가. 청구법인은 2008.8.6. 그 대표이사 OOO가 운영하던 종전 개인사업장 OOO를 청구법인으로 전환 하면서 OOO 소유의 OOO(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 현물출자 방식으로 취득한데 대하여 ｢조세특례제한법｣(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제4항 및 같은 법 제120조 제5항에서 규정하고 있는 개인사업자의 법인전환에 따라 취득한 부동산으로 하여 2008.10.6. 처분청으로부터 취득세 등을 과세면제 받았다.

나. 그 후, 처분청은 2009.10.9. 세무조사결과 개인사업장 운영자인 OOO가 교부받은 청구법인의 주식가액 1,810,000,000원이 소멸하는 개인사업장의 순자산가액인 1,814,095,000원 보다 적어 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 건 부동산의 취득가액 1,615,406,860원을 과세표준으로 하고 ｢지방세법｣ 제112조 제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 43,819,510원, 농어촌특별세 4,381,940원, 등록세 43,819,510원, 지방교육세 8,177,730원, 합계 100,198,690원(가산세 포함)을 2010.3.14. 청구법인에게 부과고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.23. 이의신청을 거쳐 2010.6.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「조세특례제한법」에서 개인사업자의 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 현물출자자가 순자산가액보다 주식교부를 더 많이 받아야 감면을 적용받을 수 있음에도 법무사의 착오로 개인사업장의 순자산가액 1,814,095,055원 보다 적은 1주당 10,000원의 주식 181,000주를 교부받아 법인을 설립하였으나, 추후 이를 발견하고 예금 4,100,000원을 감소시켜 개인사업장의 순자산가액을 주식교부액 보다 적도록 수정하여 OOO으로부터 수정인가를 받았는바, 청구법인은 현물출자자가 취득하는 주식의 가액이 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상이므로 취득세 등의 과세면제 대상에 해당됨에도 처분청이 법원에서 인가한 조사보고서의 내용의 일부 부정확성을 이유로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.

(2) 또한, 현물출자자의 부채 중 외국인 근로자의 퇴직급여충당부채 4,833,033원이 과소 계상되어 있어 이를 더한다면 사실상 소멸하는 개인사업장의 순자산가액이 1,805,161,522원에 불과하게 되어, 현물출자자에게 교부한 주식가액 1,810,000,000원이 현물출자자의 순자산가액을 초과하게 되므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」 제32조 제2항에서 새로이 설립되는 법인의 자본금이 개인사업자의 순자산가액 이상일 것을 감면요건으로 규정한 것은 개인사업체를 법인 전환하는 과정에서 법인으로 전환한 당초 개인기업의 규모가 축소되는 것을 방지하기 위한 것이므로 개인사업자가 직접 투여하지 아니한 다른 주주의 투여지분에 해당하는 출자액은 법인의 자본금에 포함되지 아니한다(국심 2005중2993, 2005.1.1. 결정 참조) 할 것이다.

(2) 청구법인은 OOO에 현물출자조사보고 및 인가 관련 수정청구를 하면서 현물출자자의 자산평가액 중 담당자 오기에 의해 과다 계상된 OOO 예금액 59,227,257원을 55,127,257원으로 수정하여 인가받았다고 주장하고 있으나, 처분청에서 현물출자자의 OOO예금 잔액을 조회한 결과, 현물출자 기준일 2008.6.30. 현재 잔액이 수정인가된 예금잔액이라고 주장된 금액이 아니라 당초 현물출자 조사보고서에 기재된 보통예금 잔액과 같은 59,227천원으로 회신된 사실OOO에 비추어 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.

(3) 또한, 외국인 직원에 대한 퇴직급여충당부채가 과소 계상되었다는 주장도 현물출자 당시 공인회계사의 검사보고서와 OOO의 인가, 더 나아가 수정인가에서도 전혀 반영되지 않았으며, 현재까지 이를 수정하였다는 증빙도 없이 현물출자 당시 현물출자자의 장부에 계상되지 않은 퇴직급여충당부채를 법인설립 이후에 단지 퇴직급여를 지급하였다는 사유만으로 현물출자 당시 현물출자자의 부채에 포함하여 평가하여 그 주식가액을 교부하였다고 볼 수 있는 특별한 사정이 있었다고 볼 수도 없으므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

현물출자 방법에 따라 법인전환 하는 경우 거주자가 종전 사업장의 순자산가액 이상으로 출자하여야 취득세 등의 과세면제가 되는지 여부 등

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제32조(법인전환에 대한 양도소득세 이월과세) ① 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 따라 2009년 12월 31일까지 법인(소비성 서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용 고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에 한하여 이를 적용한다.

제119조(등록세의 면제등) ④ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유 없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

제120조(취득세의 면제등) ⑤ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유 없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21904호로 개정되기 전의 것)

제28조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 법 제31조 제1항에서 "대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합"이라 함은 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(｢중소기업기본법｣에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(｢국세기본법｣ 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ② 법 제32조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업양수도방법”이라 함은 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

④ 법 제32조 제2항에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

(3) 상법

제290조(변태설립사항) 다음의 사항은 정관에 기재함으로써 그 효력이 있다.

2. 현물출자를 하는 자의 성명과 그 목적인 재산의 종류, 수량, 가격과 이에 대하여 부여할 주식의 종류와 수

제295조(발기설립의 경우의 납입과 현물출자의 이행) ② 현물출자를 하는 발기인은 납입기일에 지체 없이 출자의 목적인 재산을 인도하고 등기, 등록 기타 권리의 설정 또는 이전을 요할 경우에는 이에 관한 서류를 완비하여 교부하여야 한다.

제299조(검사인의 조사, 보고) ① 검사인은 제290조 각호의 사항과 제295조의 규정에 의한 현물 출자의 이행을 조사하여 법원에 보고하여야 한다.

② 검사인은 전항의 조사보고서를 작성한 후 지체 없이 그 등본을 각 발기인에게 교부하여야 한다.

③ 검사인의 조사보고서에 사실과 상위한 사항이 있는 때에는 발기인은 이에 대한 설명서를 법원에 제출할 수 있다.

제299조의2(현물출자 등의 증명) 제290조 제1호 및 제4호에 기재한 사항에 관하여는 공증인의 조사·보고로, 제290조제2호 및 제3호의 규정에 의한 사항과 제295조의 규정에 의한 현물 출자의 이행에 관하여는 공인된 감정인의 감정으로 제299조 제1항의 규정에 의한 검사인의 조사에 갈음할 수 있다. 이 경우 공증인 또는 감정인은 조사 또는 감정결과를 법원에 보고하여야 한다.

제308조(창립총회) ① 제305조의 규정에 의한 납입과 현물출자의 이행을 완료한 때에는 지체 없이 창립총회를 소집하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 개인사업자인 OOO가 1989.8.1. 개업하였고, 2008.7.20. 설립중인 회사인 청구법인과 OOO 대표 OOO 간에 사업의 포괄적인 현물출자 계약이 체결되었으며, 청구법인은 2008.7.29. OOO의 출자재산을 인도받음과 동시에 주식 181,000주(액면금 10,000원)를 OOO에게 교부하였고, 상기 현물출자로 인한 주식인수 외에 OOO이 주식대금 90,000,000원을 납입하고 청구법인의 주식 9,000주를 인수함에 따라 청구법인의 총 납입자본금을 1,900,000,000원으로 하여 창립총회를 개최하였다.

(나) 청구법인은 2008.7.30. OOO에 현물출자가액 총합계금을 1,814,095,055원으로, 현물출자자에게 부여할 주식을 181,000주(액면금 10,000원)로 하여 현물출자 조사보고 및 인가신청을 하여 2008.8.5. OOO으로부터 인가를 받았고, 인가신청서에 첨부된 주주명부에는 현물출자자인 OOO가 청구법인의 주식 181,000주, OOO가 6,000주, OOO이 3,000주를 각각 인수한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 2008.8.6. 설립등기를 하였고, 2008.9.26. OOO에 보통예금 4,100,000원을 현물출자가액에서 제외하여 현물출자가액 1,814,095,055원을 1,809,995,055원으로 수정하는 내용의 현물출자보고 및 인가 수정 신청을 하여 2008.9.29. OOO으로 부터 수정인가를 받았다.

(라) 한편, 처분청은 2009.10.8. OOO에 청구법인의 2008.6.30.자 예금 잔액 증명확인 의뢰OOO하여 2009.10.9. OOO으로부터 현물출자 기준일 2008.6.30. 현재 잔액이 당초 현물출자 조사보고서에 기재된 보통예금 잔액과 같은 59,227천원으로 회신 받고, 2010.3.14. 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과고지한 사실을 알 수 있다.

(2) 「조세특례제한법」 제32조 제1항 및 제2항, 같은 법 시행령 제29조 제4항에서 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상인 경우에는 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 그 사업용 재산에 대하여는 같은 법 제119조 제4항 및 제120조 제5항에서 취득세 및 등록세를 과세면제 받을 수 있다고 규정하고 있는바,

처분청이 개인사업자가 직접 투여하지 아니한 다른 주주의 투여지분에 해당하는 출자액은 법인의 자본금에 포함되지 아니한다고 인용한 구 국세심판원의 선결정(국심 2005중2993, 2005.1.1.)은 거주자가 사업용 고정자산을 사업양수도의 방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우에 해당하는 심판결정사례이므로 현물출자에 의해 법인전환하는 경우 이를 동일하게 적용할 수는 없다 하겠다.

그렇다면, 조세법규는 확장해석이나 유추해석을 금하고 문언에 따라 충실하게 문리해석을 하여야 하는 점을 고려할 때, 이 건 관련법령인 「조세특례제한법」 제32조와 같은 법 시행령 제29조의 규정내용에 따라 이 건과 같이 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우에는 거주자의 출자금액의 크기(종전 개인사업장의 순자산가액 이상인지 여부)와 상관없이 새로이 설립되는 법인의 자본금이 종전 개인사업장의 순자산가액 이상이면 취득세 및 등록세의 면제대상으로 보아야 할 것이다.

(3) 따라서, 이 건의 경우 청구법인이 주장하는 당초 개인사업장의 순자산가액인 1,814,095,055원에서 실제로 예금 4,100,000원을 감소시켜 순자산가액이 감소되었는지 여부와 외국인 근로자의 퇴직급여 충당부채 4,833,033원이 과소계상되어 있었는지 여부를 가릴 필요 없이,

청구법인의 경우 법인으로 전환하는 개인사업장의 순자산가액이 1,814,095,055원이라 하더라도 새로 설립되는 청구법인의 자본금이 1,900,000,000원으로 당초 개인사업장의 순자산가액 이상이므로 이 건 부동산은 「조세특례제한법」 제119조 제4항 및 제120조 제5항에서 규정하고 있는 취득세 등의 과세면제 요건을 충족하였음에도 처분청이 개인사업장을 영위하던 OOO가 개인사업장의 순자산가액 이상을 청구법인에 출자하지 아니하였다하여 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은 법리를 오해한 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.