가. 청구법인은 OOO 일원의 토지 37,334.7㎡(사업시행 후 172.2㎡ 증가한 37,506.9㎡로 확정됨, 이하 “전체토지”라 한다) 상에 공동주택 719세대를 신축하여 공급하는 주택재건축 정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)의 사업시행자로서 2018.3.8. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 소유권이전 고시로 인하여 전체토지에 대한 소유권이 조합원 신탁토지(14,090.6㎡)와 일반분양토지(14,188.2㎡, 이하 “이 건 일반분양토지”라 한다) 및 기타 기부채납·정비기반시설 등의 토지(9,228.1㎡)로 확정되었다.

나. 청구법인은 위 소유권이전 고시에 따른 이 건 일반분양토지(14,188.2㎡)에 대하여 취득신고를 하면서 당초 청구법인이 직접 취득한 제3자 매입토지 13,392.6㎡(이하 “제3자 매입토지”라 한다)를 차감하여 산정한 795.6㎡에 대하여 취득세 등을 신고·납부하였다.

다. 처분청은 청구법인이 이 건 정비사업시행인가 신청 시에 제출된 전체토지의 ‘토지조서’ 상에 나타난 실지 귀속에 따라 아래 ＜표1＞과 같이 전체토지를 조합원 신탁토지와 제3자 매입토지로 구분하고, 조합원 신탁토지 23,942.1㎡ 중에서 비조합원용 토지로 귀속된 5,039.86㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구법인이 소유권이전 고시일의 다음날 조합원으로부터 새로이 취득한 것으로 보아 2019.5.13. 청구법인에게 기 신고한 면적 795.6㎡를 차감한 4,244.2㎡에 대한 취득세 등 합계 OOO(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하면서 기부채납(공공용지 등) 토지 및 건물 과세표준 수정신고에 대한 환급금 합계 OOO을 상계하여 고지서를 교부하였다.

OOO

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「지방세법」 제7조 제8항에서 “주택재건축조합이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(비조합원용 부동산)은 제외한다”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제20조 제7항에서 “재건축조합이 재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제86조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다”라고 규정하고 있는바, 재건축조합이 조합원용으로 취득하는 부동산은 조합원이 직접 취득한 것으로 보아 재건축조합에 취득세를 부과하지 않고 있으며, 비조합원용(일반분양용 등)으로 취득하는 부동산에 대해서는 단서조항에 따라 일반 부동산시행사업과 동일하게 재건축조합에게 취득세를 부과하되 조합원들로부터 부동산을 신탁받을 당시에는 조합원용으로 귀속될지 비조합원용으로 귀속될지를 알 수 없으므로 그 귀속이 확정되는 ‘소유권 이전고시일’ 다음날에 비조합원용 부동산의 취득일로 보고 있다.

이와 관련한 대법원 2010두1804 판결(2015.10.29. 선고)에서는 “주택조합등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이겠으나, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그 중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 주택조합 등이 제3자로부터 매입한 토지의 면적으로 우선하여 산정하여야 할 것이다”라고 판시하여 조합원으로부터 토지를 신탁 받고 추가로 조합원 이외에 제3자로부터 토지를 매입하여 주택을 신축한 경우, 재건축조합이 소유권이전 고시일 다음날에 취득하는 비조합원용 토지 중에서 제3자로부터 매입한 토지 면적을 차감하고 나머지 면적에 대해서 비조합원용 토지 취득세를 납부하는 것이 타당하다고 하였는바, 이러한 판결이유는 재건축조합이 이미 조합원 이외에 제3자나 국가로부터 토지를 매입할 당시에 유상취득세율로 취득세를 납부하였고, 먼저 기납부한 취득세 과세면적 만큼 소유권 이전고시일에 취득하는 비조합원용 토지에서 차감하지 않고 취득세를 납부한다면, 결국 동일한 과세물건에 취득세가 이중으로 과세되는 것이어서 재건축사업의 주체인 조합원들에게 이익에 반하는 결과로 이어지기 때문이다.

처분청은 전체토지의 ‘토지조서’를 근거로 하여 조합원 신탁토지 중 비조합원에게 귀속된 쟁점토지 5,039.86㎡를 소유권이전 고시일의 다음날 신고납부하여야 한다고 판단하고, 제3자 매입토지 13,392.6㎡ 중 4,350.7㎡는 정비기반시설 부지로 귀속되었으므로 「지방세특례제한법」 제73조의2에 따라 취득세를 환급하되 5년의 경정청구기한이 남아있는 부분만 환급하였다.

즉, 청구법인이 비조합원용 토지의 취득세 신고 부분에서 취득세를 추가로 부과처분하고 소유권이전 고시 이전에 먼저 신고 납부한 제3자 매입토지 취득세에 대하여 감면적용을 하여 환급한 것이지만, 청구법인은 재건축 이전에 신고납부한 제3자 매입토지 취득세에 대해서는 대부분 경정청구기한이 경과하여 일부만 감면적용을 받았는바, 만약, 경정청구기한이 경과하지 않았다면, 먼저 납부한 제3자 매입토지 중 4,350.7㎡에 대한 취득세를 전부 환급 받았을 것이므로 결과적으로는 청구법인이 소유권이전 고시에 따른 비조합원용 토지 취득세 신고 부분에서 취득세가 추징되더라도 다시 그 부분만큼 전액 감면받게 되어 세부담에 별 차이는 발생하지 않았을 것이다. 결국, 처분청이 청구법인에게 추가한 취득세 부과처분 토지면적 4,244.2㎡은 청구법인이 처분청의 부과처분으로 인해서 경정청구기한이 경과하여 감면 받지 못한 토지 면적 4,244.2㎡과 정확히 일치하고 있다.

OOO

위 ＜표2＞에서 청구법인이 최종 신고납부하여야 할 과세면적과 처분청이 주장하는 과세면적이 일치함을 확인할 수 있는바, 이러한 사실을 고려하지 않고 부당하게 이중으로 부과처분한 것으로서, 청구법인의 입장에서는 최종 과세면적 14,188.2㎡에 대하여 취득세를 신고 납부하였음에도 불구하고 이후 처분청의 부과처분으로 인하여 추가로 취득세를 부담하게 되었고, 이전에 신고납부한 취득세 부분은 환급받지 못하게 되었던 것이다.

청구법인이 소유권이전 고시일 다음날부터 신고납부하여야 하는 ‘비조합원용 토지 취득세’는 필연적으로 청구법인이 재건축 이전에 신고납부한 ‘제3자 매입토지 취득세’를 고려하여 그 과세면적이 산정되어야 하고, 청구법인이 제3자 매입토지 중 일부 면적을 감면적용 받았다면 이후 소유권이전 고시 다음날 신고납부하여야 하는 ‘비조합원용 토지 취득세’는 감면적용 받은 만큼 가산하여 납부하였을 것이며, 그 반대의 경우에는 감면적용을 받지 못한 만큼 차감하여 신고납부하였을 것이다.

결론적으로 처분청은 청구법인이 재건축 이후에 당초 신고납부한 ‘비조합원용 토지’ 취득세에서 일부를 추징하고, 이와 연관되어 있는 재건축 이전에 신고납부한 ‘제3자 매입토지’ 취득세를 일부 환급결정한 사안에서, 청구법인이 최종 신고납부한 과세면적이나 처분청이 판단한 과세면적은 모두 14,188.2㎡로 일치하고 있어 차이가 없고, 처분청의 부과처분은 단지 2개의 취득시기에 과세면적을 가감하는 것일 뿐 결과적으로 총 토지 과세면적 14,188.2㎡에 대해서만 취득세를 납부하게 되는 점을 고려하면, 청구법인이 「지방세법」에 근거하여 최종 과세면적을 14,188.2㎡로 산정하여 신고한 것은 타당하다고 할 수 있으므로 이에 더하여 추가로 부과처분된 이 건 취득세 부과처분은 모두 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「지방세법 시행령」제9조 제3항에서 “신탁(「신탁법」에 따른 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것만 해당한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 신탁재산의 취득 중 주택조합등과 조합원 간의 부동산 취득 및 주택조합 등의 비조합원용 부동산 취득은 제외한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제20조 제7항에서「도시 및 주거환경 정비법」제16조 제2항에 따른 주택재건축조합이 주택재건축사업을 하면서 조합원에게 귀속되지 않은 토지를 취득하는 경우에는「도시 및 주거환경 정비법」 54조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다.

청구법인이 조합원으로부터 신탁받은 토지 외에 제3자로부터 추가로 토지를 매입하는 주된 이유는 조합원에게 귀속될 토지가 부족한 한도 내에서 조합원용 토지로 사용하기 위한 것이며, 대법원 2010두1804 판결(2015.10.29. 선고)에서 ‘조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙’이라고 판시하였다.

청구법인은 이 건 정비사업을 추진하기 위하여 조합원 외의 제3자로부터 토지를 취득한 후 취득세 등을 신고․납부하고, 이 건 정비사업을 시행하여 아파트 등을 신축하여 소유권이전 고시일의 다음날인 2018.3.9. 비조합원용 토지 14,188.2㎡를 취득한 후 제3자 매입토지 13,392.6㎡을 차감하고 토지 795.6㎡에 대해서만 취득세 등을 신고․납부하였는바, 청구법인이 사업시행인가 신청 시에 제출한 토지조서 등을 조사하여 조합원 신탁토지 중에 조합원에게 귀속되지 아니한 쟁점토지 5,039.8㎡는 조합인 청구법인이 조합원으로부터 취득하여 일반분양한 토지로 보아야 하므로 기 신고한 면적 795.6㎡를 차감하여 이 건 취득세 등을 과세한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

재건축 아파트에 대한 소유권이전 고시에 따라 청구법인이 취득한 비조합원용 토지 중 아파트 건축 전에 취득 신고한 제3자 매입토지분을 제외하여 취득세를 부과하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ⑧ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조에 따른 재건축조합 및 소규모재건축조합(이하 이 장에서 "주택조합등"이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 "비조합원용 부동산"이라 한다)은 제외한다.

제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

③ 신탁(「신탁법」에 따른 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것만 해당한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 신탁재산의 취득 중 주택조합등과 조합원 간의 부동산 취득 및 주택조합등의 비조합원용 부동산 취득은 제외한다.

1. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

2. 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

3. 수탁자가 변경되어 신수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ① 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에서 "귀속등"이라 한다)의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.

1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

(2) 지방세법 시행령

제20조(취득의 시기 등) ⑦ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합이 주택건설사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「주택법」 제49조에 따른 사용검사를 받은 날에 그 토지를 취득한 것으로 보고, 「도시 및 주거환경정비법」 제16조 제2항에 따른 주택재건축조합이 주택재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제54조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 2008.9.1. 이 건 정비사업을 시행하기 위하여 주택재건축정비사업조합 설립인가를 받았고, 2011.11.17. 재건축 사업시행인가를 거쳐 2013.9.5. 관리처분계획인가를 받았으며, 2014.11.28. 이 건 정비사업을 착공하여 2017.12.6. 준공인가를 받았다.

(나) 이 건 정비사업용 토지인 전체토지는 2018.3.8. 소유권이전 고시가 되었는바, 그에 따른 토지 사용내역 등은 아래 ＜표3＞과 같다.

OOO

(다) 청구법인은 소유권이전 고시에 따른 이 건 일반분양토지(14,188.2㎡)에 대한 취득신고 시 제3자 매입토지(13,392.6㎡)를 차감하여 산정한 795.6㎡에 대하여만 취득세 등을 신고·납부하였다.

(라) 청구법인이 이 건 정비사업시행인가 신청 시에 제출한 전체토지에 대한 ‘토지조서’를 보면, 조합원용 토지와 제3자 매입토지 중에 공공용지로 편입되는 필지 및 면적이 확인되고, 사업시행인가일 이후부터 소유권이전 고시일까지 공공용지로 편입된 토지의 변동이 없이 확정되었다.

(마) 처분청은 위 ‘토지조서’ 상의 실지 귀속 내용에 따라 조합원 신탁토지 23,942.1㎡ 중 일반분양된 비조합원용 토지(쟁점토지) 5,039.86㎡를 청구법인이 소유권이전 고시일의 다음날 조합원으로부터 새로이 취득한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 과세하였으며, 청구법인과 처분청 간에 위 토지조서 상의 실지 귀속 여부에 대한 다툼은 없다.

(바) 처분청은 이 건 취득세 등을 과세하면서 제3자 매입토지 중 청구법인이 사업시행인가일 이후에 기부채납용으로 취득한 1,674.09㎡에 대하여만 취득세 환급대상으로 보았고, 그 중 경정청구기간(5년) 내에 해당하는 728㎡에 대하여만 환급하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「지방세법」제7조 제8항에서 「주택법」 제11조에 따른 주택조합 등이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 보되, 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(비조합원용 부동산)은 제외하도록 규정하고 있는바, 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙(대법원 2015.10.29. 선고 2010두1804 판결, 같은 뜻임)이라 하겠는바, 이 건 정비사업시행인가 신청 시에 제출된 ‘토지조서’ 상의 실지 귀속 내용 등에서 조합원 신탁토지 23,942.1㎡ 중 조합원용 분양이 14,090.6㎡, 일반분양된 비조합원용(쟁점토지)이 5,039.86㎡로 각 귀속된 것으로 나타나고, 제3자 매입토지 13,392.6㎡는 전부가 조합원용 분양이 아닌 일반분양 및 공공용지로 귀속되었으므로, 청구법인은 조합원 신탁토지 중 비조합원용인 쟁점토지를 조합원으로부터 새로이 취득한 것으로 볼 수 있고, 제3자 매입토지를 쟁점토지에서 달리 제외할 이유가 없다고 하겠다.

따라서 처분청이 청구법인에게 쟁점토지에 대하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢지방세기본법｣ 제96조 제6항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.