1. 가산세 2008년 제1기분 OOO원을 취소한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

가. 청구법인은 1978.12.29. 설립되어 토목건설공사, 조경, 전기공사 등을 주업으로 하는 비상장법인으로, 2004년 OOO와 OOO 택지조성공사에 대한 공사도급계약을 체결하고 2004년부터 2011년까지 해당 택지지구에 대한 절토 및 성토 등의 공사용역을 제공하였다.

나. OOO은 2013년 OOO에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 OOO에 제공한 공사용역 중 국민주택단지 조성과 직접 관련이 없는 단지 밖의 토지조성공사 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)은 국민주택건설용역에 부수되는 건설용역이라고 볼 수 없어 부가가치세 면제 대상이 아니라는 과세자료를 2013.5.27. 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2013.7.10. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 OOO을 경정·고지하였고, 2014.1.9. 부가가치세 2008년 제2기분 OOO을 각 경정·고지하였다.

다.청구법인은 위 2013.7.10.의 처분에 불복하여 2013.10.7. 이의신청을 거쳐 2014.1.29. 심판청구를 제기하였고(조심2014중874), 이어서 위 2014.1.9.의 처분에 불복하여 2014.4.7. 심판청구를 제기하였다(조심 2014중1974).

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)총 공사비 중 “국민주택건설용지면적/유상공급면적 비율”에 해당되는 금액을 부가가치세 면세대상으로 보아야 한다.

청구법인은 2007년 제1기까지 OOO 택지조성공사와 관련한 총 공사비 전액을 부가가치세 과세대상으로 하여 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고납부하였다. 그러나 총 공사비 중 아래 <표2>에서 보는 바와 같이 국민주택건설용지면적/유상공급면적 비율OOO에 해당하는 부분은 부가가치세 면제대상으로 보아야 하므로 이에 대해서는 수정세금계산서를 교부하고, 경정청구를 제기하여 환급받는 부분은 OOO로 환급하라는 취지의 공문을 OOO(OOO,2007.7.24.) 및 OOO(OOO, 2007.8.14. 등)로부터 받았다. 이에 청구법인은 2008년 과세연도 중에 수정신고 및 경정청구를 통하여 2004년 제2기∼2007년 제1기 부가가치세를 추가로 납부하거나 환급받았으며, 이후 동일한 방법으로 계산한 금액에 대해서는 면세로 보아 계산서를 교부하고 부가가치세 과세표준으로 신고하지 아니하였다.

<표1> 수정신고 및 경정청구 내역

<표2> OOO에서 통보받은 OOO 개발면적 및 면세비율

OOO은 국민주택건설용역의 범위에 “국민주택의 택지조성을 위한건설용역과 국민주택에 부수되는 부대시설의 건설용역을 포함”하는 것으로 일관되게 해석(OOO, 1983.7.9., OOO, 1983.12.30.)하고 있고,청구법인의 주장에 따른 과·면세 구분방법이 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)규정의 입법취지에부합한 것이다.쟁점용역은 택지개발지구로 지정된 OOO에 대한 절토 및 성토를위한 용역을 제공하는 것으로서 “택지조성을 위한 건설용역”에 해당하며, 쟁점용역으로 조성된 택지는 유상공급면적과 무상공급면적으로 나누어지고, 유상공급면적에 해당하는 부분은 OOO가 택지용도별로 입찰 등의 절차를 통해 유상매각하는 부분이며, 무상공급면적은 OOO가 국가 등에 기부채납하는 부분에 해당한다.무상공급면적에 해당하는 부분은 공용시설을 건축하는 부지로서 특수학교, 사회복지시설, 교육연구시설, 하수도시설, 공원, 녹지, 도로 등의 용도로사용되므로 해당 택지개발지구의 거주자들이 공동으로 사용하는 부분에 해당한다. 따라서, 무상공급면적에 대한 택지조성비 또한 국민주택건설과 무관하게 발생하는 것이 아니며 공용공간에 해당하는 부분에 대한 것으로, 이 중부가가치세 면세분은 총 공사비 중 “국민주택건설용지면적/유상공급면적 비율OOO”에 해당하는 금액으로 산정하여야만 공용면적인 무상공급면적분이 국민주택분과 국민주택규모 이외의 부분의 비율대로 안분되는 결과가 되어 국민주택건설용역을 부가가치세 면세로 규정하여 서민의 주거안정을 지원하고자 하는 조특법 해당 조문의 입법목적을 달성할 수 있을 것으로 판단된다. 처분청의 의견과 같이 “국민주택건설용지면적/총공급면적 비율OOO”로 면세금액을 계산하게 되면 공용면적부분은 전부 부가가치세 과세대상으로 분류됨으로써 그 부가가치세가 국민주택규모 주택의 분양가에 전가되어 분양가격 상승으로 이어져 해당 면세규정의 입법목적에 반하는 결과가 초래되어 불합리하며, “국민주택의 택지조성을 위한 건설용역”을 국민주택 건설용역에 포함되는 것으로 본 기존 과세관청의 유권해석과도 반하는 것이므로 이 건 과세처분은 부적법하다.

2007.6.7. OOO 공무원이 OOO에 “국민주택의 택지조성을 위한 건설용역 등의 범위”를 묻는 질의에 대해 OOO는 “택지공급자(이 건에서는 OOO)는 「택지개발촉진법」 제18조의2 및 같은 법제18조에 근거한 건설교통부령이 정하는 기준(건교부 고시 “공공택지 조성원가산정기준 및 적용방법”을 말하며, 이하 “건교부 고시”라 한다)에 따라 택지조성원가를 공시하여야 하며, 단위면적당 조성원가의 산정은 총사업비를 택지유상공급면적으로 나눈 것을 의미하며, 택지유상공급면적은 총사업면적에서 총택지무상공급면적을 제외한 면적을 의미한다”라고 회신한 바 있다. 공공택지의 조성원가는 OOO가 주택신축판매업자 등에게 국민주택용 택지를 분양할 때 택지분양가격 산정의 기초가 되는 것이고, 그 택지분양가격은 결국 아파트 분양원가를 구성하여 아파트 분양가격에 포함되는 것이며, 택지조성용역이라 하여 국민주택부대시설에 대한 조특법 기본통칙과 달리 적용될 수는 없는 것이므로 청구법인의 당초 부가가치세 신고내용은 적법한 것이다.

(2) 쟁점용역의 과·면세여부에 대하여 당초 처분청이 청구법인의 수정신고및 경정청구를 인정하였다가 다른 과세기간에 대하여 달리 적용하는 것은 신의성실의 원칙에 반하여 허용될 수 없다.

OOO은 “국민주택 건설용역 부가가치세 납부실태”를점검하면서 쟁점용역의 과·면세여부에 대해 2007.1.30. 국세종합상담센터에 질의하였고, 이에 대하여 OOO는 2007.1.31. “국민주택 택지조성 용역은 부가가치세 면세대상에 해당한다”는 취지의 기존 예규(OOO, 1995.7.31. 및 OOO, 1983.12.30.)를 답변으로 회신하였다. 청구법인의 수정신고 등은 단순히 청구법인의 법령에 대한 무지나 착오에 의한 것이 아니라 쟁점용역에 대한 OOO의 국세청 질의회신, OOO의 의견에 기초한 것이며,이에 의한 수정신고 및 경정청구를 처분청이 받아들인 이상 이를 번복하고과세한 이 건 처분은 신의칙에 반하는 것이어서 허용될 수 없다.

(3) 설령 이 건 과세처분이 정당하다고 하더라도 이 건 과세에 있어 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세는 면제하여야 한다.

OOO으로부터 받은 자문회신에 기초하여 청구법인에게 경정청구를 지시하였고,경정청구된 세액은 OOO로 송금하여 청구법인이 얻은 이익은 없다. 당초 OOO에 대한 세무조사시 OOO은총 공사비 전액을 부가가치세 과세대상으로 판단하였으나, 처분청은 총 공사비중 “국민주택건설용지면적/총공급면적 비율” 해당분은 면세로 인정하였는바,과세관청 내부에서도 이에 대해 일관된 집행기준이 없는 사실에 비추어 볼 때,조특법 해당 규정 및 국세청 유권해석을 통하여서도 쟁점용역의 면세대상 금액을 명확하게 산정하기 어려우므로 이 건 과세처분의 원인이 단순히 청구법인의 법령에 대한 부지 및 과실 등에 기인한 것으로 볼 수 없다.

청구법인이 고액의 가산세를 포함한 추가 세부담을 하면서 한 수정신고 및 경정청구에 대해 처분청이 이를 인정하고 달리 과세처분을 아니하였다가 그 이후 5년이 경과한 시점에 이르러서야 다른 법인에 대한 세무조사로 인해 이 건 과세처분이 이루어 진 점, 청구법인은 수정신고 이후 일관되게 당초 신고방법대로 성실하게 신고·납부하여왔던 점을 종합하여 보면 이 건 과세처분에 있어 청구법인의 납세의무해태를 탓할 수 없는 가산세 감면의 정당한 사유가 있는 것으로 판단된다.

나. 처분청 의견

(1) 조특법 제106조 제1항 제4호에서 규정하고 있는 부가가치세가 면제되는 국민주택건설용역이라 함은 국민주택 규모의 상시 주거용 건물과 이에 부속되는 토지(단지 내)의 조성 등을 위한 건설용역을 말하는 것으로서 당해 국민주택건설용역과 주택법령 등(현재의 「주택법」 및 구 「주택건설촉진법」)에서 규정하고 있는 부대시설( 「주택법」제2조 제8호) 및 복리시설( 「주택법」제2조 제9호)을 주택의 공급에 부수하여 공급하고 그 대가를 아파트 분양가액에 포함하여 받는 경우에 적용이 가능하다고 할 것이다.청구법인이 제공한 쟁점용역은 국민주택단지 밖에 위치한 택지(도로, 공원등 사회간접자본시설 설치를 위한 택지)의 조성을 위한 공사로서 주택공급시분양가격에 직접적으로 반영되지 않을 뿐 아니라 주택건설에 필수적으로 부수하여 공급되는 것 또한 아니어서 주택법령에서 규정하고 있는 국민주택복리시설 및 복리시설에 해당하지 아니한다 할 것이므로 쟁점용역이 국민주택건설용역에 부수하여 공급되어 부가가치세 면제대상용역에 해당한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다(국심 2004전4577, 2005.6.20., 조심 2012중 1433, 2012.8.14., 같은 뜻임).

(2) 청구법인은 OOO의 질의회신, 처분청의 수정신고 시인 및 경정청구 환급결정을 들어 이 사건 처분이 신의성실원칙에 위반된 위법한 처분이라고 주장하나,신의칙이나 「국세기본법」제18조 제3항에서 규정하고 있는 조세관행존중의 원칙은합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고(OOO 판결, 같은 뜻임), 위 조항 소정의 일반적으로납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수 없는 것이며, 이러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다.

세법의 해석·적용방법에 관한 OOO의 훈령 또는 지시로서의성격을 가지는 예규 또는 질의회신은 그 자체가 법규로서의 효력을 가지지는아니하는 것이나, 세법의 해석과 그 집행에 있어 통일적·공통적 기준을제시하여 불공평을 방지하고 실무상 혼란을 제거하여 행정의 효율을 제고하는것으로서 과세관청을 기속하는 것으로 공표되는 것이며, 이러한 예규 또는 질의회신은 그 자체만으로 과세관청의 공적견해표명에 해당하지 아니하는 것(OOO 판결, 같은 뜻임)으로서 과세관청은 물론 납세자에게 이의없이 계속적 반복적으로 적용되어 관행으로 정립된 경우에만 그러한 해석이 정당한 것으로 인정되는 것이다.

따라서 「국세기본법」제15조 및 제18조 제3항의 규정에 의한 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙이 적용되거나 비과세의 관행이 성립되었다고 하기 위해서는 장기간에 걸쳐 어떠한 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 대하여과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 대하여 과세하지 않았다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요한다고 할 것이다.그리고 신고납세방식을 취하고 있는 부가가치세에 있어서 수정신고의 시인은납세자의 신고를 수리하는 형식적 절차일 뿐, 납세자가 신고한 부분이 정확하다고 과세관청이 시인하는 것이 아니며, 경정청구 환급의 경우에도 당해 경정청구의 결정에 오류가 있음을 사후에 발견하고 납세의무 성립일 당시의조세법령에 근거하여 재경정하는 것은 관련 법령을 잘못 해석·집행한 결과일뿐 이를 들어 공적인 견해표명이 있었다고는 볼 수 없는 것이므로 이 건 처분이 「국세기본법」제15조 및 같은 법 제18조 제3항의 규정에 의한 신의성실의 원칙에 위반된 위법한 처분이라는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수없는 정당한 사유가 있는 경우에는이를 가할 수 없다 할 것인바(OOO 판결),

청구법인은 OOO의 질의에 대한 OOO의 회신(OOO 답변일 : 2007.1.31.) 내용에 쟁점용역이 면세대상임을 시사하고 있으므로 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없다고 주장하고 있으나, OOO이 질의회신에서 인용한 예규(OOO, 1995.7.21.)는 “국민주택에 부수되는 단지 내의 도로, 상수도, 조경, 어린이 놀이터, 운동시설 등의 택지 포함”이라고 하여 국민주택에 부수되는 부대시설의 건설용역은 단지 내의 택지만이 그 대상임을 명백히 하고 있고, 다른 예규(OOO, 1983.12.30.) 역시 “하수종말처리장, 시설녹지, 공원,도로 등이 부대시설에 해당되는지 여부는 사실판단에 따르는 것”이라고 하여단지 밖의 건설용역이 사실판단에 따라서는 부대시설의 건설용역에 해당되지않을 수도 있음을 분명히 하고 있는 등 청구법인이 납부세액을 바르게 신고하지 못한 데에 정당한 사유가 있었다고 볼만한 사정을 찾기 어렵다고 할 것이다. 따라서, 이 건 가산세 부과처분이 부당하다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 국민주택단지 밖의 토지조성용역 등을 부가가치세 면제대상인 국민주택건설에 수반되는 건설용역으로 볼 수 있는지 여부

② 수정신고 시인 및 경정청구 인용을 과세관청의 공적 견해표명으로 볼 수 있는지 여부

③청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제106조【부가가치세의 면제】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의2의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은 2010년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다.

4. 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역(대통령령이 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(2) 조세특례제한법 시행령

제106조【부가가치세의 면제】④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역"이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인이 2008년 제1기 과세기간 중 OOO 택지조성공사와관련된 용역에대하여국민주택건설용지면적/유상공급면적 비율OOO로 안분하여과·면세 사업을 구분하였으나, 처분청은쟁점용역을 과세사업으로 보아다음과 같이 경정·고지하였다.

(2) OOO은 2013년 OOO에 대한 세무조사를 실시한 후청구법인이 OOO에게 제공한 공사용역 중 국민주택단지 조성과 직접 관련이없는 쟁점용역은 단지 밖의 도로, 조경, 상·하수도 건설용역 등으로 부가가치세가 과세되는 용역에 해당하는데도 국민주택건설용역에 해당하는 것으로 보아 계산서를 발행하였으므로 동 계산서금액에 대하여 부가가치세를 과세하여야 한다는 과세자료를 통보하였다.

(3)OOO은 쟁점용역에 대한 총 공사비중국민주택건설용지면적/유상공급면적 비율OOO에 해당하는 금액은 부가가치세 면세사업으로 보아야하므로 이에 대해서는수정세금계산서를 교부하고, 경정청구를 제기하여 환급받으라는 공문을 OOO에게 발송하였고 OOO는 청구법인에게 같은 내용의 공문(OOO, 2007.8.14. 등)을 발송하였다.

(4) OOO에게 질의하여 회신받은 내용은 다음과 같다.

(5) OOO에게 질의하여 회신받은 내용은 다음과 같다.

(6) OOO에게 자문하여 회신받은 내용은 다음과 같은바, 이에 대하여 처분청은 OOO의 토지조성원가 산정방식에 의하면 무상공급면적에 대한토지조성원가도 유상공급면적으로 안분되어 국민주택건설 분양원가에반영된다는 의견이다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점ⓛ에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점용역이 부가가치세 면제대상이라고 주장하나, 조특법 제106조 제1항 제4호에서 규정하고 있는 부가가치세가 면제되는 국민주택건설용역이라 함은 국민주택 규모의 상시 주거용 건물과 이에 부속되는 토지(단지 내)의 조성 등을 위한 건설용역을 말하는 것으로서 당해 국민주택건설용역과 주택법령 등에서 규정하고 있는 부대시설( 「주택법」제2조 제8호) 및 복리시설( 「주택법」제2조 제9호)을 주택의 공급에 부수하여 공급하고 그 대가를 아파트 분양가액에 포함하여 받는 경우에 적용이 가능하다고 할 것이고, 청구법인이 제공한 쟁점용역은 국민주택단지 밖에 위치한 택지(도로, 공원 등 사회간접자본시설 설치를 위한 택지)의 조성을 위한 공사로서 주택공급시 분양가격에 직접적으로 반영되지 않을 뿐 아니라 주택건설에 필수적으로 부수하여 공급되는 것 또한 아니어서 주택법령에서 규정하고 있는 국민주택시설 및 복리시설에 해당하지 아니하는 것으로 보이므로 쟁점용역이 부가가치세 면제대상이라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2012중1433, 2012.8.14., 같은 뜻임).

(8) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구법인은 이 건 처분이신의성실의 원칙에 반하여 취소되어야 한다고 주장하나,신고납세방식을 취하고 있는 부가가치세에 있어서 수정신고의 시인은 납세자의 신고를 수리하는 형식적 절차일 뿐, 납세자가 신고한 부분이 정확하다고 과세관청이 시인하는 것이 아니며, 경정청구 환급의 경우에도 당해 경정청구의 결정에 오류가 있음을 사후에 발견하고 이를 바로잡는 것일 뿐 이를 들어 공적인 견해표명이 있었다고는 보기 어려우므로 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 반하여 취소되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(9) 끝으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다 할 것인바(조심 2011서1923, 2012.6.8., 같은 뜻임),

청구법인이 고액의 가산세를 포함한 추가 세부담을 하면서 한 수정신고 및 경정청구에 대해 처분청이 이를 인정하고 달리 과세처분을 아니하였다가 그 이후 5년이 경과하여 다른 법인에 대한 세무조사로 인해 이 건 과세처분이 이루어졌고, 청구법인은 수정신고 이후 일관되게 수정신고시 신고방법대로 신고·납부한 점 등에 비추어,쟁점용역 중 일부를 부가가치세 면제대상으로 신고한 청구법인에게 의무해태를 탓하기 어려워 보이므로 처분청이 이 건 가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.