가.청구인은 토지거래 허가구역 내에 소재한 OOOO OOO OOO OOO OOO OOO 외 17필지75,200㎡(분할전 지번은 같은곳 OOO로 이하 “쟁점토지”라 한다)를 1979.11.5. 취득하여 2005.10.20주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)에 OOO원에양도(계약일자 2005.4.13., 잔금청산일자 2005.10.20.)하고 양도소득이 아닌 부동산매매업(사업자 등록신청일 2005.12.21., 개업일 2005.4.1.)으로 종합소득세를 신고·납부하였다.

나. OOO국세청장은 2011.5.11.～2011.5.30. 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 청구인이 실질적으로 쟁점토지를 아버지로부터 증여받았고 부동산매매업을 영위하기 위하여 형질변경·분할등의행위를 한 사실이 없으며, 청구인의 사업자등록 및 청구인 소유의 다른 부동산단기매매도부동산매매업의 요건을 갖추기 위한 것이라는확인서를 징취하여 쟁점토지 매매를 사업소득이 아닌 양도소득세대상으로 판단하였으며, 쟁점토지 양도당시 OOO가공익사업시행자로 지정되기 이전이라는 사유로 「조세특례제한법」제85조 적용을 배제하고「소득 세법」제96조 제1항에 의한 실지거래가액(양도가액 OOO원, 취득가액은 환산가액인 OOO원)으로 양도차익을 산정한 과세자료를 처분청에 통지하였으며, 이에 따라 처분청은2011.5.23. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2011.8.2. 이의신청을 거쳐 2011.9.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

주민제안신청일 이전에 쟁점토지를 양도하였다 하더라도 사업지구지역은 토지거래계약의 허가구역이라는 점, 동 사업지구는 당초 OOO의산업단지 개발예정지역안에 포함되어 있는 지역으로 사업초기부터개발예정지역안에서 제외시켜 주어 단독으로 사업시행하게 한 점,OOO가 사업시행의 대위권을 주지 않았다면 결국 OOO의 토지나 청구인 토지는 OOO에 협의취득 또는 수용될 수 밖에 없었다는 점, 1차적으로「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의거 공장승인신청을 득하였으나 공장증설과 관련하여 동 법률로는 사업시행이불가능하여「국토의 이용 및 계획에 관한 법률」에 의해제2종지구단위계획입안을 위하여 부득이하게 주민제안을 신청할 수 밖에없었던점, 주민제안신청 이후에 토지잔금을 청산한 점, 주민제안신청 이전부터「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의거 공장승인신청을 득하고 도시계획을 입안하는 등 사업인가 전 사실상공익사업시행자의 지위에서 업무를 수행한 점,「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제13조에 의거 공장설립 등이 승인되면 동법 제13조의2(인·허가등의 의제)1항 5호 규정에 따라 「국토의 계획 및 이용에관 한법률 제56조제1항의 규정에 의한 개발행위의 허가, 동법 제86조의규정에 의한 도시계획시설사업의 시행자의 지정, 동법 제88조의규정에의한 실시계획의 인가 및 동법 제118조의 규정에 의한 토지거래계약의 허가가 의제된다는 점, 따라서 사업시행지역이 토지거래허가구역안에 있는 경우 토지 동의만으로 토지거래허가신청이 불가하여 토지취득이전제가 되므로 OOO의 사업은 토지의 선 취득, 후 사업자의 지정 및 사업인가방식이라는 점, 쟁점토지는 당초부터 OOO의 개발예정지역안에 속해있는 지역을 별도로 분리하여 사업시행을허가한 것인만큼 사업시행자가 사업초기부터 OOO로 특정화 되었고사업인가가 예정되었다고 볼 수 있는 점 등을 종합하여 볼 때 사업인가 전 사업시행의 개념이 인정된다고 사료되므로 기준시가에 의한 과세특례를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인이 제시하는 조세심판원 등의 인용사례는 해당 부동산을취득한 법인(사업시행자)이 양도일 이전에 주민제안서를 제출하고 양도일이후 사업시행인가를 득한 경우로서 양도일 이전에 사실상의 사업시행자로서의 역할을 수행한 것으로 보아 구 「조세특례제한법」제85조에서 규정하는 사업시행자에게 양도하였다고 해석함이 합리적이라고결정한 사례이나, 이 건의 경우는 2005.10.20. 대금청산 후 토지거래허가를 받은 경우로서 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로「소득 세법 시행령」제162조 제1항 본문의 규정에 의하여 대금을 청산한날인 2005.10.20.이 양도시기이며(재산-3932, 2008.11.20), 사업시행자인 OOO가 관련법령에 의거 주민제안서를 제출한 일자는2006.8.11.이고 사업시행인가일자는 2007.12.20.이므로 청구인의 주장을 인용한 감사원 및 조세심판원의 사례(양도일 이전에 주민제안신청이이루어짐)와는 달리 주민제안신청 이전에 양도가 이루어 졌는바, OOO가 양도일 이전 실질적으로 사업시행자로서의 역할을 수행하였다고 볼 수 없어 구 「조세특례제한법」제85조를 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지의 양도차익을 「조세특례제한법」제85조에 의한 기준시가로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

제104조의 2【지정지역의 운영】① 기획재정부장관은 해당 지역의 부동산 가격 상승률이 전국 소비자물가 상승률보다 높은 지역으로서 전국 부동산 가격 상승률 등을 고려할 때 그 지역의 부동산 가격이급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 기준 및 방법에 따라 그 지역을 지정지역으로 지정할 수 있다.

② 제96조제2항제7호 및 제104조제4항제1호부터 제3호까지의 규정에서 "지정지역에 있는 부동산"이란 제1항에 따른 지정지역에 있는 부동산 중 대통령령으로 정하는 부동산을 말한다.

(2) 조세특례제한법 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한양도소득세 과세특례】거주자가 「소득세법」제104조의2 제1항의규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 「소득세법」제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일이전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 「소득세법」제104조의2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만,「소득 세법」제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한날

2. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제7조의 3의 규정에 의하여 산업 단지 등을 지정한 날

3. 지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4. 주한미군(대한민국과 미합중국 간의 상호방위조약에 의하여 대한민국에주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사 업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구ㆍ지역, 개발권역 지정，보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

(3) 조세특례제한법 시행령 제79조의2【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

【별표 7】 기준시가 과세기준일(제79조의2 관련)

14. 「도시개발법」제9조의 규정에 의하여 도시개발구역을 지정하거나 개발계획을 수립한 날

(4) 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률 제1조【목적】이 법은 산업의 집적을 활성화하고 공장의 원활한 설립을 지원하며 산업입지및 산업단지의 체계적 관리를 실현함으로써 지속적인 산업발전 및 균형 있는 지역발전을 통하여 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

제13조【공장설립 등의 승인】① 공장건축면적이 500제곱미터이상인 공장의 신설·증설 또는 업종변경(이하 "공장설립 등"이라 한다)을 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 시장·군수 또는 구청장의 승인을 얻어야 하고, 승인을 얻은 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다. 다만, 승인을 얻은 사항 중 산업자원부령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장·군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다.

제13조의2【인·허가 등의 의제】① 제13조제1항의 규정에 의한공장설립등의 승인을 함에 있어서 당해공장 및 진입로부지에 대한 다음 각 호의 허가·신고·면허·승인·해제 또는 용도폐지(이하 "인·허가 등"이라 한다)에 관하여 당해시장·군수 또는 구청장이 제5항 본문의 규정에 의하여 관계행정기관의 장과 협의한 사항(제5항 단서의 규정에 의하여 협의가 생략되는 경우를 포함한다)에 대하여는 당해 인·허가 등을 받은 것으로 본다.

5. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제56조제1항의 규정에 의한 개발행위(토지의 형질변경 또는 토지분할에 한한다)의 허가, 동법 제86조의 규정에 의한 도시계획시설사업의 시행자의 지정, 동법 제88조의 규정에의한 실시계획의 인가 및 동법 제118조의 규정에 의한 토지거래계약의 허가

(5) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제1조【목적】이 법은 국토의 이용·개발 및 보전을 위한 계획의 수립 및 집행 등에 관하여 필요한사항을 정함으로써 공공복리의 증진과 국민의 삶의 질을 향상하게 함을 목적으로 한다.

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

12. "도시계획사업시행자"라 함은 이 법 또는 다른 법률의 규정에 의하여 도시계획사업을 시행하는 자를 말한다.

제88조 (실시계획의 작성 및 인가 등) ① 도시계획시설사업의시행자는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 도시계획시설사업에 관한 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여야 한다.

②도시계획시설사업의 시행자(건설교통부장관 및 시·도지사를 제외한다)는 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 작성한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관 또는 시·도지사의 인가를 받아야 한다. 이 경우 건설교통부장관 또는 시·도지사는 기반시설의 설치 또는 그에 필요한 용지의 확보·위해방지·환경오염방지·경관·조경 등의 조치를 할 것을 조건으로 실시계획을 인가할 수 있다.

제118조 (토지거래계약에 관한 허가) ① 허가구역 안에 있는 토지에 관한 소유권·지상권(소유권·지상권의 취득을 목적으로 하는 권리를 포함한다)을 이전 또는 설정(대가를 받고 이전 또는 설정하는 경우에 한한다)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 "토지거래계약"이라 한다)을체결하고자 하는 당사자는 공동으로 대통령령이 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건의 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구인(갑)은 1979년에 취득한 쟁점토지를 OOO(을)에게 양도하는 매매계약을2005.4.13.체결하였는데, “갑은 부동산계약과 동시에 공장설치 인허가에 필요한 제반서류를 제출하며 을이공장설치 허가를 득할 수 있도록 한다”, “갑은 공장 설치 인허가를 득한 후 공장설치 공사하는 것을 인정한다. 갑은 공장 승인 인허가에필요한 동의서를 제출해 주어야 한다” 등을 그 매매조건으로 하였으며, OOO는 청구인으로부터 토지사용 승락을 받아 토목공사를 실시하였다.

(나) 2005년 7월 OOO는 쟁점토지의 일부인 OOO OOO OOOOOO O OO-O외 6필지 29,009㎡에 대하여「산업집적 활성화 및 공장 설립에 관한 법률」(30,000㎡ 이하의 공장신설 가능)에 의거 공장신설 승인을 신청하여 OOO으로부터 승인을 득하였다.

(다) 청구인과 OOO는 쟁점토지에 대한 잔금을 2005.10.20. 청산하였다.

(라) OOO는 공장증설이 필요하나「산업집적활성화및 공장 설립에 관한 법률」로는 쟁점토지상에 30,000㎡ 이상의 공장증설이불가한 관계로2006.8.11.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에의한 제2종지구단위계획 입안을 위한 주민제안을 신청하여,2006.9.25.주민제안을 통보받았다.

(마)2007.3.10. 쟁점토지에 대한 OOO 결정 계획(안)의공람 및 공고를 거쳐,2007.11.4. OOO OOO 제2종 지구단위 계획(산업형) 결정’이 승인되었다.

(바) 2007.12.18. OOO는「산업집적활성화 및 공장 설립에 관한 법률」에 의거 쟁점토지 상에 공장증설을 신청하여 2008.1.22. OOO시장으로부터 승인을 받았다.

(2)살피건대,쟁점토지를 양수한OOO가 잔금을 청산(2005.10.20.)한후 쟁점토지에 대하여2006.8.11.「국토의 계획 및 이용에 관한법률」에 의한 제2종 지구단위 계획 입안을 위한 주민제안을 신청하여 2007.11.4. OOO 제2종 지구단위 계획(산업형) 결정’이 승인되는 점 등으로 볼 때, 청구인이 쟁점토지를 양도할 때에는 양수자OOO가 사실상 사업시행자 지위에 있었던 것으로 인정하기는 곤란하므로쟁점토지의 양도차익에 대하여 「조세특례제한법」제85조에 의한 양도소득세 과세특례를 적용하기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.