인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 OOO법원의 쟁점조정권고내용상 쟁점토지의 양도일을 2005년 3월 무렵으로 보고 있으므로 청구인이 당초 신고·납부한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 귀속시기의 착오를 사유로 환급하여 줄 것을 청구한 쟁점경정청구는 정당한 청구라고 주장하나, 청구인이 당초신고·납부한 2009년 귀속 양도소득세는 그 경정청구기한이 2013.5.31.까지로서 경정청구기간이 경과하였을 뿐만 아니라, 쟁점조정권고에 의한 양도소득세의 감액경정은 법원이 분쟁의 적정·신속한 해결을 위하여 소송당사자에게 조정안을 권고하고, 처분청과 청구인이 조정권고안을 받아들여 처분청이 조정권고안의 기재내용대로 처분을 변경하고, 그에 따라 청구인이 소를 취하함으로써 소송이 종결된 것에 불과하여 「국세기본법 시행령」 제25조의2 제1호 소정의 후발적 경정청구사유에 해당하는 것으로 보기도 어려운 점에 비추어 처분청이 쟁점경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.